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文献分享——SingleR包来源
前言 今天和大家分享一篇文献：《Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage》 下载地址：https://www.nature.com/articles/s41590-018-0276-y.pdf 也有比较多的推文中介绍过这个工具的用法，今天我就先读读这个文献 先简单看看文献吧！ 作者还发现，C2细胞群会表达C1和C3细胞的基因，如下图所示，45%的C2细胞会表达至少33%C1和至少33%C2的基因： ? 这说明了C2应该是C1和C3之间的一个过渡态。 又或者难道我找错了文献？？不太清楚，毕竟我没用过。
3.8K21发布于 2020-03-30 - 来自专栏生信菜鸟团
分享| PyPubMed文献搜索整理小工具
欢迎回来，科研的日常总避不开要查阅、下载整理文献。之前我们推荐过不同的方法，例如NCBI加谷歌助手、SCI-hub代替网站、中文期刊下载方法等。 但都还是停留在手动层面，今天分享一个最近看到自动化小工具，不仅在下载中添加了条件筛选，将文献检索与摘要输出excel表格，我扒了它的github仓库，一起来看看吧~ ? Desktop\pmid-NGSTitleAb-set.txt 翻译一下几个关键的参数 -min, --min-factor FLOAT（设置最小影响因子） -l, --limit INTEGER（设置输出文献数量 pubmed.xlsx） -c, --cache（输出缓存文件） advance-search** pypubmed advance-search 这项搜索中会出现一问一答的交互，例如下图，但是作者并不建议在文献数量过多的时候使用该方法 Diagnostics (Basel, Switzerland), 11(2), 262.
84640发布于 2021-03-23 文献分享-----10X Visium HD & Stereo-seq图像分割（nature文献）
作者，Evil Genius今日我们分享文献，先看看正文部分，代码后续更新补充大家看到没，这些核心的算法都有中国人的参与。知识积累空间转录组学的一个开放性问题是单细胞水平上的信息推断。 高清空间转录组学（HDST）（约2 μm）、Visium HD（约2 μm）、Seq-Scope（约0.5-0.8 μm）和Stereo-seq (0.5-0.715 μm)，需要开发定制的细胞类型鉴定数学方法 MPH表征细胞的空间模式（肾脏结构）最后看一下分析框架1、单细胞数据构建分类器2、高精度空转划分spot到单个细胞代码我们后续详细分解，生活很好，有你更好
42510编辑于 2024-12-12- 来自专栏量化小白上分记
文献分享(二)：深究低BETA异象
这周认真写一篇 上周的Quantocracy里面有一篇感觉挺有意思，A Deep Dive into the Low Beta Premium ，文章链接可以去翻翻上周的推文，里面介绍了许多关于beta的文献及研究结论 ，以后有空可以找找看 1970年代，菲舍尔·布莱克（Fischer Black）等人首次在文献中记录了低波动率股票的优异表现——甚至在规模和价值溢价被“发现”之前，低波动异常现象已被证明存在于世界各地的股市中 当低beta策略在价值因子上有敞口时，平均有2%正超额，在成长因子上有敞口时，平均会有-1.4%的负超额。 2018年，Time-Varying Leverage Demand and Predictability of Betting-Against-Beta这篇文献得到了类似的结论，过去高/低市场收益，BAB
96720编辑于 2023-03-19 2024空间转录组分析方向和文献分享
方向二、空间微生物方向 GATK的人类宿主的微生物检测流程PathSeq和在空转上的运用（检测流程） 单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用2 单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用 由此可以获得肿瘤组织空间微生物分布信息 方向三、空间邻域方向 10X空间转录组之构建邻域通讯网络 空间组学邻域分析方法更新之BANKSY 空转数据分析之细胞“社区” 10X空间转录组数据分析之细胞单元 空间转录组的几个分析要点及经典文献分享 niche矩阵和细胞niche矩阵，下图的T细胞的分子邻域 接下来是细胞邻域 邻域分析是空间分析必备的，与共定位类似，或者叫生态位，总结如下： 1、组织都是有序的系统，细胞之间的相互距离是其有序性的体现 2、 5、空间位置上的细胞临近关系，往往存在1 + 1的小团伙共同起作用，实现1 + 1 > 2 的生物学作用。
70320编辑于 2024-03-21- 来自专栏生信技能树
Github带有全套代码分享的文献复现2025
我们生信技能树在前面给大家整理过大量的带有全套代码在 github 上分享的文献，还有一个专门的共享表格：自带图表复现代码及数据集的单细胞及多组学文章-V1 https://docs.qq.com/sheet 我们秉承着一切分享学习的态度，即将开启2025年的新专辑《Github带有全套代码分享的文献复现2025》，我们以学习文献中的思路，代码技巧为主，带领大家攻破一篇篇文献，将其运行到自己的科研课题中。 下面第一篇学习的文章非常好，作者的数据，代码整理的非常详细见以前的分享： 代码分享|| 见过将代码整理成wiki资源的吗？这是篇极好的学习单细胞与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源！ 文献信息再次提供： 标题：A multi-omic single-cell landscape of human gynecologic malignancies 发表时间：2021年 12月发表在 Mol ，代码，提前熟悉文献内容！
1.2K01编辑于 2025-02-10 - 来自专栏生命科学
MG-132 顶刊引用文献分享｜MCE
MG- 132 (0.75-5 μM;24 小时) 通过 26S 蛋白酶体抑制作用在 KIM-2 细胞中有效诱导 p53 依赖性细胞凋亡[5]。 用添加了 10% FBS 的培养基制备含有 100 nM MG132 的工作溶液；每个孔中加入 2 ml 培养基，然后收获蛋白质。2. 参考文献[1]. EMBO Mol Med. 2017 Sep;9(9):1294-1313.[2]. Fan WH, et al. Am J Respir Cell Mol Biol. 1998 Aug;19(2):259-68.[5].
41910编辑于 2025-08-14 - 来自专栏用户7627119的专栏
文献速递 | 6月单细胞测序文章分享
大家好，每月的单细胞文献速递栏目又来啦，6月份单细胞领域又有哪些新的成果呢？ 本期小编一共为大家统计了94篇6月份发表的9分以上单细胞测序相关文章，其中影响因子15.0以上的文章有41篇！ 2 标题：Tracing the origin of hair follicle stem cells 发表期刊：Nature 影响因子：43 DOI：10.1038/s41586-021-03638 与先前关于昆虫附属物发育的研究结合起来，研究描述了“望远镜模型”，这是一种外胚层器官发育的广义模型，模型中，即基板 2D 同心区域外形成了 3D 纵向排列的圆柱形空间。 in severe COVID-19 发表期刊： Nature 影响因子：43 DOI: 10.1038/s41586-021-03710-0 发表时间：2021年6月 摘要：虽然SARS-CoV-2主要针对呼吸系统 虽然系统分析没有发现SARS-CoV-2在大脑中的分子痕迹，但研究观察到广泛的细胞扰动，揭示了脉络膜丛屏障细胞能够感知并将外周炎症传递到大脑，并显示外周T细胞浸润实质。
62431编辑于 2022-09-21 - 来自专栏人人都是数据分析师
因果推断文献解析|A Survey on Causal Inference(2)
下面我们继续解析论文，探索作者给我们描绘的因果世界，首先附一下上篇内容： 因果推断文献解析|A Survey on Causal Inference(1) 论文原文点击文末【阅读原文】即可查看。 二正文解析 2. 因果推断基础 本章节，作者将介绍因果推断的一些基础概念和符号表示，包括任务描述，数学符号表示，前提假设，面临的挑战和一般的解决办法，最后会给出一个启发性的例子，该例子贯穿全文。 假设2：Ignorability，可忽略性，给定环境变量后，策略分配与策略会产生的潜在结果是独立的： ? 即不能根据策略产生潜在结果的好坏来选择策略： ? 策略的分配也不会影响到潜在的结果分布： ? 2.首先根据观测数据生成基本模型，然后对选择偏差造成的有偏估计进行矫正。代表方法是元学习。在接下来的章节中，作者将会对这些方法进行详细介绍。 三休息一下 呜呼，读起来挺快，写出来真慢。
1.2K20发布于 2021-05-13 - 来自专栏空间转录组数据分析
空间转录组的几个分析要点及经典文献分享
如SPOTlight、SpatialDWLS、RCTD、Cell2location、CellTrek和MIA等方法，各有优势。我们选择其中最常用的进行介绍。 1.1 Cell2location分析 Cell2location软件针对不同组织，采用负二项式回归来预估每个cluster的平均表达谱，基于参考的scRNA-seq数据应用贝叶斯模型从空间转录组数据中解析细胞类型并创建细胞图谱 此外，Cell2location还可以对细胞类型丰度的NMF（非负矩阵分解）进行估计，NMF产生了一组空间细胞类型丰度分布图，用于捕捉共定位的细胞类型。 我们再来几篇文献 1、空间推动对肿瘤亚结构的认知 人类肿瘤图谱网络（HTAN）计划有一个远大的目标：“构建人类癌症的三维图谱，反映从癌前病变发展到晚期疾病的动态的细胞、形态和分子特征。” 2、心肌梗死后心脏如何重塑 尽管心脏病发作时的恐惧往往源于事件本身，但之后心脏发生的状况会推动住院率和发病率继续上升。
3.1K31编辑于 2023-02-13 - 来自专栏生信菜鸟团
病毒感染相关单细胞文献复现-2
❝接上周复现的单细胞推文，文献中还有亚群细分的数据，所以我这周针对stem cell亚群的细分进行复现，复现只能大致与文章中的数据相似并不能做到完全一致，主要是结合文章中marker gene和人工注释 ',"LGR5","OLFM4","MKI67","LYZ1","Defa21", "ATOH1","SIS", "Ascl2", "Slc12a2", ='Lgr5 Stem' celltype[celltype$ClusterID %in% c(1,2),2]='Cycling Enterocyte' celltype[celltype $ClusterID %in% c(3,4),2]='Cycling Stem' celltype[celltype$ClusterID %in% c(5),2]='Paneth' celltype [celltype$ClusterID %in% c(6),2]='TA' celltype[celltype$ClusterID %in% c(7),2]='T' head(celltype
36620编辑于 2023-09-09 文献分享--口腔黏膜免疫受独特的空间结构调控
作者，Evil Genius今天我们分享文献知识积累屏障组织（如皮肤、胃肠道和呼吸道）持续暴露于外界环境中。 结果2、空间蛋白质组学与转录组学解析细胞分布格局同时运用空间蛋白质组学与空间转录组学技术，以界定健康及病变牙龈中的细胞区室及其空间分布。 缺乏角化标志（如CNFN），但表达半桥粒附着蛋白（LAMC2）以维持牙面附着。 结果5、上皮与基质区室协同构建免疫分层结构TAE上皮细胞的核心调控作用基因表达特征疾病状态下TAE显著上调：先天免疫调节分子（SAA1/2、C3）中性粒细胞趋化因子（CXCL2、CSF3）通路富集分析： 基质细胞的空间特异性贡献距离分区关键表达基因推断功能近端（0–100 μm）SELE、ICAM1（黏附分子）；CXCL1/2、SAA1/2（趋化/急性期蛋白）协同TAE强化先天免疫应答，促进中性粒细胞募集与黏附中段
17420编辑于 2026-02-21- 来自专栏生信菜鸟团
每周文献分享第一季完结撒花暨第65期分享
今天，2020年6月20日，我们的每周文献分享已经陪大家度过了65周，或者，至少陪生信菜鸟团文献分享小组的几位成员真真切切的走过了65个周末。 在每周文献分享第一季结束之际，我们要特别感谢如下几位成员。 六六从文献分享的中后期开始，肩负起每周文档发布、排版以及公众号推送的任务。 lakeseefly目前在澳洲读博，从第一期文献分享至今，他的文献分享数量应该可以排进前三名，而且在大家有事的时候，都是他顶上保证正常推送。 冰糖、大吉、鲍志炜和Sunshine是最早参与到每周文献分享的几位作者，如果没有他们一开始的加入就不会有每周文献分享这个项目。 另外，来留言说说你和每周文献分享的故事吧！
68740发布于 2020-06-24 - 来自专栏天意云&天意科研云&天意生信云
导师：听说你参考文献格式改了2天！？
为了帮助大家更好地处理这一细节，今天我要向大家推荐一款能够自动整理和矫正参考文献格式的ChatGPT应用工具。 核心功能 是根据GB/T 7714标准，编辑和统一学术参考文献的格式。 它能确保文献中的标点、作者姓名、期刊和会议名称等信息的格式正确，删除不必要的信息，并在需要时补充文献类型的标识（如[J]、[C]等）。 总之，它的主要任务是使你的参考文献符合标准要求 使用方法 使用方法也非常简单： 1.打开ChatGPT——探索GPT 2.搜索“统一参考文献格式” 3.只需将参考文献粘贴进去，一键发送 就能快速检查并输出符合标准的格式 有了这款工具，至少可以为大家节省两天的时间，不再为修改参考文献格式而烦恼。这不仅能提升工作效率，还能让你在论文的细节处理上更加得心应手。希望这款工具能够帮助到大家，让学术写作变得更加轻松。
32600编辑于 2025-03-06 文献分享--大B细胞淋巴瘤微环境archetype profiles
作者，Evil Genius今天我们分享文献，大家多多学习，早日发文章。知识积累大B细胞淋巴瘤（LBCL）是临床和生物学异质性淋巴恶性肿瘤，具有复杂的微环境，是疾病病因学的核心。 grade B cell lymphomas not otherwise specified (HGBCL), high grade B cell lymphoma with MYC and BCL2 结果2、细胞co-association模式使用非负矩阵分解（NMF）聚类来表征共关联的细胞亚群，其识别了5个细胞模块。 CCC分析预测，超活化巨噬细胞通过HLA-F、LILRB 1/2等相互作用与恶性B细胞、T/NK细胞和其他髓系细胞有广泛的相互作用。 FMAC原型在既往未治疗（1 L）患者中的频率显著较低，而在既往接受过≥2线治疗（3L+）的患者中的频率较高，而LN肿瘤显示出相反的趋势。
27610编辑于 2025-06-22- 来自专栏量化小白上分记
文献分享(一)：你的风险模型能预测你的风险吗？
新开一个文献分享系列。今天分享一篇UBS的研报，获取原文后台回复“paper1”。 按照报告的顺序来写吧。 01 Summary 开篇三个要点 风险模型非常重要。 2.截面模型 截面模型假设因子暴露B可观测到，用基本面数据作为代理变量，这样B是时变的。模型简化为估计因子协方差阵F和残余风险D。 3.
87510编辑于 2023-04-03 - 来自专栏AI算法与图像处理
沐神（李沐）分享如何快速阅读和整理文献的技巧
本文整理自 B 站视频：https://www.bilibili.com/video/BV1nA41157y4 由李沐大神分享关于如何快速阅读和整理文献的相关经验。 本文的主要内容包括： 1、读文献的目的 2、整理论文的技巧和工具 3、工具相关的教程 这里我做了相关的总结和规划，并收集了一些相关工具的教程。 以后看到一些优质的内容，我也会努力分享给大家，无论大家是在科研或者工作中，希望都能有所收获。 ? 一、明确你读文献的目的是什么 不同阶段的目的是不同的 1）在学生时代，读论文的主要的目的是对一两个我的研究方向了如指掌，包括了对最重要的论文反复研读，了解其中每一句话在说什么，并且能够重复他们的实验 2 三、工具的整理和相关的入门教程 上面的内容就是李沐大神的分享，下面是我针对视频中提到的一些工具，进行相应的整理。
1.4K30发布于 2021-05-10 文献分享---乳腺癌复发肺转移的空间多组学分析
作者，Evil Genius今天我们分享文献，虽然IF不高，但是很多分析方法很好。知识积累原发性乳腺癌（BC）和转移性肿瘤具有不同的肿瘤微环境（TME）生态系统。 在临床上，BC分为三种亚型：管腔型（ER+，PR+/-）、HER 2过表达（HER2+，ER+/-，PR+/-）和三阴性乳腺癌（TNBC; ER-，PR-，HER2-），每种亚型表现出不同的复发时间和诊断后的器官嗜性 结果1、配对CT肺转移瘤的单细胞空间分析通过IMC分析说明了原发性BC和肺转移瘤之间TME组分的差异.结果2、细胞邻域和细胞相互作用/回避分析揭示了器官特异性免疫空间拓扑结构TME的空间结构在肿瘤转移和治疗反应中起着至关重要的作用
30220编辑于 2025-04-24- 来自专栏全栈程序员必看
LaTeX 参考文献_论文参考文献外文文献格式
这篇好棒，但是代码写在什么位置看下一篇(26条消息) Latex中如何制作参考文献_bluenight专栏-CSDN博客_latex中参考文献 https://blog.csdn.net/chl033 /article/details/5927207 这篇有代码位置 (26条消息) Latex引用bib文件步骤_一个人漫步走-CSDN博客 【Latex】如何同时引用多篇参考文献_一千零一夜的博客-CSDN 博客_latex怎么连续引用多个文献这篇也可以，写了几个细节：1.cite包一定要导入 2. 写了里面的cite（好几篇都提到cite，），目前所有参考文献最下面（多余的不知哪来的怎么删）[1,2]变成了[2,1]不知为什么。 这篇没用到里面的内容，不知道为什么要写在这(26条消息) latex参考文献格式与宏包应用_weixin_34107955的博客-CSDN博客 版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人
1.4K20编辑于 2022-10-01 - 来自专栏点云PCL
久违的小分享（2）
近邻点个数50 sor.setStddevMulThresh(1); sor.filter(*cloud_filtered); pcl::visualization::PCLVisualizerviewer2( "After before filtering"); viewer2.setBackgroundColor(0,0, 0);//黑色背景 pcl::visualization::PointCloudColorHandlerCustom <pcl::PointXYZ> after_color(cloud_filtered, 255, 0, 0); viewer2.addPointCloud viewer2.wasStopped()) { viewer1.spinOnce(1); viewer2.spinOnce(1); sor.setStddevMulThresh(1);参数设置恰当，提取效果理想 欢迎投稿分享，联系邮箱或者QQ：920177957@qq.com 亦可以加入QQ群一起交流学习。
69620发布于 2019-07-31
腾讯云开发者
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