snakemake规则不会运行完整的命令

Question

我正在处理这个snakemake管道，其中最后一个规则如下所示：

rule RunCodeml:
input:
                '{ProjectFolder}/{Fastas}/codeml.ctl'
        output:
                '{ProjectFolder}/{Fastas}/codeml.out'
        shell:
                'codeml {input}'

此规则不会运行，错误似乎是程序编码器无法找到.ctl文件，因为它查找不完整的路径：'/work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_536/co‘，尽管该命令似乎是正确的：

shell:
        codeml /work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_536/codeml.ctl
        (one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)'

下面是使用-p选项运行的输出：

error when opening file /work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_1083/co
tell me the full path-name of the file? Can't find the file.  I give up.

我发现这种行为非常奇怪，我不知道发生了什么。任何帮助都将不胜感激。谢谢!D。

Answer 1

好的，所以问题不是snakemake，而是我调用的程序(codeml)，它限制了作为控制文件路径给定的字符串的长度。