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临床相关突变查询数据库
写在前面 越来越多的研究发现某一个基因的突变和很多的临床特征有关系。如果我们想有查找临床性状和基因突变的关系的话，内容比较全面的就是ClinVar数据库了。 ClinVar 数据库是ncbi旗下用于查看临床相关突变的数据库。但是其数据库的内容比较多，而且检索界面不是很友好。所以经常看不懂其结果。所以今天就介绍一个检索简单的突变和表型的数据库。 通过其名字我们就知道这个是一个简易版的Clinvar数据库。 输入 数据库的输入很简单，我们可以数据疾病；基因名; 突变等。都可以。 我这里输入gastric cancer。 另外数据库也提供了下载的功能。我们点击Show Table就可以看到其下载结果的地方了。 写在后面 以上就是这个数据的所有功能的。输入关键词—界面友好的查看结果。是不是很简单。 一直再说这类汇总其他数据库的资源，最怕的资源更新慢的问题。不过看这个数据库还是经常更新的。所以可以放心使用的
1.3K40发布于 2021-11-18 - 来自专栏生信技能树
TCGA数据库临床资料官方大全
因为TCGA计划跨时太长，纳入研究的病人数量太多， 或多或少有点资料继续错误或者不完整，所以TCGA团队下功夫在计划结束后（April 2018）完整的系统性的公布了权威的临床资料。 看起来是乱码，但的确是真实的下载地址：https://api.gdc.cancer.gov/data/1b5f413e-a8d1-4d10-92eb-7c4ae739ed81 题外话：关于不同数据源的TCGA临床资料冲突的讨论
5.3K41发布于 2019-06-15 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-9)
计算节点读写分离对应用研发者和数据库管理员完全透明，不要求研发者在SQL执行时添加HINT或某些注解；当然，也支持使用HINT的方式显式指定读取主机或从机。指定SQL语句在主存储节点上执行：/*! 用户级别的读写分离可通过管理平台创建数据库用户页面添加用户或编辑用户开启用户级别的读写分离。
23110编辑于 2024-11-29 - 来自专栏生信宝典
临床基因组分析相关数据库汇总
一、人群SNV频率数据库 数据库名称 网站 简介 dbSNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ dbSNP 包含人类单核苷酸变异、微卫星和小片段插入和缺失，以及常见变异和临床突变的发表 ClinGen https://www.clinicalgenome.org/ ClinGen是美国国立卫生研究院(NIH)资助的数据库资源，用于精准医学，研究基因和变异的临床相关性。 三、表型数据库 数据库名称 网站 简介 GeneReviews http://www.genereviews.org/ GeneReviews 是为忙碌的临床医生提供的国际即时护理资源，以标准化的期刊样式格式提供与遗传病相关的临床相关和医学上可操作的信息 DECIPHER https://www.deciphergenomics.org/ 使用Ensemble基因组浏览器，将基因芯片数据和临床表型进行关联，便于临床医生和研究人员使用的细胞分子遗传学数据库 七、其他数据库 数据库名称 网站 简介 Pharmgkb https://www.pharmgkb.org/ PharmGKB是一个综合资源，为临床医生和研究人员管理有关基因变异对药物反应影响的知识。
2.7K20编辑于 2022-01-19 - 来自专栏生信菜鸟团
临床模型 | 大型语言模型编码临床知识 | Nature
评估这些模型的临床知识通常依赖于基于有限基准的自动化评估。 三组答案由另一组临床医生根据扩展数据表 2 中呈现的标准进行评估，且未透露答案来源。 每条答案由一位临床医生进行评估。 为了减少不同临床医生之间的差异对研究结果普适性的影响，我们的专家组由九位临床医生组成（分别来自美国、英国和印度）。 对于被认为存在缺失或遗漏的内容，评估人员会被要求判断其潜在的临床重要性是大还是小。 Para_02 再次，临床医生生成的答案被认为更优（图4）。 进一步的研究可以扩大参与提示构建和示例答案选择的临床医生范围，从而探索参与此活动的临床医生类型在多个维度上的变化如何影响大型语言模型的行为（例如临床医生的人口统计学特征、地理位置、专业领域、生活经历等其他因素
46400编辑于 2025-03-28 - 来自专栏生信喵实验柴
临床样本检测
国际顶级学术期刊 Nature Biotechnology 以《纳米孔上的临床宏基因组学》（Clinical metagenomics on a nanopore）为封面，刊登了英国东安格利亚大学 Justin 据悉，为了能够准确、快速地识别细菌病原体，研究团队开发了一种能够从临床样本中去除多达 99.99％的宿主核酸的流程，并在便携式 MinION 测序仪上开展了实时的检测和分析。 该团队在 40 个临床呼吸道样品上进行初期测试，在另外 41 个样品上进行了优化和测试。与培养法和 PCR 相比，优化的流程具有较高对病原体鉴定的敏感性（96.6％）和临床特异性（41.7％）。 文章地址： https://www.nature.com/articles/s41587-019-0156-5 1.2 文章详细解读 宏基因组公众号文章《NBT 封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染
78120编辑于 2023-02-24 - 来自专栏莫浅子的学习笔记
数据库-MySQL基础（9）-多表关系
目录 概述 1、一对多 2、多对多 3、一对一 多表查询概述 多表查询分类 1、连接查询 2、子查询 ---- 概述 项目开发中，在进行数据库表结构关系设计时，会根据业务需求及业务模块之间的关系，分析设计表结构
1.4K20编辑于 2022-11-18 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-5)
备份恢复 使用mysqldump备份 mysqldump - 数据库备份程序 计算节点支持mysqldump功能，用法同MySQL一样。 使用mysqlbinlog连接远程实例获取binlog文件并解析出其中的SQL语句，然后交由计算节点执行，从而将某个数据库的增量数据导入到计算节点某个逻辑库下。 若源端数据库名与计算节点的逻辑库名不相同，则需要在管理端口先添加数据库映射关系，例如： dbremapping @@add@db01:logicdb01 然后到计算节点（192.168.210.32）所在服务器上执行如下命令 7.核对数据同步的正确性：此时需要进行必要的短时停服，中断业务系统向数据库的写入操作。通过人工在源端执行一条特殊数据后查看该条数据是否已经同步。 等到确认计算节点已经追完最新数据后，停止mysqlbinlog命令，若需要的话，取消数据库名称映射。
26410编辑于 2025-03-26 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-29)
若设置为0，程序异常退出不会持久化，若配置的值大于0，则可以定时持久化到数据库，重启也能累计。 在客户端执行SQL语句，会把相关命令统计在配置库中。当设置为0时，则不统计到配置库。 | 5 | master | | 600004 | write | | 600007 | write | | 600013 | write | +--------+--------+ 9
30910编辑于 2025-03-19 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-7)
property name="enableHeartbeat">true</property>假设192.168.200.202的3309实例与192.168.200.203的3313实例为一对主从复制的存储节点数据库 29.344 INFO [HeartbeatTimer] (BackendDataNode.java:405) -found candidate backup for datanode 5 :[id:9, :57:29.344 INFO [pool-1-thread-1020] (CheckSlaveHandler.java:241) -slave_sql_running is Yes in :[id:9, 15:57:29.424 WARN [pool-1-thread-1066] (BackendDataNode.java:847) -datanode 5 switch datasource 5 to 9 keepalived高可用服务原理搭建主备服务关系，可保证在主计算节点(即Active计算节点) 服务故障后，自动切换到备计算节点 (即Standby计算节点)，应用层面可借助Keepalived的VIP 访问数据库服务
27210编辑于 2024-11-28 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-4)
访问安全 权限体系 计算节点有两类用户，一类是计算节点数据库用户，用于操作数据，执行SELECT，UPDATE，DELETE，INSERT等SQL语句。 另一类是关系集群数据库可视化管理平台用户，用于管理配置信息。此章节将着重介绍计算节点用户相关内容。 基础权限 计算节点数据库用户必须被赋予逻辑库的权限，才能访问逻辑库。 行控制权限 计算节点支持通过手动修改配置库中行权限控制表hotdb_user_row_privilege的方式，为数据库用户增加行控制权限。 修改后需要动态加载生效 可以在3323服务端口执行show hotdb grants for ‘用户名’@‘主机名’查看数据库用户已配置的行控制权限。 select hex(aes_encrypt('SDcrtest',unhex(md5('Hotpu@2013#shanghai#2017'))))查询到keyStorePass值，然后填写C43BD9DDE9C908FEE7683AED7A301E33
35210编辑于 2025-03-10 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-15)
SQL语法支持 DML语句 在关系集群数据库中，DML语句的逻辑将变的更为复杂。计算节点将DML语句分为两大类：单库DML语句与跨库DML语句。 跨库INSERT语句 在关系集群数据库中，INSERT语句只有在INSERT... SELECT与INSERT BATCH两种情况下，才会产生跨库INSERT语句。 分片表 支持 全局表 支持 跨库REPLACE语句 在关系集群数据库中 ORDER BY ASC DESC 支持 LIMIT n,m 支持 PROCEDURE 限制支持 支持单库存储过程 INTO OUTFILE 支持 要求执行语句的计算节点数据库用户拥有 支持 SUM(IFNULL()) 支持 SUM(column1-column2) 支持 INTO OUTFILE 支持 要求执行语句的计算节点数据库用户拥有FILE权限
60510编辑于 2025-03-26 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(10-9)
配置配置是管理平台为计算节点可视化配置所开发的功能，包括配置数据节点、存储节点、存储节点组、逻辑库、分片规则、表信息、数据库用户、计算节点等参数。同时配套设置了配置参数的校验与备份恢复的辅助功能。 参数说明：组名：输入存储节点组命名连接用户：有权限访问该物理库的用户名连接用户密码：有权限访问该物理库的用户密码物理库名称：存储节点中可引用的数据库名称，例如“db01”备份用户：（选填）用于备份该物理库的用户名备份用户密码
53810编辑于 2024-12-05 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-21)
."','"..math.random(1,9).."','"..math.random(1949,2013).."-0"..math.random(1,9).. "-0"..math.random(1,9).."','"..math.random(1000,9999)..".11','"..math.random(1000,9999)..".55','"..math.random 1000,9999)..".11','fix-ak"..math.random(1000,9999).."-"..math.random(1000,9999).."','"..math.random(1,9) .."','"..math.random(1,100).."','"..math.random(1,9).."','"..math.random(1,9).."')") -----------------+---------------+ | 10-10 | 0 | ,0:1,1:1,2:1,3:1,4:1,5:0,6:0,7:1,8:1,9:
35510编辑于 2025-03-10 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-8)
应用端可借助LVS的VIP访问计算节点的数据库服务，同时保证使用透明与服务不间断。也可使用其余负载均衡方案进行处理，例如F5加自定义检测；应用直连计算节点，但发生异常时更换节点等方式。 原Primary： cd /usr/local/hhdb-2.5.0/hhdb-server/bin sh hotdb_server start 管理端状态查看： 多计算节点集群启动后通过VIP访问数据库服务
18610编辑于 2024-11-29 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-3)
如果主从数据库均无法连接，则该节点不可用。 2.主库配置不可用，从库配置可用 如果从库可以连接，则使用从库，此节点可用。 larger than the usable space. etl用户（用于数据抽取） 配置了etl的用户较普通用户在数据抽取时可降低内存消耗，具有更高的稳定性和数据抽取效率，具体使用配置说明如下： 在管理平台数据库用户中添加用户 配置校验 登录管理平台，选择"配置"->配置校验进入配置校验面板，点击"开始校验"按钮，将校验关系集群数据库可视化管理平台中配置校验菜单中的配置项，若有配置项不正确，可根据错误提示，修改相应的配置： 通过计算节点管理端执行 死锁检测 在关系集群数据库系统中，若死锁发生在两个数据节点下的存储节点间，存储节点的死锁检测机制将无法检测到死锁。 下面表格中的操作，描述了两个数据节点产生死锁的过程。 在HHDB Server关系集群数据库系统中，计算节点可检测到多个数据节点下的存储节点间的死锁，并回滚开销最少的事务。
37910编辑于 2024-11-28 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-6)
数据强一致性（XA事务） 在关系集群数据库系统中，数据被拆分后，同一个事务可能会操作多个数据节点，产生跨库事务。 全局时区 为保证数据的正确性，针对不同存储节点服务器存在设置不同时区，导致数据库中时间类型的数据错误的问题，计算节点 提供对全局时区的支持，包括： 当time_zone参数为具体的相同值或者全为SYSTEM
49310编辑于 2025-03-18 - 来自专栏Lemon黄
简明PHP进阶【9-数据库】
本节来简单介绍下PHP中的数据库，这节也是进阶部分最后一节了。数据库我们还没介绍过，下去我们会好好介绍关于MySQL数据库的知识。 1 建立连接 本节我们就不介绍数据库相关是语法只是，以sqlite数据库为了，创建数据库连接如下代码示例： $db = new PDO("sqlite:. 2 执行sql语句 连接完数据库，就可以根据数据库的指令来操作数据库，执行指令的函数使用query()函数，如下示例代码： <?php $db = new PDO("sqlite:. /resultdb"); //连接数据库 //执行exec函数，向查询数据库中的数据 $db->exec("insert into test1 values(6,'tom');insert into test1 > exec()函数并不返回结果集而是用于对给定的数据库执行一个无结果的查询。
63600发布于 2019-10-10 - 来自专栏百味科研芝士
基于SEER数据库的临床预测模型轻松发3分SCI
今天继续和大家分享一篇临床预测模型文章，同样是基于SEER数据库的一篇预测模型，于2019年11月发表在Annals of Translational Medicine（IF=3.689）上。 of prognostic nomogram for young patients with gastriccancer 标题：建立并验证青年胃癌患者预后的预测模型 文章总体概览： 作者通过检索SEER数据库 DCA结果 笔者总结：本文通过SEER数据库建立了青年胃癌患者OS和CSS的预后预测模型，并进行了验证。通过统计学分析+R语言技术建立了临床适用性较强的Nomogram。 2008年，肿瘤权威期刊《Journal of clinical medicine》发表了一篇文章对Nomogram进行了详细介绍，文中指出纳入Nomogram的变量应该取决于临床资料的可获取性和临床证据 Cancer Res., 2004, 10:7252-9.
4.8K33发布于 2020-02-24 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-11)
EXPLAIN支持显示JOIN语句、UNION/UNION ALL、子查询语句的路由计划。其中：
17910编辑于 2025-03-12
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