如何在Nextflow中运行Python脚本

Question

我是Nextflow的新手，我尝试在Nextflow中运行Python脚本。因此，我将Python脚本存储在与Nextflow Pipeline相同的文件夹中，并尝试运行它，但总是收到这个错误：.command.sh: line 2: ./example.py: No such file or directory。有没有人遇到过同样的问题并有能力解决它？

我的进程如下所示：

#!/usr/bin/env nextflow

input_ch = Channel.fromPath('data/*.txt')

process foo {

    input:
    file x from input_ch

    output:
    file "$x" into outputt_ch

    """
    ./example.py ${x}
    """

}

附言:我的Python脚本可以从终端执行！

提前谢谢你！

Answer 1

Nextflow在单独的工作目录中运行每个任务。因此，./example.py不会工作。您必须使用example.py并通过系统PATH访问该脚本，或者将其复制到项目bin/目录中。

Answer 2

另一种解决方案是使用projectDir变量。例如,

#!/usr/bin/env nextflow

input_ch = Channel.fromPath('data/*.txt')
project_dir = projectDir

process foo {

    input:
    file x from input_ch

    output:
    file "$x" into outputt_ch

    """
    python $project_dir/example.py ${x}
    """

}