- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏单细胞天地
10X scRNA免疫治疗学习笔记
第六张：肿瘤组织的差异分析(Fig. 4) 根据两个时间点（治疗之前和复发）对患者2586-4的MCC肿瘤组织分群，然后看它们之间的基因差异，探究了HLA基因（HLA-A和HLA-B），发现HLA-A在免疫治疗前后没啥变化
51540发布于 2020-03-30 - 来自专栏空间转录组数据分析
10X单细胞免疫图谱分析汇总
当然免疫相关的分析我也专业性不强，这也从侧面说明了VDJ分析的巨大潜力和研究价值，希望大家能在宽松的赛道上飞奔，而不是在单细胞转录组赛道上堵车。 新抗原具有很强的免疫原性，因为它们只存在于肿瘤中，而不存在于正常组织中。然而，大多数新抗原是独一无二的，患者之间存在差异，因此新抗原疫苗需要作为个性化疫苗专门为每个患者生产，这也限制了其临床应用。 图片TCR分析策略：克隆丰度及组织部位之间的共享克隆(注意这里比较了相同细胞类型的TCR分布差异，不同病人及不同组织部位之间的差异，体现不同病人、不同组织部位之间的免疫特征)图片 文章A CMV-induced
81391编辑于 2022-11-16 - 来自专栏生信菜鸟团
10X空间转录组之免疫组库分析
无论疫情如何，科研一直在路上，并且在不断的推陈出新，而我们今天要分享的就是10X空间转录组的免疫组库分析。 ，一方面是由于空间转录组测到的是3’区域，而VDJ的变体结构富集在5’；另一方面VDJ在一个免疫细胞中通常成对出现，而空间转录组的精度目前均没有细胞级，10X空间转录组的精度为55um，而Stereo-seq 事实上，30% 的 TLS 高肿瘤库被识别超过 100 次的克隆型占据，而 TLS 低肿瘤中这一比例为 1% (p = 10e-7)，揭示了 TLS 高样本中持续的免疫反应。 相反，TLS-low 样本显示出较少的多样性，计数较低，大多数被测量不到 10 次，除了一个肿瘤有 123 个 IgH 克隆型，只有 2 个被计数超过 100 次。 B细胞IGH超突变的迁移和浸润，为癌症的免疫治疗提供了新的契机，也充分认识到免疫细胞的迁移之伴随着其他细胞类型的辅助完成的。
1.7K20编辑于 2022-05-24 10X空间转录组VDJ分析引入日程与临床免疫疗法
其实看到这里，我们基本上就明白了，核心就在在于抗原的识别，其中一位哈佛的博士跟我交流，问我能不能通过分析肿瘤单细胞的VDJ找到特定靶向的TCR/BCR，只要能找到，剩下的免疫疗法部分他完全可以搞定，并且几年内就可以产生针对肿瘤组织的高效免疫疗法 关于空间VDJ的内容，我也写过很多，列在下面全球首篇FFPE空间转录组分析揭示了肾细胞癌中三级淋巴结构抗肿瘤机制10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）10X空间转录组之免疫组库分析Science 或者更进一步，同时获取不同肿瘤异质性区域的突变信息和VDJ信息，那么对于后续的免疫疗法的运用将是极大的促进。 总结一下：Spatial VDJ是10x Visium空间基因表达（Spatial GEX）技术的扩展，Spatial GEX依赖于组织切片中3’polyA序列进行靶向捕获，在片段化步骤之前，CDR3 通过scVDJ检测到的TR大约是IG克隆的10倍，而在Spatial VDJ中则相反。
60720编辑于 2024-02-13【免疫学实验】放射免疫法、酶联免疫吸附法和竞争抑制分析
放射免疫法（RIA）和酶联免疫吸附法（ELISA）是利用抗体和抗原直接结合的检测方法，两者原理相同，但其检测的方式不同。 放射免疫分析常用于测量血液和组织液中的激素水平，而酶联免疫吸附法常用于病毒诊断，如检测人类免疫缺陷病毒（HIV）引发的艾滋病。 这类检测的另外一种方法是以标记的抗免疫球蛋白抗体作为RIA 或ELISA 的二抗，将未标记的抗体与未标记的抗原涂层板结合，因为每个未标记的抗体上能够结合两个分子以上标记的抗免疫球蛋白抗体，所以使用这种二抗放大了信号 图1 酶联免疫吸附法（ELISA）的原理：为了检测抗原A，纯化的抗原A特异性抗体与酶发生化学反应。将待测样品涂布于塑料孔表面，非特异性结合；塑料上残留的黏性位点被添加的无关蛋白（未显示）封闭。 在此基本方法基础上的改进版可检测未知样本中的抗体或抗 捕获酶联免疫吸附法（capture ELISA）或夹心酶联免疫吸附法（sandwich ELISA）是ELISA 的一种改良方法，常被用于检测细胞因子等分泌性产物
24210编辑于 2025-12-29【免疫学笔记】免疫原、抗原与佐剂：免疫应答的基础
️ 免疫应答与抗原 免疫应答：免疫系统可对病原体抗原或简单非活性抗原产生应答，表现为释放细胞因子、特异性抗体（体液免疫）及诱导效应T细胞（细胞免疫）。 免疫原（Immunogen）：指能刺激机体免疫细胞活化、增殖、分化并产生免疫效应物质（抗体或致敏淋巴细胞）的物质。 关系：所有免疫原都是抗原，但并非所有抗原（如半抗原）都是免疫原。 免疫接种与抗原递呈 免疫接种：有目的地诱导免疫应答称为免疫接种，抗原的注入途径、剂量和形式会影响免疫应答的类型和强度。 口服/鼻内：可引起肠道局部抗体应答，但同时可能诱导系统性免疫耐受，防止食物过敏。 佐剂的作用机制 佐剂（Adjuvant）：是一种非特异性免疫增强剂，能增强抗原的免疫原性或改变免疫应答类型。 免疫应答的监测与抗血清 在免疫诱导过程中，通过检测个体的免疫产物（如血清中的抗体、细胞因子，或脾脏、外周血中的T细胞）来跟踪免疫应答。血清是血液凝固后的液体部分，经特定抗原免疫后的血清称为抗血清。
41410编辑于 2025-12-21肿瘤免疫逃逸
(一)肿瘤相关免疫抑制分子肿瘤环境中存在一系列的胞内、膜表面型和分泌型的抑制分子，这些分子可以由肿瘤细胞本身产生，也可以由基质细胞和浸润的免疫细胞产生，主要包括:①免疫抑制性因子，如IL-10、IL-6 (2)白介素-10(IL-10):IL-10在很多人类肿瘤中都有过量表达，如肾癌、结肠癌、黑色素瘤及神经母细胞瘤等，其过量分泌会导致负向调节功能增强，打破机体的免疫自稳。 3.趋化因子 趋化因子及其受体家族在肿瘤免疫中的作用主要有以下几点:①募集免疫细胞进入肿瘤组织调控机体免疫功能，如C2、 CCL5能募集髓系细胞,CXCL9、CXCL10能够趋化T细胞,CCL19、CCL20 Treg主要通过以下机制发挥免疫抑制作用:①通过免疫抑制因子,如IL-10、TGF-B等抑制效应细胞的功能;②通过颗粒酶和穿孔素直接杀伤效应细胞;③影响效应细胞的代谢，如高表达CD25、大量消耗IL-2 PD-L1(B7-H1),导致T细胞不能被有效活化继而转向免疫耐受;④分泌大量抗炎因子IL-10和TGF-β来抑制局部抗肿瘤细胞免疫反应;⑤扩增或分泌细胞因子趋化免疫抑制性亚群，如TH2、Treg等，抑制获得性免疫应答
53910编辑于 2024-02-28【免疫学实验】揭秘蛋白互作：免疫沉淀与免疫共沉淀
今天，我们就来聊聊两种核心的“打捞”技术：免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）和免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation, Co-IP）。 一、 免疫沉淀（IP）：精准捕获目标蛋白 免疫沉淀是利用抗体从复杂的混合物中分离特定蛋白质的技术。 1. 免疫沉淀与 SDS-PAGE 分析 免疫沉淀法用于从细胞裂解液中富集特定抗原。细胞可通过 ³⁵S-蛋氨酸代谢标记（标记所有新合成蛋白）或 表面碘化/生物素化（仅标记膜蛋白）进行示踪。 最后通过放射自显影（或显色）确定蛋白位置 三、 免疫共沉淀（Co-IP）：验证蛋白互作 如果说免疫沉淀是“抓单个”，那么免疫共沉淀就是“抓团伙”。 总结 免疫沉淀技术不仅帮助我们纯化和鉴定蛋白质（分子量、等电点），更是通过免疫共沉淀技术，成为了揭示蛋白质之间物理相互作用的金标准实验方法。
32810编辑于 2025-12-29- 来自专栏单细胞天地
10X Genomics单细胞免疫组库VDJ分析必知必会
至此，我们知道了免疫组库的来源以及基本组成。 那么， 为什么要做单细胞免疫组库 当然是为了进一步探究人体免疫机制，挖掘免疫组库与疾病的关系，促进人类健康了。免疫细胞是如何产生作用的呢？ ? image 10× Genomic单细胞免疫组库测序是建立在GemCode技术上的微流体平台，将带有条形码和引物的凝胶珠与单个细胞包裹在油滴中；接下来在每个油滴内，凝胶珠溶解，细胞裂解释放mRNA，通过逆转录产生用于测序的带条形码的 10× Genomics提供了完整的实验流程和数据分析方案。实验方面更多的是经验的积累，这里我们还是关心一下拿到reads之后的生物信息学分析吧。 其实10X单细胞的生信入门的门槛是很低的，大部分工作都被它的cellranger做完了。 to=https%3A%2F%2Fsupport.10xgenomics.com%2Fsingle-cell-vdj [7] 免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库: https://links.jianshu.com
8.6K61发布于 2020-05-29 - 来自专栏用户7627119的专栏
免疫组库
免疫组库（immune repertoire, IR）：是指某个体在特定时间点其循环系统中所有功能多样性B淋巴细胞和T淋巴细胞的总和。 免疫组库分析：通过分析决定B细胞受体（BCR）或T细胞受体（TCR）多样性的互补决定区（CDR区），全面评估免疫系统的多样性，深入挖掘免疫组库与疾病的关系。 ? 应用领域：免疫组库中每一种免疫蛋白彼此间结构差异很小，但亚型种类繁多，正是这种多样性对健康的维护起着至关重要的作用；免疫蛋白的亚型越多，越能有效抵抗病原体。 正因为如此，免疫组库在肿瘤研究、移植和免疫重建、自身免疫性疾病、感染性疾病、抗体开发、用药及疫苗评估等多个方面均有重要的应用价值。 单细胞测序揭示新型模式 ? 抗体在免疫应答反应中发挥着至关重要的作用，抗体的多样性是抗体能够抵御各种各样入侵病原体的关键所在。
1.6K30发布于 2020-08-06 肿瘤免疫与单细胞、空间、外显子和免疫疗法
这一篇我们继续学习基础知识其实提到的组学里面，最主要的就是肿瘤免疫(tumor immunology)。机体抗肿瘤免疫应答的机制包括固有免疫和适应性免疫两个方面。 抑制性受体配体CD85(ILT-2)HLA-A，-B，-GCD94/NKG2AHLA-ECD244(2B4)CD48KIR2DL,KIR3DLHLA class ITGF-BRTGF-β familyIL-10RIL -10活化性受体配体CD16(FCγRⅢ)immune complexesCD25(IL-2Rα)IL-2CD27CD70CD28CD80，CD86CD69ND （not determined）CD94 一方面，固有免疫通过MHC分子将外来抗原呈递给适应性免疫细胞，从而启动了适应性免疫应答，并影响了其强度与持续时间;另一方面，适应性免疫释放的多种因子也反过来募集了更多的免疫细胞，并影响固有免疫细胞的活化程度 这两种免疫系统的共同作用实现了机体抵御外来病原物的自我保护目的。(二)适应性免疫细胞对肿瘤的识别与免疫效应1.特异性抗肿瘤细胞免疫 在抗肿瘤细胞免疫中，T细胞介导的特异性免疫应答反应起着重要作用。
53510编辑于 2024-02-27- 来自专栏mwangblog
免疫算法简单介绍
免疫算法的基本步骤： 抗原识别。输入目标函数和各种约束作为免疫算法的抗原。 初始抗体生成。随机生成初始抗体种群。 亲和力计算。计算抗体的适应值。 免疫处理。 免疫处理包括免疫选择、克隆、变异和抑制。 免疫选择：根据抗体的亲和力选出亲和度较高的抗体。 克隆：对选出的亲和力较高的抗体进行复制。 变异：对克隆得到的个体进行交叉、变异操作，使其亲和力发生改变。 将免疫选择的抗体和免疫抑制后的抗体组成一个集合，保留其中亲和度较高的抗体，使这些抗体进入新的种群。新的种群中不足的部分随机生成，以增加多样性。 免疫算法流程图： ?
1.6K10发布于 2018-12-21 白细胞介素-10信号通路的分子机制与免疫调节功能
白细胞介素-10（IL-10）作为一类具有强效免疫抑制功能的多效性细胞因子，在限制免疫应答强度、维持免疫耐受及促进组织修复中发挥核心作用。 基于对IL-10信号通路的系统解析，人IL-10试剂盒（HICA）已成为免疫调节机制研究及炎症相关疾病评估的重要检测工具。 IL-10R1为配体结合亚基，对IL-10具有高亲和力，主要表达于免疫细胞表面；IL-10R2为信号转导亚基，广泛表达于多种组织细胞。 四、IL-10信号通路与疾病关联自身免疫与炎症性疾病：IL-10信号功能缺陷是多种自身免疫病的重要发病机制。 适量IL-10可限制过度炎症反应，减轻免疫病理损伤；而某些慢性病毒感染及胞内细菌感染中，病原体可诱导宿主IL-10高表达，抑制效应免疫应答以实现免疫逃逸。
15610编辑于 2026-02-24IL-10信号在肿瘤免疫治疗中的双重角色及精准研究策略
一、IL-10/IL-10R信号通路在肿瘤免疫中的复杂性与研究背景白细胞介素-10及其受体在肿瘤免疫微环境中扮演着复杂的双重角色。 传统上，IL-10因其抑制抗原呈递细胞活化和促炎细胞因子产生的能力，被视为一种免疫抑制因子，常与肿瘤免疫逃逸相关。 这种看似矛盾的功能特性，使得IL-10成为肿瘤免疫治疗领域备受关注但机制尚未明晰的靶点。 随后，高水平的IL-10同时作用于：•IL-10RhiCD8+组织驻留记忆T细胞：促进其增殖与功能恢复，重振抗肿瘤免疫。 •IL-10Rhi中性粒细胞：抑制其向细菌的趋化与吞噬功能，使细菌得以在肿瘤内存活并持续发挥免疫调节作用。这一机制巧妙地统一了细菌疗法中“免疫逃逸”（保护细菌）与“免疫激活”（攻击肿瘤）的双重需求。
16610编辑于 2026-01-19- 来自专栏单细胞天地
头颈癌免疫状况研究
Abstract 本文研究了HPV+/HPV- (Human Papillomavirus) 的Head and Neck Squamas Cancer (HNSCC) 患者的肿瘤免疫微环境，发现这两类患者中 免疫疗法为HNSCC的一个新疗法，但只有20-30%患者在PD-1/PD-L1的临床试验中获益，且原因不明。因此，有必要研究HNSCC的免疫微环境，从而为免疫治疗提供可能靶点。 ?
82520发布于 2020-03-27 新突破 | 治愈自身免疫性疾病？序贯免疫疗法：免疫系统也能 开机重启！ | MedChemExpress (MCE)
前段时间有个关于自身免疫性疾病的小新闻......But！咱们今天不聊这个。咱们聊聊自身免疫性疾病是否可治愈？ 哎嘿~有一新突破：序贯免疫疗法，让你的免疫系统 "开机重启"！ 01了解自身免疫自身免疫是指生物体对自身健康细胞、组织或成分的免疫反应，可能导致重要器官不可逆转的损害。 然而，免疫系统可能以两种主要方式发生故障：(一) 通过免疫缺陷病，即免疫系统的一个或多个组成部分无法保护身体免受病原体的侵害；(二) 通过自身免疫性疾病[1]。 当中枢和外周耐受机制无法阻止对自身抗原或无害抗原的免疫反应时，免疫系统的免疫记忆作用会引发持续炎症，为过敏和自身免疫的长期缓解和治疗提供了障碍。 所以序贯免疫疗法的第二步是重置免疫系统，其主要目标是通过消除病理性免疫记忆细胞来减少免疫系统的异常反应，从而恢复免疫系统的正常功能[3]。
39500编辑于 2024-11-04【免疫笔记】胸腺的“衰老剧本”—从发育到免疫老化的秘密
现在看这话简直是“大型真香现场”——胸腺根本不是“意外”，而是T细胞发育的“命运之地”：它负责筛选能识别外来抗原、同时不攻击自身的T细胞，是免疫耐受和免疫功能的“起跑线”。 六、 naive T细胞：免疫老化的“预测指标” 通过分析外周血里的初始T细胞（naive T细胞），可以预测“免疫年龄”。 比如： •健康人群的实际年龄和免疫年龄基本匹配； •百岁老人的免疫年龄比实际年龄“年轻”（这可能是他们长寿的原因之一）； •乙肝、HIV患者，以及红斑狼疮、重症肌无力患者的免疫年龄，比实际年龄“老很多” 相当于给免疫系统装了个“体检仪”，能提前预警免疫老化相关的疾病。 证据”：新输出T细胞（RTE）越来越少 外周血的数据也印证了胸腺的“摆烂”：随着年龄增长，新从胸腺输出的T细胞（RTE）比例断崖式下降——不管是CD4+还是CD8+ RTE，老年组的占比连年轻组的1/10
28210编辑于 2025-12-24- 来自专栏医学和生信笔记
免疫浸润结果可视化
免疫浸润结果可视化 在之前的推文中我们介绍了2行代码实现9种免疫浸润方法，今天给大家介绍下常见的免疫浸润结果的可视化。 就以大家最常见的cibersort为例进行介绍。 首先大家要对每种免疫浸润方法的结果有一个大体的认知，比如cibersort的结果是各种免疫细胞在样本中的比例，所以一个样本中所有的免疫细胞比例加起来总和是1！ 但是ssGSEA就不是这样了。 ) library(stringr) # 分组 cibersort_long$Group = ifelse(as.numeric(str_sub(cibersort_long$ID,14,15))<10 brewer.pal(11, "RdBu") ) ,show_column_names=F ,row_names_gp = gpar(fontsize = 10 tumor和normal分个组，再画图： df_egfr_scatter$sample_type <- ifelse(as.numeric(substr(df_egfr_scatter$ID,14,15))<10
1.9K30编辑于 2023-08-30 - 来自专栏医学和生信笔记
WGCNA实战：识别免疫相关lncRNA
前面的推文给大家介绍了3种识别免疫相关lncRNA的方法：免疫相关lncRNA的识别 今天再给大家介绍下如何使用WGCNA识别免疫相关lncRNA，也算是WGCNA的实战教程。 # Determine cluster under the line clust = cutreeStatic(sampleTree, cutHeight = 200, minSize = 10) table 10 0.421 -2.49 0.419 9.61e-02 6.59e-03 4.930 ## 11 12 0.932 -1.71 ，所以只要提取和这个性状信息相关的基因，就得到了免疫相关lncRNA！ 那加上今天介绍的识别免疫相关lncRNA的方法，就一共有4种方法了！ 这么多方法又有选择困难症了？天真，小孩子才做选择，大人都是全都要！
1.2K30编辑于 2023-08-30 - 来自专栏医学数据库百科
ImmuCellAI | 免疫浸润计算工具
在利用 RNA-seq 数据来进行免疫浸润计算方面，已经有很多的算法可以进行分析，我们在 [[免疫算法原理]] 当中也进行了总结。 另外如果是想要分析 TCGA 的免疫浸润情况的话，也可以使用 [[TIMER2 TCGA-免疫浸润评估数据库]] 以及 [[GEPIA2021-TCGA免疫细胞分析数据库]]。 的算法来进行免疫细胞计算的。 这类的算法主要是通过每一个免疫细胞特征基因的表达来进行免疫浸润评分的。默认的 ImmuCellAI 是以这些基因作为每个免疫细胞的 marker 基因的。 除了要计算免疫细胞评分，如果还想观察免疫细胞在不同分组的区别以及和免疫检查点封锁（Immune checkpoint blockade, ICB）的关系。可以进行额外的勾选。
9.2K50编辑于 2021-12-04
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号