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巨噬细胞的Marker基因
关于巨噬细胞的前世今生，可以看我们最近分享的综述，以及前面的帖子： 巨噬细胞异质性及肿瘤微环境（上） 巨噬细胞异质性及肿瘤微环境（中） 巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2） M1和M2的巨噬细胞差异就在 Architecture of Lung Adenocarcinoma by Multiregion Single-Cell Sequencing》 髓系分类结果中的巨噬/单核结果：这里面就有组织驻留特异性巨噬细胞 immune cell atlas reveals the dynamics of human macrophage specification during prenatal development》，对巨噬细胞分了 15个类 marker基因见图片左侧，使用kimi可以很方便的提取出来 2022年3月31号发表在顶刊Cell杂志上的文献《Tissue-resident FOLR2+ macrophages associate with CD8+ T cell infiltration in human breast cancer》 鉴定了两种表型不同的巨噬细胞群体： (1) TREM2+巨噬细胞表达由骨髓细胞-2（TREM2
1.5K11编辑于 2025-04-05 - 来自专栏生信技能树
多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较
然后我确实搜索了一下， 这样的研究已经是很多了，比如多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较，发表它的文章J Am Soc Nephrol. 2019 May;标题是：《Single-Cell RNA Sequencing 因为都是肾脏部位巨噬细胞，所以理论上标记基因是有一定程度的保守性的啦。 For this analysis, we excluded cells from both the T cell (CD3e in mouse and pig, CD3 in rat and human Supplemental Table 3. Number of reads in individual cells from mouse Fluidigm C1 scRNAseq data. 同样的道理，是不是可以做脑部区域的巨噬细胞（小胶质细胞）的跨物种比较呢？或者，T细胞，B细胞？ 学徒作业：完成 GSE128993. 里面的4个文件各自独立的单细胞流程，降维聚类分群即可！
73250编辑于 2021-12-24 - 来自专栏聊点学术
巨噬细胞的最新作用机制！
2020年6月30号，中国最牛心脏病医院——阜外医院胡盛寿院士/聂宇教授团队在Circulation上发表文章，揭示了巨噬细胞调节哺乳动物心肌再生的重要作用机制。 ? ? 这项研究的结论是： （1）心肌损伤后，巨噬细胞在损伤部位的募集对于心脏再生至关重要。抑瘤素M（OSM）可促进巨噬细胞募集，从而促进心肌细胞再生。 （3） gp130是改善心脏损伤后心脏再生的潜在治疗靶标。 ---- 这项研究存在很多有意思的科研话题。 第一、巨噬细胞 既往大家的目光更多地放在了心肌细胞本身上，对于心肌细胞在疾病下的外环境关注度是近些年才逐渐起来的。 心肌损伤后的炎细胞，尤其是巨噬细胞的作用不断刷新大家认知。 除了心肌再生以外，巨噬细胞在心脏疾病中还发挥着其它重要作用，大家可以检索下面两篇论文，对巨噬细胞作进一步了解。 ? 第二、心肌再生 心肌细胞再生是很困难、但又很有科研意义的研究内容。
94730发布于 2020-08-04 - 来自专栏生信菜鸟团
从单细胞数据中捕捉巨噬细胞的极化信号
巨噬细胞极化（Macrophage Polarization）是指巨噬细胞在不同微环境信号刺激下，分化为不同功能表型的过程。 通常，巨噬细胞可以分为两种主要的极化表型： M1型巨噬细胞（经典激活型巨噬细胞）：由IFN-γ、LPS等信号诱导，具有促炎、抗微生物和抗肿瘤的功能。 首先需要一个做好细胞注释的seurat对象，然后： 定义基因模块 # M1 巨噬细胞基因模块 m1_genes <- c("CXCL9", "CCL19", "CXCL10", "IDO1", "EBI3 ", "ACP5", "APOBEC3G") # M2 巨噬细胞基因模块 m2_genes <- c("MMP9", "MS4A6A", "CCL18", "AIF1", "NCF2", "CD4", , "RASGRP3", "QPCT", "LILRB2", "ATP8B4", "PTGIR", "FRMD4A", "TLR8", "KYNU", "CHST15") 巨噬细胞的基因集来自：https
1.1K10编辑于 2025-03-06 - 来自专栏生信技能树
我的巨噬细胞少了一个亚群吗，我错了吗
pwd=a7s1） ，这样的话，很多看直播的小伙伴们就“如临大敌”，觉得做错了，很明显文章里面的给出来了两个不一样的髓系免疫细胞，但是我统一操作成为了巨噬细胞。 就算是髓系免疫细胞包括巨噬细胞，我演示的巨噬细胞少了一个亚群呀： 我统一操作成为了巨噬细胞 这个时候就回答了大家关心的另外一个话题了，降维聚类分群的时候设置的分辨率这个参数不高！ 8,13,17 ）： 提高分辨率就可以继续细分 再认真看细分之后的各个亚群的特异性高表达量基因，就可以看到了文章里面的Trem2特异性亚群就是上面的编号8的亚群 ，而编号4是另外一个特异性基因比如 Chil3特异性巨噬细胞 而且也并不是说巨噬细胞就两个亚群，我们之前就分享过：【巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2）】，一切都是数据结果合理的挑选和解释而已。 另外，我们通常是并不会选择提高分辨率这个手段来获取精细的单细胞亚群，而是取巨噬细胞子集后，继续进行降维聚类分群后再命名的策略。
32700编辑于 2024-11-21 - 来自专栏生信菜鸟团
2023年度细胞类型，我投巨噬细胞一票
一年之后，我们把2023年度细胞类型颁发给巨噬细胞(macrophages)，也就是中性粒细胞(Neutrophil)的同胞兄弟。为什么说巨噬细胞是中性粒细胞的同胞兄弟呢？ 所以我们把这一票，投给了巨噬细胞，一颗已经在教科书中以清道夫的角色存在了一百多年的细胞类型。 巨噬细胞的广泛作用已经被广泛讨论，在不同组织有不同的作用。 文字重点关注具有组织特异性的巨噬细胞，这就是我们把2023年度单细胞颁给巨噬细胞的原因，老树开花，一如文章中鉴定了15种巨噬细胞亚型，其中包括两种新的巨噬细胞亚型，即存在于表皮、睾丸、心脏等外周组织的类小胶质细胞 Nature immunology, 2023: 1-15.中我们看到巨噬细胞在调节免疫抑制的潜力。 从第一次在显微镜下看到巨噬细胞，到作为细胞药物的选项，这条路我们走了百年。 这也是我们在2023年度细胞类型投票给巨噬细胞的原因之一，我们不仅在发现它，更重要的是，巨噬细胞可以治病救人。 此刻，正在阅读文章的你，体内2乘10的11次方的巨噬细胞，约600克，与你在一起。
33410编辑于 2024-01-04 - 来自专栏单细胞天地
学徒作业|GSE217845-胰腺癌中的巨噬细胞细分亚群
学徒作业的要求是：从上面的数据集GSE217845里面的10个胰腺癌的10x技术单细胞转录组数据的第一层次降维聚类分群里面提前髓系免疫细胞后，继续细分降维聚类拿到里面的巨噬细胞，然后继续细分巨噬细胞看看能否复现文章里面的 cluster 12 有CD3E基因高表达，所以是T细胞。 cluster 10 无法确定。 cluster 8 无法确定，和 cluster 9 有点像。 去除非巨噬细胞的细胞类型：5是cDC2细胞，12是T细胞。将其他文章中没有出现的巨噬细胞类型命名为other，得到最终的命名结果。 最终命名的代码如下： # 去除非巨噬细胞的细胞类型：5是cDC2细胞，12是T细胞 sce_myeloid = sce_myeloid[, ! 巨噬细胞的这种规则的亚群命名还是挺常见的，比如另一篇文献《Pan-Cancer Single-Cell and Spatial-Resolved Profiling Reveals the Immunosuppressive
73610编辑于 2024-04-15 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
读文献05-肿瘤与非肿瘤相关巨噬细胞差异
：scRNA+bulk联合分析高分思路 IF：12 数据 肿瘤提取巨噬细胞与非肿瘤相关巨噬细胞。 cluster3 的marker 基因吗？ 证明M1 和M2 signature 可以在一个细胞中均高表达。 对CXCR3 高低分组，发现CXCL9 显著差异。 M1 hot 的那些表达，可能会 影响local mobility of TRM cells expressing CXCR3. (b) 刺激的多向性和标记物缺乏细胞特异性，表明巨噬细胞的极化部分取决于在屏障未能阻止感染的情况下巨噬细胞迁移和执行特定功能的能力。
73530编辑于 2022-12-10 - 来自专栏流式抗体推文
Elabscience 教你高效区分脾脏、骨髓等组织驻留巨噬细胞
组织器官细胞名称流式检测常用Marker（Mouse）主要功能心脏CCR2-巨噬细胞(常驻), CCR2+巨噬细胞(招募)CCR2, CX3CR1, MHC-II、CD45、CD11b、CD11c、Ly6G Lineage（CD3ε、CD19、Ly6G、CD49b）、CD45、CD11b、CD64、F4/80清除衰老红细胞、捕获血液中的抗原肺部肺泡巨噬细胞、肺间质巨噬细胞CD45, CD11b, Siglec （3）腹水巨噬细胞检测结果图3. （2）骨髓巨噬细胞检测方案①骨髓单细胞悬液的制备：对小鼠实施安乐死，用70%乙醇浸泡3-5 min。 （3）腹腔巨噬细胞的制备及检测方案①腹腔注射预备工作：使用巯基乙酸盐培养基配成3%的巯基乙酸盐肉汤，煮沸溶解。在121℃, 15-20 min高压灭菌后分装4℃保存。
83210编辑于 2025-09-22 - 来自专栏生信菜鸟团
单细胞+bulkRNA分析前列腺癌中巨噬细胞相关基因
6细胞群为巨噬细胞。 3.C6簇与其他簇之间的细胞通讯分析 使用CellChat分析了簇C6和其他簇之间的细胞通信。根据配体-受体相互作用的数量和强度，在22个细胞亚群内发现了高度的细胞间相关性。 根据3D PCA，65个巨噬细胞相关交叉基因可以很好地区分这两个亚型。C2亚型的预后较差。 免疫检查点基因包括B7H3 (CD276)、HAVCR2、CTLA4、TIGIT和PD-1 (PDCD1)在亚型2中高表达。 训练队列中1年、3年和5年的AUC分别为0.771、0.772和0.741。ROC曲线表明在预测PCa患者的PFS方面，风险评分明显优于其他临床病理变量。 高危组中，C2 (IFN-y为主）亚型和C4（淋巴细胞耗竭)亚型以及C3(炎症)亚型的比例显著降低。根据ssGSEA结果，高危组的免疫细胞(包括巨噬细胞)的浸润程度更高。
76410编辑于 2024-04-30 - 来自专栏单细胞天地
同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的亚群是全新亚群吗
tMCAO 1 GSM5220258 5d after tMCAO 2 GSM5220259 14d after tMCAO 1 GSM5220260 14d after tMCAO 2 每个样品给出来了3个文件 而且里面就五百多个细胞是b细胞，然后针对b细胞进行细分的时候，可以很清晰的看到里面的c2这个亚群确实是大量表达了巨噬细胞相关的标记基因了 ： 大量表达了巨噬细胞相关的标记基因 这个数据挖掘的写作点，是主要做了两个数据分析来说明这个同时表达巨噬细胞和 不过，更重要的是研究者从两个方向加强了这个证据，说明了同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的亚群是全新亚群。 流式细胞实验验证 如下所示，通过b细胞和巨噬细胞的蛋白质表面标记物，确实是可以流式获取到同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的单细胞亚群： 流式细胞实验验证 公共数据库验证 如下所示的5个数据集 (GSE171169 (EpCAM+,EPCAM), stromal (CD10+,MME,fibro or CD31+,PECAM1,endo) 参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂
49610编辑于 2024-05-11 - 来自专栏生信技能树
巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2）
很早之前我们就总结过虽然虽然M1和M2的分类深入人心，但是在单细胞水平里面正确的做法可能是放弃M1和M2，详见：M1和M2的巨噬细胞差异就在CD86和CD163吗，很多单细胞文章都表明了巨噬细胞的M1和 能泾渭分明的巨噬细胞分类 2022的一篇CELL文章：《Tissue-resident FOLR2+ macrophages associate with CD8+ T cell infiltration (EpCAM+,EPCAM), stromal (CD10+,MME,fibro or CD31+,PECAM1,endo) 参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂 所以上面的GSE234933数据集，会得到大概如下所示的分群，巨噬细胞属于髓系免疫细胞： 巨噬细胞属于髓系免疫细胞 然后提取里面的巨噬细胞，进行细致的分析，比如绘制 Scatter plot of unique(features)) + RotatedAxis() DoHeatmap(subset(pbmc, downsample = 100), features = features, size = 3)
9.1K30编辑于 2023-09-19 - 来自专栏生命科学
巨噬细胞靶向胆固醇还原酶 DHCR7 抑制剂 | MedChemExpress
文章亮点 多种感染可下调巨噬细胞 DHCR7 的表达，但上调 AKT3 的表达。 首先，研究人员对肝炎感染病人的样本、多类病毒感染的小鼠肝组织或巨噬细胞进行基因筛选，发现 DNA 和 RNA 病毒感染后巨噬细胞会降低 DHCR7 的表达。 DHCR7 抑制 IRF3 的激活导致 IFN-I 转录的降低 DHCR7 酶活对调节 INF-β 至关重要，研究人员利用 DHCR7 抑制剂处理巨噬细胞发现，在水疱性口炎病毒 (VSV)、寨卡病毒 ( 通过突变与感染 VSV 巨噬细胞，证明了 7-DHC 依赖于 AKT3 调节 IRF3 Ser385 的磷酸化。 小 M 的思考 作者阐明了 DHCR7 在巨噬细胞抗病毒反应中的作用，并且发现了 DHCR7 抑制剂通过激活 AKT3 和 IRF3 以促进 IFN-1 的产生和抗病毒反应，为病毒预防的研究提供了新的靶点
40230编辑于 2023-03-03 ZETA life介导THP-1细胞BAMBI基因调控巨噬细胞极化研究
文章核心总结：BAMBI通过调控巨噬细胞极化、糖酵解及脂代谢影响肝癌预后，揭示其作为预后标志物的潜力。 2. 期刊：International Journal of Molecular Sciences . 3. DOI：https://doi.org/10.3390/ijms252312713。 4. ZETA life转染试剂应用： ● 转染细胞：Huh7（肝癌细胞）、THP-1（单核细胞，分化为M0/M1/M2巨噬细胞）。 ◦ THP-1细胞: 实现了BAMBI基因的过表达和敲低，进而影响了巨噬细胞的极化状态，表明BAMBI基因在促进M1巨噬细胞极化中扮演重要角色。 5. ◦ 作用：证明BAMBI直接调控巨噬细胞M1极化。 6. 合规性说明：以上内容严格遵循学术规范，数据引用均来自原文公开信息，未涉及版权争议。
29710编辑于 2025-06-16- 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组分析COVID-19重症患者肺泡巨噬细胞亚型
iScience DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.103030 一句话概括 数据分析文章：scRNA分析重症COVID-19患者多个样本，得到一种单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞 (MoAMs) 亚型，并且FCGR3B基因在其中特异性表达，提供了一个新的biomarker。 中表达更多 在 bulk data set from nasopharyngeal swabs数据集验证（左图），另外之前看cluster11特异性表达CCL3L1，那么同样在重症的CCL3L1高表达细胞中 ，FCGR3B表达同样高 不过，不同于FCGR3B，CCL3L1和TNFAIP6 (indicator of COVID-19 severity) 在其他数据集中并非一直是重症表达量高于对照组。 所以最后的目光又集中于FCGR3B 这一个基因了 FCGR3B的实验验证 qPCR positive COVID-19 patients (n = 31) and qPCR negative controls
68730发布于 2021-11-19 - 来自专栏作图丫
巨噬细胞的分子特征与肿瘤免疫微环境联合分析！
使用3个CGGA队列的基因表达谱，从954个基因中鉴定出434个基因，通过pamr验证聚类结果(图1d)。 阈值选择见图1e,pamr鉴定的13个基因，包括IGFBP2、TIMP1、EMP3、PTX3、CHI3L1、PDPN，被认为为样本区别能力最强的基因(图1f)。 通过比较两个cluster，得到了一个全局CNV曲线图（图3A、B）。根据体细胞突变分析，EGFR、TP53、PTEN和TTN的突变在cluster1中富集程度最高。 IDH1、TP53、ARTX和CIC突变在cluster2中富集（图3C)。 除ATRX外，所有这些基因的主要基因突变类型都是错义突变，其中移框缺失是最常见的基因突变类型。 图3 04 巨噬细胞富集的胶质瘤中的DMPs与肿瘤进展相关 筛选beta值>0.4，p值<0.05，共鉴定出8359个DMPs，其中DMPs上调8301个，下调DMPs58个。
71140编辑于 2022-03-29 AbMole丨重组干扰素γ：免疫应答与巨噬细胞极化的调控因子
IFN-γ（Uniprot: P01580）还可通过下调M2极化相关因子（如RBM4）的表达，抑制巨噬细胞向抗炎的M2表型转化[3]。 巨噬细胞具有很强的可塑性，在不同的组织微环境和外界刺激下，可以极化为不同的亚型，其中最典型的是M1（促炎，经典活化的巨噬细胞）型和M2（抗炎，替代激活的巨噬细胞）型。 （2）M2型巨噬细胞（替代激活的巨噬细胞）：通常由抗炎细胞因子（如IL-4、IL-13）或免疫复合物激活。 Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) 2021, 207 (2), 555-568.[3] Huangfu, N.; Zheng, W.; Xu, Augmented PFKFB3-mediated glycolysis by interferon-γ promotes inflammatory M1 polarization through the
23510编辑于 2025-12-26- 来自专栏生信技能树
你的肿瘤单细胞肿瘤数据能区分这7种巨噬细胞吧
刷到了一个2022的巨噬细胞相关的单细胞综述文章：《Macrophage diversity in cancer revisited in the era of single-cell omics》，这篇综述文章深入探讨了肿瘤相关巨噬细胞 类似M1样巨噬细胞，但表现出免疫抑制功能。 高表达免疫检查点分子PD-L1和IDO。 2. Reg-TAMs（免疫调节型TAMs） 与替代性激活的巨噬细胞ARG1、MRC1及CX3CR1高度表达相似。 可能具有免疫抑制功能，但具体功能需进一步研究。 3. Inflam-TAMs（炎症细胞因子富集型TAMs） 表达炎性细胞因子，如IL1B、CXCL1/2/3/8、CCL3和CCL3L1。 在肿瘤相关炎症反应中可能起招募和调控免疫细胞的作用。 4. 其实绝大部分数据集无法拿到全部的肿瘤相关巨噬细胞亚群 但是大概率是可以拿到下面的3种： FOLR2高表达的RTM-TAMs（组织驻留型TAMs）， SPP1高表达的 Angio-TAMs（促血管生成型TAMs
1.5K10编辑于 2024-11-21 - 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组揭示结肠类器官中的巨噬细胞生发与功能
但是，近年来的动物研究表明，很多器官在胚胎发育中的纳入的组织驻留型巨噬细胞是独立于HSC的，来自于胎儿前巨噬细胞。 小鼠小肠和结肠含有稳定的、自我更新巨噬细胞群，这些巨噬细胞既有来自于胚胎祖细胞，也有来自于HSC。胎儿结肠中组织驻留巨噬细胞的胚胎发育过程目前还没有报道。 类器官是利用成体干细胞或多能干细胞进行体外三维(3D)培养而形成的具有一定空间结构的组织类似物。人类类器官如果缺乏这些免疫细胞，这限制了它们在模拟许多正常和疾病过程中的效用。 HCO巨噬细胞获得了类似于人胎儿小肠和大肠组织巨噬细胞的转录特征。HCO巨噬细胞根据促炎和抗炎信号调节细胞因子的分泌，能够吞噬致病菌并产生强烈的免疫的反应。 HCO中的巨噬细胞在转录上与人类胎儿结肠中的巨噬细胞相似 小鼠的谱系追踪研究表明，前巨噬细胞和胎儿单核细胞可以在发育早期定植器官，并产生组织驻留巨噬细胞，这种巨噬细胞持续到出生59岁，并贯穿一生。
58810编辑于 2023-11-25 - 来自专栏技术文章
Elabscience 巨噬细胞代谢攻略：解锁 M1M2 极化的能量密码
巨噬细胞极化后，自身能量代谢变化显著。促炎性巨噬细胞（M1型）表现出糖酵解代谢、磷酸戊糖途径（PPP）、脂肪酸合成（FAS）增强，TCA循环和线粒体氧化磷酸化（OXPHOS）受损。 抗炎性巨噬细胞（M2型）的代谢特征是OXPHOS、FAS和谷氨酰胺代谢增强，PPP降低。精氨酸代谢同样与巨噬细胞极化密切相关。 巨噬细胞极化中的代谢变化[1]Elabscience®一站式研究巨噬细胞代谢解决方案：从极化诱导到多维度代谢检测为了助力巨噬细胞代谢检测，我们对多种巨噬细胞进行了一系列实验。 首先培养诱导巨噬细胞极化，再通过代谢试剂盒检测能量代谢和精氨酸代谢关键指标的变化。实验结果巨噬细胞能量代谢检测结果图2. 结果显示，反应糖酵解速率的ECAR增加，反应OXPHOS的OCR减少，说明巨噬细胞M1极化过程中的能量依赖于糖酵解代谢增加。图3.
91610编辑于 2025-09-22
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