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  • 来自专栏生命科学

    介绍 - MedChemExpress

    提取与纯化总之,研究正如火如荼,想要研究好,首要任务就是获得高纯度的,小 M 带大家一起看下常见的提取方法及各自优缺点吧~■ 提取试剂盒,让高纯度外获得更 Easy! 以上方法都可以对外进行富集和纯化,大家可以根据需求选择合适的提取方法,总有一款适合你哦~对于的标记和鉴定获得之后,如何对其进行鉴定又是一个困扰研究者的问题。 Muyu Yu 等人在研究经阿伐他汀预处理后的骨髓间充质干细胞 (BMSC) 是否具有促血管生成能力时,对 BMSC 来源的进行了鉴定,如图 4 所示:透射电镜观察到各组典型的球形、膜状结构 体内示踪:向有 4T1 肿瘤的Balb/c小鼠静脉注射4T1体用亲脂性荧光探针 DIR 标记;在每幅图像的右侧给出了亮度效率的刻度。 相关产品HY-K1062细胞上清提取纯化试剂盒HY-K1063血清/血浆提取纯化试剂盒HY-K1064 CD63&TSG101 蛋白检测试剂盒HY-133876DiAHY-D0969DiOHY-D1028DiD

    84860编辑于 2023-01-04
  • 来自专栏科研猫

    研究依然火热!【生信思路】都有哪些?

    于1983年首次在体外培养的绵羊红细胞上清液中发现且能被多种细胞分泌。最初,被认为是细胞成熟过程中调节膜功能而释放的多余膜蛋白,是清除细胞碎片和淘汰细胞表面分子的细胞器。 直到后来,科学家们才发现在细胞之间充当重要的沟通介质,进而影响细胞而至组织的生理活动。 研究成为国际研究热点,相关研究驶入快车道。 目前,越来越多的人将目光聚集在了相关的生信分析上,但依然有很多人对外生信分析的套路和方法一知半解。不清楚和肿瘤的相关性研究有应该从什么方向去入手? 以及到底有哪些生信分析可以用在外研究上的?为了帮助大家更快的了解的研究动态,我们总结近两年跟相关的生信分析研究文献,希望能给大家带来一些研究的灵感。 结果 使用miRNA测序和LASSO模型,选择4个miRNA用于模型构建。该模型在预测预后方面表现良好。这4种miRNA靶向信号分子在结直肠癌转移、囊泡相关加工和T细胞激活中都发挥着至关重要的作用。

    2.5K30编辑于 2022-04-09
  • 来自专栏生信菜鸟团

    多组学02-体液来源的组织和细胞类型溯源

    体液的来源混杂,可以是任何组织和细胞分泌的然后经体液循环进入。 其中,尿可以反映病理生理学,并为肾相关功能障碍提供生物学理解,是泌尿系统癌症很有前途的生物标志物来源。 尿和泌尿/非泌尿器官或细胞之间的遗传网络仍不清楚,本文旨在对尿bulk RNA-Seq数据进行组织和细胞类型溯源,为应用于疾病诊断和治疗提供重要理论依据。 在这里,我们通过RNA测序对尿进行了跟踪分析,发现尿主要表达膀胱的组织特异性基因,并与内皮细胞、基底细胞、单核细胞和树突状细胞有密切的细胞遗传关系。 主要结果 结果1—尿液溯源分析:组织类型溯源 数据情况: 116个尿液样本:lncRNA文库测序 Dataset S1 image-20220306002911335 11个组织特异marker DEGs来自免疫细胞,在通路水平上具有共同的免疫功能,反映了尿在癌症的起始和进展过程中强烈参与免疫活动 image-20220306112723418 结果4—癌症的生物标志物:DEGs 随机森林模型

    1.3K20编辑于 2022-04-08
  • 来自专栏生信菜鸟团

    多组学04-sRNA转录组数据饱和度评估

    部分样本使用了混样样本 plasma 血浆、serum 血清、urine 尿液:来自10名男性或女性,在Lab5进行收集 Bile 胆汁:三名疑似患有胆管癌的捐赠者(P1–P3)和一个健康的成人捐赠者(P4) 各自样本类型分离细节: 胆汁(200 mL sample input volume):ExoRNeasy, miRNeasy, Exiqon, Ultra, and Millipore CCCM (4 来定量分离exRNA image-20220411001932917 qRT-PCR鉴定exRNA分离和定量的变异来源 采用三个miRNA,这三个miRNA都曾经在多篇文献中被报道存在于细胞分泌的中 第二种:添加了性别和样本(个体与合并样本)作为额外的协变量:生物流体类型、性别和样本的贡献可以忽略不计 这些结果表明: 1.当检测少量miRNAs的qRT-PCR数据时,exRNA分离方法是除CCCM的所有生物液体变异的重要来源 20220411060107138 使用这些指标,血浆和血清的检测结果相似,与其他方法相比,ME、Millipore、miRCURY、miRNeasy和Ultra与其他方法相比显示出明显较低的复杂性 除血浆中的miRCURY试剂盒

    69730编辑于 2022-05-24
  • 来自专栏医学数据库百科

    人血液数据库

    (Exosomes)是细胞分泌到胞的一种纳米级内吞囊泡(40-160nm),含有丰富的内含物(包括核酸、蛋白和脂质等),可以调节受体细胞的行为,并可用作疾病的循环生物标记物。 今天小编给大家介绍一个在线外数据库:exoRBase(http://www.exorbase.org)。 它是一个环状RNA(circRNA),长非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)的存储库,这些RNA来源于人类血液的RNA-seq数据分析,还包括已发表文献的实验验证。 旨在收集和表征人血液中所有长的RNA。目前包含58330个circRNA、15501个lncRNA和18333个mRNA,并提供了注释、表达水平和可能的来源组织。 通过这些图,我们可以快速概览所有样本组中TRAF3,GAB2,SNX1的表达水平。 Home 通过搜索框,输入基因名称可以实现快速搜索。具体操作及结果解释同“2”。

    69120编辑于 2022-05-17
  • 来自专栏生信菜鸟团

    多组学06-血清中miRNA的有效数据量

    ., 10 March 2022 作者:Qun Cheng,上海老年医学研究所老年代谢性骨病研究室,复旦大学附属华东医院骨质疏松与骨病科 血液的组成: 2我的关注 血清中miRNA的有效数据量是多少 3Serum Exosome Characterization 通过透射电镜、蛋白印迹和NTA结合从参与者中分离的进行鉴定:Size=100nm;exosomal markers:TSG101 and log2FC|>1) FIGURE 2 | Differentially expressed miRNAs in serum exosomes between SOP and control library 4文章的数据 library(ggplot2) library(reshape2) library(ggsci) data <- read.delim("count.xls") data <- data[,c(1,2,4) scale_fill_nejm() ggsave(filename = "miRNA_Stat.png",width = 16,height = 7) image-20220426002814209 再结合前面的五种

    49520编辑于 2022-05-24
  • 来自专栏生命科学

    MCE | 的检测提取机制

    (Exosome) 是什么? 的起源和形成方式导致其内容物、形状、大小均有差异,从而会影响受体细胞的不同功能,这种特性被称为的异质性。 的摄取 目前还不清楚是否必须被免疫细胞和非免疫细胞内化以引起细胞反应。 图 4. 的摄取途径 ◎ 可溶性信号通路:对外体表面的配体进行蛋白水解切割或选择性剪接。比如:膜结合的 FasL、TRAIL 和 TNF 可以被金属蛋白酶切割,形成可溶性细胞因子。 例如,单核/巨噬细胞能够更有效地吞噬内化来自红血球 (K562)和 T 细胞白血病 (MT4)细胞的

    96630编辑于 2023-03-16
  • 来自专栏用户7627119的专栏

    在肿瘤领域最新研究

    当其由宿主细胞被分泌到受体细胞中时,可通过其携带的蛋白质、核酸、脂类等来调节受体细胞的生物学活性。在免疫中抗原呈递、肿瘤的生长与迁移、组织损伤的修复等生理病理上起着重要的作用。 通过关键词在PubMed检索,仅2021年相关研究就已发表千余篇, IF>10的高分文献有68篇。 其中无论是研究历史、研究深度还是发文数量,肿瘤都是都是研究领域当之无愧的主角,今天就给各位老师分享近期发表的两篇肿瘤领域外的高分研究。 综上所述,血浆来源的miR-15a-5p是早期检测子宫内膜癌的有前景和有效的诊断生物标志物。 通过促癌的分泌蛋白质组的传递和运输对于转移前微环境的形成和迁移至关重要。这项研究旨在探讨PDAC衍生的(Pex)如何调节肝脏微环境并促进转移的潜在机制。

    74110编辑于 2022-09-21
  • 来自专栏蛋白表达与生物实验技术

    iZON大规模纯化方案解析:TFF切向流过滤与Zenco自动化层析实现GMP级生产

    摘要: 本文围绕(EV)规模化生产过程中面临的纯化难题展开分析,系统介绍iZON Science基于qEV尺寸排阻色谱(SEC)、TFF切向流过滤以及Zenco自动化层析平台构建的大规模纯化解决方案 内容涵盖从科研阶段、中试放大到GMP生产的完整技术路线,并结合不同生产规模的应用场景,对外纯化工艺开发、自动化升级及产业化放大进行梳理,为药物研发与细胞囊泡产业化生产提供参考。 关键词:纯化、iZON、qEV纯化柱、TFF切向流过滤、Zenco自动化层析系统、细胞囊泡、规模化生产、SEC尺寸排阻色谱(Extracellular Vesicles 一、纯化面临的规模化挑战研究从实验室阶段走向产业化生产时,最大的变化往往并非细胞培养本身,而是样本体积的急剧增加。 Q3:TFF是否会影响完整性?通常不会。TFF属于低剪切力过滤方式,相较于超速离心更有利于保持结构稳定。Q4:Zenco是否满足数据完整性要求?支持。

    13510编辑于 2026-06-17
  • 来自专栏生信修炼手册

    exoRBase:人类血液RNA数据库

    exosome翻译为,是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡,属于细胞囊泡的一种,含有不同种类的RNA,可以调节受体细胞的行为,并且可以作为疾病的循环生物标记物,在血液,唾液,尿液等多种体液中都广泛存在 exoRBase是一个人类血液中RNA的数据库,网址如下 http://www.exorbase.org/ 从GEO数据库中收集血液的转录组测序数据,共收集了来自6个实验共87个样本的数据, 在以上分析结果的基础上,又通过在pubmed数据库中检索RNA相关文献,新增了部分RNA数据,所有来源的RNA数量汇总如下 ? 通过导航栏的Browse菜单,可以查看中的各种RNA信息,示意如下 ? 通过导航栏的Search菜单,可以方便的检索该数据库,示意如下 ? 该数据库针对外中的RNA进行研究,其构建的思路值得借鉴。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

    68230发布于 2019-12-19
  • 来自专栏细胞培养

    MSC规模化生产工艺:从培养基选择到EV收集、3D放大与下游纯化

    摘要: MSC来源在再生医学、免疫调节、组织修复和药物递送等方向受到关注,但从实验室研究走向规模化生产时,仍面临细胞扩增效率、收集介质颗粒本底、下游纯化损耗和质量属性一致性等问题。 关键词:MSC;细胞囊泡;EV培养基;收集培养基;3D生物反应器;TFF纯化;RoosterBio;RoosterCollect-EV;AgentV-DSP 为什么MSC生产不能只看 下游纯化:EV损耗往往发生在看不见的界面上生产的另一个难点是下游纯化。即使上游获得了较高浓度的条件培养液,EV在澄清、浓缩、TFF、层析或过滤过程中也可能出现明显损失。 小结MSC的规模化生产不是单个环节的优化,而是上游扩增、EV收集、3D放大、下游纯化和质量分析共同决定的结果。 MSC生产涉及细胞来源、培养体系、收集窗口、下游纯化和质量分析等多项变量,实际应用前仍需结合具体实验条件进行验证。

    1710编辑于 2026-07-07
  • 来自专栏Chris生命科学小站五年归档

    】2020国自然研究热点中标摘要参考

    小站VIP群里有中标标书的摘要,不过大家使用的并不全面站长挑选几个研究热点的摘要,本期的主题是 -1* 肿瘤化疗耐药不仅与肿瘤细胞自身有关,还受细胞间相互作用调控。 本项目拟在此基础上,阐明RxxxxA调控分泌的机理,并进一步揭示分泌增加的通过miRNA调控CRC耐药的机制,从角度阐明CRC如何通过细胞间交流促进自身耐药,为CRC耐药防治提供新思路 是细胞分泌的微小囊泡,介导细胞间信号传递。 据此我们假设:胃癌环状RNA可促进白色脂肪褐色化,加剧恶病质。 在预实验中,CAFs促进舌鳞癌化疗抵抗,筛选异常表达长非编码RNA(lncRNA),其中RP13-463N16.6介导耐药细胞自噬激活与化疗耐受。

    44920编辑于 2023-02-28
  • 来自专栏生信菜鸟团

    多组学03-scMappR包(1):制造signature matrix

    文章中主要使用scMappR构建了一个cell-type signature matrix,然后使用CIBERSORT:(https://cibersortx.stanford.edu/) 进行尿液的细胞类型溯源 count矩阵转化为signature matrix,步骤如下: scMappR 输入一个count矩阵列表(列表内可以是 list、 dCGMatrix 或matrix对象类型) ,使用Seurat V4 :4] 4 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix" TCTCTAACACAGGCCT GTTAAGCTCAAGGTAA ATTCTACGTAAGGGAA :4] tst1$wilcoxon_rank_mat_or[1:4,1:4] str(tst1$generes) tst1$cellLabel 这个步骤有用到一个marker数据,为包中:mouse_cell_markers.rda Psg28" "Ceacam10" "Psg17" "Gm5155" "Ceacam11" $`Human: Germ: Primordial germ cell` [1] "Ddx4"

    1K20编辑于 2022-04-08
  • 来自专栏作图丫

    8+新热点:+公开数据的预后相关分析~

    导语 肿瘤衍生的(TEXs)参与肿瘤进展和免疫调节过程,并介导肿瘤微环境中的细胞间通讯。 结果解析 01 肿瘤衍生相关评分的构建 为了表征肿瘤源性,本研究总共选取了33个肿瘤源性相关基因,并将其分为三个模块。 ),这些基因在多项研究中被认定为经典的标记基因。 结果发现高 TEXscore 亚组中上调的基因富集于细胞外基质 (ECM) 重塑相关通路,表明释放和摄取过程可能触发 ECM 成分的改变(图4 F,G)。 总之,这篇文章向大家展示了相关的分析思路,希望能对大家有所启发!

    1.9K20编辑于 2022-12-14
  • 来自专栏生信菜鸟团

    多组学05-EV介导的细胞间通讯研究综述

    细胞向胞外环境中释放多种来源于细胞内体或细胞膜的囊泡结构,包括、微泡等,统称为细胞囊泡。细胞囊泡是细胞间信号沟通的一种重要模式,介导了蛋白质,脂质,RNA等活性大分子在细胞间的传递。 10.1038/s41580-022-00460-3 发表时间:Published: 08 March 2022 作者:Guillaume van Niel 和Pieter Vader 我的问题 细胞分泌是否随机 分泌出去的的靶向受体细胞是否随机? 介导的细胞通讯与其他方式的细胞通讯有何不同? 运输途径有哪些? 通过与质膜结合的信号分子影响其他细胞(图E) 动物相邻细胞间形成间隙链接,植物细胞间通过胞间连丝是细胞间相互沟通 其中,自分泌方式一般是病理性质的,多见于肿瘤细胞自己分泌刺激因子促进自身分裂增殖 的交流方式 在 Necker 研究所(法国巴黎)攻读博士学位期间,他报告并研究了肠上皮细胞分泌的的分泌和功能。

    1.4K30编辑于 2022-05-24
  • 来自专栏单细胞天地

    单细胞+|解析人肝内胆管癌的细胞间通讯

    五、ICC肿瘤细胞分泌的miR-9-5p被vCAF内化摄取,引起IL-6的高表达,从而促进肿瘤进展 因为肿瘤细胞分泌的可以指导基质促进肿瘤进展,使用由ICC细胞分泌的处理vCAFs时, 由于中的miRNA最为丰富,并且最近有研究发现miRNA可以参与肿瘤细胞与基质细胞之间的通话crosstalk。 因此我们假设:ICC细胞来源的可能包裹着mirna介导vCAFs中IL-6表达上调。 为了验证这个假设,作者对ICC细胞分泌的进行提纯,对其中的miRNA进行了qPCR分析。 我们发现中的miR-9-5p可以显著的增强vCALs中IL6的表达,而IL6可以引起EZH2的表达,从而促进ICC细胞的恶性程度。 总的来说,就是作者发现了一群细胞vCAFs与肿瘤细胞有频繁的配体-受体关联,然后通过的分析发现其中的具体机制:肿瘤细胞分泌的中包裹的丰富的miRNA运输到vCAF中调控其高表达IL-6有利于自己干坏事

    1.5K10编辑于 2022-03-14
  • 来自专栏生命科学

    的特点、生物发生过程以及三大研究方向介绍 - MedChemExpress

    初次接触的小伙伴们是不是很难捋清与各种囊泡的关系?是否被各种五花八门的囊泡缩写搞得头疼? 为方便各位更好进食本文,小 M 整理出一份相关囊泡的区分清单 (表 1),请保存使用哦~表 1. 相关囊泡区分表[2][3][4][5]。 ,成为 (图 2)。 并且,MVBs 也可与其他 ILVs 和细胞器融合,从而导致成分的多样性。此外,根据来源细胞的不同,的内含物也会产生差异。简单来说,具有异质性。 目前,在疾病诊断、治疗以及药物递送三个方面,都展现出较好的研究潜力 (图 4)。 ▐ :疾病诊断标志物外是细胞 (包括癌细胞) 释放到周围生物流体中的小囊泡。

    1.7K10编辑于 2024-02-19
  • 来自专栏生信菜鸟团

    数据库|| EVLncRNAs-V3.0版本更新:Sep 2023

    长链非编码rna(lncRNAs)已经成为多种生物过程和疾病的关键调控因子。虽然高通量测序使lncRNA的发现成为可能,但功能表征仍然有限。EVLncRNAs数据库是第一个也是唯一的存储库,包含来自不同物种的所有经过实验验证的功能性lncRNAs。

    42710编辑于 2023-11-27
  • 来自专栏单细胞天地

    单细胞+|解析ER阴性乳腺癌他莫昔芬耐药机制

    三、CD63+ CAF分泌的miR-22促进他莫昔芬耐药 是一个纳米级别的囊泡结构,在细胞间通讯起到一个非常重要的作用,因此,我们想知道CD63+CAFs分泌的是否能够引起癌细胞中ERa的低表达 首先,分离和提纯来自CAF分泌的的电镜结构: WB鉴定中包含的蛋白: 使用 CAF-derived exosomes治疗ER-positive乳腺癌,观察到 CD63+ CAF-derived 由于中miRNA含量非常丰富,并且介导的miRNA传递被广泛认为有助于许多癌症的耐药。 因此,我们想知道是否CD63+ CAFs来源的mirna可诱导BCs ER下调。 2.使用上面处理过的CAFs处理ER-positive BCs 结果表明ER-positive BCs中的ERa表达并没降低 结果说明 CD63+ CAFs主要通过中的miRNA诱导ERa的下调 接下来定位中具体的miRNA,实验设计如下: miRNA-seq:CD63+ CAFs vs CD63+-depleted CAFs 差异分析:top miRNAs (fold change

    1.1K10编辑于 2022-03-14
  • 来自专栏纳米药物前沿

    【笔记】阻断肿瘤细胞来源的释放逆转肿瘤免疫抑制微环境

    最新的研究发现,肿瘤细胞释放的也携带有PDL1,从而对远端免疫细胞产生抑制效果,同时可以抵抗抗免疫治疗。 澳门大学代云路教授团队创造性的提出了通过阻断肿瘤细胞来源释放来逆转肿瘤免疫抑制微环境的策略。他们通过两亲性透明质酸组装抑制剂(GW4869)和铁死亡诱导物(Fe3+)构建了HGF纳米单元。 HGFNPs抑制PD-L1并引发强大的免疫刺激。 图3.评价HGF相关外PD-L1抑制引起的增强的铁死亡。 图4. HGF对B16F10肿瘤有明显的治疗作用。 图5.

    87120编辑于 2022-08-15
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