如何在不加载fMRI大数据的情况下访问.nii (NIFTI)格式的单个时间样本？

Question

我可以访问我有1000多个.nii文件的The Human Connectome Project数据。为了分析它们，我需要将它们加载为一个numpy数组，这会占用大量内存。例如，考虑以下代码：

import nibabel as nib
epi_image = nib.load('rfMRI_REST1_LR.nii')
epi_image.shape
out: (91, 109, 91, 1200)
epi_data = epi_image.get_data()

最后一条线给出了一个4d张量，其中最后一个轴是时间。由于epi_data是一种5Gb格式，我们可以使用它来训练神经网络，将其转换为张量，但要做到这一点，我们需要加载总数据，该数据是numpy，而这只是1000个数据中的一个。但是，如果我可以将这1200个时间样本分解为1200 .nii，我将能够加载感兴趣的那些。有没有办法从原始文件中提取1200 .nii。

Answer 1

从原始文件中提取1200 .nii的方法是分别提取每个帧：

for idx in range(1200):
 epi_data = epi_image.get_data()[:,:,:,idx]
 nimg = nib.Nifti1Image(epi_data, affine=epi_image.affine, header=epi_image.header)
 nimg.to_filename("file%idx.nii"%+int(idx))