NLTK语句的基因组表示

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python、nltk、genetic-algorithm、context-free-grammar

给定NLTK语法，我如何使用整数数组来表示句子？from nltk import CFG from nltk.parse.generate import genera

浏览 34提问于2021-03-03得票数 0

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最近，我正在研究一个基因组数据集，它由许多基因组块组成。在以前关于自然语言处理的工作中，我使用了来自nltk的sent_tokenize和word_tokenize来标记句子和单词。但是当我在基因组数据集上使用这些功能时，它不能正确地标记基因组。下面的文字显示了基因组数据集的某些部分。，每一行文本(例如tattattatacacaatcccggggcgttctatatagttatgtataatgtat )都会成为一个不正确的<

浏览 10提问于2022-11-30得票数 3

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为特定的数据组织构建堆叠条形图

r、ggplot2、bar-chart、data-visualization、bioinformatics

我想构建一个堆叠的条形图，x轴代表基因组(或仅仅是有机体)的数量，y轴代表基因组的确切数量中出现的基因簇的数量。因为我知道这些基因来自哪些有机体，我希望每个条形图都能显示每个基因组在构建这个条形图中的影响。； 2)第二列表示聚类中的基因数量； 3)列3-5代表来自不同基因组的基因的具体名称； "*“表示该基因组

浏览 17提问于2019-05-20得票数 0

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“语法进化”中的密码子是如何解读的:它们是滑动的窗口，还是用块完成的？

genetic-algorithm

我正在读奥尼尔和瑞恩的报纸，他们说：所以我只想确定，两个连续的密码子是位1-8，然后是9-16，对吗？

浏览 2提问于2017-06-29得票数 0

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进化算法的规模？

evolutionary-algorithm

我有一个关于进化算法“大小”的一般问题。每个EA可以根据它们的个体大小(染色体长度)、它们的种群大小或适应度评估的数量(e.q代数)进行调整。我想，这些衡量标准取决于问题本身。但我想知道，对于特定的进化算法，是否有已知的最大(种群/个体/世代)大小？还是取决于搜索空间和计算能力？

浏览 3提问于2015-05-26得票数 1

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基因创新在整洁实施中的应用

machine-learning、neural-network、genetic-algorithms

在NEAT (通过增强拓扑的神经进化)算法描述中，为每个基因分配一个新息数，例如id，这样基因组就可以有意义地交叉:具有相应创新数的基因被对齐，然后进行交叉。这个创新数字是全球范围内唯一不同的基因吗？这意味着每个基因组都有自己的计数器，还是所有基因组都有一个独特的计数器？

浏览 0提问于2018-01-30得票数 1

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根据基因组坐标对R数据帧进行分组，以绘制每个碱基的平均覆盖率

我想沿着不同的样本绘制基因组学区域每个碱基的平均覆盖率:我想绘制每个基因组在x轴上的位置，以及它在y轴上的平均覆盖率。12:36761802-36761810 28.7512:36761803-36761806 30 正如您所看到的

浏览 0提问于2020-03-23得票数 0

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将二进制字符串转换为数学表达式

math、artificial-intelligence、genetic-algorithm

我最近一直在试验遗传算法，现在我想从基因组中构建数学表达式(为了简单起见，它是为了找到一个与特定结果相匹配的表达式)。我有由以字节表示的基因组成的基因组，一个基因组可以是这样的：{12,127，82，35，95,223，85，4,213,228}。长度是预先定义的(尽管它必须落在某个范围内)，它采用的形式也不是。现在，例如，当索引2下的条目表示'(‘时，

浏览 0提问于2010-12-03得票数 1

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使用nltk.download()下载错误

python、python-2.7、ubuntu、nltk、spyder

我正在使用Python实验NLTK包。我尝试使用nltk.download()下载NLTK。我收到了这样的错误信息。如何解决这个问题？谢谢。 

浏览 1提问于2014-12-26得票数 21

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如何修改GenBank记录的顺序？

python、sequence、biopython、genome

我想要做的是在基因组文件中将GenBank记录的所有非假定序列都用小写字母表示。end = feature.location.nofuzzy_end现在我有了基因组中序列的开始和结束位置但是我如何修改基因组文件呢？gb_record.seq[start:end].lo

浏览 0提问于2012-03-12得票数 0

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当我试图导入时，NLTK* ngram不起作用。*

python、nltk

我似乎找不出为什么ngram在运行时不导入的原因：我不断地发现错误： grams = nltk.util.ngrams

浏览 2提问于2017-05-03得票数 0

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从nltk导入WhitespaceTokenizer会给出ImportError:没有名为nltk的模块

python、nltk

我正在尝试使用Python nltk对字符串中的单词进行标记化，并且我需要导入以下模块：from nltk import WordPunctTokenizer但是它无法导入这些模块：我可以import nltk，也可以通过dir(nltk)向我展示两个模块: WhitespaceTokenizer我使用

浏览 1提问于2012-04-28得票数 0

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基于支持向量机的命名实体特征选择

python、nltk、svm、named-entity-recognition

我有一些用户评论数据，我想从其中找到消费电子品牌的名称。例如，考虑这些谈论"PS4"，“Nokia720 lumia”，"apple ipad"，"sony bravia“的ne_chinked例句： In [52]: nltk.ne_chunk(nltk.pos_tag(nltk.pos_tag(nltk.word_tokenize('I couldnt find the nokia 720 lumia in stores&#

浏览 3提问于2014-11-29得票数 3

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如何用Vegan绘制R中的稀疏曲线？

r、curve、vegan

我有一个包含不同参考基因组中的基因的数据集。因此，参考基因组在行中，基因在表的列中。该表编码为二进制，其中0表示该基因缺失，而1表示该基因存在。我做了基因积累曲线，这表明每个基因组的基因数接近一个平台。gene3#genome2 1 0 1但是，使用这段代码我没有得到任何令人满意的输出

浏览 1提问于2021-06-06得票数 0

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从PDF -Tokenize TypeError中提取文本

python、pdf、extract

当我打印(文本)时，我从我想要提取的PDF中获取文本，尽管格式有点奇怪。然而，文本等只包含数字.？word_tokenize(text,'english',False)]文件"scrapePort.py"，第15行，以记号= word_tokenize (文本)文件第143行，在word_tokenize语句/tokenize/punkt.py"，第1323行中，在sentences_from_text返回中[文本:e表示s，e在self.span_tokeni

浏览 2提问于2019-01-22得票数 1

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在Google Cloud Function中包含NLTK

python、google-cloud-platform、google-cloud-functions、nltk

我正在尝试从python的NLTK库中部署一个带有lemmatization和tokenizer的google云函数。在requirement.txt中唯一可以提到的是nltk。首先，我使用以下命令将整个虚拟环境的依赖项移动到名为lib的目录中 pip install -t lib nltk 然后我在lib目录中创建了__init__.py文件。并将我的所有import语句更改为从lib导入。但是，当使用lib目录中

浏览 38提问于2019-10-06得票数 1

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如何通过Python Idle 3.8.6在windows 10 64位上安装nltk语料库？

python、nltk

我试图通过python shell安装nltk corpora，但是当我执行这个命令>>> import nltk时，它给出了这个错误消息。Traceback (most recent call last): import nltk ModuleNotFoundError: No module named 'nltk' 以下是我遵循的

浏览 23提问于2020-11-08得票数 0

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如何从python中的斯坦福解析数据中轻松地绘制解析树？

python、parsing、nlp、parse-tree

所以我有一个斯坦福式的英语句子分析：Parse: [S [NP There_EX NP] [VP is_VBZ [NP [NP a_DTtree_NN NP] [PP behind_IN [NP a_DT car_NN NP] PP] NP] VP] S] 我想使用python中的一些树绘制方法从数据中绘制解析树。是否有一种简单的方法可以使用解析表示来用python绘制树，或者我是否应该以某种方式更改表示

浏览 3提问于2015-06-24得票数 3

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无法在蒙特卡洛中模拟足够极端的值

python、statistics、montecarlo

我有一个包含576个感兴趣的基因及其指定的功能类别的生物学数据库。我还为我正在工作的物种的基因组中的所有基因分配了功能类别。这允许我建立一个加权的，随机的绘图，我可以从基因组中挑选576个基因/功能分配，并查看各种功能类别的分布情况。为了提供上下文，功能类别(让我们使用"A")代表了14%的基因组和28%的感兴趣的基因。我模拟

浏览 13提问于2019-05-25得票数 0

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如何根据它们的身份和位置将基因分组，蟒蛇

python

我有一份包含不同基因组基因的文件。基因由NZ_CP019047.1_2993表示，基因组由NZ_CP019047表示，它们如下所示：NZ_CP019047.1_2994 NZ_CP019047.1_3001KE699235.1_379 KE699235.1_1001 我要做的是对基因组中<e

浏览 1提问于2021-02-05得票数 0

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