MCE 推出的老药新用化合物库(DrugRepurposing Compound Library)不但包括已经上市的临床药物,还包括那些通过了临床 I 期的安全性测试而由于种种原因最后未能成功上市的药物 ,可以为研究者提供更加丰富全面的化合物资源。
Leamon CP 等[1],研究发现叶酸受体阳性 KB 细胞对 EC0489 呈高度敏感性,IC50 值为 5 nM。 该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。此外,BAY-678 在大鼠和小鼠中也显示出重要的肺血流动力学和血管作用。
Leamon CP 等[1],研究发现叶酸受体阳性 KB 细胞对 EC0489 呈高度敏感性,IC50 值为 5 nM。 该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。此外,BAY-678 在大鼠和小鼠中也显示出重要的肺血流动力学和血管作用。
ok,先把前几章摆在这里,没看的同学记得看下: 往期回顾: 超量化合物库筛选策略–P1 超量化合物库筛选策略–P2 超量化合物库筛选策略–P3 超量化合物库筛选策略–P4 主要内容: 其实主要步骤就是获取 ok,这里是我拿到的building block库,总共有6种,分别为:羧酸化合物库,醛基化合物库,烷基卤化物化合物库,芳基卤化物化合物库,伯胺化合物库,仲胺化合物库。 ,在羧基化合物库中寻找含有以下片段的化合物 [H2;N]C1=CC=C(Br)S1 匹配后的数目 0 well,证明这个比较好的片段不存在于这个库中,那我就去掉Br原子,只是搜索这个5元杂环,仍然没有 在羧基化合物库有496个,在氨基化合物库中有473个 对4.2化合物进行延展,探索此分支下的最优,其余化合物处理类似,所以不再赘述 化合物4.2 image.png 对5元环进行替换,测试羧基端的496 中间其实是可以加一些PAINS,RO5之类的信息用于过滤的 在进行片段增加时,可以尝试直接基于前一化合物的最好pose,来进行增长,类似于FBDD+SBDD building block + reation
研究发现,某些癌细胞对铁死亡相对比较敏感,一些化合物可以通过增加铁富集和 ROS 压力诱导铁死亡的发生,特异性杀死癌细胞。 为方便科研研究,MCE 铁死亡化合物库,主要包含一些常用的铁死亡诱导剂及抑制剂,化合物主要靶向 GPX4,system Xc-,ROS,DPP4,p53,Nrf2 等与铁死亡密切相关的靶点,可以用于铁死亡机制及相关疾病的研究
该化合物是最开始具有抑制癌细胞增殖活性的 BRD4 靶向 MDM2 的PROTAC。 在体外,A1874 在诱导细胞内 BRD4 降解时的 DC50 值为 32 nM。 Mol Cell. 2017 Jul 6;67(1):5-18.e19. MZP-55 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)是一种具有降解某些蛋白质功能的嵌合体。
药物筛选是发现药物先导物的重要途径,好的化合物库则是药物筛选的必备武器。MCE 拥有丰富的数据库资源,助力您的药物筛选研究!药物筛选研究与化合物新颖性密切相关。 Discovery Diversity Sets (DDS) 专注于新型化合物结构式,库中收录了近 5 年合成的新型化合物,推荐用于新型化合物的随机筛选。 DDS 库共含有 60,480 个类先导物化合物,包含 DDS 10 (含 10,240 个化合物)和 DDS 50 (含50,240 个化合物)两个化合物库,库中化合物不重叠。 HLL 库是将250万有库存化合物经MedChemfilters、PAINS等过滤后得到的化合物库,从而保持最高水平的多样性,库中约 2000 化合物超出 RO5 原则,以实现更多的多样性。 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选;也可以在 MCE 虚拟筛选后,选择部分高分化合物组库进行实验验证。
也几乎是独有的源泉,当时超过 80% 的药物均是原始天然产物或者其类似物;随着有机化学、药物化学、计算机技术等的发展,即使到了人工合成小分子药物占主导地位的今天,以天然产物的母核结构为基础,进行改造或设计新型化合物仍是新药研发的重要手段之一 MCE 天然产物化合物库(Natural Product Library)包含来自植物、动物和微生物的多种内源性物质,如糖类、糖苷类、苯丙素类、黄酮类等,可以为药物研发过程中先导物化合物的发现提供多种有生物活性的母核结构 最近,在天然产物化合物库的基础上,MCE 又推出天然产物化合物库 plus 版本(Natural Product Library Plus)和天然产物类似物化合物库(Natural Product Like 前者在原来天然产物化合物库的基础之上,又添加了部分溶解度不高及理化性质稳定性较低的天然产物;后者则包含多种生物活性已知且与天然产物的母核结构类似的化合物。
MCE 糖尿病相关的小分子化合物库,其中的小分子可以调节多个与血糖代谢相关靶点,如 SGLT, PPAR, DPP-4,AMPK, Glucagon Receptor 等,是研究糖尿病发病机制及筛选糖尿病治疗药物的有力工具 WHO, 2016. [2] Cardiovasc DrugsTher. 2017 Dec;31(5-6):579-592. PMID: 28956186.
化合物库分类选择合适的小分子化合物库不仅能极大的提升筛选效率,同时可以节省筛选时间以及科研费用。面对琳琅满目的产品,该怎么从大量的分子中遴选出可能有效的候选化合物,避免对化合物的盲目筛选呢? MCE 根据生物医药研究热点,将化合物库分为 100 种,方便您更加迅速准确地选择出适合自己的分子库:根据临床状态分为上市药物化合物库以及临床期化合物库;根据疾病类型分为抗肿瘤化合物库,抗病毒化合物库, 以及抗感染化合物库等;根据信号通路或蛋白家族分为 GPCR 化合物库,表观遗传学化合物库,干细胞化合物库以及凋亡化合物库等;根据产品特性分为可渗透血脑屏障化合物库以及天然产物化合物库等;此外,我们还会根据您的具体需求 化合物库优势分子数量众多——MCE 的化合物库包含 4000+ 活性分子,分子数量上的绝对优势,极大地提高了您筛选出目标分子的机会。 化合物库发表科研文章MCE 化合物库现已帮助全球众多科研工作者发表大量高水平论文。
在生化反应中作为伪底物,抑制核苷酸从头合成的相关酶,干扰 dNTPs 库,从而抑制 DNA 的复制。2. 掺入 DNA 或 RNA,中断 DNA 和 RNA 链的延伸。3. MCE 核酸类化合物包括一些内源性的核苷及核苷酸物质及其类似物,是研究癌症及抗感染的有用工具。 脂类化合物是脂肪、类脂及其衍生物的总称,其中具有特定生理、药理学作用的化合物称为脂类药物。 脂类化合物是机体内的一类重要物质,参与机体的多种生物进程,如储存能量(如脂肪),组成细胞结构(如磷脂)以及作为活性成分参与信号转导(如激素)等。 MCE 脂类化合物库包括甘油三酸酯、磷脂、鞘脂、类固醇及其结构类似物或衍生物等,为您筛选脂类药物提供了便利。 参考文献 1. Jordheim LP, et al.
天然产物库及衍生物库化合物种类的丰富度及结构多样性在药物筛选中起到关键作用。 相关化合物库作用天然产物化合物库2000+ 种天然产物集合,包括糖类和糖苷,苯丙素类,醌类,黄酮类,萜类,类固醇,生物碱,酚类,酸和醛等天然产物类似物库180+ 个结构上与类固醇、单宁、黄酮、醌类、异喹啉类等结构类似的天然产物类似物集合 中药单体化合物库700+ 种中草药来源的单体化合物集合,包括黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型,具有较高的药用价值,是筛选中药来源药物的有用工具。 抗生素化合物库400+ 种抗生素集合,均来自天然提取或半人工合成,包括青霉素类、头孢菌素类、四环素类、大环内酯类等多种类型。萜类化合物库200+ 个来自天然产物的萜类化合物集合。 酚类化合物库100+ 种酚类天然化合物集合参考文献1. Eric Patridge, etc.
在药物研发领域,里宾斯基五规则被用于对化合物库的初筛,以期摒除那些不适合成为药物的分子,缩小筛选的范围并降低药物研发成本。 在长期的实践过程中,药物化学家们对里宾斯基五规则作出简化,形成“四规则”和“三规则”,但是四规则和三规则有时仍然被称作“五规则”,这里的五指的是各条规则的判别值均为5或500。 里宾斯基五规则的内容 化合物的分子量小于500道尔顿 化合物结构中的氢键给体 (包括羟基、氨基等)的数量不超过5个 化合物中氢键受体的数量不超过10个 化合物的脂水分配系数的对数值 (logP)在-2到 5之间 化合物中可旋转键的数量不超过10个 简化后的四规则去掉了关于可旋转键的数量限制;三规则进一步去掉了对氢键受体数量的限制。 一些药物化学家还仿照里宾斯基五规则提出了用于筛选类先导化合物的五规则: 化合物的分子量在100至380道尔顿之间 化合物中有尽可能少的氢键受体 化合物中有尽可能少的芳香环 化合物脂水分配系数的对数值在1
我们根据 2019-nCoV 新冠病毒 3CL 水解酶结构 (PDB ID: 6LU7) 对公司已有的老药新用化合物库(包含上市药物及临床2 期及以后药物)进行虚拟筛选,并结合已报道的科研团队筛选的结果汇总整理得到 500 多个可能具有抗 2019-nCoV 活性的化合物 (该数据仅代表计算机模拟、计算的结果,未经生物实验验证),建立了抗 COVID-19 化合物库。 Ondansetron Ondansetron (GR 38032; SN307) 是 5- HT3 受体 拮抗剂。 Vancomycin Vancomycin 是用于治疗细菌感染的抗生素。
作者丨王建民 单位丨湖南大学 研究方向丨药物设计、生物医药大数据 ---- 展示一种小分子数据库的相似性分析策略。 FingerprintMolsfrom rdkit.Chem import Draw # clusteringfrom scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage 载入数据 该库包含超过
近年来,中药单体库的分离和制备已经取得了显著的进展,中药单体库和天然产物库等对传统中药成分进行了全面详尽的汇编,人们发现通过对传统药物化合物库进行高通量筛选 (High throughput screening 一方面,高通量筛选技术可以利用自动化设备及灵敏的检测系统等使生化或细胞事件能够重复和快速测试化合物数十万次。另一方面,其结合数量庞大的中药样品库,可以实现药物筛选的规模化。 MCE 的中药单体化合物库目前可以提供近 3000 种中草药来源的单体化合物,包括含黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型,具有较高的药用价值,是筛选中药来源药物的有用工具相关产品天然产物库MCE 中药单体化合物库MCE 近 3,000 种中草药来源的单体化合物,包括含黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型,具有较高的药用价值,是筛选中药来源药物的有用工具。 植物来源化合物库MCE 包含 2,500+ 种植物来源的天然产物。
)高血脑屏障穿透率的小分子化合物数据库 CNS library 精选具有低极性表面积(TPSA< 70 Å2)、低 ClogP (平均为1.63)、低氢键形成程度(氢键供体和受体的总数小于 8 )、低 Serine Hydrolase Library (含 12,040 种化合物)可能与丝氨酸残基形成共价键的精选化合物库 通过分析能够与氨基酸残基形成共价键的活性官能团,CovalentScreening Library 精选了具有如下 "弹头"结构的化合物,这些化合物符合类药 5 原则且具有最佳反应性和基本稳定性。 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选;也可以在MCE 虚拟筛选后,选择部分高分化合物组库进行实验验证。 MCE 和 Enamine 强强联合,为广大科研工作者提供前沿和最多样化的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。详询当地市场经理或授权经销商。
为方便科研研究,MCE 新推出了泛素化合物库,主要靶向 E1/E2/E3 酶,NEDD8 激活酶(NAE), DUB, 蛋白酶体, P97 等泛素化系统中的关键成分,为研究泛素化机制及相关疾病提供了便利
Kynurenine Pathway Library (含12,300种化合物) 靶向犬尿氨酸代谢途径关键酶的新型化合物库 KynureninePathway (犬尿氨酸途径, KP)是色氨酸代谢的主要途径 Kynurenine Pathway Library 是通过分子对接、药效团模型匹配等精心挑选的化合物库,库中化合物靶向犬尿氨酸代谢关键酶:indoleamine dioxygenase (IDO)、tryptophandioxygenase RNA Library (含9,070种化合物) 可能结合 RNA 的化合物库 作为生命体“中心法则”的枢纽,RNA 不仅是基因表达的调控因子,而且具有调节蛋白质合成的能力。 Tubulin Library (含3,454种化合物) 靶向微管蛋白的化合物库 微管 (tubulin)是真核细胞中普遍存在且独有的管状细胞器结构,是细胞骨架的重要组成部分,在有丝分裂过程中起重要作用 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选;也可以在 MCE 虚拟筛选后,选择部分高分化合物组库进行实验验证。
Protein-Protein Interaction Library 化合物骨架举例 Epigenetics Library (含9,353 种化合物) 表观遗传相关的化合物库 表观遗传学是研究基因功能中可遗传的变化 配体—组蛋白去乙酰化酶 (HDACs)相互作用模式图 Antiviral Library (含3,700种化合物) 可能具有抗病毒活性的化合物库 病毒可以通过多种传播途径侵入机体,在宿主细胞中增殖 Fig3.AntiviralLibrary 化合物举例 Agro-like Library (含 15,085 种化合物) 用于农业/作物科学的化合物库 农业化学品指农业生产中投入的如化肥、农药、兽药和生长调节剂 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选;也可以在 MCE 虚拟筛选后,选择部分高分化合物组库进行实验验证。 MCE 和 Enamine 强强联合,为广大科研工作者提供新颖又全面的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。