在ImageJ的python中创建多栈(例如，12色) tiff图像

Question

我有一个维数为(5000,5000，12)的数组，表示X，Y和颜色。它已经是dtype=uint16了。

我想从这个数组创建一个tiff堆栈，这样我就可以将它加载到ImageJ中。到目前为止我的方法是：

skimage.io.imsave(
   'Top4cores.tif', full_small_image,
    bigtiff=True, imagej=True, resolution=(1, 1),
    metadata={'spacing': 1, 'unit': 'um', 'axes': 'XYC'},photometric='minisblack')

不幸的是，这会创建一个带有以下内容的图像：

SizeC = 5000
SizeT = 1
SizeX = 18
SizeY = 5000
SizeZ = 1

如何确保我的图像具有正确的坐标？我是否必须导出单个图像，然后将其堆叠起来？

Answer 1

skimage.io.imsave在幕后使用tifffile。最近的版本提高了builtins.ValueError: ImageJ hyperstack axes must be in TZCYXS order。要修复此错误，请更新tifffile，反转数组的维数，并使用axes='CYX'

tifffile.imwrite(
    'Top4cores.tif',
    full_small_image.transpose(),
    imagej=True,
    resolution=(1, 1),
    photometric='minisblack',
    metadata={'spacing': 1, 'unit': 'um', 'axes': 'CYX'}
)