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重新认识中性粒细胞
人们逐渐认识到中性粒细胞具有比抗菌反应更多的功能，并且在不同的组织和病理条件下具有不同表型，这表明中性粒细胞确实有未被刻画的异质性。 Microbiol Spectr (2016) 4(4):1–2. doi: 10.1128/microbiolspec.MCHD-0032-2016 然而，像很多细胞类型的名称一样，中性粒细胞命名的故事远没有结束 这些 GMP，根据控制粒细胞集落刺激因子（G-CSF）通过变成成髓细胞来促进中性粒细胞的产生，然后遵循成熟过程包括早幼粒细胞、骨髓细胞、转移幼粒细胞、带状细胞的阶段，最后是成熟的中性粒细胞。 然而，近年来积累的中性粒发现表明，中性粒细胞具有很大的表型异质性和多功能性，这表明中性粒细胞不仅是炎症和免疫反应的重要调节剂。 单细胞技术在中性粒细胞研究中的潜在价值，正在以文章的形式不断发表出来。几篇经常被讨论的文章放在这里，大家有时间可以参考： 1 2 3 参考文献略长，弱阳慵懒的作者就不一一附上了，仅截图以记之。
1.1K20编辑于 2023-02-28 - 来自专栏单细胞天地
重新认识中性粒细胞
人们逐渐认识到中性粒细胞具有比抗菌反应更多的功能，并且在不同的组织和病理条件下具有不同表型，这表明中性粒细胞确实有未被刻画的异质性。 Microbiol Spectr (2016) 4(4):1–2. doi: 10.1128/microbiolspec.MCHD-0032-2016 然而，像很多细胞类型的名称一样，中性粒细胞命名的故事远没有结束 这些 GMP，根据控制粒细胞集落刺激因子（G-CSF）通过变成成髓细胞来促进中性粒细胞的产生，然后遵循成熟过程包括早幼粒细胞、骨髓细胞、转移幼粒细胞、带状细胞的阶段，最后是成熟的中性粒细胞。 然而，近年来积累的中性粒发现表明，中性粒细胞具有很大的表型异质性和多功能性，这表明中性粒细胞不仅是炎症和免疫反应的重要调节剂。 单细胞技术在中性粒细胞研究中的潜在价值，正在以文章的形式不断发表出来。几篇经常被讨论的文章放在这里，大家有时间可以参考： 1 2 3 参考文献略长，弱阳慵懒的作者就不一一附上了，仅截图以记之。
1.2K30编辑于 2023-02-10 - 来自专栏生信菜鸟团
【flowjo】流式笔记：中性粒细胞发育追踪
肿瘤中性粒细胞固然是火，但要是只知其然，不知其所以然，那很多数据（中性粒细胞的异质性）可能就会出现解释不清的情况。 我们今天就对中性粒细胞从骨髓发育到释放入血的整个流式检测进行一个梳理吧~ Ng LG, Liu Z, Kwok I, Ginhoux F. 树状图能够很清晰地看到中性粒的来龙去脉： 接下来我们开始从HSC开始设门找到每一阶段的细胞群体： HSC 谢嘉怡, 王瑨, 赵萌. (2019). 小鼠骨髓造血干细胞流式分析. ,Siglec-F)-Gr1+CD11b+CXCR4hickitintCXCR2- immature Neu ：(Lin,CD115,Siglec-F)Gr1+CD11b+CXCR4locKitloCXCR2 Immunity. 2018;48(2):364-379.e8. doi:10.1016/j.immuni.2018.02.002 以上基本上就能够覆盖中性粒细胞发育的完全阶段啦~
1.1K10编辑于 2024-11-27 - 来自专栏生命科学
中性粒细胞与肿瘤, 正耶? 邪耶?
N1 型中性粒细胞的极化主要由 1 型干扰素 IFNs 介导，N2 型中性粒细胞的极化主要由转化生长因子 TGF-β 介导。这种极化可能是由肿瘤微环境导致的[1]。图 1. 中性粒细胞的抗肿瘤 N1 表型和促肿瘤 N2 表型程[2]。 肿瘤微环境中诱导中性粒细胞极化的因子，极化后的分泌因子，对肿瘤细胞的不同活性以及对 N2 型中性粒细胞极化的抑制剂。 中性粒细胞在白介素 IL ，趋化因子 CXC 配体 CXCL，粒细胞/粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 G-CSF/GM-CSF，转化生长因子 TGF 的介导下，极化为 N2 表型，发挥促肿瘤作用。 中性粒细胞具体的抗肿瘤机制如表 2 所示。表 2. 中性粒准备的抗肿瘤机制。IL-18：白细胞介素-18；FcR：Fc 受体；mAb：单克隆抗体；ADCC：抗体依赖性细胞毒性。 EMT：上皮细胞-间充质转化图 2. 中性粒细胞细胞外陷阱 (NETs) 的促肿瘤机制[3]。
33300编辑于 2024-05-24 - 来自专栏生信菜鸟团
髓外中性粒细胞生成：狡兔三窟？
EMH在人类中最常见的原因是骨髓造血能力的减退或丧失，此外诱发EMH的过程还有：(1) 在脾功能减退期间，增殖性的造血祖细胞被截留在脾脏中；(2)循环中因子水平异常，这些因子具有诱导髓外造血的能力。 更有意思的是，急性炎症期间，胸腺髓系祖细胞竟然也能够产生中性粒细胞,而这一现象还进一步扩展到其他组织。 炎症条件下，粒细胞祖细胞被释放至胸腺、脾脏和肝脏等部位，在局部微环境中增殖并逐渐成熟，这一过程被称为髓外中性粒细胞生成。 进一步研究显示，HSPC归巢到肾上腺后，依赖于经典的CXCR4-CXCL12轴驱动的中性粒细胞发育机制，可形成肾上腺中新生的髓外造血龛。 然而，这些局部产生的中性粒细胞的具体功能和生物学意义仍有待深入探讨。这些研究表明，髓外中性粒细胞生成不仅在脾脏、胸腺和肝脏等组织中发生，还可能在其他组织中通过类似机制得到调控。
24900编辑于 2025-01-22 - 来自专栏生信菜鸟团
围绕中性粒细胞，生信能做什么
但NETs毕竟只是中性粒的表型之一，围绕中性粒细胞，还有没有其他东西可做呢？ 建立了LUAD皮下和正位异种移植肿瘤模型，以及肿瘤相关中性粒细胞（TANs）和A549细胞共培养系统。功能测定评估了IGF2BP2在IGF2BP2抑制剂JX5治疗下的作用。 综合下来发现，这几篇文章竟然都不是围绕中性粒细胞展开生信分析的，只是“捎带脚”得到了与中性粒细胞相关的结果。。。 揭示了基于中性粒细胞相关基因的不同胃癌亚型，其中一种亚型显示中性粒细胞浸润增加，预后较差。单细胞分析揭示了肿瘤微环境中与中性粒细胞相关的细胞组成、基因表达谱和细胞间通讯的改变。 这项全面的研究为中性粒细胞、肿瘤微环境、微生物群、胃癌细胞的抗药性和中性粒细胞之间复杂的相互作用提供了新的见解。
32810编辑于 2025-02-18 - 来自专栏生信菜鸟团
荷瘤环境下【中性粒细胞】：我黑化了？
中性粒细胞产生速率高(l x l 0 ^7个／分 钟），但存活期短（约为 2 - 3 天）。 这样看来，中性粒细胞的确是守护机体免于“外敌”入侵的忠诚卫士。 通过对 Ly6G、CD101 和 dcTRAIL-R1 的染色，分别识别出 T1、T2 和 T3 中性粒细胞 Subtype Markers T1 Ly6G+ CD101– dcTRAIL-R1– T2 在肿瘤中，未成熟的 T1（dcTRAIL-R1 阴性，CD101 阴性）和成熟的 T2（dcTRAIL-R1 阴性，CD101 阳性）细胞会产生终末分化的 T3 中性粒细胞群，它们处于中间成熟状态，其特点是表达 循环中未成熟和成熟的小鼠中性粒细胞可进入肿瘤，分别成为 T1和 T2中性粒细胞。这些浸润的中性粒细胞可被肿瘤核心的缺氧和糖酵解龛进一步重编程为 T3 中性粒细胞。 与 T1 和 T2 亚群相比，T3 亚群表达更高的 Vegfa 并促进血管生成以支持肿瘤生长。与之相反，成功的免疫疗法可以扩增Sellhi Siglecflo 小鼠中性粒细胞，这对肿瘤控制至关重要。
41010编辑于 2024-05-30 - 来自专栏生信菜鸟团
单细胞测序解锁牙周炎中性粒细胞调控网络
长期以来，中性粒细胞过度激活被认为是牙周病变的核心，但具体调控机制始终是未解之谜。 关键对比发现：牙周炎组中，中性粒细胞、B 细胞、浆细胞显著富集（中性粒细胞增幅最明显），而基质细胞、上皮细胞和肥大细胞数量减少，直接证实中性粒细胞在牙周炎症中的核心地位。 ◆ 2. 中性粒细胞 “四大家族”：NrNeu 亚群浮出水面 通过异质性分析，研究人员将中性粒细胞细分为 4 个功能亚群： • N0（NrNeu）：NETs 相关亚群，高表达 FCGR3B、SLC2A3 等基因， 差异分析与功能富集 • 差异基因筛选：使用 Seurat 包的 FindMarkers 函数，以 adjusted P <0.05、|log2FC|> 0.5 为标准，筛选健康组与牙周炎组、不同中性粒细胞亚群间的差异表达基因 构建依据：基于 NETs（中性粒细胞胞外陷阱）促进牙周炎病理进程的特性，以 NETs 相关基因（NrGs）为基础，构建牙周炎预测模型。 2.
34710编辑于 2025-11-19 - 来自专栏生信菜鸟团
中性粒细胞的“核”秘密：loop-extrusion
这是我的中性粒细胞吗还？——查过资料以后，发现这确实是（环形核）中性粒细胞。 “环形核中性粒细胞”（toroidal nuclear neutrophils）是近年来在某些病理状态或特殊免疫环境中观察到的一类非典型形态中性粒细胞，其最显著特征是其细胞核呈现环形（toroid，圆环状或甜甜圈状 项目 特征描述 核形态 呈现完整环状或圆环状（toroid），类似甜甜圈结构 染色 DAPI、Hoechst 等染核染料下清晰可见中心空腔 细胞表面标志物 通常仍表达 LY6G、CD11b、CXCR2 等中性粒细胞典型标志 观察方式 高分辨率共聚焦显微镜或3D图像堆叠可清晰识别核环结构 区分于 带状核（带形、U形）、分叶核（2–5叶）、碎片核（坏死）、杆状核等 在“Deterministic reprogramming 那么中性粒细胞核为啥能变化这么多形态呢？ 中性粒细胞以其多叶核（polymorphonuclear）形态著称，这种结构赋予其在狭窄组织间隙中高效迁移的能力。
53500编辑于 2025-05-01 - 来自专栏生信菜鸟团
数据挖掘之中性粒细胞胞外陷阱相关预后模型
在炎症刺激的响应下，中性粒细胞从循环血液迁移至感染组织，在那里它们能够高效地结合、吞噬并灭活细菌。被吞噬的细菌会迅速被蛋白水解酶、抗菌蛋白和活性氧杀死。 此外，中性粒细胞还会脱颗粒，将抗菌因子释放到细胞外环境。 当中性粒细胞受到细胞因子或细菌内毒素的刺激时，会产生一种由DNA、组蛋白以及诸如弹性蛋白酶等颗粒蛋白组成的细胞外纤维网。 它们被称为中性粒细胞胞外陷阱（NETs），能够结合革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌，并展现出杀菌活性。 中性粒细胞胞外诱捕网(neutrophil extracellular traps，NET) 是由激活的中性粒细胞形成、以DNA为骨架并镶嵌多种活性蛋白的细胞外网状结构。 然而，随着中性粒细胞在肿瘤领域的研究逐渐深入，研究人员发现NETs并非纯粹的“好东西”。它和它的主人一样，在不同环境下充当了不同的角色。
59910编辑于 2025-02-05 - 来自专栏生信技能树
热点基因集：中性粒细胞相关genes signatures分享
里面提到的与中性粒细胞相关的两个基因集。 Neutrophil 基因集介绍 这几个基因集是做这通过对bulk RNA-seq数据进行解卷积，得到的。在文献中的应用就是下面的图片中的各种打分了。 TRN signature：tissue-resident neutrophil，组织驻留型中性粒细胞，特指那些长期驻留（而不仅仅是募集）在特定组织（如肿瘤组织、黏膜组织等）中的中性粒细胞亚群。 NANs signature：normal adjacent tissue-associated neutrophils，癌旁正常组织相关中性粒细胞 TANs signature：tumor-associated neutrophils，肿瘤相关中性粒细胞 这些TRN特征基因的表达在不同的TRN亚群中具有异质性（图6H） TRN基因特征与抗PD-L1治疗失败相关（图6I） TRN特征的预后效益在抗PD-L1治疗组中显著 , "CYP4F3", "DDIT3", "ERGIC1", "FLOT1", "FLOT2", "FRAT2", "HIF1A", "IRAK2", "LRP10", "MAFF
26110编辑于 2025-11-20 - 来自专栏单细胞天地
“成熟”：中性粒细胞命运的十字路口？
——from kimi 这说明成熟的中性粒细胞具有良好的吞噬活性，可以有效减少细菌感染。 既然有成熟的中性粒细胞，那么不成熟的中性粒细胞呢？ 成熟的中性粒细胞和不成熟的中性粒细胞分别充当什么角色？ 即CXCL12(SDF-1a)/CXCR4水平下降，CXCR2及其配体水平上升 Neutrophil mobilization and clearance in the bone marrow 成熟中性粒细胞 这些细胞在骨髓中不表达CXCR2，通常不出现在血液循环中，但在炎症刺激下可以被动员到血液循环并被招募到炎症部位。 在脂多糖挑战诱导骨髓中性粒细胞产生的情况下，CD11c 缺乏会使未成熟的中性粒细胞释放到血液循环中，同时前中性粒细胞会显著增殖和凋亡。 尽管目前对于成熟与不成熟中性粒细胞的“好坏”尚未得到一致性结论，但多数研究还是倾向于认为不成熟中性粒细胞更容易被重编程为“坏”表型： 在新冠中，不成熟中性粒细胞高表达TOP2A、ATF4和JDP2，这些转录因子通常在未分化的细胞或正在进行核重新编程的细胞中活跃
85510编辑于 2024-06-25 - 来自专栏生信菜鸟团
脾脏中性粒细胞：给感染踩了刹车还是油门？
以往对于中性粒细胞的发育和分化通常聚焦于骨髓，但是随着对于中性粒细胞免疫抑制表型研究的深入，脾脏成为了骨髓以外的另一个焦点。 研究表明，在某些炎症条件下，Siglec-F+中性粒细胞可能发挥免疫抑制作用。 2. 「研究目的」 文章旨在探讨Siglec-F+中性粒细胞在急性感染后如何影响宿主的免疫反应，特别是它们在诱导免疫抑制方面的作用。 3. 「主要发现」 「Siglec-F+中性粒细胞的增殖」：急性感染后，脾脏中Siglec-F+中性粒细胞的数量显著增加。 「中性粒细胞的角色」：中性粒细胞是先天免疫的重要组成部分，负责对感染的初步反应。它们能释放细胞因子和酶来杀灭病原体，但其过度活化也可能导致自身组织损伤。 2.
60610编辑于 2024-11-23 - 来自专栏生信菜鸟团
解码中性粒细胞“铁死亡”：生信分析的多维视角
中性粒细胞与铁死亡的关联 中性粒细胞是一种重要的免疫细胞，在肿瘤微环境中可以演变为促肿瘤的N2型肿瘤相关中性粒细胞（TANs）。 2. 铁死亡在肿瘤中的双重作用 铁死亡是一种由铁催化的脂质过氧化引起的程序性细胞死亡方式。 最新研究进展 肿瘤中性粒细胞的铁死亡与免疫抑制：研究发现，肿瘤微环境中的中性粒细胞（PMN-MDSCs）对铁死亡特别敏感。 揭示肿瘤内中性粒细胞（HBT）、肿瘤周围组织中性粒细胞（HBPT）和外周血中性粒细胞（HBPB）之间的基因表达差异，特别是铁死亡相关基因特征。 基因表达差异分析： HBT vs. HBPT：2,018个上调基因和2,295个下调基因（ 。 通过主成分分析（PCA），HBT、HBPT和HBPB中性粒细胞在基因表达上表现出明显的区分。
51910编辑于 2025-02-19 - 来自专栏生信技能树
脓毒症小鼠模型单细胞（中性粒细胞这么就丢了呢）
首先呢， 研究团队做单细胞转录组的时候，筛选了免疫细胞，所以降维聚类分群后主要是免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群： 主要是免疫细胞亚群 getwd() 然后就是合理的生物学命名了 前面强调了研究团队做单细胞转录组的时候，筛选了免疫细胞，所以降维聚类分群后主要是免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞 内皮细胞和成纤维细胞占比还不少 另外值得一提的是文章里面的单核细胞和中性粒细胞也是泾渭分明，但是在我的复现里面没有体现出来。毕竟是数据分析的每个环节都有大量的参数是可以调整的。。。 首先，有可能是单细胞转录组前面的质量控制环节，因为仅仅是写公众号，所以我通常是使用了默认过滤参数，而中性粒细胞它本身很容易被过滤掉。。。。 所以我使用了去年的笔记：在你的髓系里面加上中性粒吧，看了看里面的基因在这个数据集的情况： 髓系基因 现在有点难判断了。
66610编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信技能树
中性粒细胞的质量值到底是多低呢？
今天来学习曾老板发布在群里的第6个写作任务： 【写作任务6】，中性粒细胞的质量值到底是多低？ ct=fread( 'GSE207422_RAW/GSE207422_NSCLC_scRNAseq_UMI_matrix.txt.gz', data.table = F) 中性粒细胞这两年的热度实在是太高了 Neutrophil profiling illuminates anti-tumor antigen-presenting potency》 今天来看看一篇文献中使用BD单细胞测序技术，鉴定到的一大群中性粒细胞 多一点对中性粒细胞的实际认知~ 数据背景 数据来自GEO数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi? 文章的数据实验设计和取样情况如下： 鉴定到的细胞群如下，里面就有好大一群中性粒细胞： 总体来说就是15个样本，治疗前3个，治疗后12个。
32800编辑于 2025-04-11 - 来自专栏生信菜鸟团
【文章荐读】：中性粒细胞图谱揭示抗肿瘤抗原递呈效力
github.com/wu-yc/scProgram (https://doi.org/10.5281/zenodo.10531218) 可以直接对照原文的图跑，对于想上手练习的小伙伴非常友好~ 在文末，作者还提供了中性粒细胞相关的多个数据集
23810编辑于 2024-06-27 - 来自专栏生信菜鸟团
【新的合辑】单细胞测序时代的中性粒细胞
接下来的时间里，我会专注于单细胞测序中性粒细胞的文献梳理（前几期会通过综述分享先引入中性粒细胞的“前世今生”），大家有关于MR的问题也欢迎继续在后台q我，我会尽力解答~ 以下是后续新的专辑的目录大纲，也非常诚挚地希望大家对这个专辑的方向或者内容提供更多的建议和指导 —— 顶刊推荐，带你走近中性粒细胞 中性粒细胞的前世今生 The Neutrophil The Neutrophil Life Cycle Heterogeneity of neutrophils 中性粒细胞不中立 consensus statement Neutrophils in cancer: neutral no more Neutrophils in chronic inflammatory diseases 聚焦肿瘤，中性粒细胞正邪难辨 therapy Made to order: emergency myelopoiesis and demand-adapted innate immune cell production 单细胞时代，揭开中性粒细胞神秘面纱 本章节以单细胞文献复现为主，每个小节5-7篇文献，如果有新的文献出来也会加更 正常状态下 感染与稳态 肿瘤 其他 题外话：肿瘤以外，中性粒细胞与其他疾病的恩怨情仇 本章节看看结合孟德尔随机化方法以后的中性粒细胞
39410编辑于 2024-05-11 - 来自专栏生信菜鸟团
慢性病毒性肝炎（二）中性粒细胞亚群细分策略
书接上回，继续对中性粒细胞亚群进行细分—— 这回主要看看作者提出中性粒细胞以后干了些啥~ 高表达基因展示(热图与堆叠小提琴图) C4看起来不像中性粒细胞呀，其中RPL5、RPS12、RPL13、RPL4 、RPL10和RPL23A都是核糖体相关蛋白而非中性粒细胞特异性marker，此外HLA-DPA1、HLA-DPB1和HLA-DRA都是MHC-II型基因，似乎不表达于中性粒细胞？ Nature 625, 377–384 (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-023-06816-9 浸润分数 成熟状态评估 做中性粒细胞基本抛不开中性粒细胞“成不成熟 Immunity 2020;53:303–318.e5. [2] Ng LG, Ostuni R, Hidalgo A. Heterogeneity of neutrophils.
23210编辑于 2024-06-13 - 来自专栏生信菜鸟团
中性粒细胞减少的再思考：从感染防控到肿瘤免疫调控
很多化疗药物都会对骨髓造血产生直接的影响导致骨髓抑制，其中中性粒细胞作为白细胞的主力军备受关注。 「临床治疗中断或剂量调整」 中性粒细胞减少可能迫使医生延迟下一个化疗周期或降低剂量，影响疗效。 「患者生活质量下降」 发热性中性粒细胞减少常伴发烧、住院、抗生素治疗，负担加重。 近年来，关于中性粒细胞在肿瘤发生发展中的多重功能研究不断深入。 「避免“促肿瘤”中性粒细胞积聚」 肿瘤微环境中某些中性粒细胞（如N2型、TANs）可「促进肿瘤生长、转移和免疫逃逸」。 TAN、PMN-MDSC 这些“新变量”正在揭示中性粒细胞的多面角色。
34310编辑于 2025-05-15
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