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MCE 肿瘤代谢
机体代谢包括糖代谢、脂代谢、蛋白质/氨基酸代谢、核苷酸/核酸代谢以及其他营养物质代谢。各种物质代谢相互联系，相互影响，代谢信号通路相互作用形成了复杂的代谢网络。 肿瘤代谢重编程 癌症代谢重编程是指癌细胞重新编程某些新陈代谢的现象。一方面，癌症代谢重编程通过促使快速增殖、存活、侵袭、转移、抗治疗和其他中央细胞促肿瘤过程，以促进肿瘤发生。 脂质和核酸代谢 除了糖类和氨基酸代谢之外，肿瘤细胞中的脂质和核酸代谢可以为肿瘤治疗提供新思路。 乳酸/H+代谢与肿瘤微环境 肿瘤的代谢是复杂的，代谢表型可能同时反映了肿瘤细胞的内在特性以及肿瘤细胞与肿瘤微环境 (TME) 之间的相互作用。 相关化合物库 作用 代谢/蛋白酶化合物库 MCE 收录了 1800+ 种代谢/酶相关的小分子化合物，是代谢相关疾病药物研发的有力工具。
51620编辑于 2023-03-15 - 来自专栏生物信息与临床医学专栏
玩转铁代谢
此外，铁代谢紊乱与癌症等疾病发展有关。下面，我将带领大家回顾一下机体铁代谢的过程。 人体的铁元素除了日常从食物中摄取1-1.5mg外，主要来自衰老红细胞的分解。 图1衰老红细胞在人体的代谢过程 铁被吸收后，大部分与血红素结合用于各种生化过程，被称为“功能铁”。另一部分在铁氧化酶的作用下，重新被氧化成Fe3+。 以上，就是对机体铁代谢的简单阐释。近年来，关于机体铁代谢的研究成为热点，也有不少研究生信者将眼光投向这一领域。 Metabolism- Related Gene Signatures forPredicting the Prognosis of Patients With Sarcomas》利用TCGA和GEO数据库研究了铁代谢相关基因特征和骨肉瘤患者生存关系
1.2K10编辑于 2022-08-21 - 来自专栏单细胞天地
单细胞时代|| 单细胞代谢组学之免疫代谢
我们知道，单细胞转录组数据分析的下游往往聚焦在pathway上，其中，代谢通路是大家关注比较多的。代谢也是联系转录组与表型的关键。单细胞代谢组学期望的是考察单个细胞的代谢水平。 新陈代谢是所有生物过程的核心，它可以被广泛地细分为合成代谢过程(使用能量和构建块进行生物合成)和分解代谢过程(为合成代谢提供原料，并产生能量为生物功能提供燃料)。 非靶向代谢组学测量生物样本中的数百种代谢物，而靶向代谢组学则评估预先选择的代谢物，并产生具有更高灵敏度的数据，并允许对代谢物浓度进行精确的绝对定量。 关键的免疫代谢概念 单细胞代谢谱分析方法中针对不同代谢蛋白提供了最低限度的免疫代谢背景。关于免疫代谢的更多细节，我们参考了在不同的免疫细胞和疾病中关于这一主题的优秀和更全面的评论。 代谢通量可以看作是代谢物水平和代谢它们的酶的存在和活性的结果。基因表达分析和蛋白质组学已经可以为代谢途径的调控提供一些见解，但当与代谢组学数据整合时，就变得特别强大。
3.8K40发布于 2021-03-10 - 来自专栏生信修炼手册
整理NAD+代谢相关基因
在ALS患者NAD+基因预后模型的文献中，提供了NAD+代谢相关基因的集合 来自KEGG和Reactome两个数据库，本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法 1. KEGG 在该数据库中，代谢通路hsa00760表示烟酸和烟酰胺代谢通路，链接如下 https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget? 通过KEGG API, 可以一次性获取该通路的所有基因列表 http://rest.kegg.jp/get/hsa00760 2. reactome 在该数据库中，R-HSA-196807表示烟酸代谢通路 PathwayBrowser/#/R-HSA-196807&DTAB=MT 选择Mulecules，可以下载该通路下的所有蛋白，化学小分子和药物信息，示意如下 将这两个数据库的基因列表合并，去重之后就得到了完整了NAD+代谢相关基因的集合
95530编辑于 2022-04-20 - 来自专栏技术学习
单细胞代谢分析scMetabolism包
scMetabolism是一个用于量化单细胞分辨率代谢活性的R软件包。 scMetabolism：单细胞代谢活动量化工具指南 scMetabolism 是由复旦大学中山医院高强教授团队开发的一个 R 软件包，专门用于在单细胞分辨率下定量化代谢活性。 1. ●metabolism.type 其中KEGG包含85条代谢通路，REACTOME包含82条代谢通路。 ●结果提取：分析完成后，代谢评分矩阵存储在 obj@assaysMETABOLISMscore 中。 结果可视化 该工具提供了三种内置函数，用于展示特定代谢通路的活性分布。
30410编辑于 2026-01-26 - 来自专栏生信修炼手册
wikipathway : 代谢通路专用数据库
细胞活动通常是一系列蛋白质和代谢物质的动态变化过程，叫做pathway。 对于wikipathway 的通路图而言，有两个核心概念，基因产物(gene product) 和代谢物（Metabolites ）。 pathway 简单理解就是一些列的酶促反应，酶是基因的产物，而酶促反应的底物和产物都可以看做是代谢物； 在通路图中， 代谢物用蓝色表示， 基因产物用黑色表示， 代谢物A 到 代谢物B 用黑色箭头链接， 总结 wikipathway 是一个代谢通路的数据库，可以作为kegg pathway 的补充， wikipathway采用gpml格式存储pathway 中的interaction和 reaction 信息，代谢通路图中蓝色表示代谢物，黑色代表基因产物。
2.4K10发布于 2020-05-09 - 来自专栏生信菜鸟团
Nat.Metab | 代谢物不是基因——避免在代谢组学中滥用通路分析
◉ c，代谢物经常在器官和组织之间转运，因此特定基因的活性并不能反映代谢物的浓度。◉ d，单一代谢物可能来源于多种代谢活动，并具有多种功能。 Para_02 另一方面，代谢物通常以线性生物合成途径的形式存在（图1a）。 下游代谢物被生产出来，而上游代谢物则作为反应的底物被消耗。 代谢物的连续转化使得代谢物水平之间的相关性低于基因表达水平。 这是因为许多代谢物可以被快速运输到它们的合成位点或从该位点运出。 这些代谢物通常被称为循环代谢物，例如氨基酸、葡萄糖，甚至三羧酸（TCA）循环代谢物。 当代谢物被运输到某个同样存在相同代谢通路的位点时，会出现更为复杂的问题。 外源性代谢物可能掩盖了在该位点原位生成的代谢物，从而使代谢通路活性的解读变得复杂。 这些挑战阻碍了当前基于质谱（MS）的代谢组学方法对代谢物的可靠检测和注释。 特别是许多内源性代谢物都是中间代谢物。 这些中间代谢物在一个高效的生物合成途径中应该具有非常低的浓度。
43310编辑于 2025-07-04 - 来自专栏WOLFRAM
Wolfram System Modeler 帮助了解代谢途径
巴塞罗那大学的Marta Cascante教授团队的研究涉及代谢途径的鉴定，这对于理解慢性阻塞性肺病（COPD）的代谢作用是必要的。 COPD是一组疾病，其特征在于气道中的气流受限不能完全逆转。 目标疾病的主要作用是线粒体呼吸作用，导致活性氧（ROS）产生增加，从而影响细胞亚硝基-氧化还原平衡，葡萄糖代谢和相关的细胞能量。 因此，他开发了一种根据代谢物同位素异构体（同位素）分布估算通量的算法。该方法基于以下事实：如果细胞代谢的底物包含标记的原子（如13C同位素），则代谢网络会根据内部代谢通量将其引入中间体和产物中。 因此，所得的标记分布携带有关细胞代谢通量的信息。然后，Selivanov博士的算法可以使用此信息来调整代谢途径的动力学反应参数。 要调整动力学反应参数，您需要从通常的动力学模型开始。 他说：“最大的优势是，它提供了一个用户友好的界面，使基于追踪的代谢组学分析可以普遍使用。” 他还提到了免费的BioChem库，该库允许轻松构建与上述方案相对应的动力学模型。
50840发布于 2020-07-07 - 来自专栏生信菜鸟团
胆汁酸的合成、运输和代谢
由肠道微生物产生产生的数千种代谢产物也影响着宿主的适应性、表型和健康。胆汁酸产生于肝脏，由肠道细菌产生的酶代谢，对维持健康的肠道微生物群、平衡脂质和糖代谢、胰岛素敏感性和天然免疫力至关重要。 鉴于胆汁酸信号的复杂性和肠道微生物群与宿主之间的生化相互作用，本文概述了胆汁酸的合成、运输及其代谢。 我们的肠粘膜被一系列不同的共生细菌和其他微生物定居，统称为肠道微生物群。 宿主基因和肠道微生物组都会产生大量的代谢物，作为重要的信号传递因子和能量底物。 胆汁酸也是肠粘膜的重要组成部分，它将肠道微生物群与肝脏和肠道代谢联系起来，从而影响胃肠运动、肠道通透性以及癌症的发生发展。 生物化学与分子生物学 第十九章 第三节 胆汁与胆汁酸的代谢
10.2K32发布于 2021-01-05 - 来自专栏DrugOne
Nucleic Acids Res | 代谢组学数据预处理
代谢组学（Metabolomics）以生物体内所有代谢产物为研究对象，定性定量地研究代谢物与机体生理或病理变化之间的关系。 换言之，新系统可以有效提升时间序列代谢组数据预处理的效能。 ? 3 系统优化了多类别代谢组数据预处理流程 新系统在多类代谢组学数据预处理中的应用显示：对于按照不同浓度配比添加的九种标准化合物（spiking compounds）来说，评测效能优异的数据预处理流程（a 换言之，此新系统可以系统优化多类别代谢组数据预处理的流程。 ? 4 研究总结 本研究构建的新型在线服务系统（https://idrblab.org/noreva/）实现了对时间序列和多类别代谢组学数据的预处理，首次通过多角度评估实现了对数百种代谢组数据预处理流程的全面扫描
1.4K30发布于 2021-02-01 - 来自专栏用户7627119的专栏
代谢通路和信号传导网络分析工具
1.KEGG数据库 该数据库是关于基因、蛋白、酶代谢子、药物、生化反应以及通路的综合数据库。 其中包含上千个物种的代谢与信号传导通路信息，这些信息从生物学实验和文献中提取，并经过人工校正。实时更新的管理模式也是人们能够从该数据库获得最新的通路数据。 2.Reactome数据库 该数据库是一个包含多种信息的通路数据库，存储了大量的代谢通路信息及生化反应信息，这些信息从生物学实验和文献中提取，并经过人工校正。
1.4K30发布于 2020-08-28 - 来自专栏生命科学
抑制细胞代谢紊乱的抑制剂 | MedChemExpress
代谢组和单细胞转录组学显示，CD4+ T 细胞衍生的黄嘌呤通过腺苷受体 A1 作用于左侧杏仁核的少突胶质细胞。 总之，在压力下的 CD4+ T 细胞表现出异常的线粒体形态和代谢功能障碍。此外，应激诱导的 LTB4 触发小鼠外周 CD4+ T 细胞的线粒体裂变和焦虑发作，但潜在机制仍有待进一步研究。 T 细胞连续线粒体裂变致嘌呤代谢紊乱 Miga2TKO小鼠的代谢组学特征与野生同窝小鼠不同，且大多数嘌呤及其衍生物（包括腺嘌呤，次黄嘌呤和黄嘌呤）的含量也高出 10-100 倍。 此外，这些基因的 mRNA 和蛋白质水平升高，与相关代谢产物的积累相一致。PNP2 也起调节嘌呤代谢途径和黄嘌呤产生的酶的作用。 相信这项发现对各种精神性疾病和代谢性疾病药物的研发具有深远的意义。
39020编辑于 2023-03-02 - 来自专栏生命科学
靶向肿瘤代谢，助力攻克癌症 | MedChemExpress
从此，拉开了肿瘤代谢的研究大门，为肿瘤靶向治疗提供了新方向。 肿瘤具有遗传和组织学异质性，但恶性肿瘤似乎涉及一些途径的共同诱导，以支持合成代谢、分解代谢和氧化还原平衡等核心功能。 如下图 1 所示，肿瘤细胞中 mTORC1 异常激活，其诱导合成代谢生长途径，导致核苷酸、蛋白质和脂质合成。p53 等抑癌基因的缺失或 MYC 等癌基因的激活通过调节代谢基因的转录进一步促进合成代谢。 一个典型的氧化还原平衡模型是：当肿瘤发生时，癌细胞的代谢活性增加，导致活性氧产生增加，随后，激活支持癌细胞增殖、存活和代谢适应的信号通路。 肿瘤代谢的治疗前景 肿瘤代谢可以有效促进肿瘤细胞的增殖、生长、迁移和侵袭等关键的生物学过程。那么，通过抑制肿瘤细胞的代谢途径，可以有效的阻止肿瘤的发生和发展。 因此，利用肿瘤细胞和正常细胞之间的代谢差异，靶向肿瘤代谢成为一种有前途的抗癌策略。我们相信，根据肿瘤代谢的新见解，不断提出新的治疗策略，攻克癌症指日可待。
40410编辑于 2023-02-23 - 来自专栏生命科学
MCE | 线粒体和能量代谢的关系
线粒体是细胞的代谢中心，肿瘤细胞又具有代谢异常的特征，这使得开发靶向线粒体的化合物成为了新的抗肿瘤研究方向。 ■ 抑制肿瘤细胞能量代谢的奈必洛尔 奈必洛尔 (Nebivolol) 是一种 β1-adrenoceptor 拮抗剂，用于轻中度高血压或心绞痛和充血性心力衰竭的研究。 总之，奈必洛尔靶向线粒体代谢和血管生成触发肿瘤细胞代谢和氧化应激危机，从而限制肿瘤细胞的生长。 线粒体在肿瘤细胞与正常细胞代谢上的差异性，使靶向线粒体成为目前抗肿瘤药物研究的新热点。 以线粒体为靶点的抗肿瘤作用机制，目前主要集中在线粒体中的肿瘤代谢物、线粒体生物合成、线粒体信号通路以及 OXPHOS 途径等。
71110编辑于 2023-03-09 - 来自专栏生命科学
鞘脂代谢调控星形胶质细胞 | MedChemExpress
中上调 NF-κB 驱使的转录，促进中枢神经系统 (CNS) 的炎症发生；cPLA2 被招募到 MAVS，破坏了 MAVS- 己糖激酶 2 (HK2) 间的相互作用，降低了 HK 的酶活以及参与神经元代谢的乳酸水平 总而言之，这些发现定义了一种能驱动促炎性星形细胞的活动的新的免疫代谢机制，概述了 MAVS 在中枢神经系统炎症中的新作用，为治疗性干预提供了候选靶点。 研究人员利用非肥胖糖尿病 (NOD) 小鼠建立了 EAE 模型，通过相关基因表达和敲除分析，确定了星形胶质细胞中的乳糖神经酰胺 (LacCer) 生物合成途径促进 NOD EAE 的发展，证明了鞘脂代谢驱使星形胶质细胞活动 cPLA2-MAVS 信号调控星形胶质细胞新陈代谢 研究人员分析了 LacCer-cPLA2 信号对星形细胞代谢的影响及 MAVS 在其中的作用发现，促炎刺激通过 cPLA2-MAVS 诱导 LacCer 驱动的星状细胞代谢变化，增加了丙酮酸的线粒体氧化，从而降低乳酸的产生和释放。
34430编辑于 2023-03-03 - 来自专栏R语言数据分析指南
R优雅的自定义绘制代谢通路图
❝最近看到一个非常好的案例来分享一下，使用igraph，ggraph等R包来自定义绘制代谢通路pathway， 原文文档链接见下方，数据可自行去官网下载。 start_cap = circle(4, 'lines'), end_cap = circle(4, 'lines')) + theme_void() 绘制PPP代谢途径 <- graph_from_data_frame( d = example2_edges, vertices = example2_nodes, directed = T) 绘制PPP代谢途径图
1.1K00编辑于 2022-12-20 - 来自专栏生信菜鸟团
转录组和代谢组联合分析思路
代谢组作为生命活动最终的体现者，可以将机体表型上的微小变化指数放大，因此利用代谢组可反映表型的状态变化。但是单独代谢组检测，无法解释影响表型的基因机理。 代谢组与转录组的关联分析可在一定程度上克服上述单一组学研究的局限性，从而在代谢通路上更好地解释转录调控机制。 如何对转录组和代谢组数据进行联合分析仍是一个具有挑战性的问题。 将差异基因和差异代谢物在KEGG上共同富集的基因和代谢物进行联合分析，并计算差异基因和差异代谢物的相关性，构建相关性网络，可以找出引起代谢物发生变化的关键作用基因，确定关键的调控通路。 接着，为了探究Slc2a6调控糖酵解和糖异生的潜在机制，GC-MS对转染细胞进行了非靶向代谢组学分析，以鉴定活性代谢物。 纵坐标代表代谢物的差异倍数的log2值，小于1代表代谢物下调，大于1代表代谢物上调。从九象限图中我们也不难看出，两种组学间相关性的微弱！
4.2K12编辑于 2024-02-26 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
代谢组学—Metabolomics Workbench数据库介绍
代谢组学—Metabolomics Workbench数据库介绍之前做的代谢组学下游分析，其实都是从测序公司给的下游数据开始处理的。 之前看过许多微生物组或代谢组学的文章，其中的原始数据常常是不公开的，每次看到我都觉得“太离谱咯”，如下图今天介绍下Metabolomics Workbench数据库，第一次看到我就觉得这不就是代谢组中的 ：核心定位与功能国家级代谢组数据中心：Metabolomics Workbench 托管 NIH Common Fund 的国家代谢组数据存储库（NMDR），作为一个国际化的代谢组数据与元数据资源中心， 人类代谢基因/蛋白数据库（MGP）：提供代谢相关的大约 7,300 个基因和 15,500 个蛋白质的数据资源。 用处：最常用的部分，直接用来做差异代谢物分析、通路富集。
2.4K11编辑于 2025-08-19 - 来自专栏组学
做好代谢组学研究的关键在哪里？
已知代谢组是基因组-转录组-蛋白组-代谢组的生物动态调控系统中最接近于表型的阶段，是生命的本质特征和物质基础。 代谢组学由于与健康疾病、营养科学、药物毒性、环境科学等密切相关，近年来在疾病诊断和分型、生物标志物发现、药物研发、基因功能解析、代谢途径及调控机理等领域发展迅速，已广泛应用到基础医学、临床诊断、药物研发 image.png 代谢组学的核心任务是对小分子代谢物的定性、定量分析并发现差异代谢物：（1）对生物体系中的内源性代谢物及其变化规律进行表征；（2）以差异代谢物作为核心对生命奥秘进行解析。 对于非靶向代谢组学而言，色谱与高分辨质谱的联用必不可少；而对于靶向代谢组学而言，基于多反应监测（MRM）模式的三重四极杆质谱被认为是质谱定量的 “金标准”。 近年来，拟靶向技术由于结合了非靶向和靶向分析技术的双重优势，在代谢物分析的覆盖度上与非靶向方法接近，在灵敏度上与靶向分析一样，迅速发展成为代谢组学的主流研究方法。
1.5K40编辑于 2021-12-14 - 来自专栏肠道菌群与代谢组学
非靶向代谢组学—基础知识1
非靶向代谢组学—基础知识1最近才开始接触到代谢组学的内容，一些基础知识不甚了解，这里记录下和chatGPT之间的对话，算是开启我的代谢组学的学习之路。 原因是我看了某公司的代谢组学的分析报告，发现他们的报告分为NEG文件夹和POS的文件夹，两个里面是类似的分析，这让我有点迷惑。故去问了chatGPT这些问题。 该报告中也给出了大致的分析流程关于代谢组学的基础解释，看了B站的一个视频，说的非常不错，这里也贴出来https://www.bilibili.com/video/BV1Sv4y1M7QQ/? 3.正负离子模式的得到的差异代谢物可能重合吗？4.正负离子下，得到的差异代谢物可能相反吗？5.接下来应该把正负离子模式下的代谢物合并在一起进行后续分析吗？ 6.代谢组学中代谢物的ID指的是什么ID7.同一个离子可能匹配到不同代谢物中吗
1.2K13编辑于 2025-04-02
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