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ChIP-seq 分析：基因集富集（11）
基因集检测 转录因子或表观遗传标记可能作用于按共同生物学特征（共享生物学功能、RNAseq 实验中的共同调控等）分组的特定基因组。 ChIPseq 的基因集测试 可以对具有与其相关联的峰的基因集执行基因集富集测试。在这个例子中，我们将考虑峰值在基因 TSS 1000bp 以内的基因。 GO 和基因集测试 要在这里执行基因集测试，我们将使用 clusterProfiler 包。 这里我们将使用“H”来访问 Hallmark 基因集，最后我们需要得到一个数据框，其中第一列包含基因集的名称，第二列包含基因 ID。 nullp 函数试图纠正我们在基因集测试中可能看到的基因长度偏差。也就是说，较长的基因可能有更多机会在其中出现峰值。
1.1K20编辑于 2023-03-21 - 来自专栏数据猿
投稿 | 大数据服务还是那个大数据服务吗？
大数据服务的现在及未来：智能+生态模式 未来人工智能+大数据生态模式将更多的应用于在商业场景下。HCR慧辰TMT研究部认为，大数据服务未来将有以下四种模式： 一是形成数据资源和计算资源提供平台。 PaaS服务将数据处理能力作为模块开放出来，使得数据挖掘技术的使用门槛和成本大幅降低，更多企业有能力利用云端数据服务创造附加价值。 另外也会形成基于数据存储、处理及挖掘技术的整体服务解决方案提供商，企业可以将数据服务完全外包给第三方机构，第三方机构也可以通过这种方式在云端整合资源并优化技术，提高准确率，同时产生推动行业发展的效果。
1.1K70发布于 2018-04-19 - 来自专栏张善友的专栏
承载WCF 数据服务
WCF 数据服务默认使用IIS 作为 Data Service 宿主，很显然这是个极好的选择，我们可以利用 IIS 强大的基础功能。
96950发布于 2018-01-22 - 来自专栏Linyb极客之路
数据服务开发经验
有状态服务或者说数据服务，上线遇到问题很棘手，回滚无济于事；而且数据加载通常都很慢，部署时间长；最终导致不敢修改代码，谨小慎微；服务质量也是能忍就忍，不愿意深度优化。 在我负责顺风车LBS以来，感受愈加强烈；区别于无状态服务，数据服务的几个方面需要格外关注。（此处假设数据服务类似redis基于内存，数据量大到需要磁盘存储，关注点会有所不同。） 对应数据服务，把锁分散在各层，尽量减少锁等待。 ? 以一个多级hash+跳表结构为例，操作跳表时，锁粒度已经可以非常细。 持久化方法 内存数据和binlog哪个先写？binlog文件多久刷盘？ struct Data { Header header; int dsize; void* data; }; 最后 还有两个无状态服务也会面临的重点，功能边界划分和线下环境搭建：内部数据服务不同于开源项目 自研数据服务听起来非常高大上，高性能数据存储、分布式架构设计、解决业务痛点，对外宣传的一把好手；实际上只要根据业务场景，合理分析，完成稳定高效的数据服务非常简单。
1.2K40发布于 2019-03-07 - 来自专栏作图丫
2022年，基因家族泛癌依然可以发表11分+
背景介绍 今天小编继续带来基因家族的纯生信分析文章。如果大家觉得单基因泛癌的工作量略显薄弱，基因家族泛癌是一个很好的选择。 结果解析 01 APOBEC家族的泛癌分析 作者使用热图研究泛癌中APOBEC家族11个基因的基因组特征（图1A）。一些APOBEC家族基因在某些癌症类型中表现出特定的高表达。 图2 有机驱动CLUST算法表明，FGFR3在AMES-L和AMES-M组中均作为相互驱动基因，而在AMES-H组中未检测到驱动基因（图2D）。 与其他两组相比，AMES-H组发现了显著突变的基因。TTN，MACF1和PIK3CA是AMES-H样品中三个最常突变的基因。 作者评估了四种细胞类型中11个APOBEC家族成员的表达谱。
90930编辑于 2022-12-14 - 来自专栏科研菌
快来学学这个单基因新套路发11分顶刊
CR3细胞中约80%FOXA1峰信号未改变，约9%FOXA1峰信号增强，约11%FOXA1峰信号减弱，表明FOXA1重定位频率比ER-α低。 图4.GATA3峰中ER-α和FOXA1的重定位 4.ER-α和FOXA1重分布改变转录活动 GSEA分析GATA3移码突变对基因表达的影响：CR3细胞中，ER-α增强峰位点附近的基因常上调，ER-α减弱峰位点附近的基因常下调 同样，FOXA1结合的改变与基因表达改变呈正相关。 -GATA3调控基因。 且这组基因在培养的GATA3突变细胞和有相似突变的体内肿瘤中差异表达。ER-α和FOXA1在GATA3突变细胞中分布的改变与染色体结构改变有关，从而导致基因表达的改变。
59420发布于 2020-06-28 - 来自专栏SmartSi
Hive元数据服务MetaStore
元数据服务客户端通过该配置连接远程元数据。
10.7K42发布于 2020-09-21 - 来自专栏大数据文摘
金融数据服务创业机会
金融数据服务的机会在哪里？
1.5K50发布于 2018-05-22 - 来自专栏EAWorld
详解数据服务共享发布
目录： 1.数据服务共享发布核心场景 2.数据服务共享发布技术架构 3.数据服务共享发布关键设计 4.数据服务共享发布安全考虑 5.结束语 1.数据服务共享发布核心场景 按功能划分核心场景 ? 核心场景主要包括四个环节：资源目录生成、数据服务发布、数据服务消费、数据服务监控。 场景四 ：从全局了解企业数据服务应用情况 ? 通过数据服务监控自动形成数据监控链路，提供数据服务共享的全貌地图，帮助企业了解数据共享交换的全貌及系统间数据关系，从全局了解企业的数据服务应用情况。 3.数据服务共享发布关键设计 数据服务共享发布设计主要从数据服务发布、故障告警、数据质量核检、数据服务监控四个层面去考虑。 问11：密钥怎么管理？ 答：秘钥需要考虑从整个生命周期进行管理，进行定期备份与存储，建议从网上查看下相关资料。 问12：请问，数据标准这块怎么理解，具体包括哪些内容？
2.8K52发布于 2019-09-04 - 来自专栏EAWorld
普元数据服务监控解密
如何有效的管理数据、高效的提供数据服务的其中一个关键就是提供对数据服务的统一监控。 目录： 一、数据服务监控 二、数据采集 三、数据格式化 四、数据存储 五、数据展示 一、数据服务监控 为提供统一、标准、安全、高效的数据服务，我们需要做好一点那就是统一数据运行监控，那么统一数据服务运行监控需要做哪些事情呢 我们可以在网关处添加对数据服务的采集功能。 网关拦截器手动埋点 ? 所以我们只需要极少的代价在数据服务总入口也就是网关进行数据埋点，收集数据详情即可。 异步落日志 ? All线程任务会将每一笔的数据服务记录到案 Top线程任务用来统计数据服务调用访问时长TopN的调用详情。 数据分析线程解析 ?
89310发布于 2019-07-08 - 来自专栏HuggingFists
HuggingFists数据服务发布--功能闭环
最近，HuggingFists隆重推出了新的功能模块-“数据服务”模块。该模块可以有效的解决HuggingFists算子能力不足时的扩展问题。 为打通这一扩展壁垒，HuggingFists推出了“数据服务”模块。支持以配置的方式添加一个第三方的WebAPI接口，并可使用系统内置的“数据服务调用”算子在流程中调用此接口。 HuggingFists数据服务模块的功能示意图如下： 数据服务中的远程接口管理模块负责集成第三方的Web API接口。允许配置Web接口的请求方法以及接口参数的各类提交方式。 除此外，数据服务还支持将HuggingFists中的数据流程包装成一个API接口对外提供服务，供第三方应用访问。如图中的服务接口管理所示。
40200编辑于 2024-09-28 - 来自专栏大数据和云计算技术
大数据服务上云的思考
因此I层最好将物理硬盘直接提供出来给大数据服务可见，让用数据的人直接管理数据效率最高。
1.6K80发布于 2018-03-08 - 来自专栏大数据文摘
华尔街甘心购买的数据服务！
而Genscape可以在EIA报告发布前两天就将调查发到客户手中，在今年7月到11月底，他们的预测都与EIA公布的变化方向完全一致。 ?
2K20发布于 2018-05-23 - 来自专栏一个会写诗的程序员的博客
统一数据服务架构
大数据服务化架构 关键技术一：配置即开发 平台用户分为两类角色：其一是数据服务生产方，其二是数据服务调用方。 数据服务平台支持了多种模式API，很好满足了多元化需求。此外数据服务平台也支持服务权限、API市场等丰富功能，进一步赋能业务。 大数据服务化平台未来进一步发展方向主要包括： 贴近业务需求：数据服务平台本身是为业务服务，通过赋能业务而对企业带来价值，业务本身在不断发展，未来也会有更多的需求出现，因此数据服务平台本身会不断抽象和沉淀出公共数据服务能力 深耕数据资产：数据资产是数据服务之根本，如果没有完善的数据资产建设，上面就很难构建出结构化的统一的数据服务，针对数据资产有较多内容，包括资产注册和审核、资产地图、资产标签、资产管理、资产开放和服务。 大数据服务平台的能力建设会朝着统一的 OneService 体系前进。主要包括三个方面： 支持丰富的数据源：包括大宽表、文本文件、机器学习模型（模型也是一种数据资产），来构建完善的数据服务。
2.4K30编辑于 2021-12-16 - 来自专栏数据D江湖
“数据服务+自助”产品化实践
来源：虎牙 & DataFun 公众号后台回复： 报告 获取源文件 欢迎添加本站微信：datajh （可上下滑动或点单个图片放大左右滑动查看）
92720编辑于 2022-12-08 - 来自专栏ThoughtWorks
在线系统数据服务的迁移策略
成都办公室的张耀丹是去年毕业的，只是他的职业生涯一开始就面对一个复杂的遗留系统。好在遗留系统的复杂并没有让他退却，而是从中学习到了解决遗留系统的思考之道。 他写了篇《在线系统数据&服务的迁移策略》。 如果不说，嘿，还真看不出这个内容出自一个毕业生的文笔。 当需要在正在运行的在线系统中进行数据或服务的迁移时，有很多问题需要考虑，如何设计迁移策略以保证数据正确迁移，如何处理系统间的依赖，如何保证服务持续可用等等。本文将从一个服务提供者的角度，讨论如何进行数据迁移才能保证对外提供的服务接口前后一致且持续可用，
1.2K70发布于 2018-04-18 - 来自专栏存储公众号：王知鱼
【存储100问】元数据服务（Metadata）
本文基于Andy前些天发布的数据存储元数据服务的趋势一文，文章主要分析海外独立存储厂商产品的元数据服务设计，整理思维导图过程中，产生了若干关于元数据服务的疑问，一并汇总。 从图中的厂商元数据服务方案来看，绝大部分的元数据和数据存储都是分离设计的，元数据在存储过程中发挥了什么作用，又有何等重要性？ 如何理解元数据服务在数据存储过程的作用和重要性？ 理解元数据服务在数据存储过程中的作用和重要性，可以将其比作图书馆的图书目录和档案馆的档案索引。 二、 元数据服务的作用 元数据服务是负责收集、存储、管理、查询和维护元数据的系统或平台。 随着数据量的持续增长和数据应用场景的日益复杂，元数据服务的重要性也日益凸显，成为现代数据管理体系中不可或缺的关键组成部分。 厂商在设计元数据服务引擎过程中，通常会经历哪些过程？哪些是核心要点？
67210编辑于 2025-04-11 - 来自专栏生物信息云
生物信息数据分析教程视频——11-筛选相关性基因
fil_col = "gene_type", filter = FALSE) ##过滤不表达的基因
94720编辑于 2022-12-15 科普---肿瘤驱动基因、乘客基因、抑癌基因
癌症是以基因突变导致细胞异常和失控生长为特征的一系列疾病。驱动基因（Cancer Driver Gene, CDG）是指对肿瘤进展有重大影响的基因。 根据在癌症进展中的作用，驱动基因可分为两大类：原癌基因（Oncogenes）和抑癌基因（Tumor Suppressor Genes）。 癌基因成瘾（oncogene addiction）是指某些肿瘤维持其恶性生物学表型依赖于某个或某些活化癌基因的现象，这些癌基因也称为驱动癌基因（driver oncogenes）。 重复一遍癌症是一类基因疾病。基因对细胞生长的调控就像开车，有两大类基因进行调控，分别是“加油基因”和“刹车基因”。 某些“加油基因”或者“刹车基因”突变后就会对癌症的发生和发展过程起到推动作用且影响显著，这类基因就是肿瘤驱动基因（driver gene），而不会直接导致癌症发展的基因叫做乘客基因（passenger
2.4K20编辑于 2024-09-26- 来自专栏生信喵实验柴
宏基因组基因预测
一、基因预测 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation，prokka 是一个命令行软件工具，可以在一台典型台式机上在约 10 分钟内充分注释一个细菌基因组草图 它产生标准兼容的输出文件以进行进一步分析或者在基因组浏览器中查看。 J.err sh prokka.sh 选项参数： --outdir：输出结果目录 --prefix ：输出结果前缀 --metagenome：标记，输入数据为宏基因组序列 ，包括 gff 和序列，可用 igv 直接查看 gbk Genebank 格式，来自 gff fna 输入 contig 核酸文件 faa 基因的氨基酸序列 ffn 基因的核酸序列 sqn 用于提交的序列 sqn 的描述，用于 tbl2asn 生成 sqn 文件 tbl 特征表，用于 tbl2asn 生成 sqn 文件 err 软件运行错误日志 log 软件运行日志 txt 统计结果 tsv 所有注释基因特征表格
1K30编辑于 2023-02-24
腾讯云开发者
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