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三维基因组｜基因组结构 (2)
人们发现它聚集在拓扑关联域（TAD）的边界，并且可能在将基因组划分为“染色体邻域”（发生调控的基因组区域）方面发挥作用。 TAD 拓扑结构域 拓扑关联域 (TAD) 是一个自相互作用的基因组区域，这意味着 TAD 内的 DNA 序列之间的物理相互作用比 TAD 外的序列更频繁。 基因组到 TAD 的空间划分与许多线性基因组特征相关，例如组蛋白修饰、协调基因表达、与核纤层和 DNA 复制时间的关联、增强子-启动子相互作用。 TAD 是复制时间调节的稳定单位。 Sub TAD TAD 可以进一步分为从小鼠 ESC 的高分辨率 5C 观察到的更小的子 TAD 。 染色质环 人们已经认识到，像启动子-增强子这样的顺式调控元件通常沿着脊椎动物的线性基因组远离。然而，为了引发调节作用，基因组结构进化形成一个环，将两个元素聚集到空间上接近的位置。
45510编辑于 2024-03-02 - 来自专栏技术杂记
Redis 复制2
增量同步从 Redis 2.8 开始， 在网络连接短暂性失效之后， 主从服务器可以尝试继续执行原有的复制进程（process）， 而不一定要执行完整重同步操作。 这个特性需要主服务器为被发送的复制流创建一个内存缓冲区（in-memory backlog）， 并且主服务器和所有从服务器之间都记录一个复制偏移量（replication offset）和一个主服务器 ID （master run id）， 当出现网络连接断开时， 从服务器会重新连接， 并且向主服务器请求继续执行原来的复制进程：如果从服务器记录的主服务器 ID 和当前要连接的主服务器的 ID 相同， 并且从服务器记录的偏移量所指定的数据仍然保存在主服务器的复制流缓冲区里面， 那么主服务器会向从服务器发送断线时缺失的那部分数据， 然后复制工作可以继续执行。
27020编辑于 2022-07-09 - 来自专栏JavaEdge
数据复制系统设计(2)-同步复制与异步复制
复制的重要可选项： 同步复制，synchronously 异步复制，asynchronously 关系型DB 中，这通常是个可配置项，而其他系统通常是硬性指定或只能二选一。 某刻，主节点又将数据更新转发给从节点 最后，主节点通知客户更新完成 图-2显示了系统各模块间通信情况。请求或响应标记为粗箭头。 图-2中： 从节点1是同步复制：主节点需等待直到从节点确认完成写，然后才通知用户报告完成，井将最新写入对其他客户端可见 从节点2异步复制：主节点发送完消息后立即返回，不等待从节点2完成确认 从节点2接收复制日志前存在一段长延迟 这就保证至少有2个节点（主节点和一个同步从节点）拥有最新的数据副本。 这种配置有时也称为半同步（semi-synchronous）。 主从复制经常会被配置为全异步模式。 这是个严重问题，因此在保证不丢数据前提下，人们尝试各种方案提高复制性能和系统可用性。 如链式复制是同步复制的一种变体，已在一些系统（如Microsoft Azure存储）实现。
2K20编辑于 2022-08-01 - 来自专栏mysql-dba
mysql复制系列2-复制的格式
，可用于数据库审计 缺点： <1>一些执行结果不确定的DML语句，不能使用基于statement格式的复制，会造成主从库数据不一致 <2>UDF用户自定义函数和存储过程执行结果也不确定会导致主从数据不一致 <3>一些内置函数可能无法复制 <4>未使用索引的update语句需要进行全表扫描，基于语句的复制可能比基于行复制锁定的行数多 注意基于语句的复制在隔离级别为read-committed，执行DML操作报错 基于行的复制 RBR 主库将产生的事件（每种DML操作对应一组事件）写入到二进制日志中，以事件来表示数据变更，将这些变更事件复制到从库并在从库引用这些事件 优点： <1>可以正确复制所有数据变更，最安全的复制模式 <2>DML从库需要行锁可能更少（二进制日志记录的是逐行数据变更） 缺点： <1>生成更多的二进制日志，每行变更都会写到日志，利用二进制日志进行备份恢复时间也就越长 <2>解析二进制日志看不到具体的sql .混合模式的格式（mixed）MBR 主库使用混合格式statement和row记录二进制日志，具体根据二进制日志内容，安全语句按照statement格式记录，不安全语句按照row格式记录 参考 1,2
83941发布于 2021-05-10 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 - 人类基因组变异分析(PacBio) -- minimap2 + Sniffles2
软件安装首先从github官网上下载minimap2的二进制文件压缩包，minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2，然后上传到服务器上。 # minimap2，v2.26压缩包解压缩$ tar -xjvf minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2# -x 解压# -j 有bz2属性的# -v 显示所有过程# -f 使用档案名字 ~/.bashrc2. pbtkExample Datasets德系犹太人家系：HG002（子）、HG003（父）、HG004（母），属于个人基因组计划中的样本。 文件，.snf后期用于多样本鉴定结构变异$ sniffles --input sample1.bam --vcf sample1.vcf.gz --snf sample1.snf指定串联重复区域以及参考基因组序列
2.7K10编辑于 2023-11-26 - 来自专栏生信修炼手册
soapdenovo2进行基因组组装
基因组的的大小，杂合程度等因素都影响基因组组装的难易程度，目前市场上主流的有以下两种产品 细菌/真菌基因组组装 动植物基因组组装 细菌/真菌基因组相对较小，组装难度较低；动植物基因组很大，而且杂合度很高 对于测序而言，随着三代测序价格降低，对于小型基因组组装，可以直接进行三代测序；对于大型基因组组装，会结合二代和三代测序的数据；除了单纯测序组装外，还出现了Hi-C辅助基因组组装，光学图谱辅助基因组组装等产品 该软件目前版本为soapdenovo2, github链接如下 https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2 安装过程如下 wget https://github.com /aquaskyline/SOAPdenovo2/archive/r241.tar.gz tar xzvf r241.tar.gz cd SOAPdenovo2-r241/ make 编译成功后，会生成如下 R1端和R2端的reads。
2.4K10发布于 2020-05-08 - 来自专栏科技记者
宏基因组学习笔记2
继续上次的读书笔记，宏基因组学习笔记。 宏基因组 1.定义 metagenomics， 在希腊语中meta意思是超越的。 2.优缺点 优点： 1.不仅是群落组成信息，还可以有不同环境中微生物的功能信息，是解释疾病等假说的有力工具。可以分析物种内的基因异质性。 2.可能是无偏好性的，更有可能检测罕见或新的物种和物种组成的细微变化。 3.可以通过基因把物种确定到菌株的水平。 3.数据分析 有两种方法，一种是基于reads比对的，另一种是基于序列组装的。 几个技术性的问题是，1）没有参考基因组比较组装结果；2）组装取决于有没有相近的基因组；3）另外，组装也受测序深度的影响。因此，组装软件的开发还处于初级阶段。 分箱 把reads、contigs分类成组，每组可能代表一个个体的基因组或者相近个体的基因组。组装一个完整的基因组（环）是有难度的。注：现在纳米孔测序是可以实现的。
1.4K21发布于 2020-08-18 - 来自专栏大数据杂货铺
Edge2AI之流复制
我们的目标是在实验结束时实现以下双向复制架构： 实验总结 实验1 – 配置Kafka外部账户 实验 2 - 安装 Streams Replication Manager (SRM) 服务 实验 3 - 实验 2 - 安装Streams Replication Manager (SRM)服务 笔记在两个集群 上运行 在 Cloudera Manager 控制台上，单击左上角的 Cloudera 徽标以确保您位于主页上 有时我们可以看到相邻消息之间有近 2 秒的间隔。 消费者故障回复的工作方式相同。在我们让消费者失败之前，我们需要将偏移量反向转换（从集群 B 到集群 A）。 1 15656 good.failover global_iot 2 有时我们可以看到相邻消息之间有近 2 秒的间隔，这是正常的。
1.1K30编辑于 2022-04-27 - 来自专栏JavaEdge
无主复制系统(2)-读写quorum
图-10中，三副本中若有两个以上完成处理，写即可认为成功。若三副本中只有一个完成写入，会怎样？到底几个副本完成才能认为写成功？
1K30编辑于 2022-08-01 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
基因组组装：NextDenovo2 使用大全
简介 NextDenovo 是一种针对长序列读取（包括CLR和ONT技术）的新型基因组组装工具。 read_cutoff = 1k # reads 截断 过滤器读取长度< read_cutoff（默认值：1k） genome_size = 3g # estimated genome size 基因组大小 sort_options = -m 50g -t 30 # sort 内存+线程 minimap2_options_raw = -t 8 # minimap2 选项，用于查找原始读取之间的重叠 pa_correction = 5 correction_options = -p 30 [assemble_option] minimap2_options_cns = -t 8 # minimap2 选项，用于查找校正读数之间的重叠 要点 组装大小小于预期基因组大小时的参数调整 对于高度杂合的基因组，可以尝试设置nextgraph_options = -a 1 -A。
1.1K10编辑于 2024-04-28 - 来自专栏波波烤鸭
Redis之主从复制2
上篇文章给大家介绍了Redis的主从复制，但是并没有介绍完整，本文继续主从复制的介绍 主从复制 上篇文章搭建的主从结构图 ? 本文我们换种结构 ? 复制数据没有问题 哨兵模式 结合上篇文章我们给大家介绍了两种主从复制的模式，但是我们发现不论是哪种模式，一旦master宕机了，那么整合服务就不可以使用了，此时我们希望系统能在还运行的slave中从新选举新的节点作为 主从复制环境 我们还是一主两从，按照上篇文章的结构来实现。 ? 哨兵模式配置 修改和redis.conf同级目录下的sentinel.conf文件 ? ? 注意在主从复制中所有的写入操作都是在master实例上进行的，然后再将信息同步到slave上，这就存在一定的信息延迟，在系统非常繁忙的时候延迟会更加的严重，增加slave也会存在这个问题，因此在实际开发中我们需要通过集群
46420发布于 2019-04-02 - 来自专栏生信修炼手册
hisat2:比对基因组工具简介
为了确定测序reads在基因组上的位置，需要将reads比对回参考基因组上，这个步骤叫做mapping。 在进行mapping时，需要考虑以下几个因素 1. 硬件资源的消耗 通常来说，基因组越大，占用的内存越大。对于大型基因组，比如人类基因组而言，优化内存消耗是很关键的一点。 2. 同时由于测序的短序列可能和基因组多个位置存在同源，一条reads会比对到基因组上多个位置。 在进行比对前，首先需要对参考基因组建立索引, 基本用法如下 hisat2-build -p 20 hg19.fa hg19 对于转录组数据，在构建索引时，可以通过gtf文件，得到剪切位点和exon的信息 对于单端数据，采用-U指定输入文件；对于双端数据，采用-1和-2分别指定R1端和R2端的输入文件。 reads比对到基因组上的一个位置，我们称之为一个alignment。
3.2K20发布于 2020-05-08 - 来自专栏时悦的学习笔记
MySQL组复制(MGR)全解析 Part 2 常用复制技术介绍
这期的专题我们来介绍MySQL组复制相关的内容 1. 主从复制 1.1 异步复制 传统的MySQL复制采用主从的方式进行，可以一主一从也可以一主多从 主库执行一个事务，提交后稍后异步的传送到从库中 如果是基于语句的复制则会重新执行 如果是基于行的负责则会应用日志 同时是shared-nothing的架构，即所有服务器拥有同样的数据复制 ? 1.2 半同步复制 MySQL也提供了一个半同步复制，即同步复制，其要求主库在commit时等待从库接受 完事务并返回确认信息后才能提交 ? 2. 组复制 组复制是一种可以用来部署容错系统的技术，复制组中的服务器通过massage passing来进行交互 通信层通过atomic message 和 total order message delivery
87130发布于 2020-08-18 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （2）-- CCS的使用
一、基因组 PacBio SMRTbell文库的构建流程 1. 图片 图片 2. 基因组SMRTbell文库构建流程 以基因组HiFi文库为例（10-20Kb文库 ) ，图1左所示： 1）通过核酸提取得到基因组DNA（gDNA)后，先利用G-tube管或Megaruptor System 将基因组片段化至合适大小 （一般动植物基因组20 Kb建库，微生物基因组10 Kb建库）； 2）通过去除单链悬突、损伤修复和末端修复等步骤，得到完整的双链DNA插入片段； 3）通过将SMRTbell接头连接至双链 确保已经安装miniconda #直接使用conda安装最新版本的pbccs $ conda install -c bioconda pbccs #Version 6.4.0 2.
4.8K31编辑于 2023-10-26 - 来自专栏浪淘沙
java设计模式（2） 建造者模式，深复制与浅复制
---- 《二》 深复制与浅复制 ---- 1.浅复制 被复制对象的所有变量都含有与原来的对象相同的值，而所有的对其他对象的引用仍然指向原来的对象，浅复制仅仅复制所考虑的对象，而不复制它所引用的对象 clone是浅拷贝”:”clone是深拷贝”; System.out.println(result); } } 2、深复制 被复制对象的所有变量都含有与原来的对象相同的值 Professor p=new Professor(“wangwu”,50); Student s1=new Student(“zhangsan”,18,p); Student s2= (Student)s1.clone(); s2.p.name=”lisi”; s2.p.age=30; System.out.println(“name=”+s1.p.name +”,”+”age=”+s1.p.age); System.out.println(“name=”+s2.p.name+”,”+”age=”+s2.p.age); } }
84730发布于 2018-10-18 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 - 人类基因组变异分析（PacBio) （3）-- pbmm2
二. pbmm2的使用教程 在得到sample.CCS.bam文件后， 因为HiFi数据质量较高，一把不需要额外的质控步骤，就可以将HiFi数据和下载的参考基因组序列进行比对了。 注释： Ensembl提供的参考基因组有2种组装形式和3种重复序列处理方式，分别是primary,toplevel,unmasked(dna),soft-masked(dna_sm),masked(dna_rm 2. pbmm2安装 #使用conda安装pbmm2 $ conda install -c bioconda pbmm2 #安装版本 v1.13.0 3. pbmm2使用 建立人类参考基因组索引 Index ，使用 nohup 加 & 将程序不挂断运行并放入后台 $ nohup pbmm2 index GRCh38.fa GRCh38.mmi & 数据与人类参考基因组进行比对 Usage: pbmm2 align 公共数据演示： (1) 从gencode数据库下载人类参考基因组, 进行pbmm2索引。 PacBio推荐人类参考基因组（详细参照李恒博客），所以采用推荐基因组进行后续分析。
2.2K50编辑于 2023-11-23 - 来自专栏PostgreSQL研究与原理解析
PG复制和自动故障转移--2
持续WAL归档 基于日志传送的复制 -- 文件级别 基于日志传送的复制 -- 块级 持续WAL归档 将生成的 WAL 文件复制到 pg_wal 子目录以外的任何位置以进行归档称为 WAL 归档。 基于日志传送的复制 -- 块级 流式复制改进了日志传送过程。无需等待WAL切换，而是在生成记录时发送记录，从而减少复制延迟。另一个改进是备用服务器将使用复制协议通过网络连接到主服务器。 2) 槽的消费者需要保留的最早的事务 ID。任何比这更近的事务所需的行都不会被真空删除。 基于日志传送的复制 物理流复制 PostgreSQL 数据库中的物理流复制是基于WAL的数据复制。 在流式复制中，备用服务器连接到主服务器并使用复制协议接收 WAL 记录。 物理流复制有哪些优势？ 1) 备用服务器不需要等待 WAL 文件填满，这改善了复制延迟。 firewalld sudo systemctl mask --now firewalld 2）在主服务器上，允许复制连接和来自同一网络的连接。
95410编辑于 2022-04-28 - 来自专栏Y大宽
2 下载GATK需要的参考基因组文件
参考基因组及必备的数据库 参考基因组下载 我是从服务器上下载下来放本地电脑了 下载方式1： 直接去gatk官网下载，下载链接为ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/ image.png 下载方式2：也是官网，但通过ftp匿名登录下载 location: ftp.broadinstitute.org/bundle username: gsapubftp-anonymous
4.3K20发布于 2019-06-04 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
三维基因组：Loop结构 差异分析(2)
进行可视化 若想通过 ggplot2 来呈现结果，得先将矩阵转换成长格式。 ## Flip the matrix library(ggplot2) ggplot(data = long, mapping = aes(x = rev(rows), y = cols, aspect.ratio=1, axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust=1)) 使用 plotgardener 进行可视化 plotgardener 是一个基因组学绘图工具 ，相比 ggplot2，它提供了更大的灵活性。 () 正如你所看到的，尽管在某些方面 plotgardener 的操作可能较为复杂，但它也带来了更大的灵活性，可以精确控制基因组数据可视化的具体位置和方式。
46410编辑于 2025-05-18 - 来自专栏侯哥的Python分享
MySQL运维2-主从复制
#binlog-ignore-db=mysql #指定同步的数据库 #binlog-do-db=db01 2、配置好了之后，要重启MySQL服务。 1 row in set (0.00 sec) 4.3 从服务器配置 1、从服务器上在MySQL的配置文件中增加下面的配置 #MySQL服务ID,保证整个集群中唯一 server-id=2 #是否只读 1代表只读 0代表读写 read-only=1 2、配置好了之后，要重启MySQL服务。 说明1：主从原始的都是只有四张系统表 说明2：主服务器上创建了一个数据库db01，在从服务器上查询，就马上显示了刚创建的db01 说明3：在主服务器上创建了一张表，马上就主从复制到了从服务器上 说明4：主表中插入数据，也会马上复制到从表中，同样的修改和删除数据也会同步复制过去。
38540编辑于 2023-09-28
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