保存具有体素尺寸的nibabel图像

Question

无法在nibabel的NiftiHeader中设置图像体素尺寸。如何为给定的图像设置特定的体素尺寸？

我需要在nibabel中保存一些特定体素尺寸的图像。

image = nib.load('some_image')
c = np.array(image.get_fdata())
x = nib.Nifti1Image(c, image.affine)
nib.save(x, 'something.nii.gz')

如何使用一些新的体素尺寸保存成像器？

Answer 1

保存前需要更改header information：

image = nib.load('some_image')
header_info = image.header
print(header_info)

# change the voxel dimensions to [2,2,2]
header_info['pixdim'][1:4]  = [2,2,2]

c = np.array(image.get_fdata())

# Use the new `header_info` before writing
x = nib.Nifti1Image(c, image.affine, header_info)
nib.save(x, 'something.nii.gz')