从基因符号和ID中获取基因位置

Question

我想从基因符号(例如: TTN)和基因ID(例如: ENSG00000155657)中获取人类基因组的基因位置。我想用R的biomaRt包来做，怎么做呢？

Answer 1

我不完全确定你所说的基因定位是什么意思，但我认为以下内容应该可以让你开始：

ensembl <- useMart("ensembl")
ensembl <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl)
getBM(attributes=c('chromosome_name', 'start_position', 'end_position', 'strand'),
      filters=c('hgnc_symbol', 'ensembl_gene_id'),
      values=list('TTN', 'ENSG00000155657'),
      mart=ensembl)

您可以通过向values列表添加额外的向量(在本例中长度为2)来输入更多过滤器。

您可以使用函数listAttributes(ensembl)来获取一个data.frame，该all包含您可以从biomart获得的所有属性。

正如@neilfws已经声明的那样，biomaRt user guide是查找有关biomaRt的更多信息的正确位置。我建议您进一步询问有关Bioconductor R包的问题，如Bioconductor support forum上的biomaRt。