- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏DrugScience
超量化合物库筛选策略–P4
上期回顾 超量化合物库筛选策略–P1 超量化合物库筛选策略–P2 超量化合物库筛选策略–P3 具体步骤 5. 对于反应物库SMARTS的更改 注：对于SMARTS不是很熟悉，所以，我在怀疑某些SMARTS写错了，从其余地方进行查找，更新了反应物的SMARTS，放在这里。 6. 使用上述反应物对已经处理好的化学反应库进行匹配 6.1 首先枚举一下共有多少种可能反应 import rdkit from rdkit import Chem from rdkit.Chem import reactants_c = list(combinations(reactants,2)) 注： 可产生的化学反应应该有15种，和我原来所预计的36种有所不同，不应该是直接6*6，更新一下 那么可以获取的潜在化合物最多会有 $(N-C=[O,N,S])]'), ('[CX4][Cl,Br,I]', '[R][Cl,Br,I]'), ('[CX4][Cl,Br,I]', '[N;H2;D1;$(N-!@[#6]);!
62710编辑于 2022-05-17 - 来自专栏DrugScience
Rdkit学习-No.4-化合物库的设计-基于BRICS
###BRICS 算法的实现 ###环境： python35 IPython ####解释： >Rdkit提供的一种基于片段分子的键合成新化合物的方法。 2c3ccccc3Oc3ccc(Cl)cc3[C@H]2C1', 'COC1=C(OC)C(=O)C(CCCCCCCCCCO)=C(C)C1=O', 'C[C@]12CC[C@H]3[C@@H](CC=C4C [C@@H](O)CC[C@@]43C)[C@@H]1CCC2=O', 'C[C@]12CC[C@H]3[C@@H](CCC4=C(O)C(=O)CC[C@@]43C)[C@@H]1CCC2=O'] (N)NC32)[C@]2(C)[C@H](C)CC[C@]3(CCC(=O)[C@H]32)[C@@H](C)[C@@H]1O' #查看生成的分子 ``` ####结果： 生成了一个包含10个分子的化合物库
1.4K00发布于 2021-02-04 - 来自专栏生命科学
“老药新用”化合物库&抗衰老化合物库 | MedChemExpress
MCE 推出的老药新用化合物库（DrugRepurposing Compound Library）不但包括已经上市的临床药物，还包括那些通过了临床 I 期的安全性测试而由于种种原因最后未能成功上市的药物 ，可以为研究者提供更加丰富全面的化合物资源。 目前，针对衰老分子机制的研究方向主要集中在营养代谢和能量摄入等方面，例如氧化反应，自噬，mTOR 信号通路，胰岛素生长因子（IGF-1）, AMPK 信号通路以及长寿蛋白 Sirtuins 等[4]。 PMID:27524412. [4] Expert Opin DrugDiscov. 2017 Sep;12(9):955-966.PMID:28695747.
50430编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生命科学
MCE 化合物库 | MedChemExpress
R916562 对于 Axl/VEGF-R2 的 IC50 值分别为 36 nM 和 4 nM。在 MDA-MB-231 人乳腺癌异种移植模型中，R916562 可延迟和抑制肿瘤的生长。 该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。此外，BAY-678 在大鼠和小鼠中也显示出重要的肺血流动力学和血管作用。
56810编辑于 2023-02-22 - 来自专栏生命科学
MCE 化合物库 | MedChemExpress
R916562 对于 Axl/VEGF-R2 的 IC50 值分别为 36 nM 和 4 nM。在 MDA-MB-231 人乳腺癌异种移植模型中，R916562 可延迟和抑制肿瘤的生长。 该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。此外，BAY-678 在大鼠和小鼠中也显示出重要的肺血流动力学和血管作用。
29110编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生命科学
铁死亡化合物库 | MedChemExpress
谷胱甘肽是谷胱甘肽过氧化物酶 GPX4 的辅因子，GPX4 是一种抗氧化酶，可以在谷胱甘肽的作用下，中和脂质过氧化物，保护膜的流动性。 当 system Xc- 活性被抑制或 GPX4 活性被抑制时，会造成脂质过氧化，并导致活性氧 ROS 的积累，在铁离子的作用下，细胞会发生铁死亡。 研究发现，某些癌细胞对铁死亡相对比较敏感，一些化合物可以通过增加铁富集和 ROS 压力诱导铁死亡的发生，特异性杀死癌细胞。 为方便科研研究，MCE 铁死亡化合物库，主要包含一些常用的铁死亡诱导剂及抑制剂，化合物主要靶向 GPX4，system Xc-，ROS，DPP4，p53，Nrf2 等与铁死亡密切相关的靶点，可以用于铁死亡机制及相关疾病的研究 NatureNanotechnology, 2016. [4] Wang, W. et al.
45120编辑于 2023-03-03 - 来自专栏生命科学
PROTAC 降解剂化合物库 | MedChemExpress
A1874 A1874 是一种以 nutlin 为基础的、BRD4-降解的 PROTAC，DC50 值为 32 nM (诱导细胞内的 BRD4 降解)。有效抑制多种癌细胞增殖。 该化合物是最开始具有抑制癌细胞增殖活性的 BRD4 靶向 MDM2 的PROTAC。 在体外，A1874 在诱导细胞内 BRD4 降解时的 DC50 值为 32 nM。 BRD4 表达 98%。 BD1)，1.0±0.1 nM (BRD4 BD2)。 BET 蛋白包括 BRD2、BRD3、BRD4 和 BRDT。MZP-55 是 BRD3/4 的选择性降解剂。MZP-55 具有良好的抗 BET 蛋白活性，具有较强的抗肿瘤作用。
36840编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生命科学
MCE虚拟筛选化合物库 | MedChemExpress
药物筛选是发现药物先导物的重要途径，好的化合物库则是药物筛选的必备武器。MCE 拥有丰富的数据库资源，助力您的药物筛选研究！药物筛选研究与化合物新颖性密切相关。 DDS 库共含有 60,480 个类先导物化合物，包含 DDS 10 (含 10,240 个化合物)和 DDS 50 (含50,240 个化合物)两个化合物库，库中化合物不重叠。 Hit Locator Library 最多样化的化合物库！ HLL 库是将250万有库存化合物经MedChemfilters、PAINS等过滤后得到的化合物库，从而保持最高水平的多样性，库中约 2000 化合物超出 RO5 原则，以实现更多的多样性。 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在 MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。
53620编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生命科学
天然产物化合物库 | MedChemExpress
也几乎是独有的源泉，当时超过 80% 的药物均是原始天然产物或者其类似物；随着有机化学、药物化学、计算机技术等的发展，即使到了人工合成小分子药物占主导地位的今天，以天然产物的母核结构为基础，进行改造或设计新型化合物仍是新药研发的重要手段之一 MCE 天然产物化合物库（Natural Product Library）包含来自植物、动物和微生物的多种内源性物质，如糖类、糖苷类、苯丙素类、黄酮类等，可以为药物研发过程中先导物化合物的发现提供多种有生物活性的母核结构 最近，在天然产物化合物库的基础上，MCE 又推出天然产物化合物库 plus 版本（Natural Product Library Plus）和天然产物类似物化合物库（Natural Product Like 前者在原来天然产物化合物库的基础之上，又添加了部分溶解度不高及理化性质稳定性较低的天然产物；后者则包含多种生物活性已知且与天然产物的母核结构类似的化合物。
57320编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生命科学
糖尿病化合物库 | MedChemExpress
MCE 糖尿病相关的小分子化合物库，其中的小分子可以调节多个与血糖代谢相关靶点，如 SGLT, PPAR, DPP-4,AMPK, Glucagon Receptor 等，是研究糖尿病发病机制及筛选糖尿病治疗药物的有力工具
33910编辑于 2023-03-01 - 来自专栏生命科学
MCE化合物库-新药研发 | MedChemExpress
MCE 根据生物医药研究热点，将化合物库分为 100 种，方便您更加迅速准确地选择出适合自己的分子库：根据临床状态分为上市药物化合物库以及临床期化合物库；根据疾病类型分为抗肿瘤化合物库，抗病毒化合物库， 以及抗感染化合物库等；根据信号通路或蛋白家族分为 GPCR 化合物库，表观遗传学化合物库，干细胞化合物库以及凋亡化合物库等；根据产品特性分为可渗透血脑屏障化合物库以及天然产物化合物库等；此外，我们还会根据您的具体需求 化合物库发表科研文章MCE 化合物库现已帮助全球众多科研工作者发表大量高水平论文。 发表的部分科研论文：Nat Commun. 2018 Apr 26;9(1):1677.Nat Commun. 2018 Apr 3;9(1):1303.Nat Med. 2017 Apr 7;23(4) :405-408.Cell Rep. 2017 Jul 25;20(4):999-1015.J Med Chem. 2018 Jan 11;61(1):360-371.Sci Rep. 2017 Oct
47810编辑于 2023-02-08 - 来自专栏生命科学
核苷酸类化合物库 & 脂类化合物库参与细胞调控 | MedChemExpress
在生化反应中作为伪底物，抑制核苷酸从头合成的相关酶，干扰 dNTPs 库，从而抑制 DNA 的复制。2. 掺入 DNA 或 RNA，中断 DNA 和 RNA 链的延伸。3. MCE 核酸类化合物包括一些内源性的核苷及核苷酸物质及其类似物，是研究癌症及抗感染的有用工具。 脂类化合物是脂肪、类脂及其衍生物的总称，其中具有特定生理、药理学作用的化合物称为脂类药物。 脂类化合物是机体内的一类重要物质，参与机体的多种生物进程，如储存能量（如脂肪），组成细胞结构（如磷脂）以及作为活性成分参与信号转导（如激素）等。 MCE 脂类化合物库包括甘油三酸酯、磷脂、鞘脂、类固醇及其结构类似物或衍生物等，为您筛选脂类药物提供了便利。 参考文献 1. Jordheim LP, et al.
33920编辑于 2023-03-01 - 来自专栏生命科学
MCE 天然化合物相关库更新
天然产物库及衍生物库化合物种类的丰富度及结构多样性在药物筛选中起到关键作用。 相关化合物库作用天然产物化合物库2000+ 种天然产物集合，包括糖类和糖苷，苯丙素类，醌类，黄酮类，萜类，类固醇，生物碱，酚类，酸和醛等天然产物类似物库180+ 个结构上与类固醇、单宁、黄酮、醌类、异喹啉类等结构类似的天然产物类似物集合 中药单体化合物库700+ 种中草药来源的单体化合物集合，包括黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型，具有较高的药用价值，是筛选中药来源药物的有用工具。 抗生素化合物库400+ 种抗生素集合，均来自天然提取或半人工合成，包括青霉素类、头孢菌素类、四环素类、大环内酯类等多种类型。萜类化合物库200+ 个来自天然产物的萜类化合物集合。 酚类化合物库100+ 种酚类天然化合物集合参考文献1. Eric Patridge, etc.
41420编辑于 2023-03-15 - 来自专栏生信小驿站
结构分析（4）化合物分子相似性
相似性评估 化合物的指纹对于使用计算机考虑化合物的相似性是必需的。已经提出了各种评估方法，但是最常用的评估方法称为“ Tanimoto系数 ”。 (CC3CCCN3C1)C1=C2C=C(OC)C(OC)=C1 # 3 COC1=CC2=C(C=C1)C1=C(CN3CCCC3C1)C1=C2C=C(OC)C(OC)=C1 # 4
2.3K20发布于 2021-01-29 - 来自专栏DrugOne
RDKit | 基于Lipinski规则过滤化合物库
在药物研发领域，里宾斯基五规则被用于对化合物库的初筛，以期摒除那些不适合成为药物的分子，缩小筛选的范围并降低药物研发成本。 里宾斯基五规则的内容 化合物的分子量小于500道尔顿 化合物结构中的氢键给体 (包括羟基、氨基等)的数量不超过5个 化合物中氢键受体的数量不超过10个 化合物的脂水分配系数的对数值 (logP)在-2到 一些药物化学家还仿照里宾斯基五规则提出了用于筛选类先导化合物的五规则： 化合物的分子量在100至380道尔顿之间 化合物中有尽可能少的氢键受体 化合物中有尽可能少的芳香环 化合物脂水分配系数的对数值在1 到3之间 化合物能够与靶受体相结合 当然很多药物已超出Lipinski规则，如果化合物具有特异性的吸收通道，或者抗菌药，抗生素，维生素，强心配糖体和生物药等不适用于Rule of five。 Drug Discovery Today: Technologies, 2004, 1(4): 337-341. 3.
2.6K70发布于 2021-01-29 - 来自专栏生命科学
MCE | 抗 COVID-19 化合物库
我们根据 2019-nCoV 新冠病毒 3CL 水解酶结构 (PDB ID: 6LU7) 对公司已有的老药新用化合物库（包含上市药物及临床2 期及以后药物）进行虚拟筛选，并结合已报道的科研团队筛选的结果汇总整理得到 500 多个可能具有抗 2019-nCoV 活性的化合物 (该数据仅代表计算机模拟、计算的结果，未经生物实验验证），建立了抗 COVID-19 化合物库。
36950编辑于 2023-03-10 - 来自专栏DrugOne
RDKit | 化合物库的相似性分析
作者丨王建民 单位丨湖南大学 研究方向丨药物设计、生物医药大数据 ---- 展示一种小分子数据库的相似性分析策略。 FingerprintMolsfrom rdkit.Chem import Draw # clusteringfrom scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage 载入数据 该库包含超过
1.7K30发布于 2021-01-29 - 来自专栏生命科学
中药单体库 ｜ 高通量药筛化合物库| MedChemExpress
近年来，中药单体库的分离和制备已经取得了显著的进展，中药单体库和天然产物库等对传统中药成分进行了全面详尽的汇编，人们发现通过对传统药物化合物库进行高通量筛选 (High throughput screening 最终从根生植物 Tacca. subflabellata 中鉴定出 Taccaoside A 可作为潜在的抗 CSC 药物的先导化合物[4]。 MCE 的中药单体化合物库目前可以提供近 3000 种中草药来源的单体化合物，包括含黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型，具有较高的药用价值，是筛选中药来源药物的有用工具相关产品天然产物库MCE 中药单体化合物库MCE 近 3,000 种中草药来源的单体化合物，包括含黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型，具有较高的药用价值，是筛选中药来源药物的有用工具。 植物来源化合物库MCE 包含 2,500+ 种植物来源的天然产物。
74610编辑于 2023-03-29 - 来自专栏生命科学
MCE 虚拟筛选、小分子化合物库 | MedChemExpress
）高血脑屏障穿透率的小分子化合物数据库 CNS library 精选具有低极性表面积(TPSA< 70 Å2)、低 ClogP (平均为1.63)、低氢键形成程度(氢键供体和受体的总数小于 8 )、低 Serine Hydrolase Library （含 12,040 种化合物）可能与丝氨酸残基形成共价键的精选化合物库 （含 21,969 种化合物）带有 "弹头" 结构可用于共价靶向修饰的化合物集合 共价修饰剂通常指含有亲电性基团或经体内代谢产生亲电基团，通过共享电子的方式与靶标亲核部位结合形成复合物使靶标失活而发挥药理作用的一类化合物 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。 MCE 和 Enamine 强强联合，为广大科研工作者提供前沿和最多样化的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。详询当地市场经理或授权经销商。
58830编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生命科学
泛素化合物库的组成和作用 | MedChemExpress
为方便科研研究，MCE 新推出了泛素化合物库，主要靶向 E1/E2/E3 酶，NEDD8 激活酶（NAE）, DUB, 蛋白酶体， P97 等泛素化系统中的关键成分，为研究泛素化机制及相关疾病提供了便利
54420编辑于 2023-03-03
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号