条形图中的拆分组

Question

我有一个数据帧，其中的值对应于两个单独的组，随着时间的推移进行评估。模拟数据如下：

Gene Name. Sample S1. Sample S2. Sample S3. Sample R1. Sample R2. Sample R3.
Gene 1         4          5          3          3          39        44
Gene 2         4         100        33          3          32        14

我融化了我的数据帧，并使用summarySE函数编译了摘要统计数据。然后我使用以下脚本绘制了我的数据：

plot = ggplot(tgastats2, aes(x=Gene Name, y=value, fill=Sample)) 
  + geom_bar(position=position_dodge(), stat="identity") +
  + geom_errorbar(aes(ymin=value-se, ymax=value+se),
                  + width=.2,
                  + position=position_dodge(.9))

我想要做的是将S1-3的值组合在一起，并将R1-3的值绘制在同一张图上，间隔一定的空间。任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

以下是可重现的数据：

df <- data.frame(
  Gene_name=c('Gene 1', 'Gene 2'),
  Sample.S1=c(4,4), Sample.S2=c(5,100), Sample.S3=c(3,33),
  Sample.R1=c(3,3), Sample.R2=c(39,32), Sample.R3=c(44,14)
)

现在，来看一个解决方案。正如您所指出的，我们需要“融化”数据集。我更喜欢使用dplyr中的gather()，但melt()的工作方式与此类似：

df1 <- df %>% gather(key='Sample', value='value', -Gene_name)

为了让ggplot2知道您希望以您指定的方式对数据进行分组，您需要对数据进行分类。R和ggplot不够聪明，无法理解S1、S2和S3属于一起，所以您必须告诉R如何做到这一点。分离和分类的方法可能有很多种。如果没有看到你实际的熔化的df，tgastats2，我不得不假设它和上面的例子很相似。我将使用所有样本R1-R3都包含大写"R“的事实，而其他样本不包含大写”R“：

df1$my_group <- ifelse(grepl('R',df1$Sample),'R','S')

然后，您可以绘制：

ggplot(df1, aes(x=Gene_name, y=value, fill=my_group)) +
  geom_col(position='dodge', color='black')

​

​

嗯..。看起来不太对劲。到底怎么回事？好的，ggplot是基于df1$my_group进行分离的，但是每个组中有3个值。除了fill=美学之外，您还可以通过使用group=美学将它们分离出来，ggplot将把它们完全分离出来：

ggplot(df1, aes(x=Gene_name, y=value, fill=my_group, group=Sample)) +
  geom_col(position='dodge', color='black')

​

​