Snakemake:在YAML配置文件中指定工作目录

Question

我在YAML配置文件中指定了一个workdir用于snakemake，如下所示：

$> cat config.yaml
workdir: "/home/lina/test_output"
id: 1234

$> cat Snakefile
rule all:
  input:
    data_out = expand("cat_out/{id}_times_two.txt", id = config['id'])

rule double_print:
  input:
    data = expand("data/{id}.txt", id = config['id'])
  output:
    data_out = expand("cat_out/{id}_times_two.txt", id = config['id'])
  shell:
    'cat {input.data} {input.data} > {output.data_out}'

$> snakemake --configfile=config.yaml

但是，一旦我运行了我的snakemake命令，输出就会在snakefile所在的目录中生成。我的snakefile能够利用我在配置文件中指定的id参数，因此它能够读取配置文件并至少解释id参数。

我应该如何修改配置文件或我的snakemake命令，以确保输出在我指定的workdir中结束？

非常感谢！

Answer 1

您需要add workdir to the snakefile，而不是配置。

但是您可以动态设置它，所以在snakefile中，写下：

workdir: config['workdir']