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查找一个基因的启动子序列
首先，知道启动子在哪里？ 启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游 其次，找gene的TSS 对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence 其他 人类的启动子相关数据库 Biobase TransPro mPROMDB CSH TRED Eukaryotic Promoter Databse（EPD） promoter sequence
5.7K20发布于 2018-12-13 - 来自专栏文献分享及代码学习
数据分析-启动子进化分析
启动子的重要性启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。 但有一些启动子(如tRNA启动子)位于转录起始点的下游,这些DNA序列可以被转录。启动子的特性最初是通过能增加或降低基因转录速率的突变而鉴定的。启动子一般位于转录起始位点的上游。 图片启动子序列的提取一般要进行启动子进化分析，都是在已知某一大类的基因是在CDS区比较保守 的，因此想查看在启动子区是否有同样的情况，因此首先需要对物种进行选取，以wrky家族为例，可以现在ensemble 启动子motif分析前面已经得到了多个物种的启动子序列，然后我们选用tbtools的fasta merge进行序列的合并，得到全部的fa文件。 做启动子motif分析的主要目的查看这些启动子的序列中是不是有些位点是与我们研究的某些特殊的信号转导的基因有关，为前面的实验结果进行佐证。
3.2K22编辑于 2022-06-28 - 来自专栏DrugOne
Science | 基于深度学习预测影响基因表达的启动子突变
研究人员提出PromoterAI——一种深度神经网络模型，能够精准识别引起基因表达异常的启动子变异。研究显示，这类启动子变异可在数千名个体的RNA和蛋白水平引发表达异常，并在群体中受到强烈的负向选择。 罕见病患者中，与临床相关基因对应的启动子变异显著富集，其功能影响亦通过报告基因实验得到验证。据估计，启动子变异占罕见病相关遗传负担的6%。 然而，由于难以区分功能性与中性的非编码变异，临床上对启动子变异的关注有限。迄今为止，仅有少量启动子中的致病非编码变异被明确识别，这限制了个性化基因组测序在临床的全面应用。 结果 PromoterAI模型预测启动子变异对基因表达的影响 研究人员开发了PromoterAI，一种卷积神经网络模型，利用启动子变异周围约20 kb的序列信息，预测其对表达的影响。 在罕见病患者中发现PromoterAI预测的致病启动子变异 在英国Genomics England项目中，研究人员发现启动子变异在与患者表型相关的基因中显著富集。
38000编辑于 2025-06-07 - 来自专栏智药邦
Nature｜AI预测基因启动子序列的有效性和进化
Vaishnav 等人创建了一个含3000万启动子的文库，每个启动子长80个碱基对。他们探索了酵母细胞中这些启动子驱动YFP基因表达的能力。b. 他们设计了数千个启动子（为简单起见，这里只显示了一个），发现该网络能够非常准确地预测每个启动子对基因表达的驱动程度。 例如，研究者们合成了数千个未用于训练的启动子序列，测定了它们驱动基因表达的能力，发现该神经网络非常准确地预测了每个启动子对基因表达的驱动程度。 首先，它只改变了基因序列中的启动子，而启动子只是能够影响基因表达的几种序列之一。它并没有对编码区序列的变异进行研究，编码区突变也可以影响基因表达产物。 它没有告诉我们为什么启动子驱动基因表达的水平显示出高和低的区别，以及哪些转录因子结合在启动子上，或者它们如何相互作用。换句话说，它在阐明基因表达的调控逻辑方面仍处于一片空白。
1.3K20编辑于 2022-04-13 - 来自专栏单细胞天地
scRNA-seq 鉴定上皮卵巢癌复发的启动子
而且CYR61+细胞与肿瘤细胞耐药呈正相关，揭示了CYR61是与上皮卵巢癌复发相关的启动子。
56120编辑于 2023-02-16 Nature | MPRA联合深度学习破解人类启动子调控语法密码
DRUGONE 启动子是调控基因转录的核心元件，其序列结构决定了基因表达强度与响应特性。 PARM 不仅在多种细胞类型中实现了高精度预测，还可生成全新高活性人工启动子，并系统解析转录因子结合位点、空间偏好及复杂调控语法结构。该方法为理解人类启动子的动态调控机制提供了一种高效而经济的策略。 人工启动子的自动设计 研究人员结合遗传算法与 PARM 预测能力： 从随机DNA序列出发 反复突变、重组与筛选高预测活性序列 最终生成多种： 与天然最强启动子相当的人工启动子 实验验证表明： 预测高活性序列确实具有强转录能力 聚焦启动子的高效 MPRA 策略 为提高实验效率，研究人员构建了：启动子富集型 MPRA 文库。 特点： 仅包含启动子区域DNA片段； 文库规模大幅缩小； 覆盖所有人类启动子。 图2：启动子聚焦MPRA构建流程与预测性能。
12620编辑于 2026-03-03- 来自专栏Y大宽
4️⃣ 核酸序列特征分析(3):启动子区域预测和转录终止信号预测
序列比对和序列特征分析总目录 1 启动子区域预测 启动子Promoter是位于基因5'端上游的DNA序列，调控基因表达。作用方式是通过与转录因子结合。 关于启动子更详细的简文请看查找一个基因的启动子序列 1 PromoterScan 2Promoter 2.0
1.9K50发布于 2019-01-28 - 来自专栏数据挖掘
数据挖掘—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析
数据挖掘—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析关于获取某基因的启动子序列，我之前已经有两篇帖子进行介绍了，见数据挖掘—NCBI中获取某基因序列和转录起始位点MSP甲基化引物设计最近遇到实验室的一个需求 前期我们需要获取JAK1、JAK2基因的启动子序列。这里介绍使用UCSC获取启动子序列的方法，更为方便。 -64,966,549，其启动子序列就为chr1:64966550-64968549在实际操作中，我们常常不仅需要需要知道基因的启动子序列，还需要知道哪边是与TSS更靠近的。 如CHIP-qPCR实验前，使用JASPAR预测转录因子与某基因的启动子结合位点，我们肯定是优先考虑与TSS更靠近的预测结果。正链基因是比较好理解的，肯定是启动子序列中右侧更靠近TSS。 综上，不管是正链基因还是负链基因，UCSC输出的启动子序列都是右侧序列更靠近TSS。
1.9K11编辑于 2025-10-20 - 来自专栏生信修炼手册
Promoter Capture Hi-C:研究启动子区染色质互作的利器
在测序深度足够的情况下，可以直接得到启动子区与其他染色质片段互作的可靠信息。 如果只想通过Hi-C技术来研究启动子的互作，Promoter Capture Hi-C无疑是更好的选择。
4K10发布于 2019-12-19 - 来自专栏DrugOne
. | 基于CRISPRi技术检测增强子与启动子相互作用
KRAB-dCas9已经被证明可以抑制许多启动子和增强子，并影响gRNA附近的200-500个碱基对(bp)内的候选调控元素。 Fulco团队提出了ABC模型，该模型基于简单的生物化学概念：一种远端候选元素对目标基因的定量影响应该取决于它作为增强子的活性(Activity)，加权于它与目标基因启动子的3D接触频率(Contact 接触频率(C)取5 kb分辨率下，远端候选元素E与目标基因G上启动子之间的由Hi-C实验法测得的KR归一化接触频率。 ? 文章中的实验数据以及ABC模型的预测都表明增强子往往调控多个基因、大部分起作用的增强子距离目标启动子的不超过100kb、增强子对目标基因的量化影响时大范围的。
2K50发布于 2021-02-01 - 来自专栏DrugOne
. | 基于扩散的生成模型用于从头设计启动子
计算机辅助的启动子设计是合成启动子工程中的一大发展趋势。各种深度学习模型已被用来评估或筛选合成启动子，但关于从头设计启动子的研究还很少。 为了探索生成模型在启动子设计中的潜力，作者在大肠杆菌中建立了一个基于扩散的生成模型。该模型完全由序列数据驱动，能够研究自然启动子的基本特征，从而生成在结构和组分上与自然启动子相似的合成启动子。 作者还改进了FID指标的计算方法，使用卷积层来提取启动子序列的特征矩阵。得到的合成启动子的FID为1.37，这意味着合成启动子的分布与自然启动子类似。 另一种突变技术是杂交启动子工程，通过杂交现有的启动子生成合成启动子。根据以往的研究结果，杂交启动子工程在性能改进方面是有效的，但存在输出低、复杂性高和上下文依赖性的问题。 扩散模型捕捉到了天然启动子的基本特征 根据对原核启动子的先验信息，进行了几项外部验证实验，以全面评估合成启动子。
57110编辑于 2024-05-15 - 来自专栏数据挖掘
JASPAR分析转录因子与某基因启动子的结合位点及MUT位点
JASPAR分析转录因子与某基因启动子的结合位点及MUT位点最近实验室有个分析需求，要求用JASPAR数据库预测转录因子Sox18与Itch 结合位点（物种：小鼠），需要Itch的启动子区域以及突变后的序列 如何方便的获取某基因的启动子序列，以及使用JASPAR预测，我已经在之前的帖子中详细记录了数据挖掘—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析,这里主要介绍下，如何找MUT位点，以及后续验证（MUT 位点可使用chatgpt辅助，但突变后的序列需通过验证即可）1.Itch启动子序列获取UCSC数据库中检索“Itch”（Mouse），将转录起始位点（TSS）前2000bp序列作为启动子序列（根据基因位于 fasta文件，其中小写字母为TSS前2000bp序列，作为启动子区域；大写字母为5‘UTR区域sup/WT_Itch_promoter_5'UTR.fasta'#WT:Itch启动子序列,可使用snapgene 打开，其中标注了结合位点（可忽略）sup/WT_Itch_promoter_5'UTR.dna'#MUT:Itch启动子序列fasta文件，其中小写字母为TSS前2000bp序列，作为启动子区域；大写字母为
1.1K10编辑于 2026-01-05 - 来自专栏igenome
20220519_提取基因5UTR与3UTR与启动子序列的方法
20220519_提取基因5'UTR与3'UTR与启动子序列的方法 01 打开UCSC genome browser网站 https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables hgta_outputType=sequence&hgta_outFileName=test 1.png 2.png 02 5'UTR序列下载 3.png 03 3'UTR序列下载 4.png 04 启动子序列下载
3.6K70编辑于 2022-05-19 - 来自专栏生信宝典
如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。 首先确定启动子区域，这里定义转录起始位点上游1000 bp和下游500 bp为启动子区域。 =$5-500; end=$5+1000; } if(start<0) start=0; print $1,start,end,$14,$10,$7;}}' >GRCh38.promoter.bed 启动子区域如下 （这个bed文件也可以用于ChIP-seq类型的数据分析确定peak是否在启动子区域） head GRCh38.promoter.bed chr20 86250 87750 DEFB125 # -name: 输出基因名字（bed文件的第四列） # -s: 考虑到正反链（对于启动子区域，是否考虑链的信息关系不太大） bedtools getfasta -name -s -fi GRCh38.
6.7K10编辑于 2022-01-18 - 来自专栏DrugOne
EPIVAN | 基于预训练和注意力机制的启动子增强子相互作用预测
因此研究某个增强子是否会和某个启动子发生反应具有重大的意义。用生物实验的手段进行增强子和启动子的相互作用研究需要耗费大量的人力、时间和资金。 随着高通量测序技术发展，为研究人员提供了大量的数据，用计算的方式深入研究增强子和启动子的相互作用成为可能。 现有的一些关于增强子和启动子的相互作用识别的计算方法存在一些不足。 为了解决这些问题，作者提出了一个新的深度学习模型，EPIVAN,只需要输入增强子和启动子的基因序列就可以预测增强子和启动子的相互作用。 （3）建立了一个通用模型，它具有迁移能力，可用于预测各种细胞系中的增强子和启动子的相互作用。 2.模型介绍 模型预测增强子和启动子的相互作用的流程如图1所示。 总结 在这项工作中，作者提出了一个仅使用增强子和启动子序列就能预测增强子和启动子相互作用的新模型EPIVAN。
1.2K60发布于 2021-01-29 - 来自专栏生信札记
进化树+Motifs+结构域+启动子+基因结构+....
可以拿来可视化结构域信息，如pfam，SMART等，也可以拿来可视化启动子的顺式作用元件预测结果等。 主界面的介绍略显枯燥，也不形象，下面**用非常多的使用实例**来说明这个功能的有趣之处。 [1240] 当然，还是那样，可能用户希望的是跟进化树放在一起... [1240] 可视化顺式作用元件（启动子）信息 顺式作用元件的预测，目前已经有不少推文可以看到了。
22.4K66发布于 2021-04-05 - 来自专栏生信宝典
一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点
： 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。 如果关注核心启动子，可见生信宝典之前发布的Jaspar数据库介绍。获取正链或负链的启动子序列时要注意方向。之前awk的教程中有些提及。 查找基因的启动子区域-NCBI 1. 打开PubMed：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed ? 2. 复制上述序列就是基因的启动子序列了。 2. 查找基因的启动子区域-UCSC 1. 打开UCSC：http://www.genome.ucsc.edu/，点击Table Browser： ? 2. 转录因子结合位点的预测 后面的预测步骤是改版前的Jaspar，可见上一篇介绍Jaspar的文章学习在 新版Jaspar中怎么预测启动子区域的转录因子结合位点。
115.9K2525发布于 2018-08-17 - 来自专栏生信菜鸟团
这篇review带你了解，人类线粒体转录的机制与调控
在哺乳动物中，每条链都有一个启动子——L链启动子（LSP）和H链启动子（HSP）——从NCR规范地启动转录。 正如我们后面将要讨论的，最近又发现了一个第三个启动子（LSP2）。 在本节中，我们将讨论POLRMT的启动子特异性转录机制，以及人体线粒体启动子的转录活性如何在活细胞中被调控。 HSP，重链启动子；LSP，轻链启动子。 POLRMT和TFB2M都参与了启动子元件的序列特异性识别，在启动子初步解链后，TFB2M与TSS附近的核苷酸形成相互作用。 HSP，重链启动子；LSP，轻链启动子；OriL，L链复制的起始位置；TAS，终止相关序列。
1.6K00编辑于 2025-01-02 - 来自专栏生信宝典
颠覆！垃圾DNA不是垃圾！活细胞成像实时演绎基因调控全过程！
（最近一期的cell揭示了相变在增强子调控中的作用） 通过实时成像视频，研究人员发现基因的激活转录的首要条件就是实现增强子和基因间的物理接触，这种物理接触使增强子与靶基因的启动子紧密结合，从而大大增强启动子的活性 也就是说，转录过程中，增强子的功能就是“监工”，它会在接触靶基因后唤醒启动子，同时监督并鞭策启动子工作直至转录结束。 ? 视频显示，启动子被唤醒后，整个靶基因就会自觉进入工作状态，同时对增强子的鞭策“心领神会”并按指示增加转录频率。 而且，增强子和启动子为了能更加契合对方，都对自身结构进行了一定程度的调整，从而形成更加紧凑，更加稳定的连接结构。 ? 增强子和启动子紧密连接 ? 增强子和启动子构象表征 前面有说过大多数增强子跟靶基因间隔着“银河”，那么，它们是怎样跨越这段距离的呢？首先要知道增强子的靶基因并不唯一，它的识别点是靶基因的启动子。
55120发布于 2018-12-29 【辰辉创聚生物】哺乳动物瞬时蛋白表达|CHO细胞蛋白表达|HEK293细胞蛋白表达
表达载体与调控元素表达载体是 TGE 的核心，通常包含启动子、增强子、转录终止信号及选择标记等元素。 常用的 CMV 启动子在多种系统中被广泛采用；进一步的优化如加入 EBNA-1/large T antigen 可促进 TGE 效率。 最新研究中，某些新型载体将 CMV 增强子、WPRE (woodchuck hepatitis virus post-transcriptional regulatory element) 与 EF-1α 启动子组合使用 启动子与调控元件优化启动子是影响瞬时表达效率的关键因素。传统的 CMV 启动子在多数哺乳细胞中表现稳定，但近年来研究显示，复合型启动子能够显著提高表达水平。 例如，CMV 启动子与 EF-1α 启动子的组合，在多种细胞系中都表现出更高的转录活性。
45910编辑于 2025-09-10
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