FactoMineR/factoextra可视化树状图中的所有集群

Question

我使用包FactoMineR的HCPC函数对数据帧执行了分层聚类。问题是，当我使用factoextra绘制树状图时，我无法可视化我所要求的集群数量。下面是我的问题的一个可重现的例子

model <- HCPC(iris[,1:4], nb.clust = 5) 

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上面确实有5个集群

fviz_dend(model, k = 5,
          cex = 0.7,                     
          palette = "default",              
          rect = TRUE, rect_fill = TRUE, 
)

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但在树状图中只有3个

Answer 1

我遇到了同样的问题:即使我试图在HCPC或fviz_dend函数中覆盖它，fviz_dend函数也总是会返回它认为是最优数量的集群。

在坚持使用FactoMineR和factoextra的同时解决这个问题的一种方法是更改由HCPC函数计算的默认集群数量：

model$call$t$nb.clust = 5

然后运行fviz_dend函数。

这应该返回the result that you were expecting。

Answer 2

您可以将dendextend包与color_branches函数一起使用：

library(dendextend)
dend <- USArrests %>% dist %>% hclust(method = "ave") %>% as.dendrogram
dd <- color_branches(dend,5)
plot(dd) 

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