rollapply + specnumber =长度不同的采样间隔上的物种丰富度？

Question

我有一个社区矩阵(样本x动物种类)。多年来，我每周都会对动物进行采样(在这个例子中，是三年)。我想弄清楚采样时间(开始周和持续时间又称为周数)影响物种丰富度。以下是一个示例数据集：

Data <- data.frame(
  Year = rep(c('1996', '1997', '1998'), each = 5),
  Week = rep(c('1', '2', '3', '4', '5'), 3),
  Species1 =sample(0:5, 15, replace=T),
  Species2 =sample(0:5, 15, replace=T),
  Species3 =sample(0:5, 15, replace=T)
)

我想要的结果是这样的：

Year  StartWeek  Duration(weeks)  SpeciesRichness 
1996    1            1                 2 
1996    1            2                 3  
1996    1            3                 1 
... 
1998    5            1                 1

我曾尝试通过组合rollapply和素食者的specnumber来做这件事，但得到的是一个样本x物种矩阵，而不是物种丰富度的向量。真奇怪。

例如，我认为这将为我提供两周采样窗口的物种丰富度：

test<-rollapply(Data[3:5],width=2,specnumber,align="right")

谢谢你的帮助!

Answer 1

我通过将任务分解成两部分来解决这个问题: 1.使用rollapplyr计算物种丰富度，就像在ddplyr mutate_each thingamabob中实现的那样。2.使用素食计算物种丰富度。

我对每个采样持续时间窗口分别执行了此操作。

下面是最基本的版本(我只是通过更改width参数，针对我想要的每个采样持续时间连续执行此操作)：

weeksum2 <- function(x) {rollapply(x, width = 2, align = 'left', sum, fill=NA)}
sum2weeks<-Data%>%
  arrange(Year, Week)%>%
  group_by(Year)%>%
  mutate_each(funs(weeksum2), -Year, -Week)


weeklyspecnumber2<-specnumber(sum2weeks[,3:ncol(sum2weeks)], 
                              groups = interaction(sum2weeks$Week, sum2weeks$Year))
weeklyspecnumber2<-unlist(weeklyspecnumber2)
weeklyspecnumber2<-as.data.frame(weeklyspecnumber2)
weeklyspecnumber2$WeekYear<-as.factor(rownames(weeklyspecnumber2))
weeklyspecnumber2<-tidyr::separate(weeklyspecnumber2, WeekYear, into = c('Week', 'Year'), sep = '[.]')