使用os.system和snakemake.shell的区别

Question

我对snakemake还是个新手，所以我仍然很难将shell命令和python代码结合起来。

我的解决方案是生成脚本文件，然后在此脚本中执行shell命令。

调用snakemake.shell和os.system来执行命令行有什么机械上的区别吗？

示例：

sample = ["SRR12845350"]
rule prefetch:
  input:
    "results/Metadata/{sample}.json"
  output:
    "results/SRA/{sample}.sra
  params:
    "prefetch %s -o %s"
  script:
    "scripts/prefetch.py"

prefetch.py是：

from json import load
from snakemake import shell
from os import system

json_file = snakemake.input[0]
prefetch  = snakemake.params[0]
sra_file  = snakemake.output[0]

json    = load(open(json_file))
sra_run = json["RUN_accession"]

shell(prefetch %(sra_run, sra_file))  # option 1
system(prefetch %(sra_run, sra_file))  # option 2

Answer 1

shell只是一个辅助函数，它使得从snakemake调用命令行参数变得更容易。学习snakemake可能会让人不知所措，而学习Python的os.system和subprocess的复杂细节是不必要的。snakemake shell命令执行一些健全性检查，设置一些环境变量，例如命令可以使用的线程数和其他一些“小”东西，但under the hood只是对您的命令调用subprocess.Popen。这两个选项都应该有效，但由于您正在编写一个snakemake包装器，所以使用shell可能会稍好一些，因为它是为在snakemake中使用而设计的。