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巨噬细胞的Marker基因
关于巨噬细胞的前世今生，可以看我们最近分享的综述，以及前面的帖子： 巨噬细胞异质性及肿瘤微环境（上） 巨噬细胞异质性及肿瘤微环境（中） 巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2） M1和M2的巨噬细胞差异就在 Architecture of Lung Adenocarcinoma by Multiregion Single-Cell Sequencing》 髓系分类结果中的巨噬/单核结果：这里面就有组织驻留特异性巨噬细胞 alveolar macrophages classic monocytes (S100A8+, S100A9+) nonclassic monocytes (CDKN1C*+) M2-like macrophages C1 (TREM2+) M2-like macrophages C5 (CD163+) alveolar macrophages (MARCO+) 2023年9月28发表在Cell杂志的文献《An immune ： (1) TREM2+巨噬细胞表达由骨髓细胞-2（TREM2）和骨桥蛋白（SPP1）基因， (2)表达叶酸受体2（+2）、透明质酸受体（LYVE-1）和甘露糖受体C-Type 1（MRC1/CD206
1.5K11编辑于 2025-04-05 - 来自专栏生信技能树
多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较
然后我确实搜索了一下， 这样的研究已经是很多了，比如多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较，发表它的文章J Am Soc Nephrol. 2019 May;标题是：《Single-Cell RNA Sequencing 因为都是肾脏部位巨噬细胞，所以理论上标记基因是有一定程度的保守性的啦。 同样的道理，是不是可以做脑部区域的巨噬细胞（小胶质细胞）的跨物种比较呢？或者，T细胞，B细胞？ 学徒作业：完成 GSE128993. 里面的4个文件各自独立的单细胞流程，降维聚类分群即可！
73250编辑于 2021-12-24 - 来自专栏聊点学术
巨噬细胞的最新作用机制！
2020年6月30号，中国最牛心脏病医院——阜外医院胡盛寿院士/聂宇教授团队在Circulation上发表文章，揭示了巨噬细胞调节哺乳动物心肌再生的重要作用机制。 ? ? 这项研究的结论是： （1）心肌损伤后，巨噬细胞在损伤部位的募集对于心脏再生至关重要。抑瘤素M（OSM）可促进巨噬细胞募集，从而促进心肌细胞再生。 第一、巨噬细胞 既往大家的目光更多地放在了心肌细胞本身上，对于心肌细胞在疾病下的外环境关注度是近些年才逐渐起来的。 心肌损伤后的炎细胞，尤其是巨噬细胞的作用不断刷新大家认知。 除了心肌再生以外，巨噬细胞在心脏疾病中还发挥着其它重要作用，大家可以检索下面两篇论文，对巨噬细胞作进一步了解。 ? 第二、心肌再生 心肌细胞再生是很困难、但又很有科研意义的研究内容。
94730发布于 2020-08-04 - 来自专栏生信菜鸟团
从单细胞数据中捕捉巨噬细胞的极化信号
巨噬细胞极化（Macrophage Polarization）是指巨噬细胞在不同微环境信号刺激下，分化为不同功能表型的过程。 通常，巨噬细胞可以分为两种主要的极化表型： M1型巨噬细胞（经典激活型巨噬细胞）：由IFN-γ、LPS等信号诱导，具有促炎、抗微生物和抗肿瘤的功能。 M2型巨噬细胞（替代激活型巨噬细胞）：由IL-4、IL-13、IL-10等信号诱导，具有抗炎、组织修复和促肿瘤的功能。 首先需要一个做好细胞注释的seurat对象，然后： 定义基因模块 # M1 巨噬细胞基因模块 m1_genes <- c("CXCL9", "CCL19", "CXCL10", "IDO1", "EBI3 ", "Macro-CXCL9" = "#4799C9FF", "Macro-FTH1" = "#225771FF", "Macro-IL1B" = "#00FF7FFF", "Macro-ISG15
1.1K10编辑于 2025-03-06 - 来自专栏生信技能树
我的巨噬细胞少了一个亚群吗，我错了吗
pwd=a7s1） ，这样的话，很多看直播的小伙伴们就“如临大敌”，觉得做错了，很明显文章里面的给出来了两个不一样的髓系免疫细胞，但是我统一操作成为了巨噬细胞。 就算是髓系免疫细胞包括巨噬细胞，我演示的巨噬细胞少了一个亚群呀： 我统一操作成为了巨噬细胞 这个时候就回答了大家关心的另外一个话题了，降维聚类分群的时候设置的分辨率这个参数不高！ ）： 提高分辨率就可以继续细分 再认真看细分之后的各个亚群的特异性高表达量基因，就可以看到了文章里面的Trem2特异性亚群就是上面的编号8的亚群 ，而编号4是另外一个特异性基因比如 Chil3特异性巨噬细胞 而且也并不是说巨噬细胞就两个亚群，我们之前就分享过：【巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2）】，一切都是数据结果合理的挑选和解释而已。 另外，我们通常是并不会选择提高分辨率这个手段来获取精细的单细胞亚群，而是取巨噬细胞子集后，继续进行降维聚类分群后再命名的策略。
32700编辑于 2024-11-21 - 来自专栏生信菜鸟团
2023年度细胞类型，我投巨噬细胞一票
一年之后，我们把2023年度细胞类型颁发给巨噬细胞(macrophages)，也就是中性粒细胞(Neutrophil)的同胞兄弟。为什么说巨噬细胞是中性粒细胞的同胞兄弟呢？ 所以我们把这一票，投给了巨噬细胞，一颗已经在教科书中以清道夫的角色存在了一百多年的细胞类型。 巨噬细胞的广泛作用已经被广泛讨论，在不同组织有不同的作用。 文字重点关注具有组织特异性的巨噬细胞，这就是我们把2023年度单细胞颁给巨噬细胞的原因，老树开花，一如文章中鉴定了15种巨噬细胞亚型，其中包括两种新的巨噬细胞亚型，即存在于表皮、睾丸、心脏等外周组织的类小胶质细胞 Nat Immunol 9, 705–712 (2008). https://doi.org/10.1038/ni0708-705 第一颗巨噬细胞什么时候在地球上演化出来，应该是一个很遥远漫长的故事。 这也是我们在2023年度细胞类型投票给巨噬细胞的原因之一，我们不仅在发现它，更重要的是，巨噬细胞可以治病救人。 此刻，正在阅读文章的你，体内2乘10的11次方的巨噬细胞，约600克，与你在一起。
33410编辑于 2024-01-04 - 来自专栏单细胞天地
学徒作业|GSE217845-胰腺癌中的巨噬细胞细分亚群
学徒作业的要求是：从上面的数据集GSE217845里面的10个胰腺癌的10x技术单细胞转录组数据的第一层次降维聚类分群里面提前髓系免疫细胞后，继续细分降维聚类拿到里面的巨噬细胞，然后继续细分巨噬细胞看看能否复现文章里面的 c(7,15,16,17),2]='MT+' table(celltype$celltype) # 1 10 12 14 5 8 9 （S100A8、S100A9 和 S100A12 主要由中性粒细胞和单核细胞表达：https://zhuanlan.zhihu.com/p/440315960） cluster 9 还不能确定，和IL1B cluster 8 无法确定，和 cluster 9 有点像。 去除非巨噬细胞的细胞类型：5是cDC2细胞，12是T细胞。将其他文章中没有出现的巨噬细胞类型命名为other，得到最终的命名结果。 最终命名的代码如下： # 去除非巨噬细胞的细胞类型：5是cDC2细胞，12是T细胞 sce_myeloid = sce_myeloid[, !
73610编辑于 2024-04-15 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
读文献05-肿瘤与非肿瘤相关巨噬细胞差异
：scRNA+bulk联合分析高分思路 IF：12 数据 肿瘤提取巨噬细胞与非肿瘤相关巨噬细胞。 为啥 MMP12 要看和CXCL9 的关系呢？ 说明TAM 有很强的M2 基因特性（至少是在部分样本中。） showed that high CXCL9 protein expression in TAM was indeed associated with higher expression of CXCL9 对CXCR3 高低分组，发现CXCL9 显著差异。 (b) 刺激的多向性和标记物缺乏细胞特异性，表明巨噬细胞的极化部分取决于在屏障未能阻止感染的情况下巨噬细胞迁移和执行特定功能的能力。
73530编辑于 2022-12-10 - 来自专栏流式抗体推文
Elabscience 教你高效区分脾脏、骨髓等组织驻留巨噬细胞
巨噬细胞：CD11bmidF4/80hi巨噬细胞或CD11bmidCD64hi巨噬细胞，多为活化的炎症型巨噬细胞，以“强效抗感染和免疫清除”为核心。II. 巨噬细胞：CD11bhiF4/80mid/hi巨噬细胞或CD11bhiCD64mid巨噬细胞，多为急性感染期红髓区和白髓区活化的巨噬细胞，用于评估脾脏稳态应激状态与早期免疫异常。III. 巨噬细胞：CD11blowF4/80low巨噬细胞或CD11blowCD64-/low巨噬细胞,多为定居于脾脏边缘区，白髓与红髓交界处的巨噬细胞（Marginal Zone Macrophage, MZM 小鼠腹水巨噬细胞为CD11bhi/midF4/80hi/mid巨噬细胞，是炎性活化的巨噬细胞，进一步分析该细胞群中CD206和CD86的表达，不同的细胞比例和分群代表巨噬细胞的不同功能状态。 tissue macrophages: Key coordinators of tissue homeostasis beyond immunity[J].Science Immunology, 2024, 9(
83210编辑于 2025-09-22 - 来自专栏生信菜鸟团
单细胞+bulkRNA分析前列腺癌中巨噬细胞相关基因
文献内容 1.数据来源 这项研究共纳入了10个前列腺癌(PCa)队列，包括一个scRNA-seq队列（GSE141445）和9个bulkRNA-seq队列。 接下来将上述三个数据集中与巨噬细胞高度相关的模块中的这些基因与单细胞数据集中的巨噬细胞标记基因进行交叉，最终获得了65个与巨噬细胞高度相关的基因用于后续分析。 9.免疫景观 通过比较不同风险组中PCa免疫亚型比例，发现风险组之间免疫表型存在显著差异。高危组中，C2 (IFN-y为主）亚型和C4（淋巴细胞耗竭)亚型以及C3(炎症)亚型的比例显著降低。 根据ssGSEA结果，高危组的免疫细胞(包括巨噬细胞)的浸润程度更高。风险评分与巨噬细胞、巨噬细胞M1和巨噬细胞M2的细胞含量呈正相关。 高危组具有更活跃的免疫功能，包括检查点、HLA和巨噬细胞。 结果表明，巨噬细胞、巨噬细胞M1和巨噬细胞M2与NCF4表达呈显著正相关。 在TCGA-PRAD队列和CPGEA队列中，NCF4在正常组织中的表达显著高于肿瘤组织。
76410编辑于 2024-04-30 - 来自专栏单细胞天地
同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的亚群是全新亚群吗
associated with enhanced phagocytic capability and chemotactic function after ischemic stroke》，主要的结论就是同时表达巨噬细胞和 filtered_gene_bc_matrix.mtx.gz 10.7 Mb 很容易整理它们后读取，常规的单细胞转录组降维聚类分群代码可以看 ：链接: https://pan.baidu.com/s/1bIBG9RciAzDhkTKKA7hEfQ 而且里面就五百多个细胞是b细胞，然后针对b细胞进行细分的时候，可以很清晰的看到里面的c2这个亚群确实是大量表达了巨噬细胞相关的标记基因了 ： 大量表达了巨噬细胞相关的标记基因 这个数据挖掘的写作点，是主要做了两个数据分析来说明这个同时表达巨噬细胞和 不过，更重要的是研究者从两个方向加强了这个证据，说明了同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的亚群是全新亚群。 流式细胞实验验证 如下所示，通过b细胞和巨噬细胞的蛋白质表面标记物，确实是可以流式获取到同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的单细胞亚群： 流式细胞实验验证 公共数据库验证 如下所示的5个数据集 (GSE171169
49610编辑于 2024-05-11 - 来自专栏li_wait
打印9*9乘法口诀
j = 1; j <=i; j++) { printf("%d*%d=%d ", j, i, i * j); } printf("\n"); } return 0; } 打印9* 9乘法口诀表： 从图中看出第四排和第五排没有对齐，要想对齐，可以考虑 printf限定占位符的最小宽度（https://blog.csdn.net/wait___wait/article /details/135287228） 9*9乘法口诀表中最大位数是2，因此设最小宽度为2。
44910编辑于 2024-10-23 - 来自专栏生信技能树
巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2）
很早之前我们就总结过虽然虽然M1和M2的分类深入人心，但是在单细胞水平里面正确的做法可能是放弃M1和M2，详见：M1和M2的巨噬细胞差异就在CD86和CD163吗，很多单细胞文章都表明了巨噬细胞的M1和 TREM2联合SPP1，去和FOLR2基因的排他性 还有一个新鲜出炉（2023年8月）的science杂志文章：《CXCL9:SPP1 macrophage polarity identifies a 所以上面的GSE234933数据集，会得到大概如下所示的分群，巨噬细胞属于髓系免疫细胞： 巨噬细胞属于髓系免疫细胞 然后提取里面的巨噬细胞，进行细致的分析，比如绘制 Scatter plot of CXCL9 and SPP1 expression in each of 16,292 macrophages 16,292 macrophages 仔细看看这里的CXCL9 and SPP1的排他性 当然了，不一定要散点图去展示CXCL9 and SPP1的排他性，我们通常是 使用seurat标准流程即可的5个基础函数。
9.1K30编辑于 2023-09-19 - 来自专栏单细胞天地
单细胞RNA分析揭示了器官特异性细胞类型易受 SARS-CoV-2 感染的潜在风险
方法 使用了5个公共数据 GSE145926包含9 名 COVID-19 患者和 3 名健康对照者的支气管肺泡灌洗液(BALF) GSE109816：健康的心脏样本 GSE115469：五个健康肝脏样本 6、9、14和29是T细胞 使用TPP3和KRT18 ，c13和c15分别是纤毛细胞和分泌细胞 c18 被鉴定为具有KLRD1的NK 细胞 c19 被鉴定为具有FCGR3B的中性粒细胞 c21用标记基因 CD1C和CLEC9A注释到骨髓树突细胞 B 细胞和肥大细胞用MS4A1和TPSB2注释，分别对应于c25 和c30 c23 和 26 被鉴定为浆细胞 c24 被注释为具有标记基因TPPP3和KRT18 为了揭示巨噬细胞之间的异质性，基于典型标记基因FCN1、CCL2、CCL3和TREM2 ，将巨噬细胞进一步聚集成M1巨噬细胞和M2巨噬细胞。 心脏数据集结果 分成15个cluster，并选择TECRL、VWF、LUM、LAPTM5和RGS5 进行注释 0、5、6 和 14 被标记基因VWF鉴定为内皮细胞 使用TECRL ，1、2、3 和 9
67030编辑于 2022-03-14 - 来自专栏技术杂记
9
服务端 /var/log/messages 中会出现类似的日志Aug 25 00:26:02 pptp-server pptpd[10177]: CTRL: Client 103.240.124.15 control connection startedAug 25 00:26:02 pptp-server pptpd[10177]: CTRL: Starting call (launching pppd, opening GRE)Aug 25 00:26:02 pptp-server pppd[10178
97820编辑于 2022-06-30 - 来自专栏生命科学
巨噬细胞靶向胆固醇还原酶 DHCR7 抑制剂 | MedChemExpress
文章亮点 多种感染可下调巨噬细胞 DHCR7 的表达，但上调 AKT3 的表达。 首先，研究人员对肝炎感染病人的样本、多类病毒感染的小鼠肝组织或巨噬细胞进行基因筛选，发现 DNA 和 RNA 病毒感染后巨噬细胞会降低 DHCR7 的表达。 DHCR7 抑制 IRF3 的激活导致 IFN-I 转录的降低 DHCR7 酶活对调节 INF-β 至关重要，研究人员利用 DHCR7 抑制剂处理巨噬细胞发现，在水疱性口炎病毒 (VSV)、寨卡病毒 ( ZIKV) 中 Ifnb 的表达量升高；通过抑制 DHCR7 可以预防巨噬细胞受 VSV、ZIKV 感染。 通过突变与感染 VSV 巨噬细胞，证明了 7-DHC 依赖于 AKT3 调节 IRF3 Ser385 的磷酸化。
40230编辑于 2023-03-03 ZETA life介导THP-1细胞BAMBI基因调控巨噬细胞极化研究
文章核心总结：BAMBI通过调控巨噬细胞极化、糖酵解及脂代谢影响肝癌预后，揭示其作为预后标志物的潜力。 2. ZETA life转染试剂应用： ● 转染细胞：Huh7（肝癌细胞）、THP-1（单核细胞，分化为M0/M1/M2巨噬细胞）。 ◦ THP-1细胞: 实现了BAMBI基因的过表达和敲低，进而影响了巨噬细胞的极化状态，表明BAMBI基因在促进M1巨噬细胞极化中扮演重要角色。 5. ● THP-1分化实验（图9A-B）： ◦ M1巨噬细胞中BAMBI表达高于M0，M2无显著差异； ◦ 过表达BAMBI促进THP-1向M1极化（CD11c、IL-12升高），敲低则抑制 ◦ 作用：证明BAMBI直接调控巨噬细胞M1极化。 6. 合规性说明：以上内容严格遵循学术规范，数据引用均来自原文公开信息，未涉及版权争议。
29710编辑于 2025-06-16- 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】83 TNBC单细胞免疫图谱揭示了新的免疫细胞亚群
CD45+无监督聚类分析获得了9个T细胞簇，包括3个CD4+ T cell，6个CD8+T细胞。 HAVCR2 (TIM-3), TIGIT, and LAG3）：T1和T6 cytotoxic T cell（IFNG、PRF1、GZMA 和 GZMB）：T3和T5 CD4+细胞细分： T7和T9表现出显着的调节性 CD4+ T细胞的分化轨迹：Treg簇T7和T9位于exhausted 的Th簇T8的另一端。 但它们与其他巨噬细胞聚集而非T细胞。TCR+巨噬细胞的CD3和TCR基因的表达水平在T细胞和巨噬细胞之间，而巨噬细胞标记物具有与巨噬细胞中相似的表达水平（图5D）。 16个由至少2个巨噬细胞组成TCR+巨噬细胞克隆，表明TCR+巨噬细胞也表现出克隆扩张。并且研究人员发现大量TCR+巨噬细胞与T细胞共享TCR。
1.9K20发布于 2021-12-01 - 来自专栏python全栈教程专栏
输出9*9口诀
输出9*9口诀 //题目：输出9*9口诀。 result=2*1 result= 2*2 //第三次打印 i=3 ,j=1,2,3 result=3*1 result=3*2 result=3*3 //一次类推 //第九次打印 i=9, j=1,2,3,4,5,6,7,8,9 result=9*1 9*2 9*3 9*4.........
48620发布于 2021-10-18 - 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型
iScience DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103030 一句话概括 数据分析文章：scRNA分析重症COVID-19患者多个样本，得到一种单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞 j.isci.2021.103030/attachment/0b421468-3a53-48b6-8c28-3eee4d7e06f7/mmc4 发现重症的17个cluster中，cluster11表现非常突出，9个基因列表中表达了
68730发布于 2021-11-19
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