如何将SBML公式转换为程序代码？

Question

我对sbml是个新手，我真的很困惑。

我想和龙格·库塔一起解一首颂歌。ODE存储在SBML文件中。文件的一部分如下所示

<listOfReactions>
  <reaction id="growth_P" reversible="false" fast="false">
    <listOfReactants>
      <speciesReference species="P" constant="false"/>
    </listOfReactants>
    <listOfProducts>
      <speciesReference species="P" constant="false"/>
    </listOfProducts>
    <kineticLaw>
      <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
        <apply>
          <times/>
          <ci> Rp </ci>
          <ci> P </ci>
        </apply>
      </math>
      <listOfLocalParameters>
        <localParameter id="Rp" value="1" units="per_second"/>
      </listOfLocalParameters>
    </kineticLaw>
  </reaction>
....
</listOfReactions>

这应该描述反应dP/dt = Rp*P

我的问题来了。我不知道如何将sbml公式转换成我的程序可以处理的公式(python/C++，随便什么)。

所以最好的选择是像这样的函数

Product = evaluate_sbml_formula(formula,value_of_reactant)

我阅读了sbml文档，但没有找到它。

你有什么建议吗？谢谢

Answer 1

如果看不到整个SBML文件，就很难构造一组要解决的ODE。在我的python课程(1)中，我使用了libSBML (以pypi/anaconda包的形式提供)来用python解析SBML文件。下面是一个文件的链接，该文件将SBML转换为ODE，然后使用scipy进行解析：

https://www.dropbox.com/s/2bfpiausejp0gd0/convert_reactions.py?dl=0

我希望这对你有帮助

Answer 2

sbml片段有点不寻常。反应物和产物都是P，因此反应是P -> P。这意味着P的变化率为零，即

dp/dt =0

在这种情况下，速率法则是什么并不重要。