如何通过提供查询名称列表而不是单个名称来使用rentrez包检索数据？

Question

所以我尝试使用rentrez包从GenBank检索DNA序列数据，给出一个物种列表作为输入。我所做的是为我想要查询的物种创建一个向量，然后创建一个term，我在其中指定要检索的序列数据的类型，然后创建一个search，它检索与我的查询匹配的所有匹配项，最后我创建data，在fasta文件中检索实际的序列数据。

library(rentrez)

species<-c("Ablennes hians","Centrophryne spinulosa","Doratonotus megalepis","Entomacrodus cadenati","Katsuwonus pelamis","Lutjanus fulgens","Pagellus erythrinus")

for (x in species){
term<-paste(x,"[Organism] AND (((COI[Gene] OR CO1[Gene] OR COXI[Gene] OR COX1[Gene]) AND (500[SLEN]:3000[SLEN])) OR complete genome[All Fields] OR mitochondrial genome[All Fields])",sep='',collapse = NULL)
search<-entrez_search(db="nuccore",term=term,retmax=99999)
data<-entrez_fetch(db="nuccore",id=search$ids,rettype="fasta")
}

基本上，我要做的是将每个物种的查询结果连接到一个变量中。我开始使用for循环，但我发现它在这个表单中没有任何意义，因为正在查询的每个新物种的数据只是替换了data中的前一个数据。

对于species的某些元素，将没有要检索的数据，R显示此错误：

Error: Vector of IDs to send to NCBI is empty, perhaps entrez_search or entrez_link found no hits?

在显示此错误的情况下，因此没有该特定物种的数据，我希望代码继续运行并忽略它。

我的输出将是一个变量data，它将包括从species中的所有名称检索到的序列数据。

Answer 1

library(rentrez)

species<-c("Ablennes hians","Centrophryne spinulosa","Doratonotus megalepis","Entomacrodus cadenati","Katsuwonus pelamis","Lutjanus fulgens","Pagellus erythrinus")

data <- list()

for (x in species){
  term<-paste(x,"[Organism] AND (((COI[Gene] OR CO1[Gene] OR COXI[Gene] OR COX1[Gene]) AND (500[SLEN]:3000[SLEN])) OR complete genome[All Fields] OR mitochondrial genome[All Fields])",sep='',collapse = NULL)
  search<-entrez_search(db="nuccore",term=term,retmax=99999)
  data[x] <- tryCatch({entrez_fetch(db="nuccore",id=search$ids,rettype="fasta")},
                      error = function(e){NA})
}