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机器学习和临床预测模型公开课全文及回放
周五公开课文字内容以及录屏回放。 视频已上传到b站，我的b站账号：阿越就是我 本文目录： 从医学统计到机器学习 机器学习在临床中的应用 机器学习和临床预测模型有什么关系？ 唯一不同且是最重要的一点：临床预测模型更加注重结合临床背景进行解释。 临床预测模型必须不能脱离临床，单纯的数字游戏没有任何意义。 很多讲临床预测模型的课程，涉及的机器学习基本方法太少，指南里的东西大家都知道，满足不了大家发文章的需求。 生信常见的各种数据库id, hgnc gene symbol, entrez id, ensembl id等？中心法则？表观遗传涉及哪些内容？什么是甲基化？单核苷酸多态性SNP, 拷贝数变异CVN？ 模型的解释：临床预测模型必须不能脱离临床，单纯的数字游戏没有任何意义。
1.9K32编辑于 2023-02-14 - 来自专栏医学数据库百科
临床相关突变查询数据库
写在前面 越来越多的研究发现某一个基因的突变和很多的临床特征有关系。如果我们想有查找临床性状和基因突变的关系的话，内容比较全面的就是ClinVar数据库了。 ClinVar 数据库是ncbi旗下用于查看临床相关突变的数据库。但是其数据库的内容比较多，而且检索界面不是很友好。所以经常看不懂其结果。所以今天就介绍一个检索简单的突变和表型的数据库。 通过其名字我们就知道这个是一个简易版的Clinvar数据库。 输入 数据库的输入很简单，我们可以数据疾病；基因名; 突变等。都可以。 我这里输入gastric cancer。 另外数据库也提供了下载的功能。我们点击Show Table就可以看到其下载结果的地方了。 写在后面 以上就是这个数据的所有功能的。输入关键词—界面友好的查看结果。是不是很简单。 一直再说这类汇总其他数据库的资源，最怕的资源更新慢的问题。不过看这个数据库还是经常更新的。所以可以放心使用的
1.3K40发布于 2021-11-18 - 来自专栏生信技能树
TCGA数据库临床资料官方大全
因为TCGA计划跨时太长，纳入研究的病人数量太多， 或多或少有点资料继续错误或者不完整，所以TCGA团队下功夫在计划结束后（April 2018）完整的系统性的公布了权威的临床资料。 看起来是乱码，但的确是真实的下载地址：https://api.gdc.cancer.gov/data/1b5f413e-a8d1-4d10-92eb-7c4ae739ed81 题外话：关于不同数据源的TCGA临床资料冲突的讨论
5.3K41发布于 2019-06-15 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-9)
计算节点读写分离对应用研发者和数据库管理员完全透明，不要求研发者在SQL执行时添加HINT或某些注解；当然，也支持使用HINT的方式显式指定读取主机或从机。指定SQL语句在主存储节点上执行：/*! 用户级别的读写分离可通过管理平台创建数据库用户页面添加用户或编辑用户开启用户级别的读写分离。
23110编辑于 2024-11-29 - 来自专栏生信宝典
临床基因组分析相关数据库汇总
一、人群SNV频率数据库 数据库名称 网站 简介 dbSNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ dbSNP 包含人类单核苷酸变异、微卫星和小片段插入和缺失，以及常见变异和临床突变的发表 ClinGen https://www.clinicalgenome.org/ ClinGen是美国国立卫生研究院(NIH)资助的数据库资源，用于精准医学，研究基因和变异的临床相关性。 三、表型数据库 数据库名称 网站 简介 GeneReviews http://www.genereviews.org/ GeneReviews 是为忙碌的临床医生提供的国际即时护理资源，以标准化的期刊样式格式提供与遗传病相关的临床相关和医学上可操作的信息 DECIPHER https://www.deciphergenomics.org/ 使用Ensemble基因组浏览器，将基因芯片数据和临床表型进行关联，便于临床医生和研究人员使用的细胞分子遗传学数据库 七、其他数据库 数据库名称 网站 简介 Pharmgkb https://www.pharmgkb.org/ PharmGKB是一个综合资源，为临床医生和研究人员管理有关基因变异对药物反应影响的知识。
2.7K20编辑于 2022-01-19 - 来自专栏FreeBuf
Log4Shell漏洞公开披露前，至少已在“在野”9天
根据Security Affairs网站最新消息，Log4j库中的Log4Shell漏洞公开披露前，至少已经被攻击利用了一周之多。黑客组织也早已滥用该漏洞，大肆部署恶意软件。 漏洞端倪早已显现 Cloudflare首席执行官Matthew Prince发表推文称，情况可能比最初设想的还要糟糕，12月10日漏洞公开披露前，该漏洞至少已经被攻击了一个多星期。
74520编辑于 2021-12-15 - 来自专栏从百草园到三味书屋
公开重症监护数据库MIMIC代码仓库介绍
； EHR二次分析需要临床专家和数据科学家的合作，在EHR数据库上推导或者定义一些概念是需要资源的，对于没有特别强的临床背景或者数据科学技能的人来说巨大障碍； 该文介绍MIMIC代码仓库，介绍与重症相关概念的导出以及相关假设条件等 ； 公开数据已经逐渐有了，公开相应的数据代码同样重要。 疾病严重程度评分Severity of illness scores 在回顾性数据库中难以计算 大多都是在前瞻性实验中获取的； 常规收集的数据缺相应元素。 SOFA), Logistic Organ Dysfunction system(LODS) 治疗时间Time of treatment 由于数据获取的限制，许多药物和确切的治疗时间无法得出，需要根据临床经验识别其他可替代的数据 结论 公开数据库的案例已经不少，为了让研究更加透明，也需要公开相应数据分析和数据处理的代码 补充 代码库地址：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code 之前以MIMIC-III
2.1K10编辑于 2023-03-09 - 来自专栏脑电信号科研科普
EEG脑电公开数据库大盘点
对于刚进入EEG领域的同学来说，利用网上公开的EEG数据库练练手，顺便发表一些论文是个不错的选择。 公开数据库对于促进科学研究的快速发展意义重大，公开数据的建立可以让全世界各国的领域内研究者对某些问题进行更深入更全面的研究。 EEG/ MEG/MRI/ fNIRS公开数据库大盘点》），但最近笔者又搜罗了不少EEG的公开数据库网站，因此在这篇推文里笔者把目前的EEG公开数据库进行了较为全面的总结，希望对大家有所帮助。 网址：http://epilepsy-database.eu/ 9.神经信息数据库（Neuroinformatics database，NIDB） NIDB是一个神经影像数据上传和分享的平台，主要包括fMRI 网址：https://dataverse.tdl.org/ 24.MindBigData 这个开放数据库包含 1,207,293 个EEG信号，每个 2 秒，数据是在被试看到一个数字（从 0 到 9）并思考它的情况下采集
4.2K20编辑于 2022-05-02 - 来自专栏数据科学与人工智能
【数据科学】9个针对初学者的数据科学公开课
如果你想自学，网络是一个非常好的地方，这里有太多的资源，有大神 Devendra Desale就挑选出了网络公开课中优秀的数据科学课程推荐给大家。 (斯坦福大学) 水平: 初学者 学时: 8 - 10小时/周 状态:Self-paced 持续时间: 10周 需要的条件: 无 工具: SQL、XML查询 如果你要处理数据，数据库是不可避免的。 本课程涵盖了数据库设计和数据库管理系统应用程序的使用。它包括广泛覆盖的关系模型，包含XML数据，DTDs模板、XML模板的内容，同时包含查询和转换语言XPath，Xquery和XSLT的内容。 课程包括UML中的数据库设计，基于依赖关系和正常形式的相关设计原则。 Intermediate-Expert 学时: 10 - 14小时/周 状态: Archived 持续时间: 10周 需要的条件: 概率矩阵，微积分 工具: 没有限制 对机器学习爱好者来说这是有史以来最好的公开课
1.7K60发布于 2018-02-26 - 来自专栏深度学习与python
Pinecone 无服务器向量数据库公开预览
作者 | Renato Losio 译者 | 明知山 策划 | 丁晓昀 最近，Pinecone 宣布了其新的无服务器向量数据库的公共预览，旨在降低基础设施管理成本，同时提高生成式人工智能应用的准确性 根据向量数据库专家的说法，读、写和存储的分离显着降低了各种规模和类型的工作负载的开销。多租户计算层使用新的索引和检索算法实现了按需检索，从而实现了对 blob 存储进行内存高效的向量搜索。 在“重新构想向量数据库，实现知识丰富的 AI”一文中，Pinecone 工程副总裁 Ram Sriharsha 描述了团队为何以及如何重建 Pinecone，并讨论了向量数据库的重要作用： LLM 很容易产生幻觉 Ampt 的 CEO 兼创始人 Jeremy Daly 则表示： 它被吹捧为 "遏制 AI 幻觉的突破性进展"，但考虑到其他主要数据库也正在添加向量功能，分析人士表示，其接受者可能会很少。 Pinecone 并不是市场上唯一支持无服务器向量存储的参与者，其他数据库和数据平台供应商也提供了支持向量的无服务器数据库，包括 MongoDB 和 Snowflake。
64810编辑于 2024-02-29 - 来自专栏脑电信号科研科普
EEG MEGMRI fNIRS公开数据库大盘点
《本文同步发布于“脑之说”微信公众号，欢迎搜索关注~~》 公开数据库对于促进科学研究的快速发展意义重大，公开数据的建立可以让全世界各国的领域内研究者对某些问题进行更深入更全面的研究。 此外，我们个人同样可以利用各类脑科学公开数据库方便地进行各种研究。 笔者在这里较为全面地盘点目前免费的EEG/MEG/MRI/ fNIR公开数据库，希望对大家的研究有所帮助。 网址：http://myconnectome.org/wp/ 中国AD临床前期联盟多中心认知下降纵向研究数据库 中国AD临床前期联盟多中心认知下降纵向研究数据库(SILCODE)是由中国国家老年疾病临床医学研究中心 （NDAR），与精神疾病相关的国家临床试验数据库（NDCT），研究领域标准数据库（RDoC db）和NIH小儿MRI数据存储库等。 从内容上来说，该数据库数据内容丰富，包含临床、影像学，基因组等方面的数据。
4.1K01发布于 2020-11-18 - 来自专栏科研菌
如何用好公开数据库多种组学数据？
对基因组学、表观基因组学、转录组学和临床信息的综合分析有助于鉴定特定的分子亚组并发现胰腺癌的新生物标志物。 二.分析流程 ? 图4.胰腺癌中DNA拷贝数变异与甲基化异常频率之间的相关性 5.胰腺癌亚群的临床病理特征和免疫评分 作者进一步分析了iC1和iC2 / iC3 / iC4亚组之间的临床病理信息。 表3. iC1和iC2 / iC3 / iC4亚组之间临床特征的比较 接下来，作者使用TIMER工具来计算四个亚组的免疫评分。 使用来自GEO数据库的外部GSE21501和GSE71729数据集来验证结果。 最后，在外部和内部数据集中选择了三个与胰腺癌预后相关的基因（GRAP2，ICAM3和A2ML1）。 由于尚无文献报道，作者将在进一步研究中研究这三个新靶标（GRAP2，ICAM3和A2ML1）在胰腺癌中的生物学和临床功能。
2.2K11发布于 2020-08-07 - 来自专栏莫浅子的学习笔记
数据库-MySQL基础（9）-多表关系
目录 概述 1、一对多 2、多对多 3、一对一 多表查询概述 多表查询分类 1、连接查询 2、子查询 ---- 概述 项目开发中，在进行数据库表结构关系设计时，会根据业务需求及业务模块之间的关系，分析设计表结构
1.4K20编辑于 2022-11-18 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-5)
备份恢复 使用mysqldump备份 mysqldump - 数据库备份程序 计算节点支持mysqldump功能，用法同MySQL一样。 使用mysqlbinlog连接远程实例获取binlog文件并解析出其中的SQL语句，然后交由计算节点执行，从而将某个数据库的增量数据导入到计算节点某个逻辑库下。 若源端数据库名与计算节点的逻辑库名不相同，则需要在管理端口先添加数据库映射关系，例如： dbremapping @@add@db01:logicdb01 然后到计算节点（192.168.210.32）所在服务器上执行如下命令 7.核对数据同步的正确性：此时需要进行必要的短时停服，中断业务系统向数据库的写入操作。通过人工在源端执行一条特殊数据后查看该条数据是否已经同步。 等到确认计算节点已经追完最新数据后，停止mysqlbinlog命令，若需要的话，取消数据库名称映射。
26410编辑于 2025-03-26 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-29)
若设置为0，程序异常退出不会持久化，若配置的值大于0，则可以定时持久化到数据库，重启也能累计。 在客户端执行SQL语句，会把相关命令统计在配置库中。当设置为0时，则不统计到配置库。 | 5 | master | | 600004 | write | | 600007 | write | | 600013 | write | +--------+--------+ 9
30910编辑于 2025-03-19 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-7)
property name="enableHeartbeat">true</property>假设192.168.200.202的3309实例与192.168.200.203的3313实例为一对主从复制的存储节点数据库 29.344 INFO [HeartbeatTimer] (BackendDataNode.java:405) -found candidate backup for datanode 5 :[id:9, :57:29.344 INFO [pool-1-thread-1020] (CheckSlaveHandler.java:241) -slave_sql_running is Yes in :[id:9, 15:57:29.424 WARN [pool-1-thread-1066] (BackendDataNode.java:847) -datanode 5 switch datasource 5 to 9 keepalived高可用服务原理搭建主备服务关系，可保证在主计算节点(即Active计算节点) 服务故障后，自动切换到备计算节点 (即Standby计算节点)，应用层面可借助Keepalived的VIP 访问数据库服务
27210编辑于 2024-11-28 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-15)
SQL语法支持 DML语句 在关系集群数据库中，DML语句的逻辑将变的更为复杂。计算节点将DML语句分为两大类：单库DML语句与跨库DML语句。 跨库INSERT语句 在关系集群数据库中，INSERT语句只有在INSERT... SELECT与INSERT BATCH两种情况下，才会产生跨库INSERT语句。 分片表 支持 全局表 支持 跨库REPLACE语句 在关系集群数据库中 ORDER BY ASC DESC 支持 LIMIT n,m 支持 PROCEDURE 限制支持 支持单库存储过程 INTO OUTFILE 支持 要求执行语句的计算节点数据库用户拥有 支持 SUM(IFNULL()) 支持 SUM(column1-column2) 支持 INTO OUTFILE 支持 要求执行语句的计算节点数据库用户拥有FILE权限
60510编辑于 2025-03-26 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-4)
访问安全 权限体系 计算节点有两类用户，一类是计算节点数据库用户，用于操作数据，执行SELECT，UPDATE，DELETE，INSERT等SQL语句。 另一类是关系集群数据库可视化管理平台用户，用于管理配置信息。此章节将着重介绍计算节点用户相关内容。 基础权限 计算节点数据库用户必须被赋予逻辑库的权限，才能访问逻辑库。 行控制权限 计算节点支持通过手动修改配置库中行权限控制表hotdb_user_row_privilege的方式，为数据库用户增加行控制权限。 修改后需要动态加载生效 可以在3323服务端口执行show hotdb grants for ‘用户名’@‘主机名’查看数据库用户已配置的行控制权限。 select hex(aes_encrypt('SDcrtest',unhex(md5('Hotpu@2013#shanghai#2017'))))查询到keyStorePass值，然后填写C43BD9DDE9C908FEE7683AED7A301E33
35210编辑于 2025-03-10 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(10-9)
配置配置是管理平台为计算节点可视化配置所开发的功能，包括配置数据节点、存储节点、存储节点组、逻辑库、分片规则、表信息、数据库用户、计算节点等参数。同时配套设置了配置参数的校验与备份恢复的辅助功能。 参数说明：组名：输入存储节点组命名连接用户：有权限访问该物理库的用户名连接用户密码：有权限访问该物理库的用户密码物理库名称：存储节点中可引用的数据库名称，例如“db01”备份用户：（选填）用于备份该物理库的用户名备份用户密码
54010编辑于 2024-12-05 - 来自专栏mysql
hhdb数据库介绍(9-6)
数据强一致性（XA事务） 在关系集群数据库系统中，数据被拆分后，同一个事务可能会操作多个数据节点，产生跨库事务。 全局时区 为保证数据的正确性，针对不同存储节点服务器存在设置不同时区，导致数据库中时间类型的数据错误的问题，计算节点 提供对全局时区的支持，包括： 当time_zone参数为具体的相同值或者全为SYSTEM
49410编辑于 2025-03-18
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