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分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读
接下来导入小分子 ? 接下来你可以按照下图设置显示形式，颜色按照前面的倒三角形里面选择显示二级结构，通过链显示颜色。 ? 然后把我们的小分子取出来，弹出窗口，选择小分子，把图中的√去掉。 ? 右键选择小分子，拖动出来。 ? 然后再把上面的√勾选回去，关掉弹出窗口，接下来保存盒子。 ? ? 然后导出GPF文件。 ? 同样不能关闭这个窗口或点击Dismiss，这个过程会在工作目录产生一个相应的dlg格式文件，这个文件就是对接结果。 ? 在对接完成之后需要分析分子对接结果，也是做分子对接最重要的部分。 这里把10个运行结果统计在这里表示，我们可以清楚的看到，第6次的运行结果的结合能才是最低的。 ? 接下来我们用ADT分析对接结果，先把当前窗口的所有分子删除。 ? 通过Analyze-Dockings-Open来打开分子对接的输出文件1e8y.dlg。 ? ? 然后就显示了结果，但我们不是有10个对接结果吗，这里只显示一个。 ? ? 会弹出这么一个窗口 ?
27K57发布于 2021-02-26 - 来自专栏分子生物和分子模拟计算
分子对接
细胞色素P450(Cytochrome,CYP450)是一类以还原态与CO结合后在450nm处具有最高吸收峰的含血红素的单链蛋白质。 有业务需求的，请联系微信号wbf3ng或者发邮件到wbf3ng@g
1.3K20发布于 2018-07-03 - 来自专栏全栈程序员必看
autodock分子对接结果分析_分子对接公司
分子对接 一、题目要求 自己寻找一个受体+药物分子复合物体系（不同配体结合3-4个），然后拿复合物结构作为起始，做对接实验。 为了显示分子对接的效果，同样再选三个于上述蛋白质复合物无关的体系：5j95、5jzs、5ng5，用同样的操作分别拆出来小分子5QF、6HH、FGZ。 第三和第四个图对应5T4B受体蛋白与一些完全无关的小分子配体结合能(6HH和FGZ)，比起原来相似的体系，结合能又要多了很多，分别是-8.72和-5.39，这与常理也相吻合，毕竟毫无关系的小分子一般是对接不上去的 图表 6 无关小分子6HH对接比较 图表 7 无关小分子FGZ对接比较 优化与改进 当然，上面的分子对接也有一些可以改进的地方，就比如图二和三，按理来说毫无关系的小分子结合能应该比相似体系结合能大很多 ，但是图二相似体系75L(-9.71)与图三无关小分子6HH(-8.72)的结合能值比较接近。
3.8K22编辑于 2022-10-01 - 来自专栏R基础
分子对接—蛋白分子和小分子配体
分子对接—蛋白分子和小分子配体记录下蛋白分子和小分子配体之间的分子对接，以HSP90AA1蛋白和川陈皮素为例1 蛋白结构下载Uniprot数据库中检索HSP90AA1蛋白（物种：人类）。 将rep.pdb保存为pdpqt格式导入配体小分子，并重新输出为pdbqt格式文件对接盒子的确定首先把蛋白结构的二级结构显现，并且隐藏lines确定口袋盒子，spacing设置为1，调整坐标，使盒子尽量小的同时 记得保存口袋盒子的坐标，输出为grid.gpf格式sup/rep.pdbsup/lig.mol2sup/rep.pdbqtsup/lig.pdbqtsup/grid.gpf3 分子对接使用AutoDock Vina对上述文件进行分子对接。 rep.pdbqt，导入pymol中整合成一个文件result.pdb接下来即可对result.pdb进行美化这里不再赘述参考链接：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421b7K6?
2.3K11编辑于 2024-11-30 - 来自专栏生信探索
AutoDock分子对接实战
3.877 4.824 4 1.193 3.797 4.769 5 1.193 2.723 4.587 6
1.3K41编辑于 2023-04-17 - 来自专栏分子生物和分子模拟计算
分子对接案例
采用Leadit软件，对接了19种衍生物。
48540发布于 2018-07-03 - 来自专栏DrugScience
分子对接与量子计算
Sci Adv. 2020 Jun 5;6(23):eaax1950. doi: 10.1126/sciadv.aax1950. 在这里，作者展示了高斯玻色子采样器可用于分子对接，这一药物设计领域的核心问题。作者开发了一种方法，将问题简化为在图中找到最大加权团，并表明高斯玻色子采样器可以编程为对最大团进行采样。 分子对接 分子对接是基于结构的药物筛选的重要工具。DOCK 可以预测小分子（配体）与蛋白质（受体）之间的结合状态。对接过程与其结果依赖于精确的打分函数以及优秀的搜索算法。 对接通常可以分为：刚性对接，半柔性对接，柔性对接。在刚性对接中，配体构象与受体构象通常保持固定。与大多数分子模拟方式一样，对接也通常需要在精度与速度之间做取舍。 随后将分子对接转化为最大团问题。
1.9K20发布于 2021-10-26 分子对接PyRasetta--Pose
作者，Evil Genius今天我们来复习分子对接，研究生阶段的分子对接一般都是AutoDuck，windows界面软件，点点点就可以了，但是随着我们分析的深入，尤其是复杂蛋白和蛋白配体模拟，需要我们采用更为强大的计算工具以及服务器 Rosetta是一套用于生物分子结构预测与设计的算法工具集。该软件采用C++语言编写。PyRosetta是基于Python编程语言的工具包，通过封装已编译的C++库来实现Rosetta的全部功能。 pyrosettacolabsetup.install_pyrosetta()import pyrosetta; pyrosetta.init()from pyrosetta import *init()加载PDB文件蛋白质数据库（PDB）是一种用于描述三维分子结构及其他信息的文本文件格式
35920编辑于 2025-09-21- 来自专栏生信宝典
分子对接简明教程 （三）
下面，我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦，来展示如何寻找小分子在蛋白内的结合位点。 1.354 4.254 4 -9.6 1.732 8.679 5 -9.5 1.192 1.814 6 如何绘制小分子？ 利用这次分子对接的结果再针对性的设定Grid的大小和位置，再执行Docking。 选择配体物与蛋白形成复合物的蛋白，最好配体的构想、结构构像与研究的小分子类似。
6.8K92发布于 2018-02-05 分子对接PyRasetta--Protein Geometry
作者，Evil Genius今天我们继续分子对接，有几个问题大家自己要学习一下，首先要认识Cα原子。简单补充一下chi1，phi, psi。 chi1（chi-one）、phi 和 psi 是用于描述蛋白质分子中氨基酸残基构象的二面角。主链二面角：phi 和 psiphi 和 psi 专门用来描述蛋白质主链（或骨架） 的构象。 作用： chi1 决定了侧链从主链上“伸出去”的方向，是朝向分子内部还是朝向溶剂。它对于侧链的堆积、形成疏水核心以及与其他分子相互作用至关重要。
57120编辑于 2025-09-22- 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换
我们知道，分子文件的格式很多，比如mol，sdf等，但AutoDock这个软件不识别sdf这样的格式文件，而我们通常下载的文件就是sdf这个格式的文件。 当然，有一些分子我们是可以从一些数据库中直接下载mol2格式文件的。 比如一些中药成分小分子，我们可以从TCMSP这个数据库下载(https://tcmspw.com/)，比如:quercetin ? 然后点击图片，下载的就是mol2格式的分子文件。 ? ZINC(http://zinc.docking.org/)，这里就不介绍了，你要是能从上面的数据库下载到你配体小分子的mol2格式文件，就直接用，如果不能，那就是去PubChem数据库(https:/ 分子格式文件的转换，需要OpenBabel这个软件，这个软件能实现各种格式转换，用起来也挺简单的。
11.1K20发布于 2021-02-26 分子对接PyRosetta--Introduction to Folding
作者，Evil Genius今天我们继续分子对接，这一部分是折叠，折叠部分的内容也是相当的深，我们后续慢慢扩展。
27420编辑于 2025-09-24- 来自专栏生信宝典
分子对接简明教程 （二）
everything, 1hsg show cartoon, 1hsg cmd.spectrum("count", selection="1hsg", byres=1) # The following 6 Set width of stick to 0.15 # 6. LaccPdon color blue, LdonPacc #distance Fe_C20, (fep and name C20), (heme and name fe)) # The following 6 Set background white # 6.
3.2K75发布于 2018-02-05 - 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题
首先就是准备受体的时候，加氢的问题，其实在前文已经有过介绍，在选择一个分子作为配体或受体之前，必须把所有的氢都加到这个分子上，而且是全氢。 如果我们的小分子已经带氢，再加氢是没有什么变化的。 ? 当然，这一步没有什么影响。 我们按照前面的操作流程，导入受体分子pdbqt文件时，还是会有类似的提示。 ? 我们继续用前面的配体往下对接。 # Acceptor 2 H-bonds atom_par S 4.00 0.200 33.5103 -0.00214 0.0 0.0 0 -1 -1 6 # Non H-bonding atom_par 如果对接是你科研的主要内容，那么你需要掌握的不止这些。 ?
11.8K22发布于 2021-02-26 - 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果
下面我们就简单处理一下我们前面对接的结果 4.对接结果简单处理演示 我们前面对接的结果文件，result.pdbqt，我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。 ? 然后选择小分子，右侧又多了一个sele，我们同样可以更改名字。 ? 我这里把名称改成了ligand，我们选中小分子，按下图选择，让小分子显示氢键。 ? 我们鼠标旋转，可以看见4个氢键。 ? 接下来我们显示这4个氢键对接在氨基酸上的那几个残基上。首先，点击蛋白质（p）的S，点击sticks。 ? 然后点击ligand的A，点击center，将配体小分子设置为中心。 然后鼠标选中对接的残基 ? 同样将残基改一个名字，我这里是rr。 在p中的H点击sticks，将蛋白的棍状结构隐藏起来。 ? 然后是在rr中选择S里面的sticks，单独显示残基的棍状结构。 ?
14.9K52发布于 2021-02-26 - 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理
前面介绍了蛋白受体文件的预处理，这里处理小分子就简单多了。 同样的，打开小分子文件。我前面准备了2个格式的文件，选择其中一个，这里我选择了mol2格式的。 ? ? 前面提到在选择一个分子作为配体或受体之前，必须把所有的氢都加到这个分子上。 但是，有时候，我们不手动添加电荷，按照上面的操作，有的小分子也会报错，怎么解决？ 为了使计算正确进行，在此步骤之前，分子必须已经添加了氢原子，包括极性的和非极性的。】 不需要，如果再计算Gasteiger电荷，本身原本就有部分电荷，最后对接的结合能是不一样的。只需要记住，如果设置为配体出错，再去计算Gasteiger电荷。
7.4K20发布于 2021-02-26 - 来自专栏智药邦
利用AutoDock进行水分子参与的分子对接
水分子在配体-蛋白质相互作用中的作用至关重要，AutoDock开发小组的研究人员设计了一种新的力场，可以优化水分子参与的分子对接，使得AutoDock程序能够自动预测水分子介导的配体蛋白结合方式，该力场考虑了离散水分子对配体结合的熵和焓贡献 本文对AutoDock的水合对接方法的精度进行了总结，并且提供了如何利用最新版AutoDock进行水分子参与的分子对接教程。 1 背景 在生理环境中，蛋白质和其他生物结构被水分子包围。 用于训练和测试集的标准对接和水合对接RMSD分布比较图 3 案例研究 结构1uw6包含1个结合态水分子，其中吡咯烷带电基团与Trp147相互作用，阳离子-π和氢键相互作。 晶体结构1UW6的标准分子对接（a）水合对接（b）比较 4 实战演练教程 AutoDock开发小组将新的适合水合对接的力场整合进了AutoDock4和现在的新版本的AutoDockVina。 在本教程中，我们将在乙酰胆碱结合蛋白( AChBP )结构( PDB编号1uw6)中，将一个破碎块度配体(烟碱)与显式水分子对接。
2K10编辑于 2022-04-13 - 来自专栏DrugScience
使用LeDock进行批量分子对接
简介： Ledock是苏黎世大学ZHAO Hongtao博士期间开发的一款跨平台(Win,Linux, Mac OS)分子对接软件，在速度和准确度上均呈现出强劲的优势。 Ledock采用模拟退火-遗传算法交叉的算法进行构象搜索，对接打分涵盖范德华相互作用（vdw），静电相互作用（Coulombic interaction），氢键贡献（Hbond）以及分子间(inter- )和配体分子内(intra-)的冲突(clash)几项的和做为打分方程。 运行 其运行也非常方便 直接输入指令 ledock dock.in 6. 0 34.215 6.152 21.149 ATOM 5 O21 LIG 0 35.249 6.255 22.965 ATOM 6
4.7K41发布于 2021-05-14 - 来自专栏生信宝典
分子对接简明教程 （一）
分子对接(Molecular Docking)理论 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。 其次，分子对接还要求能量匹配，对接过程中结合自由能的变化决定了两个分子是否能够结合以及结合的强度。 分子对接方法根据不同的简化程度分为三类：刚性对接、半柔性对接和柔性对接。 半柔性对接常用于小分子和大分子的对接，在对接过程中，小分子的构象可以在一定范围内变化，但大分子是刚性的。这样既可以在一定程度上考察柔性的影响，又能保持较高的计算效率。 在分子显示窗口中分别点击两个残基上CA和CB原子之间的建，使之变为非扭转的（紫色显示），这样两个残基中的32个键中有6个是可扭转的。这里设置配体的柔性残基或者使CA-CB的键为刚性都是可选操作。
17.8K1510发布于 2018-02-05 - 来自专栏生信宝典
分子对接简明教程 （4）
COMPND记录: 包含分子数目、名字、链特征、分子是如何获得的等。 HELIX: 标记分子二级结构中螺旋的位置 SHEET: 标记分子二级结构中片的位置 SITE: 标示特殊残基，比如催化位点、辅因子、反密码子、调节位点或其它 关键位点，也可标示配体的环境信息。 ，如水分子、 结合的小分子化合物。 0.259 C ATOM 5 C PRO A 1 29.760 38.071 4.022 1.00 42.64 0.259 C ATOM 6 python/pythonsh/' ~/bin/prepare_receptor4.py #PyMOL 尚未尝试编译 #Babel yum install openbabel-2.2.3-1.el6.
3.8K138发布于 2018-02-05
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