近年来,人肝非实质细胞(HepaticNon-ParenchymalCells,NPC)逐渐成为高生理相关性肝病模型的重要组成部分。 关键词:人肝非实质细胞;肝NPC;KupfferCells;肝星状细胞;LSECs;肝病模型;药物ADME-Tox;NASH;肝纤维化;3D肝脏模型;原代肝细胞一、为什么传统单一肝细胞模型越来越难满足现代肝病研究需求 图1:肝脏代表性细胞类型及其在健康与疾病状态下的旁分泌与自分泌信号。二、什么是肝非实质细胞(NPC)?肝脏细胞通常可分为肝实质细胞与肝非实质细胞两大类。 其中,肝实质细胞主要指成熟肝细胞,承担代谢、解毒、蛋白合成等核心功能;而肝非实质细胞则是除成熟肝细胞外,所有构成肝脏微环境的细胞群统称。 本文内容基于人肝非实质细胞、人原代肝细胞、肝NPC、肝毒性等公开科研资料、应用文献等内容曼博生物整理,仅用于科研技术交流。
摘要: 人原代肝细胞(PHH)和人肝非实质细胞是药物代谢、肝毒性检测、药物相互作用研究以及肝病机制研究中的重要体外模型。 关键词:人原代肝细胞、PHH、人肝非实质细胞、Kupffer细胞、肝星状细胞、肝内皮细胞、肝细胞培养基、药物肝毒性检测、MASH模型、体外肝脏模型 一、人原代肝细胞选型主要标准人原代肝细胞是药物研发中评估代谢稳定性 成人原代肝细胞(左:复苏后明场;右:培养第4天相差显微镜图像)四、人肝非实质细胞在肝脏模型中的作用肝脏非实质细胞约占肝脏细胞总数的30%至40%,虽然数量少于肝实质细胞,但在肝脏稳态维持、免疫调节、炎症反应 七、总结人原代肝细胞及肝非实质细胞是药物研发和肝病机制研究中不可或缺的体外模型。 关于技术来源undefined本文基于人原代肝细胞、PHH、人肝非实质细胞、Kupffer细胞、肝星状细胞、肝内皮细胞、人原代肝细胞培养基、药物肝毒性检测、药物代谢和MASH模型研究等公开资料整理,用于科研信息分享和实验参考
摘要肝脏功能的稳定运行不仅依赖肝实质细胞,也高度依赖肝非实质细胞构成的复杂微环境。 关键词:肝星状细胞、肝窦内皮细胞、肝非实质细胞、HSCs、LSECs、LECs、原代肝细胞培养、肝纤维化模型、药物肝毒性、肝脏微环境、3D肝脏模型一、肝非实质细胞为什么是肝病研究中的关键对象? 四、人原代肝星状细胞培养流程与关键控制点人原代肝星状细胞的体外培养需要重点关注细胞复苏、接种密度、贴壁均匀性、培养基更换、形态观察以及传代时机。 七、人原代肝窦内皮细胞培养流程与实验注意事项人原代肝窦内皮细胞培养同样需要严格控制复苏、接种、培养维护、消化传代和冻存流程。 九、FAQ:肝非实质细胞培养与研究常见问题Q1:原代HSCs和LSECs可以传代多少次?人原代HSCs在体外培养过程中会逐渐自发激活,因此通常不建议过多传代。
总览 肿瘤细胞与组成肿瘤微环境tumor microenvironment (TME) 的基质细胞之间的相互作用,影响了恶性细胞的生长。人的肝脏是肿瘤和转移的主要部位。 在这些病理情况中,不同细胞类型间分子类型和细胞间相互作用还不清楚。在这篇文章里,作者对5例胆管癌或肝转移患者的恶性和邻近非恶性肝组织进行单细胞RNA测序和空间转录组分析。 3例样本因结直肠转移而接受肝切除,2例样本因肝内胆管癌而切除,1例因良性囊肿而接受切除。作者将组织解离为单个细胞,并使用MARS-seq测量其转录组。 人肝肿瘤微环境的细胞图谱 除胆管癌患者p2外,非恶性部位均未显示纤维化的组织学征象。 来自非恶性肝部位的细胞包括肝细胞簇和几个非实质细胞群-肝星状细胞,血管平滑肌细胞(vSMC),库普弗细胞,T细胞,B细胞,肝窦窦内皮细胞(LSEC),肝血管内皮细胞(LVEC)和胆管细胞,后者与癌细胞成簇
发表于Journal of hepatology 作者对目前已发表的单细胞肝脏数据集进行了整合,绘制了巨大的肝脏单细胞图谱 并搭建了在线的可视化交互工具 网址为:http://liveratlas-vilarinholab.med.yale.edu 高质量的人体正常肝组织难以获得,过去的两年,共有5篇文章在单细胞水平分析了正常肝组织细胞成分: 故而作者收集、整合并分析了上述数据,并搭建了可视化交互网站。 过滤条件:细胞表达基因数介于250-2500;线粒体基因表达低于30%。 肝组织来源于:1.结肠癌转移或胆管癌时的肝切 2.肝移植供肝 共获得了36188个细胞,包括6,895肝细胞, 2,357 胆管细胞, 6,876 内皮细胞, 1,604 间充质细胞和18,223 免疫细胞
然而人们对构成人体肝脏的细胞类型和免疫微环境知之甚少。作者使用10x单细胞RNA测序手段绘制了人类肝脏细胞全景图,从来自五个人新鲜肝脏组织中分离得到的8444个实质和非实质细胞转录谱。 单细胞分辨率的健康人肝脏细胞全景图对于理解肝病的发病机制和治疗至关重要。但是这种全景信息很难获得,主要是因为新鲜的人体肝脏组织很难获得,组织很难分割,其中一些脆弱的常驻细胞群很容易被破坏。 10x样品处理和cDNA文库制备 将组织破碎获得悬浮细胞溶液后,用台盼蓝染色计数检测细胞活率,在49-90%范围,使用10x Genomics Single Cell 3′ v2 Reagent Kit 正常人肝脏细胞全景图 肝脏的主要“构建块”是肝小叶。 肝小叶包括门静脉三联体(肝动脉,门静脉和胆管),肝细胞排列在毛细血管网和中央静脉之间。 在肝窦之间发现的是实质细胞(肝细胞)和非实质细胞(内皮细胞,胆管细胞,巨噬细胞,肝星状细胞和肝脏浸润淋巴细胞(包括B细胞,αβ和γδ,T细胞和NK细胞))。 ? ? ?
Single-Cell Transcriptomics Reveals Early Emergence of Liver Parenchymal and Nonparenchymal Cell Lineages 10 为了解决这些问题,该研究分析了从胚胎E7.5天(内胚层祖细胞被指定时)到E10.5天(肝实质细胞和非实质细胞谱系出现时)的45334个单细胞转录组。 该研究描述了两种不同的间皮细胞类型以及早期肝星状细胞,并揭示了这些细胞群的不同时空分布。该研究捕获了成肝细胞特异性和迁移的转录谱,包括肝充质细胞类型的出现和成肝细胞集体迁移的证据。 ? 结果: 1.在肝发生中追踪细胞系 ? 作者分析了从胚胎发生第7.5天到第10.5天的内胚层及肝组织。 4.早期肝脏中存在肝充质杂交祖细胞 胚胎肝形成于后腹前肠内胚层,它根据迁移的线索侵入STM。
(CD10+,MME,fibo or CD31+,PECAM1,endo) 参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则,这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。 反而是上皮细胞,大家很少涉及到,但是肝癌既然是来源于肝这样的组织, 它的上皮细胞就不可能是一个纯粹的上皮,理论上是可以细分的。 那么,正常的肝组织上皮细胞主要是什么呢? ,比起前面的结直肠,胃,肾,肺来说,当然了,也有可能是我们目前对肝上皮细胞的认知程度不够啦。 而且我们常见的巨噬细胞在肝脏里面被改名成为了Kuffer cell:枯否细胞 而我们常见的成纤维细胞,在肝脏里面被改名成为了 Hepatic stellate cell:肝星状细胞 大家也可以去测试一下这些基因在你的肝脏单细胞数据集里面是否好用
j.jhep.2020.05.039 作者及单位:北京工业大学环境与生命学部阎新龙教授团队、解放军总医院第五医学中心刘兵研究员团队、军事科学院军事医学研究院裴雪涛研究员团队和岳文研究员团队 文献概述 单细胞转录组数据集是分析人肝内胆管癌细胞多样性和细胞间 3' v2 or v3 (10x Genomics) GSE138709:4 ICC, 1 recurrent, 3 adjacent tissues GSE142784 GSE148773 Note :如果不想看前面的各种亚群细分以及各自的markers特征,可以跳到最后看外泌体是如何参与肿瘤细胞与其他细胞之间的通讯的 主要结果 一、主要分群10大类(各种markers) 使用4 treatment-naïve ICC samples, 1 recurrent ICC sample, and 3 adjacent tissues共8个样本:5个癌样本和3个临近的正常组织样本,10X测序, 共43,721个细胞 to perform dimension reduction FindClusters function (dims.use = 1:10, resolution = 0.3) 主要分成了10个cluster
对超过100,000个单个人类细胞的转录组进行了分析,从而得到了健康和肝硬化人类肝脏中非实质细胞类型的分子定义。 GSM4041172 Blood3 GSM4041173 Blood4 GSM4041174 Mouse_healthy GSM4041175 Mouse_fibrotic 作者给出来的数据是每个样品都是标准的10X 第一层次降维聚类分群 文章中提到肝纤维化涉及多种非实质细胞(NPC)谱系之间的复杂相互作用,包括免疫细胞、内皮细胞和间充质细胞,它们在纤维化区域内空间定位,被称为纤维化微环境。 间充质细胞: 成纤维细胞:包括活化的成纤维细胞和静止的成纤维细胞等亚群。 脂肪细胞:包括白色脂肪细胞和棕色脂肪细胞等亚群。 骨髓间充质干细胞:包括多能干细胞和成骨细胞等亚群。 : 其它加分项 除了对淋巴细胞和内皮细胞进行细分之外,对疤痕相关巨噬细胞的纤维化表型进行了分析: 并且发现了一种新的与疤痕相关的TREM2+CD9+巨噬细胞亚群,在肝纤维化中扩增,由循环单核细胞分化而来
然而,HBV主要感染的肝实质细胞本身对IFN-α的应答能力有限,而肝内的非实质细胞(如巨噬细胞)却能产生并传递强烈的IFN-α诱导的抗病毒效应。 前期研究发现,巨噬细胞等非实质细胞可通过释放外泌体,将IFN-α诱导的抗病毒活性传递至HBV复制的肝细胞中,从而有效抑制病毒复制。 二、核心发现:外泌体"模拟"病毒的完整入侵通路该研究系统揭示了巨噬细胞来源的外泌体传递抗病毒效应的完整路径,发现其巧妙地"借用"了病毒入侵宿主细胞的多个关键步骤。 1.表面受体识别与结合:研究发现,巨噬细胞外泌体表面暴露有磷脂酰丝氨酸。PtdSer作为一种"吃我"信号,可被肝细胞表面的T细胞免疫球蛋白黏蛋白分子-1受体识别并介导结合。 研究证实,抑制肝细胞TIM-1的表达,会显著阻碍外泌体的内吞及其抗病毒效应的传递。
关键词:DILI、药物诱导性肝损伤、3D肝脏微组织、hLiMTs、InSphero、FDA NCTR、肝毒性评估、Akura 384孔板、3D细胞培养、临床前药物安全性评价一、为什么DILI预测需要更高生理相关性的体外模型 这说明传统模型在预测人体肝毒性方面仍存在不足,尤其是对于涉及代谢、长期暴露以及多细胞互作的药物反应,单一二维肝细胞模型往往难以完整反映人体肝脏环境。 人类肝脏微组织通常由原代实质性肝细胞和非实质性肝细胞共同形成三维结构,能够更好维持细胞间相互作用、肝细胞功能以及部分代谢特征。 三、研究如何建立肝毒性评估方案?研究团队将152种FDA批准的小分子药物在人类肝脏微组织中的细胞毒性结果与药物标签肝毒性信息及药物总峰值血浆浓度(Cmax)进行对比分析。 结果显示,在神经系统类药物中,hLiMTs对vNo-DILI-concern和vMost-DILI-concern药物的预测准确率分别达到90.9%(10/11)和91.6%(11/12)。
当然一个人的力量终归是小的,我也希望汇聚一群人,形成一个场,这里头最重要的生产力不是单个人多聪明,多厉害,而是每个人相互作用,形成的那个氛围。 希望大家能有所收获! 发表于2019年10月9日的Nature ? 摘要 胎儿肝造血作用对造血干细胞与多能祖细胞的自我更新和分化有重要影响。 分选策略 总体来看,肝脏细胞分选138,575个,另有小部分用来做smart-seq2,皮肤细胞分选54,690个,肾脏细胞9,643个,卵黄囊细胞10,071个用于测序。 MKI67及调控周期基因在不同组织中的表达比较 胎肝及NLT中的淋巴细胞系分析 此前有相关报道,人胎肝中存在T细胞、B细胞、NK细胞和先天淋巴细胞。 相较于人,早在7 PCW时,已可以观察到胎儿肝脏和NLT中的髓样祖细胞,单核细胞,巨噬细胞以及DC1和DC2细胞簇。 ?
本文围绕LifeNetHealth人原代肝细胞3D肝球培养方案展开介绍,并结合细胞复苏、接种密度、培养维护以及肝球形成特征,分析长期稳定3D肝球模型在药物代谢、肝毒性评价以及肝疾病研究中的应用价值。 关键词:人原代肝细胞;PrimaryHumanHepatocytes;3D肝球;肝细胞球体;LifeNetHealth;肝毒性;药物代谢;ADME;肝细胞培养;长期培养模型一、为什么3D肝球模型正在逐渐替代传统 尤其在人原代肝细胞研究中,3D肝球体系能够帮助细胞形成更加接近体内肝组织的微环境,从而提高白蛋白分泌、CYP450代谢酶活性以及长期培养稳定性。 在人原代肝细胞相关研究中,3D肝球还可用于构建NASH、肝纤维化以及药物性肝损伤等疾病模型,从而帮助研究人员分析疾病相关机制。 相比2D培养,基于人原代肝细胞建立的3D肝球能够更好维持细胞间相互作用、代谢功能以及长期培养稳定性,因此在药物代谢、肝毒性以及疾病模型研究中具有较高应用价值。
接着,通过对单细胞和空间转录组的联合分析,发现了新的 HSC/MPP “口袋状” 单位(P ‘pocket-like’ units,HSC PLUS),由生态位细胞 niche cells(hepatoblasts 其中,巨噬细胞在 HSC PLUS 中显示出 11 倍的富集。 后续,文章用实验验证了巨噬细胞和生长因子(MDK、PTN 和 IGFBP5)在 HSC/MPP 扩增中的支持作用。 数据下载 取样背景:从胚胎第11.5天(E11.5)到胚胎第12.5天(E12.5),定植于胎肝(FL)的造血干细胞/多能祖细胞(HSCs/MPPs)获得了明确的 signatures,随后从胚胎第12.5 作者的实验设计如下,采用10×Genomics技术,在E11.5到E14.5之间每隔一天取一个胎肝。 然后还让小张老师介绍了受控的数据如何下载: GSA受控数据下载 点进去看到单细胞和空转的链接:单细胞的GSA编号CRA002489,空转的GSA编号CRA003651。
介绍 文章对已知的多种细胞系混合后进行单细胞10X RNA测序,研究多克隆之间的互作模式。我们这里介绍里面的单细胞测序基因表达细胞分类操作。 & n_cls < 100+param_range) { clust_res <- 4 } else { stop('Not implemented') } 根据之前QC时的标记,选择过质控的细胞 = 'pca', dims = 1:n_pcs, k.param = 10 FindClusters(seuObj, resolution = clust_res, verbose = FALSE) 原文出处 http://www.thecodesearch.com/2021/02/04/10x 单细胞测序细胞分类/
所有队列的平均肝衰为 56.33±11.69。8.19% 的 CT 图像中观察到中度至重度肝脂肪变性。 临床医生团队包括一名肺病专家、一名心血管外科医生和四名肾病专家,他们分别拥有 1、10、10、10、10 和 15 年的经验。所有手动注释都经过经验丰富的放射科医生(10 年经验)的验证和潜在更正。 为了评估读者之间的衰减测量差异,四位人类专家独立测量了100 张 CT 图像子集的肝脏衰减,以分析 ROI 的手动选择。 衰减测量的人类专家接受了专业放射科医生的全面培训,特别是在选择外围 ROI 以尽量减少非实质异质性方面。 Segmentation Decathlon——10项医学分割任务之task3肝脏肿瘤分割。
个人正常细胞、1052个类器官细胞、1282个肝癌细胞和311个移植后小鼠细胞 使用RaceID3(FateID包)进行后续分析;并标准化 6.扩散伪时间分析和自组织映射 使用destiny包 7.对比小鼠 = 2,minnumber = 10 outminc = 2。 )、CD34+PECAMhigh大血管内皮细胞(MaVECs)、肝星状细胞和肌成纤维细胞、库普弗细胞和免疫细胞。 2.人肝细胞类型的分带 ? ? ? 3.人肝免疫细胞群 对CD163+VSIG4+ Kupffer细胞进行详细分析,发现其亚群具有明显的基因表达特征。 总结 该研究建立了一个人肝细胞图谱,揭示了主要肝细胞群的异质性和成人肝脏中上皮祖细胞的存在。
推荐一篇单细胞转录组测序对人肺内皮细胞进行详细解析的文献。 背景:肺内皮细胞的多样性在人类中尚未得到系统的描述。我们提供了人类肺内皮细胞(ECs)的参考图谱,以促进更好地理解肺内皮细胞的表型多样性和组成。 除了淋巴、毛细血管、动脉和静脉内皮细胞的宽泛细胞类别外,还在静脉EC中发现了以前难以区分的亚群,分别为定位于肺实质的肺静脉EC (COL15A1neg)和定位于气道和肺胸膜的全身静脉EC (COL15A1pos 在毛细血管EC中,我们确认了它们的亚分类为最近发现的以EDNRB、SOSTDC1和TBX2为特征的空化细胞和一般毛细血管EC。 结论:作者综合分析提供了一个全面和精心制作的正常肺内皮细胞参考图谱,并确认和详细描述了大量人类和小鼠中此前未被识别的内皮细胞群。
,得到了总共7551个人血细胞,发现蛋白质编码基因和lncRNAs 构建的人血单细胞转录图谱(atlas of blood cells ,ABC)具有高度一致性。 分析每个特定细胞群(HSPCs、B细胞、NK细胞、T细胞、单核细胞、中性粒细胞和红细胞)的分化轨迹和特征,发现有核红细胞与免疫信号通路密切相关。 发现从HSPC开始,向淋巴细胞(B细胞、NK细胞和T细胞)、髓系细胞(单核细胞和中性粒细胞)和红细胞分支,揭示了造血分化的总体轨迹。 B细胞、NK细胞、T细胞、单核细胞、中性粒细胞和红细胞)的分化轨迹和特征。 Atlas 总结 该研究借助单细胞转录组深度测序技术,覆盖了从造血干细胞到祖细胞再到各谱系成熟血细胞在内的32种类型的血细胞,绘制了人全血细胞的精细分子图谱。