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全长Laminin在肝细胞培养与3D肝类器官中的应用：LN521、LN111、LN411促进hPSC来源肝细胞成熟的研究解析
因此，人重组全长层粘连蛋白（laminin）开始受到越来越多关注，并逐渐成为构建高生理相关性培养体系的重要方向。 其中，LN521、LN111与LN411是目前肝细胞培养与肝类器官研究中较受关注的几种全长层粘连蛋白。 从细胞培养逻辑来看，全长层粘连蛋白不仅仅是“贴壁材料”，它们还会影响细胞形态、细胞极性建立、细胞迁移以及细胞分化状态。 这说明全长层粘连蛋白不仅能够支持细胞贴附与生长，还可能参与细胞组织化结构形成与长期稳定维持。图7：LN521支持hPSC分化为各类肝细胞及PIC-LN111水凝胶支持3D肝类器官培养。 相比传统3D培养体系，基于全长层粘连蛋白建立的培养模型，还能够降低肝球体之间的差异性，并提高培养一致性。
17410编辑于 2026-05-12 - 来自专栏抗体蛋白
BioLamina LN521全长层粘连蛋白包被基质指南：iPSC稳定扩增、单细胞传代与临床级培养实践
摘要： 本文围绕诱导多能干细胞（iPSC）培养过程中基质包板这一关键环节展开分析，系统介绍BioLamina全长层粘连蛋白521（LN521）的产品特点、作用机制及标准化包板流程，同时对LN521、MX521 关键词： BioLamina、LN521、全长层粘连蛋白521、iPSC扩增、干细胞培养、单细胞传代、无动物源基质、细胞培养基质诱导多能干细胞（iPSC）因具备自我更新能力和多向分化潜能，已成为再生医学 在这一背景下，全长人重组层粘连蛋白521（LN521）逐渐成为iPSC培养领域的重要基质之一。 二、BioLamina LN521的核心特点BioLamina开发的LN521属于全长人重组层粘连蛋白，其结构与人体天然层粘连蛋白521高度一致，能够更真实地模拟胚胎干细胞及iPSC所处的天然细胞外基质环境 全长层粘连蛋白521通过模拟天然细胞外基质环境，为iPSC扩增、单细胞培养及长期传代提供了更加稳定的培养条件。
14610编辑于 2026-06-16 - 来自专栏iPSC诱导多能干细胞培养
LN521层粘连蛋白在人多能干细胞培养中的成本与扩增优势：全长Laminin培养体系解析
随着干细胞研究、再生医学以及细胞治疗方向的发展，人重组全长层粘连蛋白（Laminin）由于具有较高生理相关性、批次稳定性以及标准化优势，逐渐成为hPSC培养体系的重要组成部分。 关键词：LN521、Biolaminin521、全长Laminin、hPSC培养、人多能干细胞、iPSC培养、层粘连蛋白、干细胞培养基质、细胞扩增一、为什么hPSC培养越来越关注培养基质选择？ 近年来，全长层粘连蛋白（Laminin）由于能够提供更接近人体天然环境的培养条件，开始受到越来越多研究关注，其中Biolaminin521（LN521）已逐渐成为较常见的人多能干细胞培养方案之一。 图1.从早研到临床转化均适用的laminin521二、Biolaminin521（LN521）主要特点LN521属于人重组全长层粘连蛋白，与传统动物来源培养基质相比，其具有更高生理相关性和更好的实验一致性 基于全长层粘连蛋白构建的人源培养环境，也有望在基础研究、药物开发以及临床前研究中发挥更大作用。
16610编辑于 2026-05-22 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | 三代全长转录之circRNA（ONT ）-- CIRI-long
因此，确定其的全长序列，是进行circRNA功能研究的重要基础。 近期的研究中利用了长读长测序技术，对circRNA的全长重构进行了尝试（3-4）。 ，先前的测序方法无法实现对全长circRNA的高通量检测。 └── tmp ├── ss.idx ├── test.ccs.fa └── test.raw.fa # 如果不加 -c 选项，则产生一个文件夹，7个文件 使用非经典剪切信号 back-spliced junction site ---- 3'端反向剪切位点 6 score 得分 Number of total supported reads ---- 支持reads数 7
1K20编辑于 2024-04-07 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- Flair
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正，聚类，可变剪切分析，定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR。 输出文件：运行完成以后输出文件夹（--out_dir）路径下会有以下文件，MCF7和A549是实验分组条件：genes_deseq2_MCF7_v_A549.tsv 基因差异表达矩阵。 genes_deseq2_QCplots_MCF7_v_A549.pdf QC 质控图，更多细节参考 DESeq2 manual。 isoforms_deseq2_MCF7_v_A549.tsv 转录本异构体（isoform）差异表达矩阵。 isoforms_deseq2_QCplots_MCF7_v_A549.pdf QC 质控图。
5.1K22编辑于 2024-04-12 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- Bambu
今天我们继续介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - Bambu。 Bambu 保留了全长和独特的转录本序列，使其在存在非活跃转录本（isoforms) 的情况下能够进行准确的定量。与现有的转录本鉴定方法相比，Bambu 在不损失灵敏性的情况下实现了更高的精度。 se.discoveryOnly <- bambu(reads = samples, annotations = annotations, genome = genome.fa, quant = FALSE) 7. assays(se)$fullLengthCounts - 每个转录本的全长序列count表达量。 assays(se)$uniqueCounts - 每个转录本唯一回贴序列的count表达量。 plotBambu(se, type = "annotation", transcript_id = "tx.9") 通过plotBambu展示样本分组PCA聚类（图7）。
2.6K22编辑于 2024-03-13 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - IsoQuant。2023年1月2日，康奈尔大学医学院Hagen U. Tilgner团队和圣彼得堡国立大学Andrey D. 一、软件介绍 IsoQuant 是一款基于基因组的长RNA序列（全长RNA）分析软件，适用于长度长三代测序平台，比如PacBio和Oxford Nanopores. -fastq CCS.fastq \ --reference reference.fasta --genedb genes.gtf --output output_dir 关于Full length全长序列 ，PacBio可通过isoseq软件获得，具体参考全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) ；ONT可通过pychopper软件获得，具体参考全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理。
3K10编辑于 2024-02-22 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理
ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行的全长转录组测序。 -l 500 | gzip > filtered_reads.fastq.gz#实际样本 $ gunzip -c 0_raw_fq/ERR3218373.fastq.gz | chopper -q 7 l 50 | gzip > 1_chopper/ERR3218373.fastq.gz & $ gunzip -c 0_raw_fq/ERR3218377.fastq.gz | chopper -q 7 .fastq.gz &#运行结果Kept 291095 reads out of 525588 readsKept 267866 reads out of 604601 reads去除平均碱基质量小于7的 参考文献：Nanopore三代全长转录组ONT全长转录组测序系列一：初识篇基因结构预测新利器-ONT全长转录组Park, Eddie et al.
9.7K23编辑于 2024-02-05 - 来自专栏天意生信俱乐部
三代测序100问（7）：如何用三代测序技术解析全长转录本（Isoform）？
三代全长转录组的优势： 三代测序技术，凭借其数千乃至数万碱基的超长读长，能够轻松地一次性完整读取整个mRNA分子的序列，从5’端到3’端，无需拼接。 这使得我们能够直接、精确地获得一个基因所表达出的不同Isoforms的全长序列信息。 “这种从‘推测’到‘直击’的转变，是革命性的。” 技术原理浅析：如何捕获全长mRNA？ 大家可能会好奇，三代测序是如何特异性地捕获这些全长转录本的呢？ PCR扩增： 有了cDNA两端已知的引物结合位点，就可以进行PCR扩增，获得大量的全长cDNA双链分子。 例如，一些商业化服务（如贝纳基因的全长lncRNA测序产品）提供了针对性的解决方案。
81200编辑于 2025-06-28 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | PacBio 全长转录组测序的时代是否已经来了？ Kinnex full-length RNA Kit测评
至此，PacBio和ONT两大三代测序平台推动三代全长转录组进入了快速发展的时期。逐渐降低的测序价格，以及对转录本层面精细挖掘的需求，最终会使三代全长转录组测序逐步替代传统的二代RNA-seq。 文中将此技术方法运用于单细胞测序，来增加获得单个细胞全长转录本的个数。 从公众号给出的数据来看每个样本产出的reads数均一性均表现良好，单样本产出平均接近 5M HiFi reads左右（表2），平均质量值集中在Q30以上，大于Q35（图7）。 全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （3）-- SQANTI3 v5.2 全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant 安诺基因官方公众号：PacBio Kinnex全长转录组技术“靓相”科研圈，实测混样数据大公开 贝瑞基因Kinnex全长转录组解决方案
3K31编辑于 2024-04-02 - 来自专栏生信技能树
全长转录组分析之牛津纳米孔测序介绍
此次专题主要学习和记录一些在分析ONT测序产品如ONT全长转录组，ONT甲基化以及ONT重测序中的所思所想所得。 library prep High yields for large genomes 总结就是： 1.单分子测序：纳米孔每次只通过一个碱基 2.测序读长长：相比于二代测序最常见的150bp，三代ONT全长转录组平均读长为
4K30发布于 2020-02-20 - 来自专栏新智元
全长仅0.3毫米！世界最小计算机问世！
---- 新智元编译 来源：密歇根大学新闻 编辑：克雷格 【新智元导读】最近，密歇根大学制造出了全长只有0.3毫米，超越了IBM公司今年3月展示1x1毫米大小的计算机，成为世界上最小的计算机。 最近，美国密歇根大学制造出了世界上最小的计算机，全长只有0.3毫米，超越了IBM公司今年3月展示1x1毫米大小的计算机。
77800发布于 2018-07-31 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | ONT Direct RNA测序 (DRS) 技术原理、数据分析和应用
因此，基于三代长读长测序平台的全长转录组成为新的研究热潮。 ONT cDNA-PCR，基于ONT三代测序平台的cDNA-PCR建库测序流程也可以检测全长转录本，而且适用于单细胞全长转录组测序。同样使用模板置换反转录，PCR扩增来制备全长转录本文库（图5）。 ，传统的RNA测序（如RNA-seq），无论是用 oligo（dT）引物 将 mRNA（真核生物）反转录 至 cDNA（complementary DNA，cDNA），再进行 cDNA 的片段化 （图7） ）基因功能及转录本结构注释 （4）差异基因/转录异构体（isoform）定量&差异表达分析 （5）差异可变剪切（Alternative Splice）分析 （6）KEGG信号通路富集、蛋白互作分析 （7） 甲基鸟苷(N7-methylguanosine, m7G) ⑤ N4- 乙酰胞嘧啶 (N4-acetylcytosine, ac4C) ⑥ 假尿苷 (pseudouridine, Ψ) ⑦ 尿苷化(uridylation
5.6K22编辑于 2025-07-17 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （1）
2023年10月初推出的Kinnex全长RNA建库试剂盒，能将5个转录本串联成一条测序read，充分利用其读长长的优势，提高测序通量，配合Revio系统一起使用，使得对全长转录本进行定量变得更为实际。 二、Iso-Seq 全长转录组分析流程1. clean reads 就已经是转录本的序列了，我们首先看一下clean reads 当中，哪些是全长转录本；哪些不是全长转录本。 Iso-Seq软件Iso-Seq是PacBio官方开发的一款用PacBio subreads 或 HiFi 数据进行全长转录组分析的一款软件，最终输出高质量转录本的全长序列。 截止到2023年6月7号，最新版本为4.0.0。
18.4K21编辑于 2024-01-23 - 来自专栏三代测序-说
微生物全长16S | Full-length 16S Analysis -- PacBio Hifi Reads
一、PacBio全长16S rRNA基因测序 PacBio全长16S rRNA基因测序采用27F、1492R引物扩增全长片段（覆盖V1-V9区），采用PacBio SMRT测序平台CCS（Circular 在PacBio官网 Multiplexing Page 里下载 barcode 的 Fasta 文件 （图7）。 2. 上传文件至服务器，导入SMRTlink中。 metadata.tsv -profile conda \ --outdir 16S_project_results \ -resume --rarefaction_depth 5000 & 7. https://www.nextflow.io/ #确保java11已经安装 $ java -version #如果没有安装java，运行下面命令进行安装 #安装OpenJDK 11 JDK， centOS7服务器系统 PacBio 16S全长测序：一种高效且经济的微生物组研究方法 。
6.3K20编辑于 2024-02-09 - 来自专栏天意生信俱乐部
三代测序100问（8）| 三代全长转录本该如何鉴定？
全长转录本的分子标记：引物与Poly(A)尾 李老师首先回顾了全长转录组测序的建库基础：“无论是PacBio的Iso-Seq，还是ONT的cDNA-PCR建库流程，其核心都是利用真核生物成熟mRNA特有的 正是这些独特的分子标记——两端的引物序列和末端的poly(A)尾——成为了我们鉴定全长转录本的关键“身份证”。通过识别并利用这些特征，我们才能有效地筛选出完整的、高质量的全长转录本序列。 工具，通过识别序列双端引物以及poly(A)尾序列来鉴定和提取全长转录本。” 李老师着重指出，“在对ONT原始数据进行质控时，务必保留其双端引物序列，否则pychopper将无法识别全长转录本。有些同学在质控阶段就把引物过滤掉了，导致后续无法进行全长鉴定。” 这一点在实际操作中极易被忽视，却直接影响到全长信息的获取。 全长鉴定的意义：为后续分析奠基 “在我们获得真正意义上的全长序列后，就可以放心地进行下一步的转录本参考基因组比对和表达定量了。”
51000编辑于 2025-07-04 - 来自专栏镁客网
西湖大学成功解析新冠病毒受体ACE2的全长结构
解析ACE2全长结构将有助于理解冠状病毒进入靶细胞的结构基础和功能特征，对发现和优化阻断进入细胞的抑制剂有重要作用。 策划&撰写：温暖 日前，西湖大学周强实验室利用冷冻电镜技术成功解析新冠病毒的受体——ACE2（血管紧张素转化酶2）的全长结构，这也是世界上首次解析出ACE2的全长结构，并且相关研究内容已经于今日凌晨在预印版平台 具体来说，西湖大学这次成功解析新冠病毒的受体ACE2的全场结构整个过程如下： 首先研究人员先要获取ACE2蛋白全长蛋白，但问题在于作为膜蛋白的ACE2难以在体外稳定获得。 清华大学全球健康与传染病研究中心主任张琳琦表示：“解析ACE2全长结构，将有助于理解冠状病毒进入靶细胞的结构基础和功能特征，对发现和优化阻断进入细胞的抑制剂有重要作用。”
79120发布于 2020-02-24 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （2） -- pigeon
一、Iso-Seq Collapse 在isoseq cluster完成以后，我们首先需要将高质量全长isoforms回贴到参考基因组上，然后进行isoseq collapse。 do-not-collapse-extra-5exons UHRR.mapped.bam UHRR.flnc.bam UHRR.collapsed.gff 二、Pigeon使用方法 Pigeon是一个PacBio转录工具包，包含了用于将全长转录本
3.6K11编辑于 2024-01-26 - 来自专栏量子位
欧洲批准最强粒子对撞机计划，造价210亿欧元，全长100公里，耗资巨大引争议
今天，欧洲核子研究中心（CERN）批准一份新文件：计划在瑞士日内瓦地下隧道中建造一个长达100公里的圆形超级对撞机，以推动高能物理学的前沿研究。
1K30发布于 2020-06-24 - 来自专栏脑机接口
10-20国际标准导联系统
额极中点至鼻根的距离和枕点至枕外粗隆的距离各占此连线全长的10％，其余各点均以此连线全长的20％相隔，如下图所示。因此命名为10-20系统。 注奇数表示大脑左侧，偶数表示大脑右侧。 额极中点至鼻根的距离和枕点至枕外粗隆的距离各占此连线全长的10％，其余各点均以此连线全长的20％相隔。 T3、T4点与耳前点的距离各占此线全长的10％，其余各点（包括Cz点）均以此连线全长的20％相隔。 侧位：从Fpz点向后通过T3、T4点至枕点分别取左右侧连线，在左右侧连线上由前至后对称地标出左额极（Fp1 ）、右额极（Fp2 ）、左前颞（F7）、右前颞（F8）、左后颞（T5）、右后颞（T6）、左枕（ Fp1 、Fp2点至额极中点（Fpz ）的距离与O1、O2点至Oz点的距离各占此连线全长的10％，其余各点（包括T3、T4）均以此连线全长的20％相隔。
8.1K01发布于 2019-11-25
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