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文献分享——SingleR包来源
C2位于纤维化niche中PART6：表达CX3CR1的巨噬细胞促进肺纤维化进展一些小问题关于SingleR工具安装新单词后记 前言 今天和大家分享一篇文献：《Reference-based analysis 先简单看看文献吧！ 端粒的重复序列具有极性，即端粒的3'末端由TTAGGG链（称为G链）构成，而5'末端由CCCTAA链（称为C链）构成。 PART5：C2位于纤维化niche中 接下来作者想知道这3群细胞在解剖上的空间位置。 又或者难道我找错了文献？？不太清楚，毕竟我没用过。
3.8K21发布于 2020-03-30 - 来自专栏生信菜鸟团
分享| PyPubMed文献搜索整理小工具
欢迎回来，科研的日常总避不开要查阅、下载整理文献。之前我们推荐过不同的方法，例如NCBI加谷歌助手、SCI-hub代替网站、中文期刊下载方法等。 但都还是停留在手动层面，今天分享一个最近看到自动化小工具，不仅在下载中添加了条件筛选，将文献检索与摘要输出excel表格，我扒了它的github仓库，一起来看看吧~ ? YOUR_API_KEY search -h # 简单使用 pypubmed search “NGS[Title/Abstract] AND disease[Title/Abstract]” -l 5 Desktop\pmid-NGSTitleAb-set.txt 翻译一下几个关键的参数 -min, --min-factor FLOAT（设置最小影响因子） -l, --limit INTEGER（设置输出文献数量 pubmed.xlsx） -c, --cache（输出缓存文件） advance-search** pypubmed advance-search 这项搜索中会出现一问一答的交互，例如下图，但是作者并不建议在文献数量过多的时候使用该方法
84640发布于 2021-03-23 文献分享-----10X Visium HD & Stereo-seq图像分割（nature文献）
作者，Evil Genius今日我们分享文献，先看看正文部分，代码后续更新补充大家看到没，这些核心的算法都有中国人的参与。知识积累空间转录组学的一个开放性问题是单细胞水平上的信息推断。
42510编辑于 2024-12-12- 来自专栏量化小白上分记
文献分享(二)：深究低BETA异象
这周认真写一篇 上周的Quantocracy里面有一篇感觉挺有意思，A Deep Dive into the Low Beta Premium ，文章链接可以去翻翻上周的推文，里面介绍了许多关于beta的文献及研究结论 ，以后有空可以找找看 1970年代，菲舍尔·布莱克（Fischer Black）等人首次在文献中记录了低波动率股票的优异表现——甚至在规模和价值溢价被“发现”之前，低波动异常现象已被证明存在于世界各地的股市中 2018年，Time-Varying Leverage Demand and Predictability of Betting-Against-Beta这篇文献得到了类似的结论，过去高/低市场收益，BAB 另外，只做多头的基金，可以通过筛选彩票型股票受益，因为彩票效应导致beta最高的1/5股票表现不佳。
96720编辑于 2023-03-19 2024空间转录组分析方向和文献分享
由此可以获得肿瘤组织空间微生物分布信息 方向三、空间邻域方向 10X空间转录组之构建邻域通讯网络 空间组学邻域分析方法更新之BANKSY 空转数据分析之细胞“社区” 10X空间转录组数据分析之细胞单元 空间转录组的几个分析要点及经典文献分享 5、空间位置上的细胞临近关系，往往存在1 + 1的小团伙共同起作用，实现1 + 1 > 2 的生物学作用。
70320编辑于 2024-03-21- 来自专栏生信技能树
Github带有全套代码分享的文献复现2025
我们生信技能树在前面给大家整理过大量的带有全套代码在 github 上分享的文献，还有一个专门的共享表格：自带图表复现代码及数据集的单细胞及多组学文章-V1 https://docs.qq.com/sheet 我们秉承着一切分享学习的态度，即将开启2025年的新专辑《Github带有全套代码分享的文献复现2025》，我们以学习文献中的思路，代码技巧为主，带领大家攻破一篇篇文献，将其运行到自己的科研课题中。 下面第一篇学习的文章非常好，作者的数据，代码整理的非常详细见以前的分享： 代码分享|| 见过将代码整理成wiki资源的吗？这是篇极好的学习单细胞与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源！ 35.3 Kb GSM5276937_features-366C5L.tsv.gz 297.6 Kb GSM5276937_matrix-366C5L.mtx.gz 55.1 Mb GSM5276938 ，代码，提前熟悉文献内容！
1.2K01编辑于 2025-02-10 - 来自专栏人人都是数据分析师
因果推断文献解析|A Survey on Causal Inference(5)
使估计结果产生了偏差，作者首先介绍基于前文三个假设下的因果推断方法来处理混杂带来的选择偏差，作者将这些方法分层了7个小类，分别是： (1) 权重更新方法；(2) 分层方法；(3) 匹配方法；(4) 基于树的方法；(5) 首先附上上一篇链接： 因果推断文献解析|A Survey on Causal Inference(4) 论文原文点击文末【阅读原文】即可查看。 在原文文献[113]中，当两个单位倾向得分的差异在一定范围内时，进一步在一些关键协变量上用其他距离进行比较。 在原参考文献[77]中，提出了平衡的非线性表示(BNR)来将相关变量投影到平衡的低维空间。 在这里，我们还想介绍在原参考文献[56]中提出的另一种称为粗化精确匹配(CEM)的匹配方法。
1.2K10发布于 2021-05-13 - 来自专栏生命科学
MG-132 顶刊引用文献分享｜MCE
MG- 132 (0.75-5 μM;24 小时) 通过 26S 蛋白酶体抑制作用在 KIM-2 细胞中有效诱导 p53 依赖性细胞凋亡[5]。 参考文献[1]. Acta Pharmacol Sin. 2011 May;32(5):619-25.[3]. Tsubuki S, et al. Am J Respir Cell Mol Biol. 1998 Aug;19(2):259-68.[5]. Int J Mol Med. 2014 May;33(5):1083-8.[8]. Matsumoto Y, et al.
41910编辑于 2025-08-14 - 来自专栏用户7627119的专栏
文献速递 | 6月单细胞测序文章分享
大家好，每月的单细胞文献速递栏目又来啦，6月份单细胞领域又有哪些新的成果呢？ 本期小编一共为大家统计了94篇6月份发表的9分以上单细胞测序相关文章，其中影响因子15.0以上的文章有41篇！ 标题：Tracing the origin of hair follicle stem cells 发表期刊：Nature 影响因子：43 DOI：10.1038/s41586-021-03638-5 5 标题：Molecular logic of cellular diversification in the mouse cerebral cortex 发表期刊：Nature 影响因子：43 DOI : 10.1038/s41586-021-03670-5 发表时间：2021年6月 摘要：哺乳动物的大脑皮层的细胞类型多样，这些细胞通过发育过程中一系列进化约束下的时间协调事件产生的，这对皮层的组装和功能至关重要 用AS03佐剂的H5N1流行性流感疫苗接种后也观察到类似的现象。然而，该疫苗也刺激了单核细胞和mDCs中干扰素应答因子(IRF)位点染色质可及性的持续增加。
62431编辑于 2022-09-21 - 来自专栏空间转录组数据分析
空间转录组的几个分析要点及经典文献分享
从normal区到病理区（如肿瘤区），每5个spot宽度划分为一个与transition分界线平行区域，对每个区域分别做hallmark pathways的GSVA通路富集分析。 先按照径向将每个组织切片分为4个部分，再将每个部分分为4个小部分；然后按照环形每5个spot做一次分割，即可分为18个环形区域（A-1.1表示A-1区域的cluster1，以此类推），计算通路激活程度与圆心距的相关性 5、空间微环境（临近结构微环境） 特定细胞组成的特殊结构，才能发挥必要的功能，因此分析空间转录组切片上的细胞组成十分必要。 我们再来几篇文献 1、空间推动对肿瘤亚结构的认知 人类肿瘤图谱网络（HTAN）计划有一个远大的目标：“构建人类癌症的三维图谱，反映从癌前病变发展到晚期疾病的动态的细胞、形态和分子特征。” 5、器官发育 如果要选择一篇在2022年最喜爱的Visium空间论文，这是个很难的决定，但这些兰花器官发育的可视化数据很有说服力。 图片 基于空间转录组学的兰花早期发育阶段的器官发生重建结果。
3.1K31编辑于 2023-02-13 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
英文文献的5种下载方式
文章题目 DNA methylation analysis in plants: review of computational tools and future perspectives 文献是读研读博生活中必不可少的一部分 本篇文章以开头提到的文献为例简要记录自己英文文献的下载方法，希望可以帮助到有需要的人。 中文论文 因为自己在学校内，所有的中文论文基本在知网都可以下载到。
2.7K20发布于 2020-03-03 - 来自专栏跟Qt君学编程
分享PyQt5教程
分享两个PyQt5教程网站地址，分别中英文版本。 英文地址(原版) http://zetcode.com/gui/pyqt5/ 中文地址 https://github.com/maicss/PyQt5-Chinese-tutorial 教程目录 介绍(
35320编辑于 2023-03-17 文献分享--口腔黏膜免疫受独特的空间结构调控
作者，Evil Genius今天我们分享文献知识积累屏障组织（如皮肤、胃肠道和呼吸道）持续暴露于外界环境中。 结果5、上皮与基质区室协同构建免疫分层结构TAE上皮细胞的核心调控作用基因表达特征疾病状态下TAE显著上调：先天免疫调节分子（SAA1/2、C3）中性粒细胞趋化因子（CXCL2、CSF3）通路富集分析： 基质细胞的空间特异性贡献距离分区关键表达基因推断功能近端（0–100 μm）SELE、ICAM1（黏附分子）；CXCL1/2、SAA1/2（趋化/急性期蛋白）协同TAE强化先天免疫应答，促进中性粒细胞募集与黏附中段（100–500 μm）HLA-DRB5/ 结果6、牙周炎中三级淋巴结构的形成在牙周炎的T细胞区室中，我们鉴定出与三级淋巴结构相关的细胞类型，包括：滤泡辅助性T细胞（CD4⁺ TFH；特征：PRDM1⁻、BCL6⁺、CXCR5⁺、CD200⁺）滤泡调节性
17420编辑于 2026-02-21- 来自专栏生信菜鸟团
每周文献分享第一季完结撒花暨第65期分享
今天，2020年6月20日，我们的每周文献分享已经陪大家度过了65周，或者，至少陪生信菜鸟团文献分享小组的几位成员真真切切的走过了65个周末。 在每周文献分享第一季结束之际，我们要特别感谢如下几位成员。 六六从文献分享的中后期开始，肩负起每周文档发布、排版以及公众号推送的任务。 lakeseefly目前在澳洲读博，从第一期文献分享至今，他的文献分享数量应该可以排进前三名，而且在大家有事的时候，都是他顶上保证正常推送。 冰糖、大吉、鲍志炜和Sunshine是最早参与到每周文献分享的几位作者，如果没有他们一开始的加入就不会有每周文献分享这个项目。 另外，来留言说说你和每周文献分享的故事吧！
68740发布于 2020-06-24 文献分享--大B细胞淋巴瘤微环境archetype profiles
作者，Evil Genius今天我们分享文献，大家多多学习，早日发文章。知识积累大B细胞淋巴瘤（LBCL）是临床和生物学异质性淋巴恶性肿瘤，具有复杂的微环境，是疾病病因学的核心。 结果2、细胞co-association模式使用非负矩阵分解（NMF）聚类来表征共关联的细胞亚群，其识别了5个细胞模块。 结果5、TEX archetype中的巨噬细胞和耗竭性T细胞串扰与LN原型肿瘤相比，TEX原型肿瘤中的T细胞同样丰富，但具有功能不同的亚群。
27610编辑于 2025-06-22- 来自专栏医学数据库百科
两篇5+免疫浸润+少量实验文献介绍
写在最后 以上就是两篇文章的基本的文献抄读。总的来说分析方面都是基本的套路和算法。主要还是加了自己的一部分样本来进行了分析。所以如果想做免疫方面的文章的，可以参考这样来做的。
75740发布于 2020-09-30 - 来自专栏量化小白上分记
文献分享(一)：你的风险模型能预测你的风险吗？
新开一个文献分享系列。今天分享一篇UBS的研报，获取原文后台回复“paper1”。 按照报告的顺序来写吧。 01 Summary 开篇三个要点 风险模型非常重要。
87510编辑于 2023-04-03 - 来自专栏AI算法与图像处理
沐神（李沐）分享如何快速阅读和整理文献的技巧
本文整理自 B 站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1nA41157y4 由李沐大神分享关于如何快速阅读和整理文献的相关经验。 以后看到一些优质的内容，我也会努力分享给大家，无论大家是在科研或者工作中，希望都能有所收获。 ? ）在工作之后，目的是对 5-10 个我比较感兴趣的研究方向了解他们的最新的进展，这样子我能够去思考我们团队接下来的研究方向，以及在技术讨论的时候，我能给大家指出这是一篇相关的论文，大家可以去看一下 二、 （未分享出来） 小技巧： 有时候一个领域里面的重要论文比较多的时候，我也会去画一个图，把比较重要的论文之间相互联系起来 ? 三、工具的整理和相关的入门教程 上面的内容就是李沐大神的分享，下面是我针对视频中提到的一些工具，进行相应的整理。
1.4K30发布于 2021-05-10 文献分享---乳腺癌复发肺转移的空间多组学分析
作者，Evil Genius今天我们分享文献，虽然IF不高，但是很多分析方法很好。知识积累原发性乳腺癌（BC）和转移性肿瘤具有不同的肿瘤微环境（TME）生态系统。 结果4、配对空间分辨蛋白质组学分析揭示了BC肺转移的潜在生物学机制结果5、WGCNA显示了与空间TME组分相关的丰富分子特征结果6、BC肺转移的snRandom-Seq分析方法分析重要的是生活很好，有你更好
30220编辑于 2025-04-24- 来自专栏杨同学technotes
分享5个Git使用技巧
commit-3 bc3ce563 commit-2 b9c7e5c2 commit-1 5a480a4b 现在我们要删除commit-2这条提交记录。应该如何做呢？ 第一步：使用git reflog查看提交信息 git reflog 第二步：rebase操作 git rebase -i 5a480a4b 执行完这个命令后，就可以看到 5a480a4b 后的所有 commit :{your project branch} git push -f git@github.com:studeyang/studeyang.github.io.git master:webstack 5、 started write support 9fceb02d0ae598e95dc970b74767f19372d61af8 updated rakefile 964f16d36dfccde844893cac5b347e7b3d44abbc commit the todo 8a5cbc430f1a9c3d00faaeffd07798508422908a updated readme $ git tag -a v0.0.1 9fceb02
39920编辑于 2023-02-24
腾讯云开发者
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