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单基因结合全基因组发6分SCI
文章主要是研究h-prune这个基因在肝细胞癌（HCC）中的临床意义及潜在调控机制，从全基因组层次对h-prune基因进行全面研究。 结果显示肝癌组织中h-prune的表达量高于邻近的正常组织（图A），Western blot检测了6例人肝癌组织和配对正常组织中h-prune的表达，发现在肝癌组织中h-prune显著上调（图B）。 2.3 h-prune高表达与低表达患者突变及CNV分析 h-prune高表达的肿瘤在RPS6KA3中具有更高的突变频率（图A），已有文章证明RPS6KA3参与了细胞增殖过程。 这表明，与RPS6KA3和RB1突变相关的功能可能会被激活，这将有助于h-prune的过度表达。而图B表明不论h-prune的表达量如何，大部分细胞的染色体都发生了显著的扩增或缺失。 为了寻找h-prune上调后甲基化的重要靶基因，这里将肿瘤抑制基因与h-prune-high患者中的青绿色模块和下调基因重叠。
77011发布于 2020-03-04 - 来自专栏百味科研芝士
利用基因家族基因构建预后模型发6分+SCI
RGS基因家族与肿瘤干细胞的关系 RGS基因家族的整体表达量与mRNAsi负相关，RGS3、RGS5、RGS6、RGS9、RGS12与睾丸生殖细胞肿瘤呈显著负相关。基因表达水平越高，肿瘤干细胞越弱。 图1 RGS基因家族在不同免疫亚型和临床分期的表达水平 6. RGS21、RGS18、RGS4、RGS5、RGS3、RGS16的突变频率分别为2.4%、2.8%、1.6%、10%、7%、4%、4%、4%、4%、4%、4%、4%、4%、4%、3%、1.3%、4%（图6a RGS3和RGS4存在错义突变（图6b）。HPA数据库分析表明，RGS10、RGS11、RGS13在卵巢癌组织中高表达（图6c）。 ? 图6 突变分析和蛋白表达分析 免疫组化分析表明RGS3和RGS4在卵巢癌中高表达（图7）。 ? 图7 免疫组化分析 10.
1.2K40发布于 2021-07-12 - 来自专栏生信小驿站
单基因生信分析流程（6）单基因相似性分析
)) count_matrix[1:4,1:4] fpkmToTpm <- function(fpkm) { exp(log(fpkm) - log(sum(fpkm)) + log(1e6) barcode)] setwd('D:\\SCIwork\\F20ELFN1\\COAD') save(mRNA_exprSet, file = "mRNA_exprSet.Rda") 第四步，根据基因表达量筛选一些基因
1.2K21发布于 2020-08-13 - 来自专栏数据猿
投稿 | 大数据服务还是那个大数据服务吗？
大数据服务的现在及未来：智能+生态模式 未来人工智能+大数据生态模式将更多的应用于在商业场景下。HCR慧辰TMT研究部认为，大数据服务未来将有以下四种模式： 一是形成数据资源和计算资源提供平台。 PaaS服务将数据处理能力作为模块开放出来，使得数据挖掘技术的使用门槛和成本大幅降低，更多企业有能力利用云端数据服务创造附加价值。 另外也会形成基于数据存储、处理及挖掘技术的整体服务解决方案提供商，企业可以将数据服务完全外包给第三方机构，第三方机构也可以通过这种方式在云端整合资源并优化技术，提高准确率，同时产生推动行业发展的效果。
1.1K70发布于 2018-04-19 - 来自专栏三代测序-说
全基因组 - 人类基因组变异分析 (PacBio）（6）-- ANNOVAR
如果将个体基因组与参考基因组相比，变异的数量是巨大的。 据估计（1），全球范围内人类的基因组中总共有超过8800万个变异（包括约8470万个单核苷酸多态性、360万个短插入/缺失变异和约6万个结构变异）。 refGene.variant_function所有变异的信息 （一共6,982,339个变异），如图4。 第1列：变异存在位置信息，如intergenic, upstream等。 第2列：基因名，Symbol。 第3列：染色体位置。 第4，5列：突变位置。 第6，7列：参考碱基，突变碱基。 nastring：没有对应注释，则输出`NA` #--polish polish the protein notation for indels (such as p.G12Vfs*2) 一起注释的结果，如图6：
1.7K21编辑于 2023-12-07 - 来自专栏作图丫
新鲜的单基因6+文章，快来围观！
图1 02 THCA中预后相关基因的筛选 对THCA中的基因进行单因素COX分析，得到960个与无病生存预后相关的基因，具有统计学意义的前20个基因如图2A所示。 将656个差异表达基因与前205个预后相关基因相交，得到7个关键基因(图2B)。通过这7个基因的生存曲线，得到了风险因素最高的基因：ASF1B，并被选择用于后续的相关研究(图2C-F)。 图5 06 ASF1B表达与免疫检查点与免疫新抗原的关系 收集40多个常见的免疫检查点基因，分析ASF1B表达与免疫检查点基因表达的关系。结果如图6a所示。 图6B显示了ASF1B的表达与新抗原数量之间的关系。结果发现，ASF1B在LUAD、BRCA、UCEC、STAD、PRAD、LGG中，ASF1B的表达与新抗原的数量呈显著正相关。 图6 07 ASF1B表达与DNA修复基因与甲基转移酶表达的关系 如图7A所示，在除CHOL、LAML、UCS和UVM外的所有癌症中，ASF1B的表达与DNA修复基因均呈显著正相关。
41840编辑于 2022-03-29 - 来自专栏百味科研芝士
HLA基因泛癌分析发6分+SCI
HLA在免疫亚型和致癌通路中的差异表达 作者根据160个免疫表达特征将癌症患者聚为6个免疫亚型（C1-C6）。 图4 HLA I类甲基化有利于hot肿瘤中病抑制免疫活性 6. 图5 HLA LOH分析 6. 机器学习模型预测具有预后潜力的免疫亚型 最后，作者使用随机森林算法对HLA I类和HLA II类基因进行训练并预测6种免疫亚型。 该模型预测免疫亚型的AUC为0.93（图6A），其中C3和C5的分类准确率最高而C6的分类准确率最低。 生存分析表明，不同亚型的患者OS不同（图6C）。溶细胞活性分析表明，C2的溶细胞活性最高（图6D）。
80420编辑于 2022-12-12 - 来自专栏张善友的专栏
承载WCF 数据服务
WCF 数据服务默认使用IIS 作为 Data Service 宿主，很显然这是个极好的选择，我们可以利用 IIS 强大的基础功能。
96950发布于 2018-01-22 - 来自专栏R语言数据分析指南
基因家族分析(6) 一行代码完成基因结构分析及可视化
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝基因家族分析是生物信息学入门学习的基石，由于其对硬件要求不高个人电脑均可进行，不仅投入小、操作简单，而且产出效果显著，因此受到了广大生物信息学初学者的喜爱。 为了突破这一局限，「本次在第三版的基础上进行了全面的内容优化，并引入了多个Python自动化脚本，来简化分析过程」 ❞ 原理介绍 ❝本节来介绍，如何通过python脚本完成基因结构的分析得到gggenomes 包绘图的输入数据，非常的简洁好用 ❞ 基因结构清洗 python3 gff.py . 同时结合一系列生信软件实现无缝链接，我们采用了全新的方式来进行基因家族分析，使得整个过程更加高效和直观。本课程适合有一定R语言基础的学习者，无论是内容的广度还是深度都能满足您的学习需求。
87930编辑于 2023-11-07 - 来自专栏SDNLAB
IPv6+：构IPv6创新基因，筑新基建智能底座
2020年初，推进IPv6规模部署专家委员会提出了IPv6+的概念，如果说IPv6实现了万物互联，那么IPv6+则实现了万物智联。 IPv6+，为万物互联增加智能基因 我国政府于2017年印发了《推进互联网协议第六版(IPv6)规模部署行动计划》，明确提出要建成全球最大规模的IPv6商用网络，满足我国技术产业创新发展、网络安全能力强化的迫切需要 “IPv6+有助于IPv6的发展，IPv6+是IPv6规模部署的一个加速器，IPv6+能够持续提升IPv6部署的价值，IPv6+逐渐会成为IPv6的一个升华。” 面向6G，推进IPv6技术探索 中国5G建设如火如荼，业界专家在6G的技术探索中也积极进行技术探索，6G技术演进也对IPv6的应用场景提供了更广阔的的想象力。 ? 段晓东表示，6G将成为SRv6技术大规模应用的契机，6G网络架构将改变鼓励的已购网络设计方式，采用全局融合的统一设计，SRv6将成为6G时代整合终端、网络（无线、传输、IP）、云等的统一通信协议。
1K60发布于 2020-10-27 - 来自专栏Linyb极客之路
数据服务开发经验
有状态服务或者说数据服务，上线遇到问题很棘手，回滚无济于事；而且数据加载通常都很慢，部署时间长；最终导致不敢修改代码，谨小慎微；服务质量也是能忍就忍，不愿意深度优化。 在我负责顺风车LBS以来，感受愈加强烈；区别于无状态服务，数据服务的几个方面需要格外关注。（此处假设数据服务类似redis基于内存，数据量大到需要磁盘存储，关注点会有所不同。） 对应数据服务，把锁分散在各层，尽量减少锁等待。 ? 以一个多级hash+跳表结构为例，操作跳表时，锁粒度已经可以非常细。 持久化方法 内存数据和binlog哪个先写？binlog文件多久刷盘？ struct Data { Header header; int dsize; void* data; }; 最后 还有两个无状态服务也会面临的重点，功能边界划分和线下环境搭建：内部数据服务不同于开源项目 自研数据服务听起来非常高大上，高性能数据存储、分布式架构设计、解决业务痛点，对外宣传的一把好手；实际上只要根据业务场景，合理分析，完成稳定高效的数据服务非常简单。
1.2K40发布于 2019-03-07 - 来自专栏作图丫
灵活选择基因集，你也能发6分+！
关于FA相关基因(FARGs)的作用及其在癌症中的预后价值的综合分析报道很少 背景介绍 相信大家已经了解很多基因集结合癌症免疫和预后的研究了，我们常见的也是这两年比较热门的m6A、铁死亡等等相关的基因集 ZBTB32、CENPX、CENPS、FAAP100、TELO2采用随机森林选择(图6B)进行选择。 ROC曲线显示，RF模型的精度最高(Figure6D)。对于RFS预测结果，RF模型的精度最高，为0.918，其次是SVM模型，为0.914(图6E)。 PALB2 是 CC 中唯一与 RFS 相关的共享 FARG（图6G）。当生存分析使用两个选定的signature，发现CC患者高表达ZBTB32和CENPS有更明显的倾向于更长的OS时间(图6H)。 RFS结果显示，PALB2和BRCA2高表达的患者更有可能有不良的结果，但两者都低表达的组并没有最好的结果(图6I)。
60030编辑于 2022-03-29 探索ImmGen:6-自定义基因集分析
是免疫基因集的“工作台”。 它代表了第一代基因组学技术，通过探针杂交来检测基因表达丰度。 ImmGen Microarray V2：这是对 V1 版本的升级版芯片数据。 它不关注基因是否表达，而是关注这些基因编码的蛋白质之间是否存在物理相互作用、是否属于同一个复合物或通路，从而构建分子关系的网络图。 研究目的是查看在小鼠胸腺阳性与阴性选择中这个基因集在选择前后的基因表达变化。如下图所示，在DP小亚群中存在上升到下降的变化。 3.基因集的表达分析：分析基因集在ImmGen Microarray V2中小鼠在OVA模型中外周CD8+T细胞不同亚群中基因变化情况。
15910编辑于 2026-01-27- 来自专栏大数据文摘
金融数据服务创业机会
金融数据服务的机会在哪里？
1.5K50发布于 2018-05-22 - 来自专栏SmartSi
Hive元数据服务MetaStore
元数据服务客户端通过该配置连接远程元数据。
10.7K42发布于 2020-09-21 - 来自专栏科研菌
文章拆解:基因组+免疫浸润+干预=6分SCI？
（图二） 在稳定期： 与B淋巴细胞趋化性相关的基因（CCL [C-C配体] 19，CCL21，CXCL [C-X-C]配体] 12和CXCL13）的基因表达明显更高。 图3B.重排保存情况 随后，作者分析了与T淋巴细胞激活相关的基因的表达水平。 附图2.与两个疾病阶段的细胞凋亡和细胞周期有关的基因组和分子途径及过程。 RNA-seq分析表明抗原加工和呈递的相关表达没有缺陷，与稳定期相比，大部分相关基因在进展期中有更高的表达（图6） 新表位可以在肿瘤进化过程中的任意阶段在HLA分子中表达 ? 图6.包含HLA抗原在内的抗原加工呈递相关基因在不同疾病时期表达 小结 在这篇文章中，作者通过对施加了新疗法后单例肿瘤患者的稳定期及进展期两组样本进行研究，通过RNA测序，全外显子测序以及TCR测序来获得肿瘤在不同时期的免疫相关信息
75930发布于 2020-06-28 - 来自专栏作图丫
单基因肿瘤生信分析依然可以发表6分+
背景介绍 小编今天为大家带来一篇单基因单肿瘤的生信分析文章，发表在Front. Oncol上，影响因子6分+，题目为Identification of the novel prognostic biomarker, MLLT11, reveals its relationship KEGG富集分析表明，MLLT11上调基因 参与与神经活性配体-受体相互作用、突触囊泡周期、cAMP 信号通路、谷氨酸能突触和 GABA 能突触相关的途径（图4B），而MLLT11下调基因参与与补体和凝血级联以及花生四烯酸代谢相关的途径 TCGA数据集结果表明，MLLT11的表达与幼稚CD4 T细胞和CD8 T细胞的浸润水平呈正相关，与巨噬细胞，尤其是M2巨噬细胞的浸润水平呈负相关（图6A，B）。 图6 通过qPCR，IHC和蛋白质印迹，在不同病理级别的胶质瘤组织中，发现随着肿瘤分级的增加，M2型巨噬细胞特异性标志物的表达水平显著增加，包括CD206，CD163，ARG1，CD115和IL-10
1.2K20编辑于 2022-12-14 - 来自专栏EAWorld
详解数据服务共享发布
目录： 1.数据服务共享发布核心场景 2.数据服务共享发布技术架构 3.数据服务共享发布关键设计 4.数据服务共享发布安全考虑 5.结束语 1.数据服务共享发布核心场景 按功能划分核心场景 ? 核心场景主要包括四个环节：资源目录生成、数据服务发布、数据服务消费、数据服务监控。 展示层：采用vue+iview+es6+axios+ECharts技术实现前端页面及展示效果。 3.数据服务共享发布关键设计 数据服务共享发布设计主要从数据服务发布、故障告警、数据质量核检、数据服务监控四个层面去考虑。 问6：在数据中台和业务中台是否也需要这个？前期如何规划？ 答：数据服务共享发布可以做为数据中台和业务中台的一部分，关注将已有数据资产发布成数据服务。前期可从数据标准、数据质量、数据治理的角度去规划。
2.8K52发布于 2019-09-04 - 来自专栏作图丫
单基因泛癌分析，你也可以发6分+！
Fig.4 04 甲基化水平和HSF1基因突变的泛癌分析 DNA甲基化直接影响癌症的发生和进展。作者使用UALCAN和TCGA数据库研究了HSF1的DNA甲基化。 在不同类型的基因突变中，扩增是最常见。还研究了HSF1的基因突变与不同类型癌症患者的预后之间的潜在关系。 如Fig.5C所示，HSF1基因突变的肿瘤患者比无突变的患者有更差的PFS和DFS，但两组之间的OS和DSS并无差异。 与正常样本相比，乳腺癌、结肠癌、LUAD、卵巢癌和UCEC样本中的S303磷酸化水平较高（Fig.6B、C、E-G）。 相比之下，透明细胞RCC中HSF1的S303磷酸化有所降低（Fig.6D）。 与正常组织相比，乳腺癌和结肠癌组织中S307磷酸化增加（Fig.6B、C）。在乳腺癌、结肠癌、LUAD和卵巢癌中，SSF1的S303和S307磷酸化显著增加（Fig.6B、C、E、F）。
2.1K21编辑于 2022-03-29 - 来自专栏EAWorld
普元数据服务监控解密
如何有效的管理数据、高效的提供数据服务的其中一个关键就是提供对数据服务的统一监控。 目录： 一、数据服务监控 二、数据采集 三、数据格式化 四、数据存储 五、数据展示 一、数据服务监控 为提供统一、标准、安全、高效的数据服务，我们需要做好一点那就是统一数据运行监控，那么统一数据服务运行监控需要做哪些事情呢 我们可以在网关处添加对数据服务的采集功能。 网关拦截器手动埋点 ? 所以我们只需要极少的代价在数据服务总入口也就是网关进行数据埋点，收集数据详情即可。 异步落日志 ? All线程任务会将每一笔的数据服务记录到案 Top线程任务用来统计数据服务调用访问时长TopN的调用详情。 数据分析线程解析 ?
89310发布于 2019-07-08
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