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选好基因，单基因泛癌发7分+也不难！
背景介绍 2022年啦，单基因泛癌生信还可以发高分吗？当然是可以的！ CDCA4与TNF相关免疫基因（包括TNFRSF8，TNFRSF14，TNFRSF18，CD70，CD44和CD276）高度关联。 图8 此外，CDCA4还与某些癌症中的肿瘤突变负荷(TMB)和卫星不稳定（MSI）有关（图8B，C），与错配修复 (MMR) 基因和甲基化转移酶基因有关（见图8D）。 图10 08 CDCA4的基因拷贝数变异 作者进行了CDCA4 CNV和mRNA之间的Spearman关联。 小编总结 这篇单基因泛癌故事非常完整，生信分析全面，从表达、预后、免疫浸润、突变到富集、网络，最后还补充了生物学实验，因此是一篇很好的单基因研究的范文。 END
90660编辑于 2022-03-29 - 来自专栏数据猿
投稿 | 大数据服务还是那个大数据服务吗？
7月初，据外媒福布斯报道百度将人工智能+大数据为中国政府采集数据提供支持。7月13日，李彦宏在百度的开放云战略发布会上首度公开百度开放云“人工智能、大数据和云计算”三位一体的发展战略。 大数据服务的现在及未来：智能+生态模式 未来人工智能+大数据生态模式将更多的应用于在商业场景下。HCR慧辰TMT研究部认为，大数据服务未来将有以下四种模式： 一是形成数据资源和计算资源提供平台。 PaaS服务将数据处理能力作为模块开放出来，使得数据挖掘技术的使用门槛和成本大幅降低，更多企业有能力利用云端数据服务创造附加价值。 另外也会形成基于数据存储、处理及挖掘技术的整体服务解决方案提供商，企业可以将数据服务完全外包给第三方机构，第三方机构也可以通过这种方式在云端整合资源并优化技术，提高准确率，同时产生推动行业发展的效果。
1.1K70发布于 2018-04-19 - 来自专栏张善友的专栏
承载WCF 数据服务
WCF 数据服务默认使用IIS 作为 Data Service 宿主，很显然这是个极好的选择，我们可以利用 IIS 强大的基础功能。
96950发布于 2018-01-22 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 - 人类基因组变异分析 (PacBio)（7）-- AnnotSV
基因组结构变异（structure variant, SV）是基因组变异的重要组成部分，大片段插入(Insertion, INS)、缺失(Deletion, DEL)、倒位(Inversion, INV 第三代基因组测序因其读长较长，可轻松跨越重复区域和基因组复杂区域，能够更全面的检测基因组的SV。 它可以把鉴定出的结构变异与各种已知的功能基因组数据库进行比对,给出丰富的注释信息，其中包括 (1): 基因注释：使用refSeq或者Ensembl基因数据库注释结构变异重叠的已知基因。 基因相关注释：包含了致病性和表型数据库的信息，如OMIM、ClinGen、ExAC、ClinVar等数据库。 已知致病基因和位点注释：报告与结构变异完全或部分重叠的已知致病基因和区域。 已知良性基因和位点注释：报告与结构变异完全或部分重叠的已知良性基因和区域。 断点注释: 给出断点周围的GC含量、重复序列、ENCODE blacklist等注释。
1.4K10编辑于 2023-12-09 - 来自专栏Linyb极客之路
数据服务开发经验
有状态服务或者说数据服务，上线遇到问题很棘手，回滚无济于事；而且数据加载通常都很慢，部署时间长；最终导致不敢修改代码，谨小慎微；服务质量也是能忍就忍，不愿意深度优化。 在我负责顺风车LBS以来，感受愈加强烈；区别于无状态服务，数据服务的几个方面需要格外关注。（此处假设数据服务类似redis基于内存，数据量大到需要磁盘存储，关注点会有所不同。） 对应数据服务，把锁分散在各层，尽量减少锁等待。 ? 以一个多级hash+跳表结构为例，操作跳表时，锁粒度已经可以非常细。 持久化方法 内存数据和binlog哪个先写？binlog文件多久刷盘？ struct Data { Header header; int dsize; void* data; }; 最后 还有两个无状态服务也会面临的重点，功能边界划分和线下环境搭建：内部数据服务不同于开源项目 自研数据服务听起来非常高大上，高性能数据存储、分布式架构设计、解决业务痛点，对外宣传的一把好手；实际上只要根据业务场景，合理分析，完成稳定高效的数据服务非常简单。
1.2K40发布于 2019-03-07 - 来自专栏生信技能树
拿到7个DDR通路的基因集-学徒作业
：http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb 包括H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列分别是： H: hallmark gene sets ，基于通路、文献等： C3: motif gene sets：模式基因集合，主要包括microRNA和转录因子靶基因两部分 C4: computational gene sets：计算基因集合，通过挖掘癌症相关芯片数据定义的基因集合 function三部分） C6: oncogenic signatures：癌症特征基因集合，大部分来源于NCBI GEO 发表芯片数据 C7: immunologic signatures: 免疫相关基因集合 从里面看看能不能找到DDR通路的基因集，每个基因集里面具体哪些基因呢？ 我曾经看到一个报道是这样的基因集： ? 举例来说，目前临床上使用较多的A公司520基因Panel，只含有52个DDR基因，而B公司的425基因Panel，也只有60个DDR基因，但思路迪的OK伴侣全面版和GPS，含有187个DDR基因，让患者不会错失任何一个可以从
1.1K20发布于 2020-06-09 - 来自专栏Y大宽
7 比对到参考基因组输出bam文件
---- 接下来用 BWA mem把fastq map到参考基因组 hg38 版本。 比对结果直接通过管道传给samtools处理，节省 I／O 时间。
1.9K20发布于 2019-06-15 - 来自专栏作图丫
7+：最新的单基因单肿瘤分析思路！
导语 EVA1B是一种蛋白质编码基因，是EVA1A基因的关键同源基因。本研究探讨EVA1B在结直肠癌(CRC)进展和预后中的作用。 根据贡献>0.28，确定了6个特征的EVA1B衍生基因，包括IGFBP3、EGFL7、SULT1B1、MMP1、CYP2W1以及ISYNA1(图6D)。在此基础上，建立了多因素Cox回归模型。 IGFBP3、EGFL7、SULT1B1、MMP1、CYP2W1 以及 ISYNA1 的在两个亚群中有表达异质性（图6H）。 06 验证EVA1B衍生的基因组模型在CRC中的预后意义 分析显示与TCGA队列中的低风险亚群相比，高危亚群表现出更差的DSS和PFS结果(图7A，B)。 图7 07 EVA1B衍生的基因组模型预测CRC患者的药物反应 图8A中，高危组舒尼替尼和多西他赛的半抑制浓度明显低于低危组，说明高危亚群对舒尼替尼和多西他赛具有更高的敏感性。
1.2K31编辑于 2022-03-28 - 来自专栏作图丫
单基因泛癌+简单实验就能发表7分+
背景介绍 单基因泛癌发表高分的关键在于基因的选择。今天小编为大家带来一篇单基因泛癌+简单实验发表了7分+的Front. 来自HPA的数据表明，前五个富含CD147 RNA 的细胞系是U-87、U-2197、NTERA-2、HaCaT和MCF7（图2C）。 图6 05 单细胞分析和免疫荧光染色 作者研究了几种癌症类型中CD147在肿瘤和基质细胞上的表达，包括GBM（图7A）、HNSC（图7B）、KIRC（图7C）、LUAD（图7D）、PRAD（图7E）、CHOL （图7F）等。 小编总结 本文是一篇传统的单基因泛癌文章，其亮点在于加了免疫荧光实验，并且基因选择了CD147这种与免疫密切相关的CD分子，提醒我们做单基因泛癌选择基因时，一定要选择与肿瘤与免疫密切相关的明星基因。
63531编辑于 2022-06-24 - 来自专栏大数据文摘
金融数据服务创业机会
编者按：本文来自潘星键（@星键V；微信：akavir），他在汤森路透从事数据质量分析工作近7年，他翻译了今年3月份的一篇文章《Can the Bloomberg Terminal be “Toppled 金融数据服务的机会在哪里？
1.5K50发布于 2018-05-22 - 来自专栏SmartSi
Hive元数据服务MetaStore
元数据服务客户端通过该配置连接远程元数据。
10.7K42发布于 2020-09-21 - 来自专栏EAWorld
详解数据服务共享发布
目录： 1.数据服务共享发布核心场景 2.数据服务共享发布技术架构 3.数据服务共享发布关键设计 4.数据服务共享发布安全考虑 5.结束语 1.数据服务共享发布核心场景 按功能划分核心场景 ? 核心场景主要包括四个环节：资源目录生成、数据服务发布、数据服务消费、数据服务监控。 场景四 ：从全局了解企业数据服务应用情况 ? 通过数据服务监控自动形成数据监控链路，提供数据服务共享的全貌地图，帮助企业了解数据共享交换的全貌及系统间数据关系，从全局了解企业的数据服务应用情况。 3.数据服务共享发布关键设计 数据服务共享发布设计主要从数据服务发布、故障告警、数据质量核检、数据服务监控四个层面去考虑。 问7：数据服务共享，核心是数据质量可靠，请问数据质量核检能否保证数据质量，有无办法对数据质量的真实性、完整性、时效性进行有效的管控。行业及普元是否有相关的解决办法？
2.8K52发布于 2019-09-04 - 来自专栏作图丫
细胞焦亡基因构建预后模型，发表7分+SCI！
其中，16个基因显著下调，而9个基因显著上调（图2A，C，D）。这些差异表达的细胞焦亡相关基因的PPI网络如图2B所示。此外，在这些差异表达的细胞焦亡基因中观察到胰腺癌患者的许多突变（图2E）。 最后，作者进行了多变量Cox回归分析，鉴定出3个与胰腺癌相关的基因，其中2个是潜在风险基因，1个是潜在的保护基因（图3B）。 结果显示，风险评分与免疫评分（P=0.0071），基质评分（P=0.0024）和ESTIMATE评分（P=0.0019，图7A–C）显著相关。 使用CIBERSORT算法计算PAAD患者中22种免疫细胞亚型的比例，并将P值<0.05的阈值视为临界标准（图7D）。高危组B细胞记忆、巨噬细胞M1和肥大细胞静息的浸润水平均高于低危组。 然而，低危组活化的B细胞幼稚细胞、T细胞CD8、单核细胞和肥大细胞的浸润水平高于高危组（图7E）。 图7 此外，作者评估了风险评分与五个免疫细胞之间的相关性。
75910编辑于 2022-12-14 - 来自专栏生信技能树
全基因组测序的7个概念（学徒翻译）
什么是基因组？ 基因组是生物体的一套完整的遗传信息。基因组包括创造和维持生命的所有遗传指令和繁殖指令。人类基因组和其他细胞生命形式一样由DNA组成，包括核DNA和线粒体DNA。 与为具有共同临床表现的一组或一批患者开发对策的传统方法相比，精确医学是基于他或她的基因和这些基因的修饰来预测个人的诊断，治疗和预防策略的定制方法。 药物基因组学是精确医学的一个组成部分。通过结合药理学和基因组学，药物基因组学研究特定药物对一个人的基因组指纹的影响。 全基因组测序是什么？ NCI将人类全基因组测序定义为：一种被用于确定个体完整DNA序列（包括非编码序列）中的几乎全部近30亿核苷酸的的实验室方法。该模块的重点是人类的全基因组测序。 全基因组测序原本通过Sanger测序来测序人类基因，这花费了十多年的时间和十多亿美元。现在，我们运用被称为“次代测序”、“大规模平行测序”和“高通量测序”的新技术。
1.4K20发布于 2019-08-22 - 来自专栏百味科研芝士
单基因免疫相关分析发7分+2区SCI
作者发现SEMA3F可能是HCC中潜在的致癌基因。随后进行表达分析、相关分析和生存分析等，鉴定导致SEMA3F过表达的ncRNAs。最终鉴定到HCC中SEMA3F的潜在上游ncRNA。 根据miRNA调控靶基因表达的作用机制，miRNA和SEMA3F之间存在负相关。表达水平的相关分析表明，SEMA3F与let-7c-5p显著负相关，与let-7e-5p正相关（图4B）。 图4 let-7c-5p可以作为HCC患者SEMA3F的潜在上游miRNA 5. let-7c-5p上游lncRNAs的预测和分析 作者使用starBase数据库预测let-7c-5p的上游lncRNA 图6 SEMA3F与免疫细胞浸润的相关性 7. SEMA3F与免疫检查点的相关性 图7A-7C所示，SEMA3F的表达水平与PD1,PD-L1和CTLA-4显著正相关。（图7A-7F）。
79720发布于 2021-07-12 - 来自专栏EAWorld
普元数据服务监控解密
如何有效的管理数据、高效的提供数据服务的其中一个关键就是提供对数据服务的统一监控。 目录： 一、数据服务监控 二、数据采集 三、数据格式化 四、数据存储 五、数据展示 一、数据服务监控 为提供统一、标准、安全、高效的数据服务，我们需要做好一点那就是统一数据运行监控，那么统一数据服务运行监控需要做哪些事情呢 我们可以在网关处添加对数据服务的采集功能。 网关拦截器手动埋点 ? 所以我们只需要极少的代价在数据服务总入口也就是网关进行数据埋点，收集数据详情即可。 异步落日志 ? All线程任务会将每一笔的数据服务记录到案 Top线程任务用来统计数据服务调用访问时长TopN的调用详情。 数据分析线程解析 ?
89210发布于 2019-07-08 - 来自专栏HuggingFists
HuggingFists数据服务发布--功能闭环
最近，HuggingFists隆重推出了新的功能模块-“数据服务”模块。该模块可以有效的解决HuggingFists算子能力不足时的扩展问题。 为打通这一扩展壁垒，HuggingFists推出了“数据服务”模块。支持以配置的方式添加一个第三方的WebAPI接口，并可使用系统内置的“数据服务调用”算子在流程中调用此接口。 HuggingFists数据服务模块的功能示意图如下： 数据服务中的远程接口管理模块负责集成第三方的Web API接口。允许配置Web接口的请求方法以及接口参数的各类提交方式。 除此外，数据服务还支持将HuggingFists中的数据流程包装成一个API接口对外提供服务，供第三方应用访问。如图中的服务接口管理所示。
40200编辑于 2024-09-28 - 来自专栏大数据和云计算技术
大数据服务上云的思考
因此I层最好将物理硬盘直接提供出来给大数据服务可见，让用数据的人直接管理数据效率最高。
1.6K80发布于 2018-03-08 - 来自专栏大数据文摘
华尔街甘心购买的数据服务！
而Genscape可以在EIA报告发布前两天就将调查发到客户手中，在今年7月到11月底，他们的预测都与EIA公布的变化方向完全一致。 ? 库欣的库存自7月来便一直在下降，这推高了价格，许多投资者成功地下注WTI和布油的价差会收窄（此前布油价格更高），到了8月WTI价格超过了布油。 在报告发布的25分钟内合同价格下降了3%，当天下滑了7%，这反映初库欣油罐的增加使得油价走低。WTI油价跌了近7美元。
2K20发布于 2018-05-23 - 来自专栏一个会写诗的程序员的博客
统一数据服务架构
大数据服务化架构 关键技术一：配置即开发 平台用户分为两类角色：其一是数据服务生产方，其二是数据服务调用方。 数据服务平台支持了多种模式API，很好满足了多元化需求。此外数据服务平台也支持服务权限、API市场等丰富功能，进一步赋能业务。 大数据服务化平台未来进一步发展方向主要包括： 贴近业务需求：数据服务平台本身是为业务服务，通过赋能业务而对企业带来价值，业务本身在不断发展，未来也会有更多的需求出现，因此数据服务平台本身会不断抽象和沉淀出公共数据服务能力 www.linkedin.com/pulse/%E5%BF%AB%E6%89%8B%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%AD%E5%8F%B0%E5%BB%BA%E8%AE%BE-%E5%A4%A7% E6%95%B0%E6%8D%AE%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%8C%96%E4%B9%8B%E8%B7%AF-shun-ni/?
2.4K30编辑于 2021-12-16
腾讯云开发者
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