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Oxford Nanopore 的临床应用
6. 基于宏基因组分析病毒爆发 虫媒病毒主要是在吸血节肢动物载体中复制的RNA病毒。 使用便携式纳米孔测序的一个显著优势，小型设备是直接现场应用的设施，它允许快速部署，并且无需将样品运回实验室 ?
90810发布于 2020-08-10 - 来自专栏科研猫
临床样本组学研究Day6 : 临床样本的代谢组学研究
数据呈现：Be和Pro可以很好地区分HCC 与肝炎和肝硬化，其联合诊断的灵敏度和特异性要远优于目前临床使用的肝癌诊断指标AFP，尤其在AFP表达阴性的HCC患者中，诊断准确性为92%，具有很好的临床应用前景 启示：无论在做代谢组学还是蛋白质组学，当筛选到差异代谢物/蛋白质时，一定要和传统临床指标/传统危险因素进行校正。
1.8K31编辑于 2022-04-09 - 来自专栏生信菜鸟团
宏基因组之临床应用
学术方面，时不时推出一个新的组学概念，旨在用多维度去透过现象看本质，而在应用场景，正在或者已经进入了白热化竞争。 高通量检测在临床应用可以简单理解为，根据已有研究基础、经验，通过测序的方法寻求关键”证据“，并加以解读。 今天就后者简单分享宏基因组在临床应用上的一些观点，初入临检方向，若有不当之处，烦请指正。 - ? - 伴随着检验技术发展及医院经验累积，面对感染，临床已经有了一套比较成熟的解决方案。 借助数据库的优化，区分定植、环境菌、条件致病菌，可以在报告中体现疑似致病微生物，结合临床表征及报道，可以快速、准确地缩小感染病原怀疑范围，协助临床确认病原学诊断。 中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[本文附更正][J]. 中华传染病杂志, 2020, 38(11):681-689.
94420发布于 2020-11-23 - 来自专栏科研猫
临床样本组学研究Day6 : 临床样本的单细胞转录组测序
近十余年来，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。 今天我们就来聊聊基于临床样本的单细胞转录组测序。 4.细胞互作分析 这是单细胞转录组分析中另一重要部分，也是目前逐渐兴起和被广发应用的，尤其是在免疫细胞群体之间。 在组织中分选特定细胞，组织样本的处理和细胞分选技术非常重要（技术注意事项可以多向测序公司咨询）； 3．对于利用临床样本纯单细胞测序研究来说，要重视单细胞测序数据分析算法的个性化，利用各种不同巧妙的算法尽可能多挖掘测序数据中隐藏的信息
1.8K21编辑于 2022-04-09 腾讯首款数字疗法进入临床应用
现在，一款专为他们设计的认知功能训练软件，获批上市了——腾讯自主研发的认知功能训练软件「腾讯脑力锻炼」，获批广东省药监局颁发的医疗器械注册证，将进入临床应用阶段，可以帮助轻度认知障碍患者有效改善认知能力 在中国康复研究中心（北京博爱医院）和南方医科大学附属珠江医院进行的临床探索性试验数据显示，98%的患者完成12周完整训练后，认知能力得到显著改善。 基于丰富的医学影像AI产品经验，结合认知训练的特点，有效助力联合团队落实认知训练产品的设计、研发、验证及注册工作；● 主导了治疗机理研究及产品化工作，将认知域的训练范式概念转化为产品的游戏机制；● 参与制定临床验证方案
93020编辑于 2025-06-24- 来自专栏用户7627119的专栏
【R语言】因子在临床分组中的应用
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。 关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 接下来我们先读入临床数据 #读取临床数据 clin=read.table("clinical.tsv duplicated(clin$case_submitter_id) #提取非重复的样本的临床信息 clin=clin[index,] 可以得到如下临床信息表 前面给大家讲过☞肿瘤TNM分期，我们知道组织病理分期分成 (一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub
5.4K21编辑于 2022-09-21 【免疫笔记】Treg的调控机制与临床应用
5. 2011年：Treg疗法进入临床 首次开展Treg细胞治疗的Ⅰ期临床试验（C. G. Brunstein、Di Ianni M团队），标志着Treg从基础研究迈向临床应用。 6. 2021年：Treg疗法的新形式 启动CAR-Treg疗法的临床试验（登记号NCT04817774）：将CAR技术（嵌合抗原受体）与Treg结合，精准调控免疫反应，是Treg治疗的前沿方向。 这条时间线清晰展现了Treg研究从“发现细胞→明确功能/标志物→人工诱导→临床转化→前沿技术”的完整历程，核心是围绕“Treg的调控机制与临床应用”展开的。 临床应用的3大核心挑战 1. 数量不足：如何通过体外扩增获得足够的治疗剂量（Treg本身在体内占比很低，需要大量扩增才能满足治疗需求） 2. 临床 / 研究价值 CD39 可以作为筛选 “优质 Treg” 的表面标志物— 比如在细胞治疗中，选择 CD39hi Treg 能提高治疗效果（避免 Treg 在体内失去功能）。
42810编辑于 2025-11-30- 来自专栏单细胞天地
单细胞技术在临床上的应用方向
在我们错过的岁月里，我们看到NGS在临床上的应用主要是检测和诊断。近来，随着NGS技术的下沉和成熟，我们看到它开始在药物开发中得到应用。 身边有不少产品经理问我如何基于单细胞技术开发临床产品以让这个技术尽快落地，为人类的健康提供新的见解（早日上市）。其实在回答这个问题之前，我们需要知道目前NGS的临床应用走到了一个什么样的阶段。 ? 2019年之前，NGS的检测没有这么大的规模，也不是它在临床应用的主力。那么主力是什么呢？ 诊断。 为什么？ 感冒了我们需要做诊断吗？ 所以我们看到做诊断的公司基本都有： 自己的检测方法（一般是panel，试剂盒，测序仪） 超大的样本量 如果你们家公司也想致力于NGS的临床应用，这两个技术指标几乎是躲不掉的。 汤神直播ppt 当我们思考单细胞技术在临床上的应用方向的时候，其实我们是想在临床的这块田里种下单细胞的果实，这个果实是通过一个又一个技术体现出来的。
76020发布于 2020-07-21 - 来自专栏医学和生信笔记
1行代码提取6种TCGA表达矩阵和临床信息
“医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用、R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、临床研究设计、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。 脚本已上传到QQ群，需要的小伙伴加群下载即可~ 只需要1行代码就可以获取分别获取mRNA和lncRNA的counts/fpkm/tpm总计6种类型类型的表达矩阵以及临床信息，表达矩阵是标准形式，行是基因 完成后会在当前目录多出一个output_expr文件夹，里面就是6个表达矩阵和临床信息： 完成后会多出一个文件夹 output_expr文件夹里面就是提取好的信息： 提取好的表达矩阵和临床信息 TCGA-LUSC_expr.rdata ：原始的se对象，所有信息都是从这里面提取的； TCGA-LUSC_clinical.rdata：TCGA-LUSC的临床信息； TCGA-LUSC_lncRNA_expr_counts.rdata：lncRNA fpkm矩阵； TCGA-LUSC_mRNA_expr_tpm.rdata：mRNA的tpm矩阵； 表达矩阵示例： lncRNA的counts矩阵 mRNA的counts矩阵 mRNA的tpm矩阵 临床信息
1.3K10编辑于 2022-11-15 - 来自专栏临床预测模型
临床预测模型概述6-统计模型实操-Lasso回归
基础知识回顾：tps://mp.weixin.qq.com/s/pXRZ1rYUr3lwH5OlDeB0_Qhttps://mp.weixin.qq.com/s/UVR6ZHCwhWqTfFBmPYPV9Qhttps 通常该方法用于筛选自变量(大量的基因数据/临床参数等)，有时候也可以用于获取建模前自变量的系数。 6. 绘制路径图：● 可以绘制系数路径图或交叉验证曲线来直观地查看模型在不同λ值下的表现，从而更好地选择合适的λ值。4. 0,]nrow(coef)lassoGene = coef$genelassoGene# [1] "NLRC4" "PJVK" "CASP8" "BAK1" "GSDME" "NLRP6" ayueme.github.io/R_clinical_model/feature-selection_lasso.html3、生信小白要知道：https://mp.weixin.qq.com/s/kSrr6regfAtX4Bw6gSvmgw
1.2K10编辑于 2024-08-09 癫痫中的人工智能——应用及临床路径
此外，虽然我们描述了涉及目前用于临床实践的工具的应用（例如，结构 MRI、PET 和 iEEG），但我们还描述了涉及目前尚未在临床中使用但有可能在集成时提供帮助的模态的应用（例如，弥散加权成像、静息态 鉴于其临床效用，神经影像自然成为众多癫痫 AI 研究的焦点。在本节中，我们将回顾神经影像中 AI 应用的当前状态。 对于手术前的语言表现预测，结构连接体中派生出的图论度量与支持向量回归器结合，以及使用 2D 卷积神经网络应用于结构连接体。这两种方法都与临床定义的手术前语言表现高度相关（r > 0.8）。 6. 电子健康记录电子健康记录存储着丰富的患者特定信息，但由于记录数量庞大，人类研究人员无法从中提取和量化所有信息。 一个相当大的障碍是需要在临床试验中对癫痫管理中的 AI 应用进行严格验证，目前该领域缺乏此类试验。鉴于一些所需的技术目前尚不存在，许多问题仍未得到解答。
1K10编辑于 2024-09-06空间组学前沿：新兴技术、分析创新与临床应用
团队整合前沿的单细胞与空间多组学技术、细胞成像，并开发和创新应用先进的生物信息学工具与计算框架，以推动新发现。 空间代谢组学通过质谱成像（MSI）技术直接在组织切片上绘制小分子（代谢物、脂质、糖类等）分布：MALDI-IMS 是主流方法，分辨率10–50 μm，支持靶向与非靶向分析；DESI 样本处理简单，适合临床快速应用 6. 6. 免疫排斥生态位（Immune-Excluded Niches）表现：T细胞滞留于肿瘤边缘/间质，无法浸润实质。 空间组学的临床与转化应用应用方向空间信息如何指导决策免疫治疗选择TLS成熟度、T细胞排除模式、耗竭生态位 → 指导ICB联合策略（如CXCL13/CXCR5激动剂、CAF靶向药）放疗/药物递送优化缺氧梯度
40720编辑于 2026-01-03- 来自专栏DrugOne
CellPress | 人工智能在临床试验中的应用
在以下各节中，重点介绍了具有直接AI潜在入口点的临床试验设计方面，并解释了特定的AI技术及其应用将如何改善临床试验性能。 ? 图2. 人工智能在临床试验设计中的应用。 机器学习技术已经提出并最近获得批准，用于从医学图像中快速检测疾病的筛查应用。通过量化病理状况的算法对此进行补充。通过规避人工处理，将减少与基于图像的研究相关的成本。 相反，数据科学家和医学科学家应该共同定义可实现的用例，在这些用例中，将易于理解的AI工具应用于临床试验设计的特定子任务，有望最大程度地改善整体试验性能。 遵循这种方法，可以逐步将AI应用于临床试验生态系统，从而加快试验速度，同时希望降低失败率和研发成本。几家制药公司和AI公司已开始联合探索这一途径。 AI技术具有现实的实用性；但是，特别是在可解释性方面，这些技术必须成熟，以使其能够更广泛地应用于医疗保健和生命科学应用中。
98070发布于 2021-01-29 - 来自专栏生信菜鸟团
临床模型 | 大型语言模型编码临床知识 | Nature
我们的人工评估揭示了当今模型的局限性，强调了在创建安全、有用的临床应用 LLMs 时，评估框架和方法开发的重要性。 此类模型在医学领域有几种令人兴奋的潜在应用，包括知识检索、临床决策支持、关键发现的总结、患者分类、解决初级保健问题等。 现有的医学问答基准通常仅限于评估分类准确性或自动自然语言生成指标（例如，BLEU），无法支持实际临床应用所需的详细分析。 我们的工作表明，在这些模型能够在临床应用中使用之前，必须克服许多限制。 我们在本文中概述了一些关键的限制和未来研究的方向。 尽管我们的结果展示了大型语言模型在医学领域的潜力，但也表明为了使这些模型适用于现实世界的临床应用，还需要进行若干关键改进。
52000编辑于 2025-03-28 - 来自专栏EpiHub
让ChatGPT编写交互式网页应用的临床预测模型
R Shiny是一种基于Web的交互式数据可视化工具，能够帮助研究人员和临床医生快速构建交互式应用程序，从而进行数据分析和可视化。 在临床决策中，R Shiny可以用于以下方面： 数据可视化：医生可以使用R Shiny构建交互式图表和图形，以更好地展示和解释患者的病情和治疗效果。 临床预测模型：R Shiny可以帮助医生构建和验证临床预测模型，以便更好地了解患者的风险和预测未来病情的可能性。 临床试验监管：R Shiny可以用于临床试验监管，帮助研究人员快速掌握数据，监测研究的进展和效果。 那么，结合R强大的数据分析能力，在医学领域Shiny有哪些应用呢？这里给出了介绍。 to a tidy data frame model_summary <- tidy(modelx) ## Shiny web ui <- fluidPage( titlePanel("临床预测模型
2.6K30编辑于 2023-03-08 - 来自专栏生信喵实验柴
临床样本检测
一、文章简介 《Nature Biotechnology》封面文章 文章报道：摘自测序中国公众号文章报道 《NBT 封面报道：6 小时精准识别下呼吸道病原体 O'Grady 博士及合作者共同发布的首个使用纳米孔技术的快速、经济的宏基因组测序方法，直接从患者呼吸道样本中准确快速地识别细菌病原体，并在 6 小时内准确检测抗性基因的突破性研究。 该团队在 40 个临床呼吸道样品上进行初期测试，在另外 41 个样品上进行了优化和测试。与培养法和 PCR 相比，优化的流程具有较高对病原体鉴定的敏感性（96.6％）和临床特异性（41.7％）。 使用该方法从样品到获得结果的周期为 6 小时，比培养法快了约 40 小时。 该方法从样品到结果仅需 6 小时，对病原体检测的敏感性 96.6％、特异性 41.7％，同时可检测抗生素抗性基因； 4.
81420编辑于 2023-02-24 - 来自专栏音乐与健康
音疗与音乐治疗的科学实证与临床应用分享
二、现代科学验证：从情绪安抚到神经重塑音疗不仅仅是 “安慰剂”，最新的临床研究证实了它在生理层面的显著作用。神经重塑与耳鸣管理这是音疗在神经科学领域的重要突破。 三、临床应用与未来展望在临床实践中，音疗和音乐治疗通常作为综合治疗方案的一部分，与心理咨询、药物治疗等手段相结合，以达到最佳效果。 这在临床上被称为 **“闸门控制理论”**—— 音乐关闭了部分传递痛苦的闸门。应用：这也是为什么在牙医诊所或术后恢复期，音乐能有效降低患者的焦虑感，甚至减少对止痛药的依赖。 应用：通过特定的音乐引导，我们可以重新改写对某段回忆的认知（例如将悲伤的回忆转化为释怀与感恩），为大脑创造新的神经回路，这在失智症照护或创伤修复中尤为重要。 应用：节奏感强的音乐能提升运动表现或改善帕金森病患者的步态；而平缓的音乐则能让焦躁者的说话语气变慢，让身体回归安稳的频率。
21710编辑于 2026-04-27 - 来自专栏临床预测模型
临床预测模型概述6-统计模型实操-单多因素Logistic回归
在各种临床/基础数据分析中，经常需要分析疾病/状态与各种影响/危险因素之间的定量关系，如鼻咽癌的发生于EB病毒定量、年龄、不同饮食习惯等因素之间的关系，而结局变量通常是二分类的，因此这种方法是研究者必须学会的方法之一 16 14 8 15 8 5 15 11 16 9 # 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 90 # 17 13 10 6 同时在分析的时候我们经常会提到HR(风险比，hazard ratio)，这个值通常应用于生存分析模型中。 0.761 0.447 # 5 age>60 0.346 0.326 1.06 0.289 # 6 6、多因素logstic回归筛选自变量# 在用forward/backward/both方法的时候需要去除NA值！
1.2K00编辑于 2024-08-07 - 来自专栏临床预测模型
临床预测模型概述6-统计模型实操-单多因素Cox回归
基础知识回顾：https://mp.weixin.qq.com/s/pXRZ1rYUr3lwH5OlDeB0_Qhttps://mp.weixin.qq.com/s/UVR6ZHCwhWqTfFBmPYPV9Q 简单回顾一下cox回归，在各种临床/基础数据分析中，经常需要分析各种影响/危险因素对疾病/状态随着时间变化而产生的影响作用，如研究肝癌患者的生存或死亡风险如何受到不同治疗方式、年龄、饮食习惯、饮酒和抽烟等因素的影响 这个警告 "Loglik converged before variable 1,6,8,9,13; coefficient may be infinite." 在 Cox 比例风险模型的拟合过程中出现，它表明在模型收敛之前，某些变量（编号为 1, 6, 8, 9, 13，可以对照summary结果看一下）的系数估计可能趋于无穷大。 # 5 genderMALE 7.96e-1 0.274 -0.835 0.404 0.465 1.36# 6
1.1K10编辑于 2024-08-08 - 来自专栏Java实战博客
6 ElasticSearch 高级-应用篇
bulk 批量操作 ：将文档 增删改查 一系列的操作，通过一次请求全部做完。优点：可以减少网络传输次数。
55810编辑于 2022-01-17
腾讯云开发者
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