emcee EnsembleSampler对象没有get_chain属性

Question

我在使用get_chain()方法访问从emcee生成的值时遇到问题。我的代码如下：

import numpy as np
import emcee
def log_prob(x): return -np.sum(x**2)
p0 = np.array(np.random.randn(12, 1))
sampler = emcee.EnsembleSampler(12, 1, log_prob)
sampler.run_mcmc(p0, 1000)
samples = sampler.get_chain()

当我运行此命令时，我收到消息AttributeError: 'EnsembleSampler' object has no attribute 'get_chain'，但我不确定为什么。我在网上读到get_chain()方法只是在较新版本的emcee中添加的，需要从GitHub下载。如果这就是问题所在，我如何从GitHub下载它并确保它仍然可以与蟒蛇一起使用(我是Python/GitHub的新手，我不太熟悉如何做到这一点)？

任何帮助都将不胜感激！谢谢!

Answer 1

正如您所怀疑的，这可能是由于安装了旧版本的emcee。您可以使用检查安装的版本

emcee.__version__

在相当长的一段时间里，emcee 3只是一个候选版本(而不是官方版本)，因此你可以从你读到的博客文章中得到建议。虽然它已经发布了，但这篇文章可能至少有一年的历史了。您应该能够更新到最新的emcee并使用pip修复问题

pip install -U emcee

或者使用conda (它看起来就像您正在使用的)。

conda install -c conda-forge emcee

在其conda forge page上查看有关使用conda安装emcee的更多详细信息