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GEO数据分析流程之芯片4
生信技能树学习笔记 DEG 差异基因 rm(list = ls())load(file = "step2output.Rdata")#差异分析，用limma包来做#需要表达矩阵和Group，不需要改library logFC > logFC_t)deg <- mutate(deg,change = ifelse(k1,"down",ifelse(k2,"up","stable")))table(deg$change)#4. 加ENTREZID列，用于富集分析（symbol转entrezid，然后inner_join）library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db)s2e <- bitr OrgDbdeg <- inner_join(deg,s2e,by=c("symbol"="SYMBOL"))save(Group,deg,logFC_t,p_t,gse_number,file = "step<em>4</em>output.Rdata
24510编辑于 2024-06-28 - 来自专栏linux驱动个人学习
Android 功耗（4）---MTK平台待机功耗分析流程
MTK平台待机功耗分析流程 1.目的 2.MTK平台各个场景功耗数据测试方法 很多功耗问题都是因为测试手法不对，列出一些常用场景功耗测试手法。 5、preview电流异常需要抓CPU信息，请参考FAQ04008，需要同时提供mobile log 3.功耗问题分析流程 目前我们分析的功耗问题主要是待机低电流或者待机平均电流问题。 modem暂无系统的分析方法。 下面是AP的分析流程 3.1 外设模块分析方法 外设模块分析主要还是靠硬件上一一移除，然后查看移除哪个模块后底电流有降下来，然后确定到时哪个模块漏电 .如休眠时将TP camera LCD 逐一移除来确定排查 找到模块后再取分析代码来解决。
2.7K30发布于 2020-09-08 - 来自专栏单细胞测序
单细胞测序—标准分析流程(4)—GSEA与GSVA
单细胞测序—标准分析流程(4)—GSEA与GSVA这部分代码是我综合了好几篇帖子手打的代码主要参考的是单细胞绘图之GSEA & GSVA再调用GSVA函数出问题时主要参考：GSEA和GSVA，再也不用去下载 gmt文件咯1 GSEA接着单细胞测序—标准流程代码（3）—marker 基因富集分析_差异基因,继续分析gesa_gsva_bymyself.Rrm(list=ls())options(stringsAsFactors 接下来，如本次以对照组(**CTRL**)与刺激组(**STIM**)中的CD4 Naive T细胞亚群为例，进行GSEA分析，后续重要关注哪两个分组或哪些细胞亚群，修改对应的代码即可。 提取CD4 Naive T细胞亚群的差异表达基因：使用subset提取细胞类型为CD4 Naive T的亚群。 mydata <- mydata,c(-1,-2,-4)：删除不需要的列，保留关键的表达数据和分组信息。
2.8K13编辑于 2025-12-02 - 来自专栏生信喵实验柴
富集分析：GSEA分析流程
背景 本次带大家实操gsea，将从分析前参数选择、分析流程操作演示和分析中常见错误分析三个方面给大家进行介绍. 首先我们来进行 GSEA 软件的参数选择与讲解。 326个；C2: curated gene sets：专家共识基因集合，基于通路、文献等；C3: motif gene sets：模式基因集合，主要包括 microRNA 和转录因子靶基因两部分；C4: 如图所示，一般我们自己填进去 5 就行，选择的越大，数据分析准确性越好，但是对于电脑的内存要求越高，同时分析时间也越长。 ：p53_hgu95av2.gct 是芯片表达谱数据，我们一会儿会下载，但是不分析此数据，P53_collapsed.gct 是我们要进行分析的基因表达谱数据，p53.cls 是指包含表型标签的数据。 好了，GSEA 分析流程就为大家写到这里，谢谢大家。
3.6K10编辑于 2022-02-11 - 来自专栏PM吃瓜(公众号)
需求分析流程
多数公司，在工作中很少把需求分析当成规范性的操作流程，通常都是需求分析人员在脑海里直接判断需求，而且在绝大多数的公司里，也没有规范的需求分析标准，常常都是由诸多因素直接影响并决定了需求。 首先由想法产生需求，然后需求汇集并分析，放弃掉不需要的，暂缓不紧急的，然后整理出需要下一步执行的，最终形成产品需求文档并实施。 产品需求分析实际上就是需求决策。 需求分析步骤如下 1.需求收集： a, 是否在OOTB文档范围内，不是的话。需要提交项目经理审核。 b, 分析需求的业务背景，确定需求是否成立。 2.需求分析： 把需求分类，比如：rating、billing、运营监控、数据迁移、还是跨模块的。和相应的研发人员一起，提供解决方案。反馈到客户review。这是一个反复的过程。 这时候对yyy项目的支持力度弱了很多，经常的邮件 3 4天回，电话要不不接，要买接的时候就说很忙。导致了yyy的现场对客户答应的交付进度，经常延迟，对需求的影响速度也很慢。
1.5K30发布于 2019-08-12 - 来自专栏文献分享及代码学习
数据分析-cuttag分析流程分享1-linux代码流程分析
nohup bowtie2-build --threads 8 Ecoli.fna Ecoli & 数据指控与标准化 大部分我所选用的代码都是cuttag文章分析流程推荐的代码（https://yezhengstat.github.io -cuttag分析流程分享2-R代码可视化流程处理）的代码进行相关的整理，可以更清楚的看到相关的结果。 其实可以发现以上的流程都是可以放到一个大的for循环当中进行后台流程分析，主要是需要在前期把需要的软件下载好，并给予环境变量，在进行shell命令的时候，可以找到软件的路径，同时还要提前将各个基因组的索引文件构建好 目前按照我的经验来看，如果测序获得fq文件不大，上游的这些流程分析大约可以在2d内拿到相应的结果，来去做后面的个性化分析。 主要还是考虑我们的测序数据的结果，同时也问了几个做分析很厉害的师兄，目前也是不建议去重的，所以目前这个去重的流程分析还是需要针对项目的数据质量来进行后续分析的。
9.2K74编辑于 2022-05-23 - 来自专栏码农知识点
zookeeper源码分析(4)-选举流程和服务器启动处理
zookeeper源码分析(1)-服务端启动流程分析了服务端集群启动时会进行选举，下面主要分析下选举流程和后续的leader，follower，observer服务器的启动流程 Leader选举 首先介绍一些选举相关术语 leader选举算法实现流程如下： ? leader的SID,也就是有过半的服务器认可了当前的内部投票，如果确定已经有过半的服务器认可了该内部投票，则更新当前服务器的状态，确定是自身是leader还是follower，否则终止投票，否则返回步骤4 至此，选举过程已经分析完毕了，确定了服务器的角色之后，下面来看各个服务器的启动流程 先放张Leader服务器和Follewer服务器启动期交互过程图 ? (6)-数据和存储 4.数据同步完成，启动LearnerZooKeeperServer,初始化请求链 Observer服务器启动 主要流程为：Observer.observeLeader() void
1.1K50发布于 2020-06-22 - 来自专栏Go编程点滴
etcd源码分析 - 4.【打通核心流程】processInternalRaftRequestOnce四个细节
4.多协程小工具 - wait.Wait wait.Wait是一个很精巧的小工具，使用起来非常简单： // 示例代码 ch := s.w.Register(id) s.w.Trigger(id, nil
74810编辑于 2022-12-02 - 来自专栏CBeann的博客
场景分析：订餐下单流程分析
首先有一点要明确：我是下4单还是下1单，我说下4单啊，学妹说，如果我只想退明天的午餐呢？所以下4单。 流程图 伪代码 @RestController public class OrderController { @Transactional public void order(List 2）远程调用有一种情况是超时，但是调用成功了，比如说我调用A系统，A系统5秒后给我返回结果，但是Feign设置的超时时间是4秒，在A系统看来，我是成功调用的，但是在我来看，其实你是调用失败的，这种情况虽然是小概率事件 总结 1）有现成的事务我建议还是用现成的事务的 2）mysql乐观锁了解一下 3）远程调用耗时的可以单独剥离出来走消息队列或者事件表定时任务去扫描 4）其实在下单之前是要检查用户券的数量，也是远程调用，
32610编辑于 2023-12-25 - 来自专栏机器学习算法与Python学习
tweet情感分析流程
同样，豆瓣上也有很多对影视作品或者书籍的评论内容亦可以作为情感分析的语料库。 或许对商品评论的情感分析可以告诉我们答案。 本文尝试将机器学习和自然语言处理结合起来，以Tweet为例，演示进行Sentiment Analysis的基本方法。 主要目的在于熟悉Sentiment Analysis的基本过程，深化Scikit-Learn函数库的使用，而且我们所分析的数据来自于实际数据集，而非模拟数据集，所以最终的分析结果并不保证得到非常高的准确率 原始数据通常包含多种其他的信息，如图片，链接等，我们仅将文字内容进行保存用于后续的情感分析。 删除了由http引导的网络地址； 4. 统一了大小写。 我们得到上述两个Tweet处理之后的结果，并将结果保存在list列表中，展现在下面。
1.3K80发布于 2018-04-08 - 来自专栏盟主来了
WebView流程分析（上）
断断续续调试好几天，才把X5WebView的整体流程大概了解清除。本篇是上篇，侧重于讲java层的逻辑。 biancheng.dnbcw.info/shouji/436999.html http://www.anquanweb.com/anquan/xiaoyuananquan/daxueanquan/2011/1019/16246_4. blog.csdn.net/jaylinzhou/article/details/27517471 http://dl2.iteye.com/upload/attachment/0077/6139/0cf989b2-c4d6
1.8K30发布于 2019-02-20 - 来自专栏田飞雨的专栏
kubelet 启动流程分析
本来这篇文章会继续讲述 kubelet 中的主要模块，但由于网友反馈能不能先从 kubelet 的启动流程开始，kubelet 的启动流程在很久之前基于 v1.12 写过一篇文章，对比了 v1.16 中的启动流程变化不大 ，但之前的文章写的比较简洁，本文会重新分析 kubelet 的启动流程。 Kubelet 启动流程 kubernetes 版本：v1.16 kubelet 的启动比较复杂，首先还是把 kubelet 的启动流程图放在此处，便于在后文中清楚各种调用的流程： ? 最后注册相关模块的 handler； NewMainKubelet 中对 kubelet 依赖的所有模块进行了初始化，每个模块对应的功能在上篇文章“kubelet 架构浅析”有介绍，至于每个模块初始化的流程以及功能会在后面的文章中进行详细分析 ，可以看到 kubelet 启动流程中的环节非常多，kubelet 中也包含了非常多的模块，后续在分享 kubelet 源码的文章中会先以 Run 方法中启动的所有模块为主，各个击破。
2.6K22发布于 2020-01-05 - 来自专栏田飞雨的专栏
kubelet 启动流程分析
上篇文章（kubelet 架构浅析 ）已经介绍过 kubelet 在整个集群架构中的功能以及自身各模块的用途，本篇文章主要介绍 kubelet 的启动流程。 kubernetes 版本： v1.12 kubelet 启动流程 kubelet 代码结构: ➜ kubernetes git:(release-1.12) ✗ tree cmd/kubelet cmd ├── server_test.go │ └── server_unsupported.go └── kubelet.go 2 directories, 22 files [kubelet 启动流程时序图 4、初始化 kubelet 组件内部的模块（cmd/kubelet/app/server.go） RunKubelet() 主要功能： 1、初始化 kubelet 组件中的各个模块，创建出 kubelet 参考： kubernetes node components – kubelet Kubelet 源码分析(一):启动流程分析 kubelet 源码分析：启动流程 kubernetes 的 kubelet
1.5K10发布于 2019-12-15 - 来自专栏信安成长计划
TeamServer 启动流程分析
这是[信安成长计划]的第 10 篇文章 0x00 目录 0x01 基本校验与解析 0x02 初始化 0x03 启动 Listeners 在之前的分析中，都是针对 CobaltStrike 整体通信流程的 Controller 的时候，最好也一样将其参数加上，不然有可能会出现一些莫名其妙的问题 对于 IP 等内容的判断就不重点关注了，看一下他在解析 C2Profile 时候的对比，如果有指定的话，会走下面那个流程 传入之外，就直接 new 线程了 整个的逻辑也很明确，与 TeamQueue 等文件的处理方式是类似的，在接收到信息以后，从 calls 中获取到对应的类型，然后调用对应的 call 来完成后续的流程处理 然后往 this.calls 中存入了数据 这些实际上才是最关键的内容，根据上面 ServerHook 可以看到，在执行的时候，会根据这个类型来决定调用哪个类中的 call，也就决定了最终的处理流程 this.calls 已经增加到了 64 个，接着又进行了一堆操作，增加了对数据的处理 所遍历的就是下面这些内容 然后通过如下的方式来进行了批量的添加，this.calls 最终达到了 106 个 接下来就是之前分析的与
74120编辑于 2022-03-03 - 来自专栏程序员IT圈
SSH 登录流程分析
登录流程 密钥登录比密码登录安全，主要是因为他使用了非对称加密，登录过程中需要用到密钥对。 整个登录流程如下： 远程服务器持有公钥，当有用户进行登录，服务器就会随机生成一串字符串，然后发送给正在进行登录的用户。 ECDSA key fingerprint is SHA256:61U/SJ4n/QdR7oKT2gaHNuGxhx98saqMfzJnzA1XFZg. 这句话的意思是，远程服务器的真实身份无法校验，只知道公钥指纹(公钥的 MD5 值)为 61U/SJ4n/QdR7oKT2gaHNuGxhx98saqMfzJnzA1XFZg，是否真的要建立连接。 整个登录流程结束。
2.5K80发布于 2018-03-05 - 来自专栏Linux知识积累
Linux 启动流程分析
今天，一起探讨操作系统的启动流程。 ? 这个部分比较有意思。因为在BIOS阶段，计算机的行为基本上被写死了，程序员可以做的事情并不多；但是，一旦进入操作系统，程序员几乎可以定制所有方面。 以我的电脑为例，/boot 目录下面大概是这样一些文件： $ ls /boot config-3.2.0-3-amd64 config-3.2.0-4-amd64 grub initrd.img-3.2.0-3-amd64 initrd.img-3.2.0-4-amd64 System.map-3.2.0-3-amd64 System.map-3.2.0-4-amd64 vmlinuz-3.2.0-3-amd64 vmlinuz-3.2.0-4-amd64 启动初始化进程 内核文件加载以后，就开始运行第一个程序 /sbin/init，它的作用是初始化系统环境 /etc/rc0.d /etc/rc1.d /etc/rc2.d /etc/rc3.d /etc/rc4.d /etc/rc5.d /etc/rc6.d 上面目录名中的"rc
2K30发布于 2019-07-15 - 来自专栏运维一切
ceph写流程分析
3、将这个块设备进行切块，每个块的大小默认为4M，并且每个块都有一个名字，名字就是object+序号。 4、将每个object通过pg进行副本位置的分配，pg会寻找3个osd，把这个object分别保存在这三个osd上。最后对于object的存储就变成了存储一个文件 rbd0.object1.file。 客户的写流程操作 在客户端使用 rbd 时一般有两种方法： 第一种 是 Kernel rbd。 librbd 对二进制块进行分块，默认块大小为 4M，每一块都有名字，成为一个对象 librbd 调用 librados 将对象写入 Ceph 集群 librados 向主 OSD 写入分好块的二进制数据块 osd端写操作处理流程 而对于写操作而言，由于要保证数据写入的同步性就会复杂很多： 首先客户端会将数据发送给主osd， 主osd同样要先进行写操作预处理，完成后它要发送写消息给其他的从osd，让他们对副本
2.9K20发布于 2019-07-31 - 来自专栏安全开发记录
nginx流程源码分析
大致流程分析 主要流程有，监听套接字的创建、套接字的监听、HTTP请求创建连接。 4、连接完成后调用监听套接字上的handler(ngx_http_init_connection函数)开始处理http请求。
70740发布于 2021-08-11 - 来自专栏经年隔世
特效组件流程分析
特效组件流程分析 transition和animation的选择： 【1】两者的第一点区别，触发条件不同，transition通常和hover等事件配合使用，由事件触发，不立即执行。 【4】两者各自的优势 其实两者的区别都可以用一些方式去弥补，只是哪个更便利。 如果要灵活定制多个帧以及循环，用 animation. 如果要简单的from to 效果，用 transition.
1.1K20发布于 2019-11-24 - 来自专栏CU技术社区
Linux 启动流程分析
今天，一起探讨操作系统的启动流程。 ? 这个部分比较有意思。因为在BIOS阶段，计算机的行为基本上被写死了，程序员可以做的事情并不多；但是，一旦进入操作系统，程序员几乎可以定制所有方面。 以我的电脑为例，/boot 目录下面大概是这样一些文件： $ ls /boot config-3.2.0-3-amd64 config-3.2.0-4-amd64 grub initrd.img -3.2.0-3-amd64 initrd.img-3.2.0-4-amd64 System.map-3.2.0-3-amd64 System.map-3.2.0-4-amd64 vmlinuz -3.2.0-3-amd64 vmlinuz-3.2.0-4-amd64 启动初始化进程 内核文件加载以后，就开始运行第一个程序 /sbin/init，它的作用是初始化系统环境。 /etc/rc0.d /etc/rc1.d /etc/rc2.d /etc/rc3.d /etc/rc4.d /etc/rc5.d /etc/rc6.d 上面目录名中的"rc"，
3.2K10发布于 2019-10-25
腾讯云开发者
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