如果不使用主目录，SRAtoolkit将无法工作

Question

我正在使用NCBI的SRAtoolkit 2.11.0 mac64。我刚刚使用vdb-config -i成功地配置了工具包，但是如果我没有在bins文件中工作，则无法访问任何命令，在每个命令之前使用./。当然，这会覆盖我预先建立的文件路径，转储序列读取的内容，并将它们存放到bin文件中。

如果不经常使用./，如何使用SRAtoolkit？

谢谢你

Answer 1

如果有人有同样的问题，这里是我的解决方案。我使用了bioinfokit (pip install bioinfokit)。我的命令顺序如下：

export PATH=$PATH:/filepath/sratoolkit.2.11.0-mac64/bin
source nucelotide_venv/bin/activate
python
from bioinfokit.analys import fastq
fastq.sra_bd(file='SRR-file.txt')
for f in SRR*; do fasterq-dump $ f; done

我知道它很笨拙，但我是新手，它很有效！