Emcee不能在Windows中运行多线程

Question

我在Windows桌面上以多线程模式运行python Emcee MCMC代码时遇到了问题。它只有一个线程就能很好地运行，在我的Mac笔记本电脑上以单线程或多线程模式运行。以下是简单的示例代码(取自Emcee网站示例)。

import numpy as np
 import emcee

def lnprob(x, ivar):
    return -0.5 * np.sum(ivar * x ** 2)

ndim, nwalkers = 10, 100
ivar = 1. / np.random.rand(ndim)
p0 = [np.random.rand(ndim) for i in range(nwalkers)]

sampler = emcee.EnsembleSampler(nwalkers, ndim, lnprob, args=[ivar], threads=2)
%time sampler.run_mcmc(p0, 10000)

如果我设置了threads=1，它在两台机器上都运行得很好，大约需要5秒。如果我设置了threads= 2，它在Mac上运行良好，但在windows机上挂起。notebook中没有记录错误，但在命令提示符窗口中，我看到了混杂的错误消息，就像两个进程试图同时写入错误消息一样。我似乎不能从窗口复制和粘贴它们，但它们的结尾是：

"Attribute Error: 'module' object has no attribute 'lnprob'

在这两台机器上，我都是在Jupyter笔记本上运行它。我已经检查了emcee、conda和anaconda的更新版本。你知道为什么我会有麻烦吗？

Answer 1

我也有同样的问题，也许这对我有帮助：

(来自：anaconda windows package and multithreading #381)

我可以通过os x上的anaconda 2和3包确认多线程不能正常工作。

默认情况下，在OSX 10.11上使用anaconda 2和3从源代码构建不起作用，但是稍微修改一下编译器选项就可以正常运行。

默认情况下，homebrew会安装与版本化名称一起使用的gcc，例如，gcc-6。您可以添加以下行

`os.environ["CC"] = "gcc-6"`    

`os.environ["CXX"] = "g++-6"`

setup.py或call

`CC=gcc-6; python setup.py build; pip install -e` 

才能让它正常工作。这应该在文档中更新。

Answer 2

在主模块中使用适当的习惯用法(if __name__ == '__main__':)可以解决这个问题：

import numpy as np
import emcee

def lnprob(x, ivar):
    return -0.5 * np.sum(ivar * x ** 2)

if __name__ == '__main__':
    ndim, nwalkers = 10, 100
    ivar = 1. / np.random.rand(ndim)
    p0 = [np.random.rand(ndim) for i in range(nwalkers)]

    sampler = emcee.EnsembleSampler(nwalkers, ndim, lnprob, args=[ivar], threads=2)
    sampler.run_mcmc(p0, 10000)