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Oxford Nanopore 的临床应用
使用便携式纳米孔测序的一个显著优势，小型设备是直接现场应用的设施，它允许快速部署，并且无需将样品运回实验室 ?
90810发布于 2020-08-10 - 来自专栏生信菜鸟团
宏基因组之临床应用
学术方面，时不时推出一个新的组学概念，旨在用多维度去透过现象看本质，而在应用场景，正在或者已经进入了白热化竞争。 高通量检测在临床应用可以简单理解为，根据已有研究基础、经验，通过测序的方法寻求关键”证据“，并加以解读。 今天就后者简单分享宏基因组在临床应用上的一些观点，初入临检方向，若有不当之处，烦请指正。 - ? - 伴随着检验技术发展及医院经验累积，面对感染，临床已经有了一套比较成熟的解决方案。 借助数据库的优化，区分定植、环境菌、条件致病菌，可以在报告中体现疑似致病微生物，结合临床表征及报道，可以快速、准确地缩小感染病原怀疑范围，协助临床确认病原学诊断。 中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[本文附更正][J]. 中华传染病杂志, 2020, 38(11):681-689.
94420发布于 2020-11-23 腾讯首款数字疗法进入临床应用
在中国，每10分钟，就有74位老人正在陷入「轻度认知障碍」。 现在，一款专为他们设计的认知功能训练软件，获批上市了——腾讯自主研发的认知功能训练软件「腾讯脑力锻炼」，获批广东省药监局颁发的医疗器械注册证，将进入临床应用阶段，可以帮助轻度认知障碍患者有效改善认知能力 在中国康复研究中心（北京博爱医院）和南方医科大学附属珠江医院进行的临床探索性试验数据显示，98%的患者完成12周完整训练后，认知能力得到显著改善。 基于丰富的医学影像AI产品经验，结合认知训练的特点，有效助力联合团队落实认知训练产品的设计、研发、验证及注册工作；● 主导了治疗机理研究及产品化工作，将认知域的训练范式概念转化为产品的游戏机制；● 参与制定临床验证方案
93020编辑于 2025-06-24- 来自专栏用户7627119的专栏
【R语言】因子在临床分组中的应用
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。 关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 接下来我们先读入临床数据 #读取临床数据 clin=read.table("clinical.tsv duplicated(clin$case_submitter_id) #提取非重复的样本的临床信息 clin=clin[index,] 可以得到如下临床信息表 前面给大家讲过☞肿瘤TNM分期，我们知道组织病理分期分成 (一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub
5.4K21编辑于 2022-09-21 【免疫笔记】Treg的调控机制与临床应用
5. 2011年：Treg疗法进入临床 首次开展Treg细胞治疗的Ⅰ期临床试验（C. G. Brunstein、Di Ianni M团队），标志着Treg从基础研究迈向临床应用。 6. 2021年：Treg疗法的新形式 启动CAR-Treg疗法的临床试验（登记号NCT04817774）：将CAR技术（嵌合抗原受体）与Treg结合，精准调控免疫反应，是Treg治疗的前沿方向。 这条时间线清晰展现了Treg研究从“发现细胞→明确功能/标志物→人工诱导→临床转化→前沿技术”的完整历程，核心是围绕“Treg的调控机制与临床应用”展开的。 临床应用的3大核心挑战 1. 数量不足：如何通过体外扩增获得足够的治疗剂量（Treg本身在体内占比很低，需要大量扩增才能满足治疗需求） 2. 临床 / 研究价值 CD39 可以作为筛选 “优质 Treg” 的表面标志物— 比如在细胞治疗中，选择 CD39hi Treg 能提高治疗效果（避免 Treg 在体内失去功能）。
42810编辑于 2025-11-30- 来自专栏单细胞天地
单细胞技术在临床上的应用方向
在我们错过的岁月里，我们看到NGS在临床上的应用主要是检测和诊断。近来，随着NGS技术的下沉和成熟，我们看到它开始在药物开发中得到应用。 身边有不少产品经理问我如何基于单细胞技术开发临床产品以让这个技术尽快落地，为人类的健康提供新的见解（早日上市）。其实在回答这个问题之前，我们需要知道目前NGS的临床应用走到了一个什么样的阶段。 ? 2019年之前，NGS的检测没有这么大的规模，也不是它在临床应用的主力。那么主力是什么呢？ 诊断。 为什么？ 感冒了我们需要做诊断吗？ 单细胞是一个概念，围绕这个概念我们可以开发出相应的技术，比如10X的单细胞技术体系。这一点是需要明确的，特别是那些只是名义上做单细胞的人。 汤神直播ppt 当我们思考单细胞技术在临床上的应用方向的时候，其实我们是想在临床的这块田里种下单细胞的果实，这个果实是通过一个又一个技术体现出来的。
76020发布于 2020-07-21 癫痫中的人工智能——应用及临床路径
此外，虽然我们描述了涉及目前用于临床实践的工具的应用（例如，结构 MRI、PET 和 iEEG），但我们还描述了涉及目前尚未在临床中使用但有可能在集成时提供帮助的模态的应用（例如，弥散加权成像、静息态 鉴于其临床效用，神经影像自然成为众多癫痫 AI 研究的焦点。在本节中，我们将回顾神经影像中 AI 应用的当前状态。 这些国际、多机构合作是确保癫痫管理中 AI 算法可推广性的努力的好例子，取得的进展使得 FCD 检测算法有望在接下来的 5-10 年内被纳入临床应用。AI 也可以通过检测结构异常来帮助诊断癫痫。 对于手术前的语言表现预测，结构连接体中派生出的图论度量与支持向量回归器结合，以及使用 2D 卷积神经网络应用于结构连接体。这两种方法都与临床定义的手术前语言表现高度相关（r > 0.8）。 一个相当大的障碍是需要在临床试验中对癫痫管理中的 AI 应用进行严格验证，目前该领域缺乏此类试验。鉴于一些所需的技术目前尚不存在，许多问题仍未得到解答。
1K10编辑于 2024-09-06空间组学前沿：新兴技术、分析创新与临床应用
团队整合前沿的单细胞与空间多组学技术、细胞成像，并开发和创新应用先进的生物信息学工具与计算框架，以推动新发现。 三、空间代谢组学通过质谱成像（MSI）技术直接在组织切片上绘制小分子（代谢物、脂质、糖类等）分布：MALDI-IMS 是主流方法，分辨率10–50 μm，支持靶向与非靶向分析；DESI 样本处理简单，适合临床快速应用 10. 3D 重建与图像配准串行切片法：CODA、Mo et al. 临床关联：与免疫检查点抑制剂（ICI）响应、生存期延长正相关。 空间组学的临床与转化应用应用方向空间信息如何指导决策免疫治疗选择TLS成熟度、T细胞排除模式、耗竭生态位 → 指导ICB联合策略（如CXCL13/CXCR5激动剂、CAF靶向药）放疗/药物递送优化缺氧梯度
40720编辑于 2026-01-03- 来自专栏DrugOne
CellPress | 人工智能在临床试验中的应用
language processing，自然语言处理 OCR：Optical character recognition，光学字符识别 1 人工智能可以将反摩尔定律变成摩尔定律 将一种新药推向市场需要10 在以下各节中，重点介绍了具有直接AI潜在入口点的临床试验设计方面，并解释了特定的AI技术及其应用将如何改善临床试验性能。 ? 图2. 人工智能在临床试验设计中的应用。 相反，数据科学家和医学科学家应该共同定义可实现的用例，在这些用例中，将易于理解的AI工具应用于临床试验设计的特定子任务，有望最大程度地改善整体试验性能。 遵循这种方法，可以逐步将AI应用于临床试验生态系统，从而加快试验速度，同时希望降低失败率和研发成本。几家制药公司和AI公司已开始联合探索这一途径。 AI技术具有现实的实用性；但是，特别是在可解释性方面，这些技术必须成熟，以使其能够更广泛地应用于医疗保健和生命科学应用中。
98070发布于 2021-01-29 - 来自专栏科研菌
临床试验加RNAseq找标志物发10+分！
考虑到GBM存在较大的遗传异质性，作者希望找到GBM中与药物疗效差异相关的分子生物标志物，为临床药物应用提供一些参考。 二、分析流程 ? 三、结果解析 1.生存相关转录本筛选 作者从REGOMA临床试验中接受两种不同药物治疗的GBM患者(regorafenib n=36；lomustine n=36)的肿瘤组织FFPE切片中提取了 2.生存相关miRNA筛选 由于miRNA是基因表达的关键调控因子，且在GBM患者中已有几种miRNA的表达异常被报道为预后指标，故作者分析了样本的miRNA表达谱，结果发现有10个miRNA 为了验证上述10个miRNAs的高或低表达是否可以独立预测OS或PFS，作者比较了依据各个miRNA表达情况划分的高表达组和低表达组的中位OS和PFS，但均未观察到显著差异。 图3.10个与预后相关的miRNA高/低表达时两个药物治疗组预后的差异 为了解所选择的10个miRNA是否能进一步揭示患者对regorafenib治疗的疗效差异，作者根据10个miRNA
61121发布于 2020-12-08 - 来自专栏生信菜鸟团
临床模型 | 大型语言模型编码临床知识 | Nature
我们的人工评估揭示了当今模型的局限性，强调了在创建安全、有用的临床应用 LLMs 时，评估框架和方法开发的重要性。 此类模型在医学领域有几种令人兴奋的潜在应用，包括知识检索、临床决策支持、关键发现的总结、患者分类、解决初级保健问题等。 现有的医学问答基准通常仅限于评估分类准确性或自动自然语言生成指标（例如，BLEU），无法支持实际临床应用所需的详细分析。 这些结果在以下内容以及补充信息的第 10 节中详细描述，并在图 4–6 中进行了可视化。 ◉ 带有区间的结果详情见补充信息第 10 节。
52000编辑于 2025-03-28 - 来自专栏EpiHub
让ChatGPT编写交互式网页应用的临床预测模型
R Shiny是一种基于Web的交互式数据可视化工具，能够帮助研究人员和临床医生快速构建交互式应用程序，从而进行数据分析和可视化。 在临床决策中，R Shiny可以用于以下方面： 数据可视化：医生可以使用R Shiny构建交互式图表和图形，以更好地展示和解释患者的病情和治疗效果。 临床预测模型：R Shiny可以帮助医生构建和验证临床预测模型，以便更好地了解患者的风险和预测未来病情的可能性。 临床试验监管：R Shiny可以用于临床试验监管，帮助研究人员快速掌握数据，监测研究的进展和效果。 那么，结合R强大的数据分析能力，在医学领域Shiny有哪些应用呢？这里给出了介绍。 to a tidy data frame model_summary <- tidy(modelx) ## Shiny web ui <- fluidPage( titlePanel("临床预测模型
2.6K30编辑于 2023-03-08 - 来自专栏生信喵实验柴
临床样本检测
国际顶级学术期刊 Nature Biotechnology 以《纳米孔上的临床宏基因组学》（Clinical metagenomics on a nanopore）为封面，刊登了英国东安格利亚大学 Justin 据悉，为了能够准确、快速地识别细菌病原体，研究团队开发了一种能够从临床样本中去除多达 99.99％的宿主核酸的流程，并在便携式 MinION 测序仪上开展了实时的检测和分析。 该团队在 40 个临床呼吸道样品上进行初期测试，在另外 41 个样品上进行了优化和测试。与培养法和 PCR 相比，优化的流程具有较高对病原体鉴定的敏感性（96.6％）和临床特异性（41.7％）。 clincal #去除宿主 REF=/MetaDatabase/human/GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.fna READ=/data/PRJEB30781/P10 .filter.fq.gz #统计过滤前后数变化 seqkit stat /data/PRJEB30781/P10.fastq.gz P10.filter.fq.gz 将过滤完的数据，使用 centrifuge
81420编辑于 2023-02-24 - 来自专栏音乐与健康
音疗与音乐治疗的科学实证与临床应用分享
二、现代科学验证：从情绪安抚到神经重塑音疗不仅仅是 “安慰剂”，最新的临床研究证实了它在生理层面的显著作用。神经重塑与耳鸣管理这是音疗在神经科学领域的重要突破。 三、临床应用与未来展望在临床实践中，音疗和音乐治疗通常作为综合治疗方案的一部分，与心理咨询、药物治疗等手段相结合，以达到最佳效果。 这在临床上被称为 **“闸门控制理论”**—— 音乐关闭了部分传递痛苦的闸门。应用：这也是为什么在牙医诊所或术后恢复期，音乐能有效降低患者的焦虑感，甚至减少对止痛药的依赖。 应用：通过特定的音乐引导，我们可以重新改写对某段回忆的认知（例如将悲伤的回忆转化为释怀与感恩），为大脑创造新的神经回路，这在失智症照护或创伤修复中尤为重要。 应用：节奏感强的音乐能提升运动表现或改善帕金森病患者的步态；而平缓的音乐则能让焦躁者的说话语气变慢，让身体回归安稳的频率。
21710编辑于 2026-04-27 10X空间转录组VDJ分析引入日程与临床免疫疗法
其实结合工作经历而言，我认为单细胞的临床运用可能还遥遥无期，但是空间的运用已初见端倪，我们简单来看一下。 其中单细胞也可以做宏基因组和VDJ，但是单细胞由于采用drop-seq的方式，而且一块组织经过处理已经丢失了大部分的信息，每个样本仅剩下1万左右的细胞供下游分析，而且方法在应用层面存在诸多缺陷，临床运用任重道远 在临床运用上，比如目前最火的CAT-T疗法，在临床上，CAR-T细胞的治疗首先需要收集患者的外周血并分选出T细胞，T细胞在体外进行刺激扩增并通过病毒载体转入特定的CAR基因，被称为CAR-T，随后再将扩增后的 关于空间VDJ的内容，我也写过很多，列在下面全球首篇FFPE空间转录组分析揭示了肾细胞癌中三级淋巴结构抗肿瘤机制10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）10X空间转录组之免疫组库分析Science 通过scVDJ检测到的TR大约是IG克隆的10倍，而在Spatial VDJ中则相反。
63120编辑于 2024-02-13- 来自专栏用户7627119的专栏
玩转TCGA临床信息
对作者是如何从307个early-stage cervical cancer (CESC)病人中根据临床信息挑选出145个病人的过程有些疑惑。下面是原作者筛选样本的标准。 ? 首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息，在TCGA中搜索CESC，选择TCGA-CESC。 ? 选择miRNA样本，点击307这个超链接。 ? 任意选择一个样本，点击进入。 ? 选择clinical，点击10这个超链接。 ? 点击nationwidechildrens.org_clinical_patient_cesc.txt 进入 ? 点击Download下载，里面就包含所有样本的临床信息 ? 解压到当前文件夹 ? 更多临床信息解读可以参考肿瘤TNM分期。 ? ? 这就和原文中的表1中的数字相同了。 ? 接着我们检查一下相应的Tumor Grade样本数是否正确。
1.8K41发布于 2020-08-06 - 来自专栏ThoughtWorks
10Hours 网页应用
以前段开发为特长，不放过技术大赛这样机会的刘旸，和几个同事打造的10Hours 受到了大家的好评。想知道何谓10Hours？ 那就~ 最近公司举办技术大赛，我和同事一起制作了一个叫做10K Hours的Mobile Web App，可以帮助你通过一万小时的努力，成为某个领域的专家。 其中讲到了不少移动端Web开发的Best Practices，正好就用到了10K Hours这个应用上。 updateready：当新的缓存文件下载完成后触发，可以利用swapCache()来应用新的文件。 其中最重要的就是updateready这个事件，我们可以利用JavaScript绑定这个事件，在缓存更新的时候自动刷新来应用这些更新，例如： // Check if a new cache is available
85290发布于 2018-04-18 - 来自专栏临床预测模型
临床预测模型—基于dcurves包的临床决策曲线(DCA)绘制学习
净收益考虑了模型在某个阈值下的灵敏度（True Positives）与特异性（False Positives），提供了一种可以用于临床实际决策的量化指标。
1K10编辑于 2024-11-24 - 来自专栏生信小驿站
各种临床试验终点
临床试验终点（End Point）服务于不同的研究目的。在传统的药物的研发中，早期的临床试验目的是评价安全性以及药物的生物活性，如肿瘤缩小。 后期的有效性研究通常评价药物是否能提供临床获益，例如生存期延长或症状改善等。 让我们一起来看看常用的临床试验终点都有什么区别以及优缺点。 PFS 的改善包括了「未恶化」和「未死亡」，即间接和直接地反映了临床获益，它取决于新治疗与现治疗的疗效/风险。 因此，在临床试验设计中，「肿瘤进展」的标准必须要进行明确的定义，还包括 PFS 的评估、观察、分析方法，随访和影像学评价必须是均衡的，最好有一个由影像学专家和临床专家组成的处于盲态的独立裁定小组进行。 转移和复发大多生在根治术后三年之内，约占80%，少部分发生在根治术后五年之内，约占10%。所以，各种肿瘤根治术后五年内不复发，再次复发的机会就很少了，故常用五年生存率表示各种癌症的疗效。
2K30发布于 2019-03-04 - 来自专栏架构之家
10倍提升应用性能的10个建议
如果你的网站不能马上响应，你的应用不能立即运行，用户转身就会投奔你的竞争对手。 亚马逊大约10年前的一项研究表明，页面加载时间减少1/10秒，能够使其营收增长1%。 显而易见，Web应用性能的重要性与日俱增。 提升性能其实不难，难的是怎么看到结果。本文给出能够提升大约10倍网站性能的10个建议供大家参考。 那么怎么让你的应用获得10倍的性能提升呢？ 为了帮大家理解每项优化建议的潜能，下面再针对之前的建议给出一些实施方针，希望大家各取所需。 反向代理服务器及负载均衡。 这些改变能极大地提升性能，与原有的部署方式最差的时候相比，10倍性能提升是很轻松的事，即使不到10倍那也在总体上有了质的飞跃。 缓存动态和静态内容。 如果你的Web服务器同时又充当了应用服务器，那么通过缓存动态内容就可以达到高峰期10倍的性能提升。缓存静态内容也可以有几倍的性能提升。 压缩数据。
85010编辑于 2022-07-12
腾讯云开发者
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