Snakemake:你能扩展两个因变量吗？

Question

我在运行一份基因和标记列表的关联。我有一个基因genes = ['gene1', 'gene2', ...]列表和一个字典，其中关键字是基因名称，值是我想要与该基因关联的标记列表，即markers = {'gene1': ['marker1.1', 'marker1.2', ...], 'gene2': ['marker2.1', 'marker2.2', ...], ...}。我有一个规则，可以输出给定基因和标记的文件gene/assoc/marker。

有没有可能同时对genes列表和markers字典进行扩展，从而使正在扩展的基因作为进入字典的关键字？类似于下面的内容：

markers = {
    'gene1': ['marker1.1', 'marker1.2', ...],
    'gene2': ['marker2.1', 'marker2.2', ...],
    ...
}
genes = markers.keys()

rule all:
    input:
        expand('{gene}/assoc/{marker}', gene=genes, marker=markers[current_gene])

Answer 1

您可以提前使用expand：

gimme_files = []
for marker in markers:
    _gimme_per_marker = expand('{gene}/assoc/{marker}', gene=marker, marker=markers[marker])
    gimme_files.extend(_gimme_per_marker)

rule all:
    input:
        gimme_files