见招拆招,一起来看看到底咋回事儿~01肿瘤与免疫免疫细胞与癌细胞就像是两军对战,抗争已久。癌细胞相当“狡猾”!不断通过免疫检查点分子逃避 T 细胞介导的肿瘤免疫。 这不,Tanmoy Saha 等人首次研究了癌细胞和免疫细胞之间的线粒体运输,发现癌细胞可以通过纳米管介导“偷走”免疫细胞线粒体,癌细胞不仅获得了代谢功能,而且在此过程中也严重地使免疫细胞丧失功能[2] 然后,将该免疫细胞添加到转移性乳腺癌细胞培养物中。该细胞一开始没有任何标记的线粒体。然而,在共培养后 16 h,观察到癌细胞中出现大量点状绿色荧光(图 2),这与线粒体从免疫细胞转移到癌细胞一致。 使用鬼笔环肽红染色纳米管中的 F-肌动蛋白,可观察到 MitoTracker 标记的线粒体在纳米管内共定位(图 2),支持通过纳米管进行线粒体运输。 Signal Transduct Target Ther. 2022 Sep 19;7(1):331. [2] Saha T, et al.
凭借高效阴性分选技术,可实现 96% 以上的高纯度分选,1 次实验能处理 1×10⁷个细胞,且细胞可直接用于下游研究,为免疫相关研究提供可靠工具支持。 背景介绍初始 CD4⁺T 细胞作为免疫系统的关键组成部分,在免疫应答启动、免疫记忆形成及免疫调节中发挥核心作用。 其纯度和活性直接影响免疫机制研究、自身免疫病发病机制探索、肿瘤免疫治疗研发等多个领域的实验结果。传统分选方法存在操作复杂、分选纯度低、细胞活性受损等问题,难以满足高精度科研需求。 药物研发:评估候选药物对初始 CD4⁺T 细胞功能的影响,筛选免疫调节类药物。产品优势高纯度分选:分选后细胞纯度可达 96% 以上,显著优于传统方法,减少杂质细胞干扰。 稳定性强:2-8℃避光保存可稳定一年,避免反复冻融影响产品性能,运输过程采用冰袋保障品质。规格灵活:提供三种不同 Assays 规格,适配从小规模预实验到大规模批量实验的各类场景。
内容概要Elabscience 推出的 EasySort™小鼠 CD8+T 细胞阴性分选试剂盒(货号:MIM003N),凭借阴性分选技术实现小鼠脾脏和淋巴结中 CD8+T 细胞的快速高效分离,分选后细胞纯度高达 因此,从复杂组织样本中高效分离高纯度、高活性的 CD8+T 细胞,是开展免疫机制研究、开发免疫治疗策略的基础前提。传统细胞分选方法常面临纯度不足、细胞活性受损、操作繁琐等问题,难以满足精准实验需求。 细胞活性优异:阴性分选技术不损伤目标细胞,分离后的细胞可直接用于下游培养、染色、功能检测等应用。适配性强:明确适用于小鼠脾脏和淋巴结样本,覆盖免疫研究常用组织来源。 品质稳定可控:2-8°C 避光保存即可维持 12 个月有效期,冰袋运输保障产品性能稳定,避免反复冻融带来的品质波动。 结合亲民的价格与完善的品质保障,无疑是实验室分选小鼠 CD8+T 细胞的优选之选,赶快入手解锁你的免疫研究新突破!
背景介绍在免疫研究、肿瘤学、感染病学等领域,初始 CD8+T 细胞作为免疫系统的关键组成部分,其功能研究、活化机制探索及临床转化应用均具有重要意义。 流式细胞术验证结果显示,分选后 CD8+CD56-CD57-CD45RO - 细胞比例显著提升,确保了目标细胞的高纯度。应用领域免疫细胞功能研究:探究初始 CD8+T 细胞的活化、增殖及分化机制。 肿瘤免疫治疗:为 CAR-T 细胞疗法、肿瘤疫苗研发等提供高质量初始细胞原料。感染病学研究:分析初始 CD8+T 细胞在病毒、细菌感染中的免疫应答过程。 自身免疫性疾病研究:揭示初始 CD8+T 细胞在疾病发生发展中的作用。药物研发:用于免疫调节药物的活性筛选与效果评估。 细胞活性完好:阴性分选技术避免目标细胞与磁珠直接结合,很大程度保留细胞活性,可直接用于下游实验。稳定性佳:2-8°C 保存期长达 12 个月,运输过程冰袋保鲜,产品性能稳定可控。
内容概要Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒凭借阴性分选技术,可从新鲜或冻存的人 PBMC 样本中快速分离高纯度人初始 T 细胞。 背景介绍初始 T 细胞作为免疫系统的关键组成部分,在免疫应答启动、免疫记忆形成等过程中发挥核心作用。 检测原理Elabscience 人初始T细胞阴性分选试剂盒采用阴性分选技术,通过特异性去除样本中 CD3⁻非 T 细胞、CD45RO⁺记忆 T 细胞等非目标细胞,实现人初始 T 细胞(CD3⁺CD45RA 自身免疫病研究:分析初始 T 细胞在自身免疫病发生发展中的作用。疫苗研发:评估疫苗对初始 T 细胞的激活效果及免疫应答强度。再生医学:探索初始 T 细胞在组织修复与免疫重建中的应用。 品质稳定:2-8°C 保存期长达 12 个月,冰袋运输保障品质,批次间一致性高。
但是呢,传统的bulk转录组测序,其实虽然说测序的样品仍然是肿瘤组织,但是它是一个复杂的生态系统,不仅仅是有恶性的肿瘤细胞,还有围绕它的各式各样的免疫细胞,以及以内皮细胞和成纤维细胞为代表的多种基质细胞 其实没有单细胞也是可以研究具体的细胞亚群的表达量差异,那就是流式分选指定细胞亚群,比如: Hepatic CD4+ or CD8+ T-cells of 12 months NASH-diet + 8 更多类似的先分选指定细胞亚群再进行差异表达量分析的研究 比如数据集:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi? acc=GSE164006 针对 liver sinusoidal endothelial cells (LSEC) 这个细胞亚群, 是2个分组所以差异分析很简单啦: We isolated liver ATAC-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/2DG1mC2kdg 密码:rf2n 学徒学习笔记:https://mp.weixin.qq.com/s/7wNRrpkqcuQmJ7ASlpytqw
记忆T细胞:人体的免疫“特种部队”在对抗疾病时,人体免疫记忆的核心——记忆T细胞,特别是其中的CD4+和CD8+两大亚群,扮演着截然不同又相互协作的角色。 它们通过分泌特定的细胞因子来激活和指导其他免疫细胞(如B细胞和CD8+ T细胞),是形成有效、持久免疫应答的关键。记忆CD4+ T细胞对维持长期免疫记忆至关重要。 为此,Elabscience®全新推出的人Memory CD4/CD8 T细胞阴性分选试剂盒,采用磁珠阴性分选技术,通过去除非目的细胞,从而富集未被标记的目标细胞,分选后可得到一种最接近天然状态、功能完整 它可以保持目的细胞未受刺激的原始状态,得到的细胞不带有任何抗体和磁珠标记,可直接进行下游应用。产品优势无刺激,分选目的细胞无抗体和磁珠标记,细胞状态不受影响。纯度高,分选后细胞纯度大于85%。 结果展示以上就是Elabscience®人Memory CD4/CD8 T细胞阴性分选试剂盒的相关介绍,更多细胞分选试剂盒持续上线中。
关键是看如何定义免疫特征,比如kegg数据库里面的就有很多免疫特征相关的功能基因列表,首先它区分成为了如下所示的7个大类: 1. Metabolism 2. 如果你感兴趣这些基因集,可以自己去阅读文献拿到Supplementary Table S4,然后针对这些通路去任意单细胞转录组数据集里面打分,肯定不会是这些免疫基因集仅仅是在免疫相关细胞亚群有活性。 stromal cell,而且在文章的figure4 继续强调了,如下所示: figure4 继续强调了 这一群细胞(iDSC)在免疫细胞里面的时候可以看到它非常特殊因为它的DSC的特征打分过高,跟其它免疫细胞格格不入 但是呢,如果把这一群细胞(iDSC)放在所有的DSC里面它又是无法融入进去,而且它的免疫打分又过高。所以作者做了个层次聚类,蛮直观的展示了这个iDSC其实是与DSC更加接近,如果是跟免疫细胞相比。 (iDSC)更加的具有DSC特征,跟免疫细胞相比。
3个簇的OS和PFS存在显著差异,其中簇1的OS和PFS较高而簇2的预后最差(图2C)。 图2 TCGA-MIBC的细胞焦亡模式和生物学特征 4. 簇1和簇3富集于完全激活的免疫功能相关通路,包括淋巴细胞迁移,抗原加工和呈递,toll样受体信号通路,干扰素介导的信号通路和趋化因子信号通路,簇2与免疫抑制相关过程显著相关(图2D和2E)。 ssGSEA分析表明簇1患者富集与免疫分化和干扰素应该,簇2富集于尿路上皮和管腔分化相关通路,簇3富集于免疫分化和干扰素应答打分(图2F)。 5. CIBERSORTx分析表明,簇1中M1巨噬细胞,CD8+ T细胞,激活NK细胞和CD4+ T细胞丰度较高,而簇2中肥大细胞,M2巨噬细胞,调节性CD4+ T细胞和静息CD4+T细胞丰度较高(图3C)。 免疫检查点表达水平分析表明,簇1和簇3中免疫检查点抑制基因表达水平的表达水平较高而在簇2中表达水平较低(图3D)。 图3 不同细胞焦亡模型的TME和转录组特征 6.
总的来说,该研究展示了免疫细胞在GBM发展过程中的演变景观,特莫唑胺对GBM的免疫细胞组成有显著影响,这为GBM的治疗策略提供了重要的线索。 (g) EdU+和EdU–流式分选小胶质细胞群之间的差异表达基因和GO分析。 (h) 流式分选正常脑小胶质细胞和携带GBM的对侧微胶质细胞之间的差异表达基因和GO分析。 图4 GBM中细胞因子、检查点受体及其配体主要在CD45+区域中表达。 (a) 来自GBM流式分选的CD45+和CD45–细胞的细胞周期基因的RT-PCR log2FC。 (d) 来自GSEA的指示小胶质细胞和巨噬细胞群的标准化富集分数(NES),用于分析具有促炎性“M1”极化, 和抗炎、促肿瘤的“M2”极化。 图7 TMZ和放射改变GBM免疫微环境并延长生存。 (f) 对照组和TMZ(25 mg kg−1),IR(2 Gy/day)和IR/TMZ治疗的GBM小鼠的指示细胞类型的流式细胞筛选。 图8 低级别胶质瘤和GBM患者的免疫异质性。
肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)是一个专注于肿瘤微环境(TME)的scRNA-seq数据库。TISCH在单细胞水平提供了详细的细胞类型注释,使不同癌症类型的TME得以探索。 和细胞类型的层级: ? 所以研究肿瘤的老师可以参考啦。 ? 往期回顾 scRNA-seq Clustering quality control(二) CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否 单细胞初级8讲和高级分析8讲 ---- ---- ----
生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家。 ? 看看各个细胞类型的比例: se = pd.Series(adata.obs['cell_type']) countDict = dict(se.value_counts()) proportitionDict 其实,这个数据中大量的免疫组库的信息,我们并没有去利用。 AACCATGCAGATTGCT-1-Pan_T7935487 IGLC2 AACCATGTCCTGCCAT-1-Pan_T7935487 None 可以想象一下,免疫组库有哪些分析点,把他们用起来。
如果你也想加入交流群,自己去:你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了(单细胞)找到我们的拉群小助手哈。 今天讲解第三步:根据一些基因的表达来区分细胞是否属于免疫细胞。 我在单细胞天地的教程:是否是免疫细胞很容易区分那是否是肿瘤细胞呢? 不同标记基因在不同细胞亚群的表达情况 其中PTPRC基因代表的是CD45分子,是免疫细胞的标记,所以可以使用它来区分: # Annotate Immune vs Nonimmune clusters # table table(sce@meta.data$immune_annotation) # Make and save relevant plots 接下来可以进行 TSNE plot 可视化,看到免疫细胞和非免疫细胞是泾渭分明 TSNE plot 可视化看免疫细胞 ---- ----
通过分泌 CXCL12,CAF-S1 吸引 CD4+CD25+ T 淋巴细胞并被 OX40L、PD-L2 和 JAM2 保留。 结果 流式分选指标,CD45-, EPCAM-, CD31-,去除血细胞、上皮细胞、内皮细胞;成纤维细胞的分群指标: FAP, integrin b1/CD29, aSMA, S100-A4/ FSP1 也就是说 CAF-S1富集的TNBC T 细胞浸润程度更高,同时CD8+ T细胞的减少可能影响TN乳腺癌的预后。 CAF-S1,CAF-S4 的分子水平表征 流式分选出这两个细胞亚群,做RNA测序。 主要涉及到的细胞因子 CCL11, CXCL12, CXCL13, 和 CXCL14), 细胞粘附 (JAM2) 免疫调节功能(TNFSF4/OX40L, PDCD1LG2/PD-L2, DPP4, NT5E 总结 主要用流式分选的方法分出四个细胞亚群。CAF-S1 在免疫抑制过程中有重要角色。CAF-S1能吸引CD4+CD25+ T细胞并促进其分化为CD25+FOXP3 细胞。
该抗体可特异识别CD45RA抗原,帮助研究人员有效区分 naïve T细胞与记忆T细胞,在免疫学研究、肿瘤免疫治疗和血液疾病诊断中具有重要价值。 CD45在T淋巴细胞和B淋巴细胞上与淋巴细胞磷酸酶相关磷酸蛋白(LPAP)非共价结合。据报道,CD45与其他几种细胞表面抗原相关,包括CD1、CD2、CD3和CD4。 )特异性结合 荧光检测:APC荧光染料在红激光(633-640 nm)激发下,在660 nm处产生发射光 信号分析:流式细胞仪检测荧光信号,从而鉴定和分选CD45RA阳性细胞群体 应用领域基础免疫研究 naïve T细胞与记忆T细胞的鉴定与分选 T细胞分化与激活机制研究 临床研究与应用 白血病免疫分型(如AML) 免疫功能评价 造血干细胞移植研究:CD45RA耗尽的外周干细胞移植可降低移植后病毒感染风险 肿瘤免疫研究:CD45RA-CD4+T细胞在乳腺癌风险中起介导作用 疾病诊断与监测 传染病防控与免疫状态监测 微小残留病(MRD)和复发/难治性AML监测 相关文献参考 CD40 promotes
研究表明,NKT细胞表达NKG2D体,能够识别多种NKG2D配体以及部分由CD1d呈递的肿瘤脂类抗原。 yδT细胞在机体的抗肿瘤免疫应答中发挥着重要作用。同NK细胞一样,γδT细胞表达 NKG2D受体,能够直接识别多种肿瘤抗原,某些yδT细胞还能识别肿瘤细胞表面的磷酸化非肽类抗原。 CD4+TH淋巴细胞发挥抗肿瘤免疫应答的重要辅助作用,其介导的抗肿瘤免疫机制有几种:①活化的CD4+TH1细胞可辅助CD8+CTL激活,同时,它们分泌的IL-2及肿瘤微环境中其他细胞分泌的IL-15能够促进和维持 CD8细胞的功能与活性;②活化的CD4+TH2细胞参与辅助B细胞产生特异性抗肿瘤抗体;③活化的CD4+T淋巴细胞可辅助固有免疫细胞(如NK细胞、DC)的活化;④部分活化的CD4+T细胞可直接杀伤肿瘤细胞 2.特异性抗肿瘤体液免疫 与T细胞介导的抗肿瘤细胞免疫不同,B细胞能够通过其表面受体(Bcell receptor,BCR)直接识别并结合可溶性抗原。
我注意到绝大部分肿瘤相关的单细胞转录组研究的落脚点都是在肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例,包括 B细胞,T细胞,巨噬细胞,树突细胞等等,而且这些细胞亚群都是可以继续细分。 但实际上在没有单细胞转录组数据这个技术之前,也是可以探测肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例的,比如流式细胞仪。 但是我查了一下,发现这个仪器还蛮贵的,比如一个招标信息《上海交通大学流式细胞分选仪,200万》: ? 上海交通大学流式细胞分选仪,200万 既然流式细胞仪如此昂贵,那我们就一起看看流式细胞仪是如何探测肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例的吧。以发表在Front. 看不同分组的各个免疫细胞亚群比例情况: ?
研究人员从14例naïve TNBC肿瘤患者中分离了9683个肿瘤浸润免疫细胞,并进行单细胞转录组测序,共获得了22个免疫细胞亚群,包括T细胞、巨噬细胞、B细胞和DC细胞。 进一步分析显示免疫细胞中与TCR信号通路和细胞毒性相关的分子上调,表明TCR信号通路被激活。 综上,该文献展示了免疫细胞治疗naïve TNBC肿瘤的单细胞转录组图谱,揭示了新的免疫细胞亚群。 TNBC患者的原发性肿瘤免疫细胞进行了深度单细胞RNA测序。 为了发现TNBC免疫治疗的潜在治疗靶点,研究人员试图研究这两种免疫抑制T细胞亚群唯一表达的基因。 并且DN T细胞占总T细胞的31.0% 无监督聚类显示DN T细胞有三个聚类。 C1高表达细胞毒性标志物GZMA、GZMB和IFNG (IFN-γ)。C2高表达FOXP3、IL2RA和CTLA4。
体内实验使用了ptagBFP-C质粒,将4T1细胞转染后,经过后续选择得到稳定转染的细胞,再进行FACS分选获得了高BFP(蓝色荧光蛋白)表达的细胞,最后将4T1-BFP细胞接种到免疫缺陷(NSG)小鼠的原发性肿瘤和同源的具有免疫能力的 3DM:培养基中的3D球状体培养;3DG:水凝胶中的3D球状体培养;TBS:皮下注射;TBM:乳腺脂肪垫注射;SBS:分选后的皮下注射;SBM:分选后的乳腺脂肪垫注射;SNS:免疫缺陷鼠分选后的皮下注射 ;SNM:免疫缺陷鼠分选后的乳腺脂肪垫注射。 但是,TBM/TBS与2D培养的差异基因与4T1细胞的变化无关,因为未分选的和分选出来的4T1-BFP +仅有1251个(48%)上调的基因和336个(24%)下调的基因重叠(图2.E)。 图3.B也显示相比3DG、3DM与2D,体内肿瘤模型分选细胞的细胞周期基因受到了显著的抑制。
CD45 分别富集免疫细胞和非免疫细胞 CD3 分别富集 T 细胞和非 T 细胞 EPCAM 富集上皮细胞 建库方法: 10x Genomics Single Cell 3' v2 and 5’ Reagent :人出生后分选的胸腺细胞(E-MEXP-337) 数据分析 由于本文大量篇幅用在阐述 10x 数据,Smart-seq2 数据主要用于验证,这里我重点总结 10x 数据的分析方法。 ,则将比例简单定义为:特定类型细胞数 / 细胞总数 如果细胞来自不同的分选门,则为每个分选门计算一个归一化因子:给定分选门的细胞数 / 所有分选门的总细胞数。 Fb1 表达固有免疫相关的重要基因 COLEC11 以及调节上皮细胞发育的维甲酸反应酶 ALDH1A2。而 Fb2 表达细胞外基质基因和信号素(semaphorins),调控血管发育。 而后 Fb1 和 Fb2 逐渐达到均衡 其他免疫细胞中,巨噬细胞在早期发育中较丰富,而 DCs 随着发育进程逐渐增加。