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癌细胞竟 偷走 免疫细胞线粒体？免疫细胞: 不慌, 能 充电！ | MedChemExpress (MCE)
02癌细胞“偷走”线粒体癌细胞伸出"魔爪"—纳米管研究人员设计了一个简单的实验，将不同的鼠/人类乳腺癌细胞与效应免疫细胞 (如自然杀伤 T 细胞 (NKT) 或 CD3+ /CD8+T 细胞) 共培养， FESEM 图像显示乳腺癌细胞和免疫细胞之间的纳米管 (红色箭头)。CD8+ /CD3+ T 细胞被添加到 MDA-MB-231 (a) 或 4T1 细胞 (b) 中。 在与癌细胞 (4T1) 共培养之前，NKT 细胞 (DN32.D3) 中的线粒体用 MitoTracker Green (绿色) 染料标记。 结果发现，与 PD1 单独治疗相比，L-778123 联合 PD1 阻断显著增加了肿瘤内 T 细胞的活化和浸润，导致肿瘤进展延迟，动物存活时间延长 (图 3b)。a. Nat Nanotechnol. 2022 Jan;17(1):98-106. [3] Baldwin JG, et al.
36700编辑于 2024-11-29- 来自专栏生信技能树
任何细胞都有免疫特征
Genetic Information Processing 3. Environmental Information Processing 4. Cellular Processes 5. 如果你感兴趣这些基因集，可以自己去阅读文献拿到Supplementary Table S4，然后针对这些通路去任意单细胞转录组数据集里面打分，肯定不会是这些免疫基因集仅仅是在免疫相关细胞亚群有活性。 stromal cell，而且在文章的figure4 继续强调了，如下所示： figure4 继续强调了 这一群细胞（iDSC）在免疫细胞里面的时候可以看到它非常特殊因为它的DSC的特征打分过高，跟其它免疫细胞格格不入 但是呢，如果把这一群细胞（iDSC）放在所有的DSC里面它又是无法融入进去，而且它的免疫打分又过高。所以作者做了个层次聚类，蛮直观的展示了这个iDSC其实是与DSC更加接近，如果是跟免疫细胞相比。 （iDSC）更加的具有DSC特征，跟免疫细胞相比。
47610编辑于 2024-01-04 - 来自专栏单细胞天地
TISCH || 肿瘤免疫单细胞中心
肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)是一个专注于肿瘤微环境(TME)的scRNA-seq数据库。TISCH在单细胞水平提供了详细的细胞类型注释，使不同癌症类型的TME得以探索。 和细胞类型的层级： ? 所以研究肿瘤的老师可以参考啦。 ? 往期回顾 scRNA-seq Clustering quality control（二） CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否 单细胞初级8讲和高级分析8讲 ---- ---- ----
1.9K31发布于 2020-10-19 - 来自专栏单细胞天地
探索人类肠道免疫细胞图谱
生信技能树核心成员，单细胞天地特约撰稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。 ? IGK_UMIS', 'IGL_READS', 'IGL_UMIS', 'TCR_v_gene', 'TCR_d_gene', 'TCR_j_gene', 'TCR_c_gene', 'TCR_cdr3' 看看各个细胞类型的比例： se = pd.Series(adata.obs['cell_type']) countDict = dict(se.value_counts()) proportitionDict 其实，这个数据中大量的免疫组库的信息，我们并没有去利用。 可以想象一下，免疫组库有哪些分析点，把他们用起来。
72930发布于 2020-11-25 - 来自专栏单细胞天地
CNS图表复现03—单细胞区分免疫细胞和肿瘤细胞
如果你也想加入交流群，自己去：你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞）找到我们的拉群小助手哈。 今天讲解第三步：根据一些基因的表达来区分细胞是否属于免疫细胞。 我在单细胞天地的教程：是否是免疫细胞很容易区分那是否是肿瘤细胞呢？ 不同标记基因在不同细胞亚群的表达情况 其中PTPRC基因代表的是CD45分子，是免疫细胞的标记，所以可以使用它来区分： # Annotate Immune vs Nonimmune clusters # table table(sce@meta.data$immune_annotation) # Make and save relevant plots 接下来可以进行 TSNE plot 可视化，看到免疫细胞和非免疫细胞是泾渭分明 TSNE plot 可视化看免疫细胞 ---- ----
2.2K32发布于 2020-09-23 肿瘤免疫与单细胞、空间、外显子和免疫疗法
ILCs包括NK细胞， ILC1s,ILC2s,ILC3s等亚群，多为组织驻留淋巴细胞,广泛分布于肠道、皮肤等黏膜屏障部位。ILCs能够通过分泌细胞因子等参与抵抗肿瘤的第一道防线。 3、自然杀伤细胞( natural killer cell,NK 细胞)是淋巴细胞的亚群，也可归为ILC，约占外周血淋巴细胞的15%。 ⑤通过人抗肿瘤抗体IgG1和IgG3作为桥梁，产生抗体依赖的细胞介导的细胞毒作用，并且,IL-2和IFN-y可增强该效应。 常见的区分B淋巴细胞与T淋巴细胞的CD分子标记CD标记功能B细胞TH细胞TC细胞CD2黏附分子，信号转导-++CD3TCR 的信号转导组分-++CD4结合 MHCI类分子，信号转导-+CD5ND（not Fc端受体+--CD35(CR1)补体C3d分子的受体+--CD40信号转导+--CD45信号转导+++T 细胞对抗原的识别具有MHC 限制性。
56710编辑于 2024-02-27- 来自专栏生信菜鸟团
【生信文献200篇】83 TNBC单细胞免疫图谱揭示了新的免疫细胞亚群
研究人员从14例naïve TNBC肿瘤患者中分离了9683个肿瘤浸润免疫细胞，并进行单细胞转录组测序，共获得了22个免疫细胞亚群，包括T细胞、巨噬细胞、B细胞和DC细胞。 进一步分析显示免疫细胞中与TCR信号通路和细胞毒性相关的分子上调，表明TCR信号通路被激活。 综上，该文献展示了免疫细胞治疗naïve TNBC肿瘤的单细胞转录组图谱，揭示了新的免疫细胞亚群。 TNBC患者的原发性肿瘤免疫细胞进行了深度单细胞RNA测序。 cytotoxic T cell（IFNG、PRF1、GZMA 和 GZMB）：T3和T5 CD4+细胞细分： T7和T9表现出显着的调节性T细胞（Treg）特征：FOXP3和IL2RA (CD25) 为了发现TNBC免疫治疗的潜在治疗靶点，研究人员试图研究这两种免疫抑制T细胞亚群唯一表达的基因。
1.9K20发布于 2021-12-01 - 来自专栏单细胞天地
多靶点自体免疫细胞技术
肿瘤免疫治疗，主要包括 免疫疫苗 免疫检查点抑制剂治疗 过继性免疫细胞治疗 细胞因子治疗 其中以CTLA4、PD1/PDL1抑制剂为代表的免疫检查点抑制剂，以其显著的临床疗效而备受瞩目。 1986年，Rosenberg研究组首先报道了TIL细胞。TIL细胞表型具有异质性。一般来说，在TIL中，绝大多数细胞是CD3阳性的。 不同患者不同肿瘤类型对免疫疗法的反应不可预测，是因为免疫成分的异质性以及肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在单个肿瘤内和患者之间的多样化表型。 member 2 (SLC3A2) protein ? (CD137, a marker of T cell activation)的T细胞做单细胞测序，找到了跟mutant (mut)-SLC3A2 or mutKIAA0368对接的TRBV 然后TIL
72810发布于 2020-03-27 - 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞免疫组库的应用
T细胞和B细胞是适应性免疫应答的重要成分。 T细胞表面的TCR（T cell receptor）与MHC分子-抗原肽复合物结合，通过促进吞噬细胞杀灭细胞内的微生物或直接杀伤受感染的细胞来执行细胞免疫功能。 此外，该研究还描绘了初始T细胞向耗竭状态的发展轨迹，并在耗竭性CD8 T细胞亚群中发现了一类FOXP3+抑制性T细胞的存在，提出了耗竭T细胞会进一步发展成抑制性T细胞的潜在发展方向。 TCR测序，绘制乳腺癌肿瘤微环境中多种免疫细胞表型的单细胞图谱。 单细胞免疫组库研究在抗体开发、用药及疫苗评估等方面也有较高的应用价值。
1.5K10发布于 2020-08-06 - 来自专栏单细胞天地
单细胞切病理 || 免疫与炎症
免疫与炎症在一种疾病种正在被广泛研究，它就是众病之王，癌症，它的发生发展过程为我们展示了癌细胞如何巧妙地集成正常细胞的功能，形成与人体循环系统持续互动的血管支持体系。 ，使损伤局部的血液循环中的白细胞及血浆蛋白渗出损伤因子所在的部位，稀释、中和、杀伤及清除有害物种 炎症反应的消退和终止 实质细胞核间质细胞增生，修复受损伤的组织 可以看出像免疫反应一样，炎症反应中细胞也是主角 得益于通量和灵敏度的极大提升，发现新的细胞类型和状态也为单细胞技术在免疫和炎症研究中广泛应用。 在得到新型的细胞类型/状态亚群之后，我们往往要问：它是如何发挥功能的？它为什么在这里？ 血液系统是各种重要免疫和炎症的重要载体，也是各种免疫和免疫事件发生的主要场所。单细胞技术像一个高通量的扫码系统，可以帮助我们快速勘探血管中各类细胞的分化发育、相互作用、功能变化等。 这些信息可以开拓我们对炎症和免疫细胞的理解范畴。
68020编辑于 2022-06-13 - 来自专栏生信菜鸟团
敲开免疫细胞进入肿瘤的大门
---- 研究内容 事实上，发挥抗肿瘤免疫反应的细胞如想成功清除肿瘤必须考虑两方面的因素。 第一个方面就是需要一支强大的免疫细胞军团，只有拥有训练有素且兼具各项功能的免疫细胞互相协作，才能行驶强大的抗肿瘤免疫的潜力；第二个方面就是需要打入敌军内部，即使再强大的军队到不了战场，那对战争的结果也无济于事 ；而恰恰第二方面是肿瘤细胞逃避免疫细胞攻击的主要手段之一。 本文的研究结果为了解TA-HECs的分子和功能特征，以及它们在肿瘤免疫和免疫治疗期间淋巴细胞进入肿瘤中的作用提供了理论支持。 ---- 展望 总之，这项研究结果揭示了TA-HECs的分子和功能特征，及其在肿瘤免疫和免疫治疗过程中淋巴细胞进入肿瘤的作用。
56220编辑于 2022-04-08 - 来自专栏生信技能树
使用 CellTypist 进行免疫细胞类型分类
install celltypist import scanpy as sc import celltypist from celltypist import models 下载 2,000 个免疫细胞的 免疫细胞的分类非常详细。 一些模型元信息。 pDC细胞 mast_cell_weights = weights[model.cell_types == 'pDC'] top_3_genes = model.features[mast_cell_weights.argpartition adata_2000, top_3_genes, groupby = 'cell_type', rotation = 90) 感觉还不错，比R语言里面的singleR的可能准确一些，注释免疫细胞时可以考虑用一下 ，singleR注释免疫细胞真是一言难尽。
9K72编辑于 2021-12-29 - 来自专栏单细胞天地
单细胞免疫组库基础介绍
分享是一种态度 免疫系统 免疫系统中主要包含两类淋巴细胞：B lymphocytes (B cells) 和 T lymphocytes (T cells)。 BCR/TCR 的 CDR3 由 V、 D、 J 三个基因编码，淋巴细胞的成熟过程中，通过 V、 D、 J 基因的重排形成了各种重组序列片段，由于 V、 D、 J 基因片段本身具有多样性，再加上体细胞突变 因此对于淋巴细胞多样性的研究便集中在了 CDR3 区多样性的研究。 基础知识理解 免疫组库：V(D)J序列多样性的集合即为免疫组库（Immune Repertoire, IR） 免疫组库测序目标：5‘转录组+V(D)J片段分析，可同时获得单细胞转录组以及免疫组库数据。 consensus 序列：所有细胞中拥有相同的有效 CDR3 核酸序列的 contig 组装在一起的最终序列，被称为共有序列。
2.6K31编辑于 2022-11-24 - 来自专栏单细胞天地
单细胞时代|| 单细胞代谢组学之免疫代谢
但随着单细胞应用的出现，研究人员现在可以估计临床样本中单个免疫细胞的代谢状态。 在这里，我们回顾这些单细胞技术和他们验证免疫代谢的共同原则，同时也概述免疫细胞的代谢异质性。 关键的免疫代谢概念 单细胞代谢谱分析方法中针对不同代谢蛋白提供了最低限度的免疫代谢背景。关于免疫代谢的更多细节，我们参考了在不同的免疫细胞和疾病中关于这一主题的优秀和更全面的评论。 Elegant的研究强调了糖酵解酶己糖激酶1和2 (HK1和HK2)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、烯醇化酶和丙酮酸激酶同工酶M2 (PKM2)。 免疫细胞亚型的关键代谢途径(A)是调节免疫细胞重要的代谢途径，包括最近单细胞分析方法中使用的代谢靶点。 下一代方法将包括直接单细胞代谢物分析(Duncan et al.， 2019)，这将伴随着稳健方法的发展，以分离单个细胞，而不受显著的代谢干扰(图3)。
3.9K40发布于 2021-03-10 - 来自专栏生信小驿站
科研绘图系列：（3）使用PPT绘制免疫系统细胞（二维）
前期目录 科研绘图系列：（1）使用PPT绘制各类细胞 科研绘图系列：（2）使用PPT绘制菌落和培养皿 目标结果如下所示： ? 根据来源 从网上下载免疫细胞形态如下所示： ? image.png ? ，近似方块形的Mast细胞 第四类，抗原提呈细胞也就是树突状细胞等 绘制T细胞和B细胞 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm； 4.右键，去掉形状边框 绘制嗜酸性细胞 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形右侧上下各新增一个顶点，调整形状与示例相似即可； ? 绘制肥大细胞mast cell 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形四个角度各新增一个顶点，调整形状与示例相似即可； ? 新生成的肥大细胞所示： ? 绘制肥树突状细胞 1.打开PPT； 2.插入形状选择椭圆； 3.设置形状大小为高度3cm，宽度4cm，在图形各处新增多个顶点，调整形状与示例相似即可； ?
3K20发布于 2020-05-18 - 来自专栏生信修炼手册
肿瘤浸润免疫细胞量化分析简介
肿瘤微环境是肿瘤细胞生存和发展的土壤，其中浸润到肿瘤局部的免疫细胞介导了肿瘤免疫微环境，tumor immune microenvironment, 简称TIME。 ，进一步筛选某种微环境亚型或者免疫细胞亚群作为biomarker。 基于基因表达谱数据，分析肿瘤免疫微环境组分的软件有很多，大致分成了以下3种策略 1. marker gene 将不同免疫细胞对应的marker genes作为基因集合, 采用类似GSEA的算法来评估样本中高表达的基因在不同免疫细胞的基因集合中是否富集 反卷积 卷积和反卷积是深度学习中常见的算法，将每个样本看做是多种免疫细胞的混合，采用线性回归拟合出每种免疫细胞的组分和表达量与最终混合后的关系，通过反卷积算法，提取每种免疫细胞的表达特征，示意如下 ? 该策略对应的软件如下 CIBERSORT TIMER EPIC quanTIseq 3.
1.8K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信菜鸟团
细胞图谱 | Cell | 人类免疫细胞中的亚洲多样性
这里，我们介绍了亚洲免疫多样性图谱（AIDA），这是一个多国人类免疫细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）健康参考图谱。 Para_02 对人类免疫细胞多样性的研究很有趣，因为血液细胞比例通常用于诊断，血液特征的变化与疾病风险相关，而且免疫表型分析被用来监测诸如艾滋病、白血病和淋巴瘤等疾病。 —B（图3A）、pDC和髓系（包括常规树突状细胞[cDC]）（图3B），以及先天性淋巴样细胞（ILC）、NK和T细胞（图3C和3D）。 我们首先确认了我们的单细胞RNA测序数据集中单核细胞的比例与匹配的CBCs一致（图S3A-S3C），这表明我们图谱中的细胞类型比例推断植根于实际的血液学比例。 图片说明 ◉ 图 S3。 例如，外周血中的特征（如细胞类型丰度和克隆型扩增）已与免疫细胞肿瘤浸润、肿瘤对免疫治疗的反应以及疾病状态相关联。 这些可能具有预后标志物的潜力。
59010编辑于 2025-05-17 - 来自专栏单细胞天地
COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析
2 前言 2.1 摘要 与COVID-19严重性相关的呼吸免疫特性目前还不清楚。作者选了COVID-19严重程度不同的患者以及健康人的支气管肺泡灌洗液免疫细胞，进行单细胞转录组测序。 是一小分子细胞因子家族蛋白。主要作用是趋化细胞的迁移. 细胞沿着趋化因子浓度增加的信号向趋化因子源处的迁徙。有些趋化因子在免疫监视过程中控制免疫细胞趋化，如诱导淋巴细胞到淋巴结。 Fig. 1 图A：对支气管肺泡灌洗液免疫细胞进行分群后进行细胞·类型鉴定，UMAP展示出13种细胞类型 图B：主要的支气管肺泡灌洗液免疫细胞在健康、中度、重度患者中的分布 图C：UMAP展示了4组巨噬细胞在健康 COVID-19的严重程度有关 细胞素风暴（Cytokine storm）：又称高细胞因子症（英语：Hypercytokinemia），一种不适当的免疫反应，因为细胞因子与免疫细胞间的正回馈回路而产生。 同时，细胞因子也会激活这些免疫细胞，被激活的免疫细胞则会产生更多的细胞素。通常来说，人体会检查并控制这个反馈循环。但是在有些情况下，情况会失控，导致一个地方聚集了太多被激活的免疫细胞。
2K20发布于 2020-06-24 - 来自专栏单细胞天地
CellKb Immune:轻松拿捏小鼠免疫细胞注释
前言 生信技能树公众号之前已经介绍了很多有关细胞注释的工具或软件了，如：ToppCell Atlas:单细胞分析中针对细胞类型的富集分析，但是其中很多都是偏向于对人来源的细胞进行注释。 ---- 主要内容 首先，需要强调的是CellKb Immune所有用于细胞注释的marker genes都是作者通过搜集以发表的研究手动整理的，其中包括各种免疫功能调节相关的文章。 Immune基因必须满足以下标准： 1)Deposition of raw data in public databases； 2)Availability of data for download； 3) ，以广泛的细胞类型信息和描述作为参考，根据标记基因的显著性对输入的基因集进行排名，而且会考虑与基因表达相关的差异变化和显著性p值； 3)CellKb Immune提供了一个基于web的界面，在给定用户基因列表的公开数据集中查找匹配的细胞类型 总之，CellKb Immune提供了一个易于使用的参考数据库，具有快速可靠的方法，可以一站式解决小鼠单细胞数据分析中各种免疫细胞类型的注释。 ----
2.3K40编辑于 2022-11-24 - 来自专栏纳米药物前沿
Nanotech.】肿瘤免疫逃逸新机制：细胞间纳米管介导癌细胞和免疫细胞之间的线粒体运输
肿瘤劫持免疫细胞，实现免疫逃逸是肿瘤发生发展的关键事件。然而肿瘤免疫逃逸是一个复杂的过程，目前还知之甚少。阐明不同的免疫逃避策略是寻找下一代癌症免疫疗法的关键一步。 近日，洛桑分校-洛桑大学GeorgeCoukos和Alexandre Harari两位教授团队报道了癌细胞可以通过物理纳米管从免疫细胞中劫持线粒体。线粒体对免疫细胞的代谢和激活至关重要。 通过使用场发射扫描电子显微镜、荧光团标记的线粒体转移追踪和代谢量化，他们证明了纳米管介导的线粒体从免疫细胞向癌细胞的转移代谢增强了癌细胞，并耗竭了免疫细胞。 抑制纳米管组装机制显著减少了线粒体转移，并防止了免疫细胞的耗竭。针对细胞间纳米管介导癌细胞与免疫细胞之间的线粒体转运的新现象，在同期的Nat. 这为肿瘤免疫逃逸提供了新的认识，同时为肿瘤治疗提供了新的潜在靶点。。 核心数据： 图一、癌细胞和效应免疫细胞通过物理纳米管连接。 图二、纳米管介导免疫细胞和癌细胞之间的细胞器转移。
37620编辑于 2022-08-15
腾讯云开发者
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