来自文件的示例输入

Question

我正在尝试从一个示例文件创建规则的输入。示例文件包含一个列SampleID，该列应用作示例通配符。我想从数据框中的Path_Normal列和Path_Tumor per SampleID列中提取正常和肿瘤bams的路径。

为此，我尝试这样做：

import pandas as pd

input_table = "sampletable.tsv"

samples = pd.read_table(input_table).set_index("SampleID", drop=False)

rule all:
      input:
        expand("/directory/sm_mutect2_paired/vcf/{sample}.mt2.vcf", sample=samples.index)

rule Mutect2:
    input:
        tumor = samples[samples['SampleID']=="{sample}"]['Path_Tumor'],
        normal = samples[samples['SampleID']=="{sample}"]['Path_Normal']
output:
        "/directory/sm_mutect2_paired/vcf/{sample}.mt2.vcf"
    conda:
        "envs/gatk_mutect2_paired.yaml"
    shell:
        "gatk --java-options '-Xmx16G -XX:+UseParallelGC -XX:ParallelGCThreads=16' Mutect2 \
            -R /directory/ref/genomics-public-data/references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
            {input.tumor} \
            {input.normal} \
            -L /directory/GATK_interval_files_Agilent/S07604514_hs_hg38/S07604514_Covered.bed \
            -O {output} \
            --af-of-alleles-not-in-resource 2.5e-06 \
            --germline-resource /directory/GATK_gnomad/af-only-gnomad.hg38.vcf.gz \
            -pon /home/zyto/unger/GATK_PoN/1000g_pon.hg38.vcf.gz"
...

在进行试运行时，我没有收到错误消息，但是执行失败了，因为输入是空的，这变成了查看日志：

atk --java-options '-Xmx16G -XX:+UseParallelGC -XX:ParallelGCThreads=16' Mutect2             -R /directory/GATK_ref/genomics-public-data/references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta                                       -L /directory/GATK_interval_files_Agilent/S07604514_hs_hg38/S07604514_Covered.bed             -O /directory/WES_Rezidiv_HNSCC_Clonality/sm_mutect2_paired/vcf/HL05_Rez_HL05_NG.mt2.vcf             --af-of-alleles-not-in-resource 2.5e-06             --germline-resource /directory/GATK_gnomad/af-only-gnomad.hg38.vcf.gz -pon /directory/GATK_PoN/1000g_pon.hg38.vcf.gz

这两个输入文件应该出现在"Mutect2“和"-R”之间。

所以看起来我在定义输入时做了一些错误的事情…

Answer 1

当作业和通配符值已知时，您需要将该规则的输入文件的确定推迟到所谓的DAG阶段。这是通过input functions实现的。我强烈推荐使用official Snakemake tutorial，它深入地介绍了这个主题。