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（宏）基因组编码基因预测
编码基因预测，就是识别基因组序列上所包含的蛋白质编码区域（Coding sequence，CDS），通过在基因组序列上寻找开放阅读框（Open Reading Frame，ORF）实现。 当面对一条陌生的DNA序列（尤其是不完整的contigs），由于对其遗传信息完全不清楚，可以有6种方法来尝试解读序列，分别是序列第1、2、3个碱基开始以及反向互补序列的第1、2、3个碱基开始，因此每一个基因有 目前，基因预测的基本方法有2种，基于序列相似性的搜索和基于模式序列特征的从头预测。 、宏转录组的基因预测。 基因组分析中使用了GeneMarkS预测编码基因，在宏基因组则使用MetaGeneMark。
3.5K20编辑于 2022-05-05 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
三维基因组｜基因组结构 (2)
本系列将更新三维基因组相关内容，欢迎关注！ 二维顺式元件 术语 cis 源自拉丁语词根“cis”，意思是“同一侧”。相比之下，“trans”一词来自拉丁语词根“trans”，意思是“对面”。 人们发现它聚集在拓扑关联域（TAD）的边界，并且可能在将基因组划分为“染色体邻域”（发生调控的基因组区域）方面发挥作用。 TAD 拓扑结构域 拓扑关联域 (TAD) 是一个自相互作用的基因组区域，这意味着 TAD 内的 DNA 序列之间的物理相互作用比 TAD 外的序列更频繁。 基因组到 TAD 的空间划分与许多线性基因组特征相关，例如组蛋白修饰、协调基因表达、与核纤层和 DNA 复制时间的关联、增强子-启动子相互作用。 染色质环 人们已经认识到，像启动子-增强子这样的顺式调控元件通常沿着脊椎动物的线性基因组远离。然而，为了引发调节作用，基因组结构进化形成一个环，将两个元素聚集到空间上接近的位置。
45510编辑于 2024-03-02 - 来自专栏生信新手保护小组学习
宏宏的学习笔记Day2 Linux基础
宏宏是MacOS系统，Terminal页面可以操作，自带的zshell挺好用的1.登陆服务器ssh 用户名@ip地址ssh bio05@***.**.***.**2.pwd命令pwd: print working /-rw-rw-r-- 1 bio05 bio05 0 Apr 14 22:45 doodle.txtdrwxrwxr-x 2 bio05 bio05 4096 Apr 14 22:45 huahua @ecm-cefa:~/tmp$ lltotal 16drwxrwxr-x 2 bio05 bio05 4096 Apr 14 23:04 . bio05 bio05 4096 Apr 14 22:32 biosoft/drwx------ 2 bio05 bio05 4096 Apr 14 16:11 .cache/drwx------ bio05 bio05 4096 Apr 14 22:32 project/drwxrwxr-x 2 bio05 bio05 4096 Apr 14 22:32 src/drwxrwxr-x 2 bio05
27400编辑于 2024-04-14 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 - 人类基因组变异分析(PacBio) -- minimap2 + Sniffles2
软件安装首先从github官网上下载minimap2的二进制文件压缩包，minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2，然后上传到服务器上。 # minimap2，v2.26压缩包解压缩$ tar -xjvf minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2# -x 解压# -j 有bz2属性的# -v 显示所有过程# -f 使用档案名字 ~/.bashrc2. pbtkExample Datasets德系犹太人家系：HG002（子）、HG003（父）、HG004（母），属于个人基因组计划中的样本。 文件，.snf后期用于多样本鉴定结构变异$ sniffles --input sample1.bam --vcf sample1.vcf.gz --snf sample1.snf指定串联重复区域以及参考基因组序列
2.7K10编辑于 2023-11-26 - 来自专栏生信修炼手册
soapdenovo2进行基因组组装
基因组的的大小，杂合程度等因素都影响基因组组装的难易程度，目前市场上主流的有以下两种产品 细菌/真菌基因组组装 动植物基因组组装 细菌/真菌基因组相对较小，组装难度较低；动植物基因组很大，而且杂合度很高 对于测序而言，随着三代测序价格降低，对于小型基因组组装，可以直接进行三代测序；对于大型基因组组装，会结合二代和三代测序的数据；除了单纯测序组装外，还出现了Hi-C辅助基因组组装，光学图谱辅助基因组组装等产品 该软件目前版本为soapdenovo2, github链接如下 https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2 安装过程如下 wget https://github.com /aquaskyline/SOAPdenovo2/archive/r241.tar.gz tar xzvf r241.tar.gz cd SOAPdenovo2-r241/ make 编译成功后，会生成如下 R1端和R2端的reads。
2.4K10发布于 2020-05-08 - 来自专栏科技记者
宏基因组学习笔记2
继续上次的读书笔记，宏基因组学习笔记。 宏基因组 1.定义 metagenomics， 在希腊语中meta意思是超越的。 2.优缺点 优点： 1.不仅是群落组成信息，还可以有不同环境中微生物的功能信息，是解释疾病等假说的有力工具。可以分析物种内的基因异质性。 2.可能是无偏好性的，更有可能检测罕见或新的物种和物种组成的细微变化。 3.可以通过基因把物种确定到菌株的水平。 3.数据分析 有两种方法，一种是基于reads比对的，另一种是基于序列组装的。 几个技术性的问题是，1）没有参考基因组比较组装结果；2）组装取决于有没有相近的基因组；3）另外，组装也受测序深度的影响。因此，组装软件的开发还处于初级阶段。 分箱 把reads、contigs分类成组，每组可能代表一个个体的基因组或者相近个体的基因组。组装一个完整的基因组（环）是有难度的。注：现在纳米孔测序是可以实现的。
1.4K21发布于 2020-08-18 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
基因组组装：NextDenovo2 使用大全
简介 NextDenovo 是一种针对长序列读取（包括CLR和ONT技术）的新型基因组组装工具。 read_cutoff = 1k # reads 截断 过滤器读取长度< read_cutoff（默认值：1k） genome_size = 3g # estimated genome size 基因组大小 sort_options = -m 50g -t 30 # sort 内存+线程 minimap2_options_raw = -t 8 # minimap2 选项，用于查找原始读取之间的重叠 pa_correction = 5 correction_options = -p 30 [assemble_option] minimap2_options_cns = -t 8 # minimap2 选项，用于查找校正读数之间的重叠 要点 组装大小小于预期基因组大小时的参数调整 对于高度杂合的基因组，可以尝试设置nextgraph_options = -a 1 -A。
1.1K10编辑于 2024-04-28 - 来自专栏生信修炼手册
hisat2:比对基因组工具简介
为了确定测序reads在基因组上的位置，需要将reads比对回参考基因组上，这个步骤叫做mapping。 在进行mapping时，需要考虑以下几个因素 1. 硬件资源的消耗 通常来说，基因组越大，占用的内存越大。对于大型基因组，比如人类基因组而言，优化内存消耗是很关键的一点。 2. 同时由于测序的短序列可能和基因组多个位置存在同源，一条reads会比对到基因组上多个位置。 在进行比对前，首先需要对参考基因组建立索引, 基本用法如下 hisat2-build -p 20 hg19.fa hg19 对于转录组数据，在构建索引时，可以通过gtf文件，得到剪切位点和exon的信息 对于单端数据，采用-U指定输入文件；对于双端数据，采用-1和-2分别指定R1端和R2端的输入文件。 reads比对到基因组上的一个位置，我们称之为一个alignment。
3.2K20发布于 2020-05-08 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （2）-- CCS的使用
一、基因组 PacBio SMRTbell文库的构建流程 1. 图片 图片 2. 基因组SMRTbell文库构建流程 以基因组HiFi文库为例（10-20Kb文库 ) ，图1左所示： 1）通过核酸提取得到基因组DNA（gDNA)后，先利用G-tube管或Megaruptor System 将基因组片段化至合适大小 （一般动植物基因组20 Kb建库，微生物基因组10 Kb建库）； 2）通过去除单链悬突、损伤修复和末端修复等步骤，得到完整的双链DNA插入片段； 3）通过将SMRTbell接头连接至双链 确保已经安装miniconda #直接使用conda安装最新版本的pbccs $ conda install -c bioconda pbccs #Version 6.4.0 2.
4.8K31编辑于 2023-10-26 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （3）-- pbmm2
二. pbmm2的使用教程 在得到sample.CCS.bam文件后， 因为HiFi数据质量较高，一把不需要额外的质控步骤，就可以将HiFi数据和下载的参考基因组序列进行比对了。 注释： Ensembl提供的参考基因组有2种组装形式和3种重复序列处理方式，分别是primary,toplevel,unmasked(dna),soft-masked(dna_sm),masked(dna_rm 2. pbmm2安装 #使用conda安装pbmm2 $ conda install -c bioconda pbmm2 #安装版本 v1.13.0 3. pbmm2使用 建立人类参考基因组索引 Index ，使用 nohup 加 & 将程序不挂断运行并放入后台 $ nohup pbmm2 index GRCh38.fa GRCh38.mmi & 数据与人类参考基因组进行比对 Usage: pbmm2 align 公共数据演示： (1) 从gencode数据库下载人类参考基因组, 进行pbmm2索引。 PacBio推荐人类参考基因组（详细参照李恒博客），所以采用推荐基因组进行后续分析。
2.2K50编辑于 2023-11-23 - 来自专栏Y大宽
2 下载GATK需要的参考基因组文件
参考基因组及必备的数据库 参考基因组下载 我是从服务器上下载下来放本地电脑了 下载方式1： 直接去gatk官网下载，下载链接为ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/ image.png 下载方式2：也是官网，但通过ftp匿名登录下载 location: ftp.broadinstitute.org/bundle username: gsapubftp-anonymous
4.3K20发布于 2019-06-04 - 来自专栏想到什么就分享
李宏毅《机器学习》丨2. Regression（回归）
Author：AXYZdong 李宏毅《机器学习》系列 参考视频地址：https://www.bilibili.com/video/BV1Ht411g7Ef 参考文档：DataWhale文档 \[2ex] \to L(w,b)=\sum_{n=1}^{10}(\hat{y}^n-(b+w\cdot x_{cp}^n)^2 ▲ 损失函数（Loss Function） 图片 损失函数:L=\sum_{n}(\hat{y}^n-(b+\sum w_ix_i)^2\\[2ex] 引入正则化项 \to L=\sum_{n}(\hat{y}^n-(b+\sum w_ix_i)^2+ \lambda\sum (w_i)^2 \\[2ex] \lambda\sum (w_i)^2：正则化项。 ▲ 正则化（Regularization） ▲调节 λ 获得最好的模型 五、总结 Datawhale组队学习，李宏毅《机器学习》Task2.
53320编辑于 2022-08-30 - 来自专栏全栈程序员必看
Excel宏编程，给出2列进行去重合并
Scripting.Dictionary") '设置个字典类型的容器 ReDim brr(1 To ARow + BRow, 1) '设置个1维数组，1列，行数最大为A和B行数之和，不包括空格 For n = 2 第一列中,如果单元格是空格就跳过 '什么也不做 Else j = j + 1 d(s) = 1 brr(j, 1) = s End If Next For n = 2 To BRow '循环B列数据,从第二行开始，看你需要从哪个行开始 s = arr(n, 2) '将从第二行开始的数据全部塞入s里 If d.Exists [D2].Resize(UBound(brr), 1) = Application.Index(brr, 0, 2) End Sub 发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn
1.2K10编辑于 2022-09-01 - 来自专栏全栈程序员必看
container_of宏定义作用_宏内核
上工具 这时候，就用到了 linux 内核中提供的两个宏了 #define offsetof(TYPE, MEMBER) ((size_t) &((TYPE *)0)->MEMBER) #define container_of 宏用来在给定一个变量的结构体类型，和这个变量的某个成员的地址的条件下，计算出这个变量的地址。 offsetof 原理 #define offsetof(TYPE, MEMBER) ((size_t) &((TYPE *)0)->MEMBER) 对于这个宏，我们逐层去理解 1. 0 2. (size_t) &((TYPE *)0)->MEMBER 1、内存地址开始于 0 2、将 0 转换成 TYPE 类型的结构体指针，换句话说就是让编译器认为这个结构体开始于程序段的起始位置 3、引用结构体中的
1.6K10编辑于 2022-09-23 - 来自专栏c++与qt学习
#ifdef宏名和#ifndef宏名
#ifdef宏名： #include<iostream> #include<conio.h> using namespace std; #define dhy //定义宏名 int main() { #ifdef dhy //如果宏名定义了执行ifdef代码 cout << "你好，世界" << endl; #else //未定义宏名则会执行else后面的代码 cout << "再见，世界" << endl; #endif //dhy _getch(); return 0; } #ifndef宏名：与ifdef宏名类似且相反 #include<iostream> #include<conio.h > using namespace std; #define dhy //定义宏名 int main() { #ifndef dhy cout << "你好，世界" << endl; #else
1K20发布于 2021-02-22 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
三维基因组：Loop结构 差异分析(2)
进行可视化 若想通过 ggplot2 来呈现结果，得先将矩阵转换成长格式。 ## Flip the matrix library(ggplot2) ggplot(data = long, mapping = aes(x = rev(rows), y = cols, aspect.ratio=1, axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1)) 使用 plotgardener 进行可视化 plotgardener 是一个基因组学绘图工具 ，相比 ggplot2，它提供了更大的灵活性。 () 正如你所看到的，尽管在某些方面 plotgardener 的操作可能较为复杂，但它也带来了更大的灵活性，可以精确控制基因组数据可视化的具体位置和方式。
46410编辑于 2025-05-18 - 来自专栏全栈程序员必看
gtest宏列表_指定宏怎么用
简介 总结gtest中的所有断言相关的宏。 gtest中，断言的宏可以理解为分为两类，一类是ASSERT系列，一类是EXPECT系列。 ; EXPECT_NE(val1, val2); val1 ! = val2 ASSERT_LT(val1, val2); EXPECT_LT(val1, val2); val1 < val2 ASSERT_LE(val1, val2); EXPECT_LE(val1 , val2); val1 <= val2 ASSERT_GT(val1, val2); EXPECT_GT(val1, val2); val1 > val2 ASSERT_GE(val1, val2) pred2, val1, val2); EXPECT_PRED2(pred2, val1, val2); pred2(val1, val2) returns true … … … Windows HRESULT
1.5K30编辑于 2022-11-10 - 来自专栏VBA 学习
加载宏
1、什么是加载宏 加载宏其实就是一个特殊一点的Excel带VBA程序的文件，最大特点就是不会显示出Excel表格的界面，只有在VBA编辑器里才能看到它的工程属性并编辑它的VBA代码。 2、创建和使用 要创建加载宏非常的简单，编辑一个正常的带VBA程序的文件，然后另存为： ? 选择加载宏即可，选择另存的位置后，生成的文件后缀名就是.xlam的文件。 使用的时候，只要双击打开文件就可以了，但是如果要运行加载宏里的程序，一般都要配合自定义加载菜单或者是Ribbon菜单，在07版本之后一般都是使用Ribbon菜单，Ribbon菜单的制作建议看ExcelHome 论坛上的这篇帖子，比较详细： http://club.excelhome.net/thread-898848-1-1.html 另外，如果制作的加载宏希望每次打开Excel都自动打开的话，可以设置自动加载 打开Excel加载项后，浏览找到加载宏文件所在位置，确定后就可以了，以后不管打开什么Excel文件都会自动打开这种加载宏，只要保证加载宏的保存位置不要改变就可以。
1.6K20发布于 2020-07-28 - 来自专栏c++与qt学习
宏定义
1.无参数的宏定义 #define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS #include<stdio.h> #include<string.h> #include<stdlib.h> / /宏 常量 //1.不重视作用域 //2.可以用undef卸载宏 //3.宏常量 没有数据类型 void test() { #define MAX 100 } int main() { test(); int a = MAX; printf("%d", a); return 0; } 说明： 2.带参数的宏定义（宏函数） #define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS #include<stdio.h> #include<string.h> #include<stdlib.h> //宏 函数 //1.将短小,频繁使用的函数写成宏函数 //2.加括号保证运算完整性 // 函数 //1.将短小,频繁使用的函数写成宏函数 //2.加括号保证运算完整性 //3.优点：空间换时间 #define SUM(x,y) ((x)+(y)) void test() { int ret
1.4K40发布于 2021-03-04 - 来自专栏增长技术
宏定义
对象宏 #define M_PI 3.1415926535 double r = 1.0; double circlePerimeter = 2 * M_PI * r; // => double circlePerimeter = 2 * 3.1415926535 * r ## 函数宏 #define FUNC(x) x NSLog(@"Hello %@", FUNC("world"); // => NSLog(@"Hello
1.3K10发布于 2018-09-06
腾讯云开发者
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