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巨噬细胞的Marker基因
关于巨噬细胞的前世今生，可以看我们最近分享的综述，以及前面的帖子： 巨噬细胞异质性及肿瘤微环境（上） 巨噬细胞异质性及肿瘤微环境（中） 巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2） M1和M2的巨噬细胞差异就在 Architecture of Lung Adenocarcinoma by Multiregion Single-Cell Sequencing》 髓系分类结果中的巨噬/单核结果：这里面就有组织驻留特异性巨噬细胞 C1 (TREM2+) M2-like macrophages C5 (CD163+) alveolar macrophages (MARCO+) 2023年9月28发表在Cell杂志的文献《An immune with CD8+ T cell infiltration in human breast cancer》 鉴定了两种表型不同的巨噬细胞群体： (1) TREM2+巨噬细胞表达由骨髓细胞-2（TREM2 ）和骨桥蛋白（SPP1）基因， (2)表达叶酸受体2（+2）、透明质酸受体（LYVE-1）和甘露糖受体C-Type 1（MRC1/CD206）基因的+巨噬细胞 来自Immuno-cell-guide 这里基于细胞流式
1.5K11编辑于 2025-04-05 - 来自专栏生信技能树
巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2）
很早之前我们就总结过虽然虽然M1和M2的分类深入人心，但是在单细胞水平里面正确的做法可能是放弃M1和M2，详见：M1和M2的巨噬细胞差异就在CD86和CD163吗，很多单细胞文章都表明了巨噬细胞的M1和 能泾渭分明的巨噬细胞分类 2022的一篇CELL文章：《Tissue-resident FOLR2+ macrophages associate with CD8+ T cell infiltration in human breast cancer》就提到了里面的巨噬细胞可以分类成为2个： (1) TREM2+ macrophages expressing triggering receptor expressed Reprogramming of Endothelial Cells Drives Immunosuppressive Macrophages in Hepatocellular Carcinoma》，可以看到也是多个巨噬细胞 所以上面的GSE234933数据集，会得到大概如下所示的分群，巨噬细胞属于髓系免疫细胞： 巨噬细胞属于髓系免疫细胞 然后提取里面的巨噬细胞，进行细致的分析，比如绘制 Scatter plot of
9.1K30编辑于 2023-09-19 - 来自专栏技术文章
Elabscience 巨噬细胞代谢攻略：解锁 M1M2 极化的能量密码
抗炎性巨噬细胞（M2型）的代谢特征是OXPHOS、FAS和谷氨酰胺代谢增强，PPP降低。精氨酸代谢同样与巨噬细胞极化密切相关。 M1型巨噬细胞主要通过诱导一氧化氮合酶（iNOS）将精氨酸转化为一氧化氮（NO），发挥杀菌和促炎作用；而M2型巨噬细胞则通过精氨酸酶将精氨酸转化为鸟氨酸，参与组织修复和胶原蛋白合成等过程。图1. 首先培养诱导巨噬细胞极化，再通过代谢试剂盒检测能量代谢和精氨酸代谢关键指标的变化。实验结果巨噬细胞能量代谢检测结果图2. BMDM巨噬细胞诱导M1和M2型极化后，检测细胞内ATP（E-BC-F002）和琥珀酸（E-BC-K902-M）含量。结果显示诱导极化后ATP的含量增加，M1型的琥珀酸含量显著增加，M2型无变化。 巨噬细胞精氨酸代谢检测结果图5. BMDM巨噬细胞诱导M1和M2型极化后，检测细胞内精氨酸酶活性（E-BC-K848-M）。结果显示，M2型的精氨酸酶活性显著增加，M1型无变化。
91610编辑于 2025-09-22 - 来自专栏生信技能树
多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较
然后我确实搜索了一下， 这样的研究已经是很多了，比如多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较，发表它的文章J Am Soc Nephrol. 2019 May;标题是：《Single-Cell RNA Sequencing 因为都是肾脏部位巨噬细胞，所以理论上标记基因是有一定程度的保守性的啦。 Supplemental Table 2. Top DEGs in mouse innate immune cell populations. Supplemental Table 3. Supplemental Figure 2. 同样的道理，是不是可以做脑部区域的巨噬细胞（小胶质细胞）的跨物种比较呢？或者，T细胞，B细胞？ 学徒作业：完成 GSE128993. 里面的4个文件各自独立的单细胞流程，降维聚类分群即可！
73250编辑于 2021-12-24 - 来自专栏单细胞天地
TREM2(high)巨噬细胞和γδT细胞的基因表达特征预测免疫治疗反应
Figure 1C-D 2.TREM2hi 巨噬细胞可能导致了ICT耐药 cluster6、12和23中的巨噬细胞群在R组和NR组之间存在差异。 Figure 2a-b 3.TREM2hi巨噬细胞中显著丰富的通路 接着是探索3类巨噬细胞亚群功能异质性与ICT反应结果相关性。他们发现每个巨噬细胞亚群都有特定的显著富集通路。 因此，TREM2hi 巨噬细胞可能在功能上接近M2型巨噬细胞，并可阻断巨噬细胞的抗肿瘤活性，有助于病人对ICT耐药。 4.TREM2hi 巨噬细胞特征的验证 基于在TREM2hi 巨噬细胞过度表达基因，开发了40个基因来代表TREM2hi 巨噬细胞的特征，包括与TREM2表达（补体系统或M2极化）高度相关，以及其他过度表达基因 确定了Mac_s2巨噬细胞亚群过度表达TREM2hi巨噬细胞标记基因（TREM2，FOLR2、MMP12、C1QA、C1QB和C1Qc）；B_sc2 B细胞亚群过度表达B_c22 B细胞标记基因（TRAC
1.8K40编辑于 2022-06-13 - 来自专栏纳米药物前沿
巨噬细胞微囊泡依赖CCL2CCR2信号轴靶向肿瘤和基于SNARE的膜融合促进药物递送
在线发表了中山大学药学院冯敏教授团队的最新成果“Proinflammatory macrophage-derived microvesicles exhibit tumor tropism dependent on CCL2/ CCR2 signaling axis and promote drug delivery via SNARE-mediated membrane fusion”。 作者采用差速超速离心分离促炎症巨噬细胞来源的细胞外囊泡亚群，包括凋亡小体、微囊泡和外泌体，并通过比较蛋白质组学和脂类进行进一步分析。 结果显示： 1、根据细胞外囊泡的生物发生途径，微囊泡获得肿瘤靶向性的能力可能来自于富含C-C基序趋化因子受体2（C-C chemokine receptor type 2 ，CCR2）的细胞膜，这也驱动了供体细胞向肿瘤炎症部位的募集 2、微囊泡利用可溶性NSF连接蛋白受体（Soluble NSF Attachment protein Receptor，SNARE）介导的膜融合直接将阿霉素释放到细胞核并绕过内吞降解。
1.2K30发布于 2021-02-04 - 来自专栏聊点学术
巨噬细胞的最新作用机制！
这项研究的结论是： （1）心肌损伤后，巨噬细胞在损伤部位的募集对于心脏再生至关重要。抑瘤素M（OSM）可促进巨噬细胞募集，从而促进心肌细胞再生。 （2）作为OSM的共同受体，激活后的gp130可通过Src激活Yap来促进心肌细胞增殖。 （3） gp130是改善心脏损伤后心脏再生的潜在治疗靶标。 第一、巨噬细胞 既往大家的目光更多地放在了心肌细胞本身上，对于心肌细胞在疾病下的外环境关注度是近些年才逐渐起来的。 心肌损伤后的炎细胞，尤其是巨噬细胞的作用不断刷新大家认知。 除了心肌再生以外，巨噬细胞在心脏疾病中还发挥着其它重要作用，大家可以检索下面两篇论文，对巨噬细胞作进一步了解。 ? 第二、心肌再生 心肌细胞再生是很困难、但又很有科研意义的研究内容。 第四、示意图绘制 该论文中的2D示意图都比较耐看，更重要的是这些示意图都是可学习和模仿绘制的。从入门到精通，这些示意图非常适合拿来练习。
94730发布于 2020-08-04 - 来自专栏生信菜鸟团
从单细胞数据中捕捉巨噬细胞的极化信号
巨噬细胞极化（Macrophage Polarization）是指巨噬细胞在不同微环境信号刺激下，分化为不同功能表型的过程。 通常，巨噬细胞可以分为两种主要的极化表型： M1型巨噬细胞（经典激活型巨噬细胞）：由IFN-γ、LPS等信号诱导，具有促炎、抗微生物和抗肿瘤的功能。 M2型巨噬细胞（替代激活型巨噬细胞）：由IL-4、IL-13、IL-10等信号诱导，具有抗炎、组织修复和促肿瘤的功能。 但巨噬细胞极化是巨噬细胞共有的一个表型，我们如何对10多个macro亚型进行极化的评估呢？ 从这样的散点图，我们就更能更直观地观察到macro亚群向M1或M2极化的趋势。 如何实现呢？ ", "Clorf54", "MMP25", "ACP5", "APOBEC3G") # M2 巨噬细胞基因模块 m2_genes <- c("MMP9", "MS4A6A", "CCL18", "AIF1
1.1K10编辑于 2025-03-06 - 来自专栏生信技能树
M1和M2的巨噬细胞差异就在CD86和CD163吗
m6A Modification of RNA in the Glioblastoma Microenvironment as Revealed by Single-Cell Analyses》，它里面对巨噬细胞区分了 RotatedAxis() DoHeatmap(subset(pbmc, downsample = 100), features = features, size = 3) 其它层面的图表也是一样的结论， 这个M1和M2的巨噬细胞基本上不可能区分开来 ，如下所示： 热图 不过， 这个并不是最严重的， 因为这个文章做的的是脑部区域的单细胞，其实还需要考虑一下巨噬细胞这个时候是不是得更名为小胶质细胞。 reparative M2 macrophages, which promote tumor growth and metastasis 但是很多单细胞文章都表明了巨噬细胞的M1和M2极化相关基因在单细胞水平是正相关 M2和M2
8.4K50编辑于 2022-07-26 - 来自专栏纳米药物前沿
暨南大学戴箭薛巍Biomaterials：人工M2巨噬细胞用于骨关节炎治疗
M2巨噬细胞具有抗炎功能，能够促进软骨修复并减轻小鼠OA的症状。但是，如何调节M2巨噬细胞分泌以对OA进行治疗仍然是一个重大的研究挑战。 为了提高M2巨噬细胞治疗OA的疗效，暨南大学戴箭和薛巍设计并制备了具有类似蛋黄-壳结构的人工M2巨噬细胞(AM2M)。 AM2M由作为壳的巨噬细胞膜和作为内核的炎症响应型纳米凝胶所组成。 实验结果表明，AM2M能够靶向并长期驻留在炎症区域，同时也能阻断ChS对巨噬细胞的免疫刺激。该人工构建的M2巨噬细胞为OA治疗提供了一个全新的策略。 Yandong Ma. et al. Artificial M2 Macrophages for Disease-Modifying Osteoarthritis Therapeutics.
73640编辑于 2022-08-15 - 来自专栏生信技能树
我的巨噬细胞少了一个亚群吗，我错了吗
就算是髓系免疫细胞包括巨噬细胞，我演示的巨噬细胞少了一个亚群呀： 我统一操作成为了巨噬细胞 这个时候就回答了大家关心的另外一个话题了，降维聚类分群的时候设置的分辨率这个参数不高！ 其实你提高分辨率就可以继续细分，如下所示可以看到里面是有多个亚群的（编号4和编号8,13,17 ）： 提高分辨率就可以继续细分 再认真看细分之后的各个亚群的特异性高表达量基因，就可以看到了文章里面的Trem2特异性亚群就是上面的编号 8的亚群 ，而编号4是另外一个特异性基因比如 Chil3特异性巨噬细胞 ： Trem2特异性亚群就是上面的编号8的亚群 另外，值得注意的基因表达量高低分群，靠的是相对高低，而且绝对的表达量的有无！ 上面提到的Trem2基因表达量并不是说仅仅是在Trem2特异性亚群表达，而且因为它表达量要高于其它亚群，这就是为什么作者会把编号4的巨噬细胞亚群和编号8,13,17的亚群分开，这样的话，虽然说无限制提供分辨率确实是可以得到无限制多数量的单细胞亚群 而且也并不是说巨噬细胞就两个亚群，我们之前就分享过：【巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2）】，一切都是数据结果合理的挑选和解释而已。
32700编辑于 2024-11-21 - 来自专栏生信菜鸟团
2023年度细胞类型，我投巨噬细胞一票
一年之后，我们把2023年度细胞类型颁发给巨噬细胞(macrophages)，也就是中性粒细胞(Neutrophil)的同胞兄弟。为什么说巨噬细胞是中性粒细胞的同胞兄弟呢？ 所以我们把这一票，投给了巨噬细胞，一颗已经在教科书中以清道夫的角色存在了一百多年的细胞类型。 巨噬细胞的广泛作用已经被广泛讨论，在不同组织有不同的作用。 文字重点关注具有组织特异性的巨噬细胞，这就是我们把2023年度单细胞颁给巨噬细胞的原因，老树开花，一如文章中鉴定了15种巨噬细胞亚型，其中包括两种新的巨噬细胞亚型，即存在于表皮、睾丸、心脏等外周组织的类小胶质细胞 Nature immunology, 2023: 1-15.中我们看到巨噬细胞在调节免疫抑制的潜力。 从第一次在显微镜下看到巨噬细胞，到作为细胞药物的选项，这条路我们走了百年。 这也是我们在2023年度细胞类型投票给巨噬细胞的原因之一，我们不仅在发现它，更重要的是，巨噬细胞可以治病救人。 此刻，正在阅读文章的你，体内2乘10的11次方的巨噬细胞，约600克，与你在一起。
33410编辑于 2024-01-04 - 来自专栏单细胞天地
学徒作业|GSE217845-胰腺癌中的巨噬细胞细分亚群
学徒作业的要求是：从上面的数据集GSE217845里面的10个胰腺癌的10x技术单细胞转录组数据的第一层次降维聚类分群里面提前髓系免疫细胞后，继续细分降维聚类拿到里面的巨噬细胞，然后继续细分巨噬细胞看看能否复现文章里面的 %in% c(3),2]='FOLR2+' celltype[celltype$ClusterID %in% c(7,15,16,17),2]='MT+' table(celltype 去除非巨噬细胞的细胞类型：5是cDC2细胞，12是T细胞。将其他文章中没有出现的巨噬细胞类型命名为other，得到最终的命名结果。 最终命名的代码如下： # 去除非巨噬细胞的细胞类型：5是cDC2细胞，12是T细胞 sce_myeloid = sce_myeloid[, ! 巨噬细胞的这种规则的亚群命名还是挺常见的，比如另一篇文献《Pan-Cancer Single-Cell and Spatial-Resolved Profiling Reveals the Immunosuppressive
73610编辑于 2024-04-15 - 来自专栏生信技能树
看看Cell杂志分析组织驻留FOLR2+巨噬细胞
，可看：巨噬细胞异质性及肿瘤微环境（上），下篇在本周六发。 这篇文献作者需要研究了健康乳腺和乳腺癌原发肿瘤中的一个独立群体：FOLR2+组织驻留巨噬细胞，这群细胞的特点如下： FOLR2+巨噬细胞定位于肿瘤基质中的血管周围区域，在那里它们与CD8+ T细胞相互作用 FOLR2+噬巨细胞在体外有效地激活效应CD8+ T细胞。 肿瘤中FOLR2+巨噬细胞的密度与患者较好的生存率正相关。 这项研究强调了肿瘤相关巨噬细胞亚群的特定作用，并为基于巨噬细胞的癌症治疗中针对亚群的治疗干预铺平了道路。 CD14+细胞 分类与特征：CD14+通常指的是CD14阳性的细胞，CD14是单核细胞和巨噬细胞的标志物。在树突状细胞中，CD14也可以作为某些特定亚群的标记，例如CD1c+CD14+ DCs。
66810编辑于 2025-03-28 - 来自专栏北野茶缸子的专栏
读文献05-肿瘤与非肿瘤相关巨噬细胞差异
：scRNA+bulk联合分析高分思路 IF：12 数据 肿瘤提取巨噬细胞与非肿瘤相关巨噬细胞。 M1 型巨噬细胞相关通路：M2-like and M1-like macrophage gene profiles, respectively32 (figure 1D and online supplementary 下结论，肿瘤相关巨噬细胞是和M2 型有些关系的： Together, these data indicate that TAMs in lung cancer expressed higher levels 另外文章也证明M1 和M2 signature 可以在一个细胞中均高表达，这种传统的分类方法目前也在受到质疑：巨噬细胞活化的 M1 和 M2 模式：到了需重新评估的时候了_调节_表型_同事 (sohu.com ) 因此，对于 M1 和 M2 标记研究，务必要考虑以下因素： (a) M1 和 M2 特征并不一定相互排斥，而是经常共存的，故不能认为它们是完全不同的巨噬细胞群体；产生的混合表型倾向于何种功能，取决于活化和抑制活性的平衡以及组织环境
73530编辑于 2022-12-10 - 来自专栏流式抗体推文
Elabscience 教你高效区分脾脏、骨髓等组织驻留巨噬细胞
组织器官细胞名称流式检测常用Marker（Mouse）主要功能心脏CCR2-巨噬细胞(常驻), CCR2+巨噬细胞(招募)CCR2, CX3CR1, MHC-II、CD45、CD11b、CD11c、Ly6G （2）骨髓巨噬细胞检测结果图2. （2）骨髓巨噬细胞检测方案①骨髓单细胞悬液的制备：对小鼠实施安乐死，用70%乙醇浸泡3-5 min。 NOS2/iNOS（诱导型一氧化氮合酶2）ELISA 试剂盒E-EL-M0696人NOS2/iNOS（诱导型一氧化氮合酶2）ELISA 试剂盒E-EL-H0753大鼠NOS2/iNOS（诱导型一氧化氮合酶 后续将进一步推出Raw264.7和THP-1巨噬细胞M1/M2定向极化秘籍和检测方案及巨噬细胞代谢研究攻略。敬请持续关注我们的推文，并欢迎大家与我们交流探讨！
83210编辑于 2025-09-22 - 来自专栏生信菜鸟团
单细胞+bulkRNA分析前列腺癌中巨噬细胞相关基因
热图显示所有65个巨噬细胞相关交叉基因在亚型2中均显著高表达，亚型2的高水平GS、ISUP 、病理性T期和病理性N期的比例显著较高。 包括检查点、HLA和巨噬细胞在内的所有免疫功能在亚型2中都更加活跃。亚型2的所有免疫细胞(包括巨噬细胞)的浸润丰度相对更高。 7种免疫浸润算法都一致显示亚型2中免疫细胞浸润较多，包括巨噬细胞M1和M2 。所有常见的HLA基因在亚型2中均显著高表达 。 风险评分与巨噬细胞、巨噬细胞M1和巨噬细胞M2的细胞含量呈正相关。 高危组具有更活跃的免疫功能，包括检查点、HLA和巨噬细胞。 结果表明，巨噬细胞、巨噬细胞M1和巨噬细胞M2与NCF4表达呈显著正相关。 在TCGA-PRAD队列和CPGEA队列中，NCF4在正常组织中的表达显著高于肿瘤组织。
76410编辑于 2024-04-30 - 来自专栏单细胞天地
同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的亚群是全新亚群吗
associated with enhanced phagocytic capability and chemotactic function after ischemic stroke》，主要的结论就是同时表达巨噬细胞和 而且里面就五百多个细胞是b细胞，然后针对b细胞进行细分的时候，可以很清晰的看到里面的c2这个亚群确实是大量表达了巨噬细胞相关的标记基因了 ： 大量表达了巨噬细胞相关的标记基因 这个数据挖掘的写作点，是主要做了两个数据分析来说明这个同时表达巨噬细胞和 不过，更重要的是研究者从两个方向加强了这个证据，说明了同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的亚群是全新亚群。 流式细胞实验验证 如下所示，通过b细胞和巨噬细胞的蛋白质表面标记物，确实是可以流式获取到同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的单细胞亚群： 流式细胞实验验证 公共数据库验证 如下所示的5个数据集 (GSE171169 , GSE197731, GSE175430, GSE128855, GSE163120) 都是有 类似的现象，同时表达巨噬细胞和b细胞标记基因的亚群 5个数据集 (GSE171169, GSE197731
49610编辑于 2024-05-11 - 来自专栏单细胞天地
高表达TREM2的驻留巨噬细胞通过维持心肌细胞稳态来保护败血症状态下的心脏
(Mki67和STMN1) 通过比较各时间点免疫细胞的变化，发现CLP后巨噬细胞百分率略有下降，而巨噬细胞亚群的异质性更为明显。 流式细胞术分析证实了脓毒症进展过程中心脏免疫细胞的平行变化 其它加分项 使用无监督的聚类分析心脏单核-巨噬细胞的异质性和作用 鉴定出5个巨噬细胞亚群(MAC1-5)，2个单核细胞亚群(Mon1和Mon2 通过GO富集分析显示，在Mac1中上调的156个差异表达基因(DEGs)在生物学上与吞噬和内吞作用有关 与其他巨噬细胞相比，吞噬相关基因Trem2在Mac1细胞中表达上调。 检测了Trem2在所有细胞簇中的表达，并观察到Trem2在Mac1亚群中特别丰富 文章小结 确定了一种独特的心脏驻留巨噬细胞亚群，称为CD163+RETNLA+(MAC1)，它在脓毒症期间经历自我更新， 巨噬细胞缺乏TREM2会损害MAC1亚群的自我更新能力，从而导致受损线粒体的清除缺陷，心脏组织过度炎症反应，加重心功能障碍，降低存活率。 生物 | 单细胞 | 转录组丨资料 每天都精彩
80910编辑于 2024-01-04 - 来自专栏生命科学
巨噬细胞靶向胆固醇还原酶 DHCR7 抑制剂 | MedChemExpress
文章亮点 多种感染可下调巨噬细胞 DHCR7 的表达，但上调 AKT3 的表达。 首先，研究人员对肝炎感染病人的样本、多类病毒感染的小鼠肝组织或巨噬细胞进行基因筛选，发现 DNA 和 RNA 病毒感染后巨噬细胞会降低 DHCR7 的表达。 DHCR7 抑制 IRF3 的激活导致 IFN-I 转录的降低 DHCR7 酶活对调节 INF-β 至关重要，研究人员利用 DHCR7 抑制剂处理巨噬细胞发现，在水疱性口炎病毒 (VSV)、寨卡病毒 ( ZIKV) 中 Ifnb 的表达量升高；通过抑制 DHCR7 可以预防巨噬细胞受 VSV、ZIKV 感染。 通过突变与感染 VSV 巨噬细胞，证明了 7-DHC 依赖于 AKT3 调节 IRF3 Ser385 的磷酸化。
40230编辑于 2023-03-03
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