ETE3:如何在.get_topology生成的树上获取不同的属性

Question

我在列表上使用.get_topology创建了一个系统树，但我不能将科学名称和排名添加到节点上。具体地说：

from ete3 import NCBITaxa, Tree, TreeStyle, NodeStyle

Ltax = [561863, 333367, 518636, 1262999, 657322, 550540, 44012, 748224, 518636, 1309411]
ncbi = NCBITaxa()
t = ncbi.get_topology(Ltax, intermediate_nodes=False)

我尝试使用：

tax2names, tax2lineages, tax2rank = t.annotate_ncbi_taxa()
ncbi.annotate_tree(t, taxid_attr='name', tax2name=tax2names, tax2track=tax2lineages, tax2rank=tax2rank)

但它返回的是空字典。我希望节点在相应的属性下有它们的等级、sci名称和税务ids。我做错了什么？

谢谢，阿拉什

Answer 1

好的，我通过试错找到了答案。从ete3导入NCBITaxa，树

Ltax = [561863, 333367, 518636, 1262999, 657322, 550540, 44012, 748224, 518636, 1309411]
ncbi = NCBITaxa()
t = ncbi.get_topology(Ltax, intermediate_nodes=False)
ncbi.annotate_tree(t, taxid_attr='name')

这将注解树，您可以通过遍历节点来检查注解：

 for node in t.iter_descendants("postorder"):

    #print(node.name)
    #print(node.species)
    #print(node.named_lineage)
    #print(node.lineage)
    #print(node.sci_name)
    print(node.rank)