将具有p值的列转换为fdr "BH方法“

Question

下面是一个示例，其中一列包含p值，我希望通过创建一个新列将这些值转换为fdr。我想使用的方法是BH (Benjamin Hochberg)校正。

a=c(1,2,3,4,5,6)
p_values=c(0.05,0.06,0.03,0.03,0.07,0.02)
df= data.frame(a, p_values)
df$FDR = paste(p_values)
df= p.adjust(df$FDR, method = "BH" )

该代码将删除列的其余部分，并且只使用FDR保留新列。请协助我不确定结果是否正确

Answer 1

最后一行应为：

df$FDR <- p.adjust(df$p_values, method = "BH" )

因此，您只需更改一列，而不是将data.frame替换为生成的向量。

在执行此操作之前，也不需要将p值复制到FDR列。当您为其赋值时，将自动创建新列。

您的示例的完整版本：

a <- c(1,2,3,4,5,6)
p_values <- c(0.05,0.06,0.03,0.03,0.07,0.02)
df <- data.frame(a, p_values)
df$FDR <- p.adjust(df$p_values, method = "BH")