在一个图中使用geom_point和geom_pointrange时，如何维护因子顺序？

Question

编辑:添加了小df。

我有一个名为benthic_data的小型数据集，其中包含一些底栖无脊椎动物索引(下面只包含一个指标)。

Site <- c('S-7','S-7','S-7','S-7','S-7','S-27','S-27','S-27','S-27','S-27')
Sample <- c('S-7-1','S-7-2','S-7-3','S-7-4','S-7-5','S-27-1','S-27-2','S-27-3','S-27-4','S-27-5')
Abundance <- c(310, 316, 361,317, 321,108, 173, 189, 229, 210)

benthic_data <- data.frame(Site, Sample, Abundance)

我已经将样本数据作为一个因素，并希望为每个样本生成一个点，然后是每个站点的平均值(带有标准偏差胡须)。

benthic_data$Sample = factor(benthic_data$Sample, levels=c('S-7-1', 'S-7-2','S-7-3','S-7-4','S-7-5','S-27-1','S-27-2','S-27-3','S-27-4', 'S-27-5'))

站点及其各自的丰度值的基本图可以很好地工作(稍后我将使该图更漂亮)：

ggplot(benthic_data, aes(x=Sample, y=Abundance, fill=Site))+
    geom_point(data = benthic_data, size = 4.0, colour="black", shape=21, show.legend = F)+
  scale_fill_manual(values = c("darkgreen", "orangered3"))

​

​

为了计算每个站点的平均值和SD，我使用了以下代码来尝试和因子每个站点，我还希望每个站点的平均值/sd点分别标记为S-7平均值和S-27平均值。

benthic_summary<- as.data.frame(benthic_data) %>% 
  group_by(Site) %>% 
  summarize(mean=mean(Abundance, na.rm=T),
            sd=sd(Abundance, na.rm=T))

 benthic_summary$Site = revalue(benthic_summary$Site, c("S-7" = "S-7 Mean","S-27"="S-27 Mean"))
 benthic_summary$Site <- factor(benthic_summary$Site, levels= c("S-7 Mean","S-27 Mean"))

现在，为了组合每个站点的5个点加上每个站点的平均值/sd，我使用了带有以下代码的geom_pointrange，但我在scale_fill_manual中添加了两种更多的颜色，因为我收到了这个错误消息:错误:手动刻度中的值不足。需要4个，但只提供了2个。

所以，这段代码工作得很好，除了，我需要先有S-7样本(它是一个上游站点)，然后是S-27样本，图例不能反映正确的站点颜色。

站点S-7应为绿色，站点S-27应为橙色。

AEMP_cols=c("darkgreen", "orangered3")

ggplot(benthic_data, aes(x=Sample, y=Abundance, fill=Site))+
    geom_point(data = benthic_data, size = 4.0, colour="black", shape=21, show.legend = F)+
  scale_fill_manual(values = c("darkgreen","darkgreen", "orangered3", "orangered3"))+
    geom_pointrange(data = benthic_summary, aes(x = Site, y=mean, ymin=mean-sd, ymax=mean+sd), colour = AEMP_cols, size =1, shape = 15) 

​

​

因此，我想帮助弄清楚如何确保样本(点)在x轴上的顺序是: S-7-1，S-7-2……S-7-5，S7平均值，然后是S-27-1，S-27-2....S-27-5，S-27平均值。与上面创建的代码类似，但首先是S-7站点示例，然后是S-27示例。

我可以很容易地为其他索引重新创建代码，所以我现在只是从丰富开始。

任何帮助都将不胜感激。谢谢。

Answer 1

你在找这样的东西吗？

我首先用计算出的每个站点的平均值生成第二个数据帧，然后将其添加为原始数据集的附加行。我重新组织了因子样本和站点的级别。我最终使用geom_point和geom_errorbar将它传递到了ggplot中

library(dplyr)
library(ggplot2)

Mean_DF <- benthic_data %>% 
  group_by(Site) %>% 
  summarise(Mean = mean(Abundance), SD = sd(Abundance)) %>%
  mutate(Sample = c("S-27-Mean","S-7-Mean")) %>% rename(Abundance = Mean)

benthic_data %>% select(Site, Sample, Abundance) %>% bind_rows(., Mean_DF) %>%
  mutate(Site = factor(Site, levels = c("S-7","S-27"))) %>%
  mutate(Sample = factor(Sample, levels=c('S-7-1', 'S-7-2','S-7-3','S-7-4','S-7-5','S-7-Mean','S-27-1','S-27-2','S-27-3','S-27-4', 'S-27-5','S-27-Mean'))) %>%
  ggplot(aes(x = Sample, y = Abundance, color = Site))+
  geom_point()+
  geom_errorbar(aes(ymin = Abundance-SD, ymax = Abundance+SD), width = 0.2)+
  scale_color_manual(values = c("darkgreen", "orangered3"))

​

​