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TCGA数据挖掘—肿瘤免疫浸润分析思路2
在上图中，T3期的样本免疫激活功能富集情况相比T1、T2整体偏低，T2期有部分样本免疫激活功能富集也偏低，这部分人群可能实际处于T2、T3的中间状态。 其中包括了大部分免疫治疗靶点基因，如：PD-1、PD-L1、PD-L2、Lag3、CD40、IDO、CTLA4等等。 ? ? ? 说明了它们的免疫活性呈现逐渐下降的趋势。而T1、T2、T3期的LAG3的表达并不是呈一直下降的趋势。 分析IM基因在不同分期肿瘤病人中对预后的影响。 如下图，HLA-DPA1基因能显著性区分T2期样本的生存预后。 ? T1期 ? T2期 ? T3期 06 重要免疫特征分布分组比较 最后，我们还可以分析不同分期病人的一些重要免疫特征的分布如M1:M2、Macrophages:Lymphocytes、Th1:Th2等等。 ? ?
1.4K30发布于 2020-08-06 靶向TGF-β2：重塑免疫抑制性肿瘤微环境以增强抗肿瘤免疫
三、核心研究策略：TGF-β2反义寡核苷酸联合IL-2近期一项研究利用人源化免疫系统小鼠模型，深入探究了靶向抑制TGF-β2联合免疫刺激在胰腺癌治疗中的作用。 1.治疗策略设计：研究采用TGF-β2反义寡核苷酸（TASO）来特异性抑制肿瘤微环境中TGF-β2蛋白的产生，并联合应用免疫刺激因子白细胞介素-2，旨在同时解除免疫抑制并激活抗肿瘤免疫应答。 这种对肿瘤物理屏障和免疫抑制环境的双重重塑，是克服胰腺癌免疫治疗抵抗的关键。基于此，TGF-β2蛋白及其信号通路成为极具潜力的治疗靶点。 五、总结该研究通过靶向TGF-β2蛋白，并联合免疫刺激疗法，在临床前模型中成功逆转了胰腺癌的免疫抑制微环境，抑制了肿瘤生长。这凸显了TGF-β2作为胰腺癌治疗关键节点的价值。 其作用机制涉及对纤维化基质的调控和免疫细胞功能的恢复，为开发针对"冷肿瘤"的有效免疫治疗方案提供了重要的理论依据和实践路径。进一步探索以TGF-β2为靶点的精准免疫干预策略，具有重要的临床转化前景。
16110编辑于 2026-01-30- 来自专栏百味科研芝士
单基因免疫相关分析发7分+2区SCI
并研究SEMA3F与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的相关性。 此外，SEMA3F水平与肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞生物标志物、免疫检查点表达呈显著正相关。综上所述，作者的研究阐明ncRNA介导的SEMA3F上调与HCC患者预后不良和肿瘤免疫浸润有关。 流程图 ? SEMA3F与免疫细胞标志物表达水平相关性 如表2所示，SEMA3F与B细胞标志物（CD19和CD79A）、CD8+ T细胞标志物（CD8A和CD8B）、CD8+ T细胞标志物（CD4）、M1巨噬细胞标志物 （NOS2、IRF5和PTGS2）、M2巨噬细胞标志物（CD163、VSIG4和MS4A4A）、中性粒细胞标志物（ITGAM和CCR7）和树突状细胞标志物（HLA-dpb1、HLA-DRA、HLA-dpa1 表2 SEMA3F与免疫细胞标志物的相关性 8. SEMA3F与免疫检查点的相关性 图7A-7C所示，SEMA3F的表达水平与PD1,PD-L1和CTLA-4显著正相关。（图7A-7F）。
80820发布于 2021-07-12 - 来自专栏用户7627119的专栏
细胞焦亡结合免疫发7分+2区SCI
使用R包IMvigor210CoreBiologies下载接受免疫治疗的数据集EGAS00001002556和GEO数据集GSE176307。 2. 簇1为P2组且GSDMB表达水平较高，簇2为P1组且GSDMB表达水平较低，其余为簇3。3个簇的OS和PFS存在显著差异，其中簇1的OS和PFS较高而簇2的预后最差（图2C）。 簇1和簇3富集于完全激活的免疫功能相关通路，包括淋巴细胞迁移，抗原加工和呈递，toll样受体信号通路，干扰素介导的信号通路和趋化因子信号通路，簇2与免疫抑制相关过程显著相关（图2D和2E）。 ssGSEA分析表明簇1患者富集与免疫分化和干扰素应该，簇2富集于尿路上皮和管腔分化相关通路，簇3富集于免疫分化和干扰素应答打分（图2F）。 5. 免疫检查点表达水平分析表明，簇1和簇3中免疫检查点抑制基因表达水平的表达水平较高而在簇2中表达水平较低（图3D）。 图3 不同细胞焦亡模型的TME和转录组特征 6.
80610编辑于 2022-09-21 【免疫学实验】放射免疫法、酶联免疫吸附法和竞争抑制分析
放射免疫法（RIA）和酶联免疫吸附法（ELISA）是利用抗体和抗原直接结合的检测方法，两者原理相同，但其检测的方式不同。 放射免疫分析常用于测量血液和组织液中的激素水平，而酶联免疫吸附法常用于病毒诊断，如检测人类免疫缺陷病毒（HIV）引发的艾滋病。 这类检测的另外一种方法是以标记的抗免疫球蛋白抗体作为RIA 或ELISA 的二抗，将未标记的抗体与未标记的抗原涂层板结合，因为每个未标记的抗体上能够结合两个分子以上标记的抗免疫球蛋白抗体，所以使用这种二抗放大了信号 竞争性抑制法解决了这个问题，如图2 所示。其原理是利用未知样本中特定抗原与一个标记的参考抗原竞争结合塑料板上附着的抗体，从而检测特定抗原的含量。 图2 未知样品中抗原的竞争抑制分析：将未标记抗体固着于一组孔内，并将标记的抗原标准制剂与之结合。然后将未标记的标准品或试验样品以不同剂量加入，测量标记的抗原被标准品取代的量，生成特征性的抑制曲线。
24210编辑于 2025-12-29【免疫学笔记】免疫原、抗原与佐剂：免疫应答的基础
️ 免疫应答与抗原 免疫应答：免疫系统可对病原体抗原或简单非活性抗原产生应答，表现为释放细胞因子、特异性抗体（体液免疫）及诱导效应T细胞（细胞免疫）。 免疫原（Immunogen）：指能刺激机体免疫细胞活化、增殖、分化并产生免疫效应物质（抗体或致敏淋巴细胞）的物质。 关系：所有免疫原都是抗原，但并非所有抗原（如半抗原）都是免疫原。 免疫接种与抗原递呈 免疫接种：有目的地诱导免疫应答称为免疫接种，抗原的注入途径、剂量和形式会影响免疫应答的类型和强度。 免疫应答的监测与抗血清 在免疫诱导过程中，通过检测个体的免疫产物（如血清中的抗体、细胞因子，或脾脏、外周血中的T细胞）来跟踪免疫应答。血清是血液凝固后的液体部分，经特定抗原免疫后的血清称为抗血清。 干扰因素：即使是简单的抗原，产生的抗血清中也包含多种抗体分子，且免疫前血清中已有的非特异性抗体可能会干扰检测。 解决方案：可通过亲和层析法纯化抗体，或制备单克隆抗体来解决特异性问题。 2.
41410编辑于 2025-12-21【免疫学实验】揭秘蛋白互作：免疫沉淀与免疫共沉淀
今天，我们就来聊聊两种核心的“打捞”技术：免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）和免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation, Co-IP）。 一、 免疫沉淀（IP）：精准捕获目标蛋白 免疫沉淀是利用抗体从复杂的混合物中分离特定蛋白质的技术。 1. 抗体的制备为了获得针对膜蛋白等难以纯化蛋白的抗体，通常采用全细胞或粗细胞提取物对小鼠进行免疫接种。随后通过杂交瘤技术，生产出能识别这些细胞表面抗原的单克隆抗体。 2. 最后通过放射自显影（或显色）确定蛋白位置 三、 免疫共沉淀（Co-IP）：验证蛋白互作 如果说免疫沉淀是“抓单个”，那么免疫共沉淀就是“抓团伙”。 总结 免疫沉淀技术不仅帮助我们纯化和鉴定蛋白质（分子量、等电点），更是通过免疫共沉淀技术，成为了揭示蛋白质之间物理相互作用的金标准实验方法。
32810编辑于 2025-12-29肿瘤免疫逃逸
TGF-β能抑制丝裂原或抗原刺激的T细胞增殖，抑制IL-2诱导的T细胞IL-2受体的表达,抑制B细胞增殖和免疫球蛋白的产生，抑制 CTL的诱导产生及NK细胞的活化，以及能促进新生血管的生长和细胞外基质的合成 (3)前列腺素E2(prostaglandin E2,PGE2):前列腺素E家族具有多种免疫抑制活性，其中 PGE2是公认的与荷瘤机体免疫抑制相关的一种前列腺素,它在多种肿瘤如乳腺癌、头颈部癌等中的表达水平明显增高 前列腺素主要通过以下几个方面来促进肿瘤免疫逃逸:PGE2能诱导产生抑制型T细胞和抑制型Mφ,降低LAK细胞的活性，抑制抗原特异性T细胞增殖和产生细胞因子等:与此同时,PGE2还能抑制APC的分化和功能; 4、代谢酶(1)吲哚胺 2,3-双加氧酶(indoleamine 2,3- dioxygcnase,IDO):IDO是一种免疫抑制性酶类，它在产生和维持局部免疫抑制中有重要作用，尤其是实体瘤的微环境。 越来越多的证据显示，体内存在一群可诱导免疫抑制的DC亚群调节性 DC,可以通过诱导T细胞亚群向Treg分化和下调TH1/TH2的比值等影响机体免疫状态。
53910编辑于 2024-02-28IL-2IL-2R信号通路：免疫平衡的双重调控与靶向药物开发
一、IL-2/IL-2R信号通路的结构与功能复杂性白细胞介素-2是一种在免疫调控中发挥核心作用的细胞因子。其生物学效应的实现依赖于与细胞表面白细胞介素-2受体的精确结合。 二、IL-2在免疫治疗中的双重角色与开发挑战IL-2信号的复杂性赋予其独特的双重免疫调节功能，这也构成了其临床开发的核心矛盾与机遇：1.促效应功能：在高浓度下，IL-2通过中亲和力受体强烈激活CD8+T 细胞和自然杀伤细胞，促进其增殖与细胞毒性功能，从而驱动强大的抗肿瘤免疫应答。 这一方面可用于治疗自身免疫性疾病，但另一方面在肿瘤微环境中则会抑制抗肿瘤免疫，并可能伴随严重的全身性毒副作用。3.主要开发挑战：天然的IL-2半衰期极短，且在体内难以实现向特定细胞亚群的精准递送。 例如，增强与IL-2Rα结合的改造型IL-2可更特异地扩增调节性T细胞，已在临床前模型中显示出治疗自身免疫性疾病的潜力。
19110编辑于 2026-01-21- 来自专栏用户7627119的专栏
免疫组库
免疫组库分析：通过分析决定B细胞受体（BCR）或T细胞受体（TCR）多样性的互补决定区（CDR区），全面评估免疫系统的多样性，深入挖掘免疫组库与疾病的关系。 ? 区）、恒定区（C 区）、跨膜区和胞质区等几部分，α链的可变区由V、J两个基因片段编码，β链的可变区由V、D、J三个基因片段编码，而α和β两条肽链的V区（Vα、Vβ） 又各有3 个高变区CDR1、CDR2 轻链的可变区由V、J两个基因片段编码，重链的可变区由V、D、J三个基因片段编码；V区由3个互补决定区（CDR1、CDR2 和CDR3） 组成，而互补决定区CDR3比CDR1、CDR2更具多样性，是B细胞识别抗原的主要部位 应用领域：免疫组库中每一种免疫蛋白彼此间结构差异很小，但亚型种类繁多，正是这种多样性对健康的维护起着至关重要的作用；免疫蛋白的亚型越多，越能有效抵抗病原体。 正因为如此，免疫组库在肿瘤研究、移植和免疫重建、自身免疫性疾病、感染性疾病、抗体开发、用药及疫苗评估等多个方面均有重要的应用价值。 单细胞测序揭示新型模式 ?
1.6K30发布于 2020-08-06 肿瘤免疫与单细胞、空间、外显子和免疫疗法
-2Rβ)IL-2,IL-15CD161Clr-g(NKR-P1F)CD226(DNAM-1)CD112,CD155CD244(2B4)CD48NKG2DMICAA,B,ULBsRaelsKIR2S,KIR3SHLA NKT细胞对机体的抗肿瘤免疫效应具有重要意义。研究表明，NKT细胞表达NKG2D体，能够识别多种NKG2D配体以及部分由CD1d呈递的肿瘤脂类抗原。 yδT细胞在机体的抗肿瘤免疫应答中发挥着重要作用。同NK细胞一样，γδT细胞表达 NKG2D受体，能够直接识别多种肿瘤抗原，某些yδT细胞还能识别肿瘤细胞表面的磷酸化非肽类抗原。 CD4+TH淋巴细胞发挥抗肿瘤免疫应答的重要辅助作用，其介导的抗肿瘤免疫机制有几种:①活化的CD4+TH1细胞可辅助CD8+CTL激活，同时，它们分泌的IL-2及肿瘤微环境中其他细胞分泌的IL-15能够促进和维持 2.特异性抗肿瘤体液免疫 与T细胞介导的抗肿瘤细胞免疫不同,B细胞能够通过其表面受体(Bcell receptor,BCR)直接识别并结合可溶性抗原。
53510编辑于 2024-02-27- 来自专栏生信菜鸟团
综述 | Nature | 更新一下关于 2 型免疫的认知
然而，与1型免疫反应不同的是，2型免疫被认为可能是肿瘤发生的潜在促进因素。 在这篇综述中，我们探讨了突出2型免疫在重塑癌症免疫治疗领域的潜力的发现。 然而，2型免疫细胞，特别是骨髓细胞，在肿瘤微环境中普遍存在，从而建立了2型免疫与肿瘤发生之间的联系。 因此，经过数百万年进化以对抗寄生蠕虫感染的2型免疫，可能已经被重新用于对抗肿瘤（图1）。 在这种情况下，2型免疫反应可能会防止肿瘤的发展，甚至消除已经形成的肿瘤。 认识到2型免疫的情境复杂性可能会为预防性疗法和靶向干预铺平道路，这些疗法有可能提高现有策略的有效性或提供独立的治疗干预。 对2型免疫的重新认识有望重塑癌症免疫疗法的格局。
94700编辑于 2025-02-03 - 来自专栏人工智能与演化计算成长与进阶
不完全免疫算法简介HEIA--AIS学习笔记2
After the hybridized evolution from item 2) shown above is undertaken, the subpopulations are combined then operated by selecting some less-crowded individuals (measured by the crowding distance metric [2] by the immune system, MOIAs can be classified into three categories:1) clonal selection approaches; 2) (在这种情况下，免疫抑制是指在变量和目标空间中去除相似的抗体。)
55920发布于 2020-08-14 - 来自专栏mwangblog
免疫算法简单介绍
免疫算法的基本步骤： 抗原识别。输入目标函数和各种约束作为免疫算法的抗原。 初始抗体生成。随机生成初始抗体种群。 亲和力计算。计算抗体的适应值。 免疫处理。 免疫处理包括免疫选择、克隆、变异和抑制。 免疫选择：根据抗体的亲和力选出亲和度较高的抗体。 克隆：对选出的亲和力较高的抗体进行复制。 变异：对克隆得到的个体进行交叉、变异操作，使其亲和力发生改变。 将免疫选择的抗体和免疫抑制后的抗体组成一个集合，保留其中亲和度较高的抗体，使这些抗体进入新的种群。新的种群中不足的部分随机生成，以增加多样性。 免疫算法流程图： ?
1.6K10发布于 2018-12-21 - 来自专栏应用计算
这款 Text2SQL 技术为什么能对噩梦般的 JOIN 免疫
2 AS "产品数",T_3.F_2 AS "订单数"FROM ( SELECT T_1_2.PROVINCE AS F_1, COUNT(1) AS F_2 FROM EMPLOYEE T_2_2 ON T_2_1.SUPPLIERID = T_2_2.SUPPLIERID LEFT JOIN CITY T_2_3 ON T_2_2.CITY = T_2_3.CITYCODE GROUP BY T_2_3.PROVINCE) T_2 ON T_1.F_1 = T_2.F_1FULL JOIN ( SELECT T_3_2.PROVINCE AS F_1, COUNT 免疫原理：润乾 NLQ 的确定性编译架构上面那个噩梦级的 SQL，其实是润乾 NLQ 从“各省的员工数量、产品数量和订单数量”这句话生成的（因为程序生成，里面的中间表名明显是没有业务意义的），Text2SQL 中的复杂 JOIN 在这里免疫了。
18310编辑于 2026-01-20 新突破 | 治愈自身免疫性疾病？序贯免疫疗法：免疫系统也能 开机重启！ | MedChemExpress (MCE)
尽管自身免疫性疾病的发病机制和临床表现存在许多差异，但也存在许多相似之处[2]。自身免疫性疾病被认为分为三个阶段 (图 1)。第一个所谓的“免疫”阶段，患者通常不会意识到临床症状。 序贯免疫治疗的“重启”功能一共包括 3 个阶段: (1) 控制炎症; (2) 重置免疫系统; (3) 维持免疫稳态。第一步：控制炎症步骤 1 是通过靶向免疫抑制来控制炎症 (图 2)。 例如通过靶向炎症细胞因子如肿瘤坏死因子 (TNF) 或细胞因子信号传导的下游介质，如酪氨酸激酶 2 (TYK2)。 步骤 2 是通过消除致病性免疫记忆细胞来重置免疫系统 (图 3)。例如 B 细胞，通过使用针对 CD19 的嵌合抗原受体 (CAR) T 细胞进行深度 B 细胞耗竭。 Int J Mol Sci. 2024 Jul 12;25(14):7666. [2] Balogh L, et al.
39500编辑于 2024-11-04- 来自专栏单细胞天地
头颈癌免疫状况研究
Abstract 本文研究了HPV+/HPV- (Human Papillomavirus) 的Head and Neck Squamas Cancer (HNSCC) 患者的肿瘤免疫微环境，发现这两类患者中 免疫疗法为HNSCC的一个新疗法，但只有20-30%患者在PD-1/PD-L1的临床试验中获益，且原因不明。因此，有必要研究HNSCC的免疫微环境，从而为免疫治疗提供可能靶点。 ? 1 2.按细胞类型分别解析lineage，并作HPV-/+的比较 2.1 CD8+ T ? 分化trajectory (E) HPV-/+于DC1的分布上相似 (F) 分化终末表达更高的inhibitory receptors (LAG3, CTLA4, PDCD1(PD1), HAVCR2( 1, T Follicular Helper; 7: IFN response & memory T cells Treg: 6个亚群中的gene enrichment (H) => cluster 2,4
82520发布于 2020-03-27 【免疫笔记】胸腺的“衰老剧本”—从发育到免疫老化的秘密
胸腺——这个曾经被学界“轻视”的器官，如今成了免疫老化研究的“C位”。 现在看这话简直是“大型真香现场”——胸腺根本不是“意外”，而是T细胞发育的“命运之地”：它负责筛选能识别外来抗原、同时不攻击自身的T细胞，是免疫耐受和免疫功能的“起跑线”。 六、 naive T细胞：免疫老化的“预测指标” 通过分析外周血里的初始T细胞（naive T细胞），可以预测“免疫年龄”。 比如： •健康人群的实际年龄和免疫年龄基本匹配； •百岁老人的免疫年龄比实际年龄“年轻”（这可能是他们长寿的原因之一）； •乙肝、HIV患者，以及红斑狼疮、重症肌无力患者的免疫年龄，比实际年龄“老很多” 相当于给免疫系统装了个“体检仪”，能提前预警免疫老化相关的疾病。
28210编辑于 2025-12-24- 来自专栏医学和生信笔记
免疫浸润结果可视化
免疫浸润结果可视化 在之前的推文中我们介绍了2行代码实现9种免疫浸润方法，今天给大家介绍下常见的免疫浸润结果的可视化。 就以大家最常见的cibersort为例进行介绍。 首先大家要对每种免疫浸润方法的结果有一个大体的认知，比如cibersort的结果是各种免疫细胞在样本中的比例，所以一个样本中所有的免疫细胞比例加起来总和是1！ 但是ssGSEA就不是这样了。 scale_color_manual(values = palette4,name=NULL) plot of chunk unnamed-chunk-24 除此之外也是可以添加分组，画热图等，其他的免疫浸润结果也是同样的可视化思路 ggplot2搞定一切，求求大家赶紧学学ggplot2吧，别再天天问图怎么画了。 我们可以直接使用ggplot2里面的分面，画一张图。
1.9K30编辑于 2023-08-30 - 来自专栏医学和生信笔记
WGCNA实战：识别免疫相关lncRNA
前面的推文给大家介绍了3种识别免疫相关lncRNA的方法：免疫相关lncRNA的识别 今天再给大家介绍下如何使用WGCNA识别免疫相关lncRNA，也算是WGCNA的实战教程。 1 1 1 ... ## $ age : num 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 ... ## $ gender : num 2 2 1 2 2 2 1 1 1 1 ... ## 1 1 1 1 1 2 1 2 2 2 ... ，所以只要提取和这个性状信息相关的基因，就得到了免疫相关lncRNA！ 那加上今天介绍的识别免疫相关lncRNA的方法，就一共有4种方法了！ 这么多方法又有选择困难症了？天真，小孩子才做选择，大人都是全都要！
1.2K30编辑于 2023-08-30
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